Ứng dụng chỉ thị phân tử chọn lọc cá thể BC 1F1 của tổ hợp lai NPT1 x KC25 mang QTL gen tăng số hạt trên bông

Header Page of 89 TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM HÀ NỘI KHOA SINH - KTNN ====== TRẦN THỊ NHUNG ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ CHỌN LỌC CÁ THỂ BC1F1 CỦA TỔ HỢP LAI NPT1 x KC25 MANG QTL/ GEN TĂNG SỐ HẠT TRÊN BÔNG KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC Chuyên ngành: Di truyền học Ngƣời hƣớng dẫn khoa học TS TRẦN ĐĂNG KHÁNH HÀ NỘI, 2016 Footer Page of 89 Header Page of 89 LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành khóa luận này, nhận đƣợc giúp đỡ nhiều mặt thầy cô giáo Trƣớc tiên, xin chân thành gửi lời cảm ơn tới TS Trần Đăng Khánh, ngƣời tận tình bảo, hƣớng dẫn hoàn thành khóa luận Tôi xin gửi lời cảm ơn tới TS Nguyễn Nhƣ Toản thầy cô giáo khoa Sinh – KTNN Trƣờng Đại Học Sƣ Phạm Hà Nội truyền đạt cho kiến thức phƣơng pháp nghiên cứu khoa học học tập trƣờng Khóa luận đƣợc thực Bộ môn Kỹ thuật Di truyền, Viện Di truyền Nông nghiệp Việt Nam Tại đây, nhận đƣợc giúp đỡ nhiệt tình anh chị suốt trình thực đề tài nghiên cứu Tôi xin chân thành cảm ơn giúp đỡ quý báu Cuối cùng, xin cảm ơn giúp đỡ, động viên gia đình, ngƣời thân toàn thể bạn bè suốt trình học tập nghiên cứu Trong trình thực hiện, tránh khỏi thiếu sót, mong nhận đƣợc góp ý chân thành Một lần xin trân trọng cảm ơn! Hà Nội, tháng năm 2016 Tác giả Trần Thị Nhung Footer Page of 89 Header Page of 89 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu thực dƣới hƣớng dẫn khoa học TS Trần Đăng Khánh Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực chƣa đƣợc sử dụng công bố công trình khoa học Tôi xin cam đoan thông tin trích dẫn luận văn đƣợc ghi rõ nguồn gốc Tác giả Trần Thị Nhung Footer Page of 89 Header Page of 89 MỤC LỤC MỞ ĐẦU 1 Tính cấp thiết đề tài Mục đích nghiên cứu Phạm vi nghiên cứu Ý nghĩa khoa học thực tiễn của đề tài NỘI DUNG Chƣơng I Tổng quan tài liệu 1.1 Giới thiệu tổng quan đối tƣợng, lĩnh vực nghiên cứu 1.1.1 Vài nét sơ lƣợc lúa 1.1.2 Giới thiệu giống lúa bố mẹ 1.1.2.1 Giống nhận QTL/gen: NPT1 1.1.2.2 Giống cho QTL/gen 1.2 Cơ sở khoa học việc ứng dụng chọn giống nhờ thị phân tử 1.2.1 Chỉ thị phân tử 1.2.2 Những ƣu điểm ứng dụng thị phân tử chọn tạo giống trồng 11 1.2.2.1 Tính ƣu việt chọn giống nhờ thị phân tử 11 1.2.2.2 Những ứng dụng thị phân tử 11 1.3 Tình hình nghiên cứu nƣớc 14 1.3.1 Trên giới 14 1.3.2 Tại Việt Nam 18 Chƣơng ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 21 2.1 Đối tƣợng nghiên cứu 21 2.1.1 Các giống lúa nghiên cứu 21 2.1.2 Các thị phân tử hóa chất thí nghiệm 21 2.2 Nội dung nghiên cứu 21 Footer Page of 89 Header Page of 89 2.3 Phƣơng pháp nghiên cứu 22 2.3.1 Phƣơng pháp lai hữu tính - lai trở lại giống cho nhận QTL/gen 22 2.3.2 Phƣơng pháp nghiên cứu ph ng thí nghiệm 24 2.3.2.1 Phƣơng pháp tách chiết ADN tổng số 24 2.3.2.2 Phƣơng pháp PCR với mồi SSR 25 2.3.2.3 Phƣơng pháp điện di gel agarose 0,8% 26 2.3.2.4 Phƣơng pháp điện di gel agarose 3% 27 2.3.2.5 Phƣơng pháp điện di gel polyacrylamide 4,5% 27 2.3.3 Phƣơng pháp xử lý số liệu 29 2.4 Cách bố trí thí nghiệm 30 2.5 Địa điểm nghiên cứu 32 Chƣơng KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 33 3.1 Kết lai tạo hệ BC1F1 tổ hợp F1 x ( NPT1 x KC25) 33 3.2 Khảo sát đa hình hai giống bố mẹ 35 3.3 Tách chiết tinh ADN tổng số 35 3.4 Sử dụng thị phân tử đa hình chọn lọc cá thể quần thể BC1F1 37 IV KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 40 4.1 Kết luận 40 4.2 Kiến nghị 40 TÀI LIỆU THAM KHẢO 41 Phụ lục : Danh mục hóa chất sử dụng nghiên cứu 46 Footer Page of 89 Header Page of 89 DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT AND : Axit Deoxyribonucleic AFLP : Amplified Fragment Length Polymorphism - Đa hình chiều dài đoạn đƣợc nhân chọn lọc RAPD : Random Amplification of Polymorphic DNA - Đa hình ADN đƣợc nhân ngẫu nhiên RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism – Đa hình chiều dài mảnh phân cắt giới hạn STS : Sequence Tagged Site – Xác định vị trí trình tự đƣợc đánh dấu RGA : Resistance Gene Analog – Vùng tƣơng đồng gen kháng SNP : Single Nucleotide Polymorphisms – Đa hình nucleotide đơn SSR : Simple Sequence Repeat - Sự lặp lại trình tự đơn giản Bp : Base pair – Cặp bazơ nitơ cDNA : Complementary DNA – Thƣ viện AND bổ trợ Cs : Cộng Ctv : Cộng tác viên CTPT : Chỉ thị phân tử dNTP : Deoxynucleotide triphosphate MABC : Marker Assisted Backcrossing – Chọn lọc nhờ thị phân tử kết hợp lai trở lại MAS : Marker Assisted Selection – Chọn lọc nhờ thị phân tử NST : Nhiễm sắc thể PCR : Polymerase Chain Reaction - Phản ứng chuỗi trùng hợp QTL/ QTLs : Quantity Trait Loci(s) - Locus kiểm soát tính trạng số lƣợng TBE : Tris-Boric Acid-EDTA Footer Page of 89 Header Page of 89 DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Các loài Oryza theo Takeoka (1963) với số nhiễm sắc thể, kiểu gen phân bố địa lý Bảng 1.2 Đặc trƣng hình thái sinh lý tổng quát nhóm giống lúa Bảng 1.3 Một số thị phân tử phổ biến, đặc điểm tiềm ứng dụng Bảng 2.1 Các thị cho đa hình giống NPT1 x KC25 vị trí QTL/gen 21 Bảng 2.2 Thành phần chất dùng cho phản ứng PCR với mồi SSR 26 Bảng 2.3 Chƣơng trình chạy phản ứng PCR 26 Footer Page of 89 Header Page of 89 DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 QTL/gen thị phân tử liên kết với yếu tố cấu thành suất đƣợc xác định 10 năm qua 17 Hình 2.2 Các bƣớc thí nghiệm chọn tạo giống lúa tăng số hạt phƣơng pháp sử dụng thị phân tử lai trở lại 23 Hình 3.1 Ghép sau khử đực 33 Hình 3.2 Kết lai tổ hợp F1 x NPT1 34 Hình 3.3 Hình ảnh khảo sát đa hình ADN dòng/giống nghiên cứu với thị RM445, RM500, RM21615 35 Hình 3.4 Kết tách chiết ADN tinh ADN cá thể BC1F1 36 Hình 3.5 Hình ảnh điện di sàng lọc cá thể BC1F1 với thị RM445 37 Hình 3.6 Hình ảnh điện di sang lọc cá thể BC1F1 với chỉ thị RM500 38 Hình 3.7 Kết chạy điện di Agarose 3% với thị RM21615 39 Footer Page of 89 Header Page of 89 MỞ ĐẦU Tính cấp thiết đề tài Lúa (Oryza sativa L.) lƣơng thực quan trọng, với diện tích trồng khoảng 148,4 triệu hecta toàn giới ( châu Á chiếm 135 triệu hecta) Lúa gạo trồng cung cấp nguồn lƣơng thực quan trọng nhất, lúa có ảnh hƣởng đến đời sống 50% dân số giới Năm 2014 sản lƣợng gạo đạt 496,6 triệu giảm 0,2% so với năm 2013(497,5 triệu gạo) [8] Việt Nam có tổng diện tích gieo trồng lúa ƣớc đạt 7,8 triệu ha, giảm 96,8 ngàn so với năm 2013, nhƣng suất đạt 57,4 tạ/ha, tăng 1,7 tạ/ha, nên sản lƣợng lúa nƣớc đạt 44,84 triệu tấn, tăng 80,4 vạn so với năm 2013, xuất khoảng 5,96 triệu gạo ( Bộ Nông nghiệp Phát triển Nông thôn, 2014) [7] Ở Việt Nam lúa gạo sản phẩm xuất chủ lực nông nghiệp nguồn lƣơng thực 90 triệu dân nƣớc Do trình đô thị hóa, công nghiêp hóa diễn nhanh chóng, diện tích đất dành cho việc trồng lúa ngày bị thu hẹp, chịu ảnh hƣởng tiêu cực từ biến đổi khí hậu làm suất lúa bị sụt giảm rõ rệt, với áp lực dân số ngày tăng đ i hỏi nguồn cung lƣơng thực ngày lớn Vì vậy, việc đáp ứng sản lƣợng lƣơng thực cần thiết.Việc phát triển nguồn giống đƣợc cải tiến cho suất cao, chất lƣợng tốt yếu tố quan trọng cho việc đảm bảo hệ thống sản lƣợng lúa Chọn tạo giống lúa có khả năng suất cao cần thiết, cấp bách có ý nghĩa cho an toàn lƣơng thực tăng thu nhập nông dân Ngày nay, công nghệ sinh học tạo công cụ hỗ trợ to lớn cho công tác chọn tạo giống trồng Việc áp dụng kỹ thuật mức độ phân tử cho phép chuyển gen mong muốn vào giống trồng phổ Footer Page of 89 Header Page 10 of 89 biến, du nhập gen từ loài hoang dại gần gũi với loài trồng Vấn đề có tính chiến lƣợc ứng dụng thị phân tử vào lĩnh vực chọn giống là: “ chọn giống nhờ thị phân tử”, sử dụng thị phân tử ADN cho phép phân tích di truyền tính trạng nông học quan trọng công cụ hiệu chọn giống lúa Sử dụng thị phân tử liên kết chặt với QTL/gen mong muốn chọn tạo giống mới, góp phần tiết kiệm thời gian công sức cho trình nghiên cứu Bằng đƣờng chọn giống nhờ thị phân tử nhiều gen kháng sâu bệnh gen quy định suất, chất lƣợng đƣợc đƣợc quy tụ thành công vào số giống lúa Xuất phát từ thực tế thực đề tài: “Ứng dụng thị phân tử chọn lọc cá thể BC1F1 tổ hợp lai NPT1 x KC25 mang QTL/gen tăng số hạt bông” với mục tiêu thông qua phƣơng pháp MABC (Marker – Assisted Backcrossing ) chọn đƣợc dòng triển vọng tạo nguồn vật liệu khởi đầu cho nghiên cứu sau Mục đích nghiên cứu - Ứng dụng thị phân tử để xác định có mặt QTL/gen tăng số hạt cá thể quần thể BC1F1 (NPT1 x KC25).ghể BC1F1 (NPT1 Phạm vi nghiên cứu - Nghiên cứu chủ yếu tập trung vào việc ứng dụng phƣơng pháp MABC chọn lọc cá thể BC1F1 mang QTL/gen tăng số hạt phục vụ cho công tác chọn tạo giống lúa - Đề tài thực từ tháng: Tháng 6/2015 đến tháng 5/2016 Ý nghĩa khoa học thực tiễn của đề tài - Ý nghĩa khoa học đề tài + Ứng dụng thị phân tử kết hợp phƣơng pháp lai trở lại để chọn lọc nhanh xác cá thể mang QTL/gen tăng số hạt nhằm rút ngắn thời gian, công sức chọn lọc đồng ruộng, giảm số lƣợng lớn cá thể gieo trồng hàng vụ giúp khắc phục đƣợc vài hạn chế phƣơng pháp chọn giống truyền thống Footer Page 10 of 89 Header Page 40 of 89 2.5 Địa điểm nghiên cứu Ph ng thí nghiệm Bộ môn Kỹ thuật Di truyền viện Di truyền nông nghiệp Việt Nam Khu thí nghiệm đồng ruộng: xóm Lại Yên, huyện Hoài Đức, Hà Nội 32 Footer Page 40 of 89 Header Page 41 of 89 Chƣơng KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 3.1 Kết lai tạo hệ BC1F1 tổ hợp F1 x ( NPT1 x KC25) Sau khử đực F1 tiến hành ghép với NPT1 cho NPT1 cao F1 tạo điều kiện thuận lợi cho việc thụ phấn Ghép sau khử đực Hình 3.1 Ghép sau khử đực 33 Footer Page 41 of 89 Header Page 42 of 89 Tới thời điểm phấn nở tiến hành rũ phấn Rũ 3-4 lần, lần cách 10 -15 phút Sau ngày kiểm tra tỉ lệ đậu hạt lai Chăm sóc lai, thu hạt lai khoảng 30-35 ngày sau lai Kết lai tạo tổ hợp BC1F1 gữa F1 NPT1 thu đƣợc 321 hạt lai Kết lai tạo đƣợc thể qua Hình 3.2 F1 x NPT1 Hình 3.2 Kết lai tổ hợp F1 x NPT1 34 Footer Page 42 of 89 Header Page 43 of 89 3.2 Khảo sát đa hình hai giống bố mẹ Đa hình hai giống lúa đƣợc phát chiều dài khác đoạn lặp lại đƣợc khuếch đại phản ứng PCR sử dụng cặp mồi SSR Việc nhận dạng đa hình ADN giống cho gen nhận gen với thị SSR 12 NST nhằm phục vụ chọn lọc gen đích di truyền giống nhận gen Trong nghiên cứu kế thừa nghiên cứu trƣớc viện Di truyền Nông nghiệp có thị đa hình vị trí QTL/gen tăng số hạt ( Bảng 3.1) Đây vài kết chạy đa hình đƣợc thể qua Hình 3.1 Hình 3.3 Hình ảnh khảo sát đa hình ADN dòng/giống nghiên cứu với thị RM445, RM500, RM21615 1: Bắc thơm 7; 2: Khang Dân: 18; 3: OM6976; 4: NPT1; 5: KC25 Quan sát Hình 3.1 cho thấy thị RM445, RM500, RM21615 cho đa hình giống cho nhận QTL Tƣơng ứng băng Bắc thơm (băng số 1), Khang Dân 18 (băng số 2), OM6976 (băng số 3), NPT1 (băng số 4) giống cho QTL/gen KC25 (băng số 5) 3.3 Tách chiết tinh ADN tổng số Trong nghiên cứu chọn tạo giống lúa thị phân tử việc thực hành kỹ thuật sinh học phòng thí nghiệm vô quan trọng 35 Footer Page 43 of 89 Header Page 44 of 89 có việc tách chiết ADN Có ADN đủ độ tinh điều kiện tiên để thành công cho nghiên cứu Hiện có nhiều phƣơng pháp tách chiết tinh ADN, tùy theo loại trồng mục đích nghiên cứu mà chọn phƣơng pháp tách chiết ADN khác Chúng chọn phƣơng pháp tách chiết ADN CTAB cải tiến (của phòng thí nghiệm Di truyền học, Trƣờng đại học Gent, Vƣơng Quốc Bỉ) Kế thừa hạt lai F1 nghiên cứu trƣớc Viện Di truyền Nông nghiệp Việt Nam cung cấp: Mƣời hai hạt lai F1 mang QTL/gen tăng số hạt đƣợc gieo trồng, chăm sóc, chọn sinh trƣởng phát triển tốt để khử đực cho lai trở lại với NPT1, kết thu đƣợc 321 hạt lai BC1F1 Toàn hạt lai BC1F1 đƣợc gieo trồng, chăm sóc, thu mẫu tách chiết ADN Lá lúa non tuần sau cấy cá thể lai BC1F1 đƣợc thu để tách chiết ADN Nồng độ độ tinh ADN đƣợc kiểm tra điện di gel agarose 0,8% với ADN chuẩn Nhuộm gel dung dịch Ethidium bromide ghi nhận kết máy soi cực tím Kết tách chiết ADN đƣợc thể hình 3.3 Hình 3.4 Kết tách chiết ADN tinh ADN cá thể BC1F1 Kết kiểm tra cho thấy: phƣơng pháp tách chiết ADN CTAB cải tiến cho hiệu cao với 100% số mẫu ADN không bị đứt gãy đƣợc thể băng điện di gọn, rõ, mẫu ADN cá thể lai tạo BC1F1 KC25/NPT1 đƣợc sử dụng cho thí nghiệm 36 Footer Page 44 of 89 Header Page 45 of 89 3.4 Sử dụng thị phân tử đa hình chọn lọc cá thể quần thể BC1F1 Mẫu ADN đủ tiêu chuẩn đƣợc sử dụng PCR với lần lƣợt thị phân tử: RM445, RM500 RM21615 liên kết chặt với QTL/gen yld7 để xác định cá thể quần thể BC1F1 mang QTL/gen tăng số hạt Đầu tiên cá thể BC1F1 đƣợc kiểm tra thị RM445 Kết điện di kiểm tra số sản phẩm PCR với thị RM445, RM500 RM21615 lần lƣợt đƣợc minh họa qua Hình 3.25; 3.26 3.27 Hình 3.5 Hình ảnh điện di sàng lọc cá thể BC1F1 với thị RM445 1-62 : Các cá thể BC1F1, M: NPT1, B: KC25, L: Ladder 50bp, điểm A đồng hợp tử với NPT1, điểm B đồng hợp tử với KC25, điểm H: Di hợp tử Qua Hình 3.1 cho thấy sản phẩm điện di sản phẩm PCR cá thể BC1F1 với thị RM445 phân 02 dạng, dạng đồng hợp tử với NPT1 (điểm A) dạng dị hợp tử (điểm H) Kết thu đƣợc 38 cá thể BC1F1 dị hợp tử RM445 gồm: 1, 5, 6, 7, 9, 10, 11, 13, 15, 16, 19, 20, 22, 24, 25, 26, 27, 31, 33, 35, 37, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 48, 51, 52, 54, 55, 56, 57, 58, 59 61 Các cá thể đồng hợp tử giống mẹ bao gồm số: 2, 3, 4, 8, 12, 14, 17, 18, 21, 23, 28, 37 Footer Page 45 of 89 Header Page 46 of 89 29, 30, 32, 34, 36, 38, 47, 49, 50, 53, 60, 62 Riêng băng số 39 không xuất ADN thao tác sai trình thực phản ứng PCR Sáu mƣơi hai cá thể hệ BC1F1 tiếp tục đƣợc sàng lọc thị RM500 Hình 3.2 thể kết điện di sản phẩm PCR số cá thể Hình 3.6 Hình ảnh điện di sang lọc cá thể BC1F1 với chỉ thị RM500 1-62 : Các cá thể BC1F1, M: NPT1, B: KC25, L: Ladder 50bp, điểm A đồng hợp tử với NPT1, điểm B đồng hợp tử với KC25, điểm H: Dị hợp tử Hình 3.2 cho thấy kết sàng lọc kiểu gen cá thể BC1F1 với thị RM500 xác định đƣợc 41cá thể số: 1, 3, 5, 6, 8, 10, 11, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 31, 32, 33, 35, 37, 39 ,40, 42, 43, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 54, 55, 56, 58, 59, 60 dị hợp tử vị trí RM500 Các cá thể đồng hợp tử với NPT1 bao gồm cá thể số: 2, 7, 9, 12, 13, 21, 22, 29, 30, 34, 36, 38, 41, 44, 52, 53, 57, 61, 62 Có cá thể số 16 không băng ADN sau điện di kiểm tra sản phẩm PCR Tiếp tục sàng lọc với thị RM21615 (Hình 3.5) 38 Footer Page 46 of 89 Header Page 47 of 89 Hình 3.7 Kết chạy điện di Agarose 3% với thị RM21615 1-61: Các cá thể BC1F1, M: NPT1, B: KC25, L: Ladder 50bp, điểm A đồng hợp tử với NPT1, điểm B đồng hợp tử với KC25, điểm H: Dị hợp tử Qua Hình 3.3 cho thấy cá thể số: 1, 2, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 13, 15, 19, 20, 22, 24, 25, 26, 27, 30, 31, 33, 34, 40, 46, 48, 51, 53, 54, 57 61 cho kết dị hợp tử vị trí thị RM21615 (30 cá thể) Các cá thể đồng hợp tử với NPT1 bao gồm số: 4, 12, 14, 16, 17, 18, 21, 23, 28, 29, 32, 35, 36, 37, 38, 39, 41, 42, 43, 44, 45, 47, 49, 50, 52, 55, 56, 58, 59, 60 Băng số không xuất ADN sau trình điện di kiểm tra sản phẩm PCR Nhƣ vậy, việc sử dụng thị RM445, RM500 RM21615 xác định đƣợc 19 cá thể dị hợp tử với NPT1 gồm cá thể số: 1, 5, 6, 10, 11, 15, 19, 20, 24, 25, 26, 27, 31, 33, 40, 46, 48, 51, 54 Các cá thể mang QTL/gen yld7 tăng số hạt để phục vụ co nghiên cứu 39 Footer Page 47 of 89 Header Page 48 of 89 IV KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận Sử dụng thị phân tử RM445, RM500 RM21615 để xác định cá thể lai BC1F1 (tổ hợp NPT1/ KC25) xác định đƣợc 19 cá thể gồm cá thể số: 1, 5, 6, 10, 11, 15, 19, 20, 24, 25, 26, 27, 31, 33, 40, 46, 48, 51, 54 mang kiểu gen dị hợp tử với NPT1 Số cá thể tiếp tục đƣợc lựa chọn để phục vụ cho nghiên cứu 4.2 Kiến nghị Do nhiều nguyên nhân khách quan dẫn đến việc thụ phấn nhân tạo không thành công dẫn đến số cá thể tự thụ phấn kỹ thuật chƣa đƣợc hoàn thiện Thời gian tới cần tiếp tục hoàn thiện quy trình lai tạo cá thể hệ trau dồi thêm kiến thức kỹ kỹ thuật phân tử 40 Footer Page 48 of 89 Header Page 49 of 89 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng việt Nguyễn Duy Bảy cs, 2001 “Một số thị phân tử phổ biến, đặc điểm tiểm ứng dụng” Nguyễn Duy Bảy, Nguyễn H.T, Bùi Chí Bửu Bùi Bá Bổng (2001), Chọn giống nhờ marker Phân tích QTL, Viện lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, tr.44-58 Lƣu Minh Cúc, Nguyễn Thị Kim Liên, Vũ Thị Thu Hằng, Nguyễn Quang Đàm, Phạm Thị Minh Hiền, Lƣu Thị Ngọc Huyền, Vũ Đức Quang (2010) “Khảo sát đa dạng di truyền số giống lúa nếp thị phân tử SSR” Tạp chí khoa học công nghệ nông nghiệp Việt Nam số (19), tr.2-6 Lê Huy Hàm (2015), ứng dụng thị phân tử chọn tạo giống lúa Lƣu Thị Ngọc Huyền (2003), Nghiên cứu lập đồ gen kháng rầy nâu giống lúa CR203 ứng dụng chọn giống, Luận án Tiến sĩ Nông nghiệp, Viện Di truyền Nông nghiệp Việt Nam Nguyễn Thị Lang, Bùi Chí Bửu (2004), “Ứng dụng marker phân tử đánh dấu gen mùi thơm lúa”, Di truyền học Ứng dụng (2) Hội Nghị Tổng kết sản xuất lúa (2014), Báo Nông nghiệp phát triển nông thôn Việt Nam Lúa gạo giới Việt Nam 2014-2015, Báo Nông nghiệp Việt Nam Lã Tuấn Nghĩa (2011), ‘chọn giống lúa kháng bệnh đạo ôn có suất chất lượng cao thị phân tử’, Tạp chí Nông nghiệp Phát triển Nông thôn, 2-3/2011 10 Trần Danh Sửu, Lƣu Ngọc Trinh, Bùi Bá Bổng (2006), „Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa Tám thị microsatellite”, Tạp chí Nông nghiệp Phát Triển Nông Thôn, tr 28-35 41 Footer Page 49 of 89 Header Page 50 of 89 11 Lê Duy Thành (2000), sở di truyền chọn tao giống thực vật, Nxb ĐHQG Hà Nội 12 Báo cáo kết thực kế hoạch tháng 12 năm 2014 ngành nông nghiệp phát triển nông thôn(2014), Bộ Nông nghiệp phát triển Nông thôn Tài liệu tiếng anh 13 Acquaah, G 2012 Principles of plant genertics and breeding 2nd edition Wiley – Blackwell Publisher 758 pp 14 Brondani C, Rangel PHN, Brondani RPV, Ferreira ME (2002), QTL mapping and introgression of yield-related traits from Oryza glumaepatula to cultivated rice (Oryza sativa) using microsatellite markers Theor Appl Genet 104:1192–203 15 Cui KH, Peng SB, Xing YZ, Yu SB, and Xu CG (2002) “Genetic analysis of the panicle trait related to yield sink size of rice” Acta genetic Sinica 29: 144-152 16 Cui KH, Peng SB, Xing YZ, Yu SB, Xu CG and Zhang Q (2003) Molecular dissection of the genetic relationships of source, sink and transport tissue with yield traits in rice Theor Appl Genet, 106: 649-658 17 Chang T T (1985), "Crop history and genetic conservation Rice, A case study In: Iwova state", Journal of research vol 59, pp 18 Hittalmani S, Huang N, Courtois B, Venuprasad R, Shashidhar HE (2003), Identification of QTL for growth- and grain yield-related traits in rice across nine locations of Asia Theor Appl Genet 107: 679-690 19 Hua J, Xing Y, Xu C, Sun X, Yu S, Zhang Q (2002), Genetic dissection of an elite rice hybrid revealed that heterozygotes are not always advantageous for performance Genetics 162:1885–95 20 Hua J, Xing Y, Wu W, Xu C, Sun X (2003), Single-locus heterotic effects 42 Footer Page 50 of 89 Header Page 51 of 89 and dominance by dominance interactions can adequately explain the genetic basis of heterosis in an elite rice hybrid Proc Natl Acad Sci USA 100:2574–79 27 21 Ishimaru K, Yano M, Aoki N, Ono K, Hirose T (2001), Toward the mapping of physiological and agronomic characters on a rice function map: QTL analysis and comparison between QTLs and expressed sequence tags Theor Appl Genet 102:793–800 22 Markill, DJ., Collard, B.C.Y., Neeraja, C.N.R., Maghirang – Rodriquez, Heuer, s., and Ismail, A.M 2006 QTLs in rice breeding: Exanple for abiotic stresses 5th, Int., Rice gểntics, Symp., Manila, Philipin., Los Banos, Philipin, International Rice Research Institute 23 Markill, DJ 2006 Breeding for resistance to abiotic stresses in rice: the value of quantitative trait loci In: K.R Lamkey, ang M Lee ( eds.), Plant breeding: The: Arnel R Hallauer International Symposium: Blackwel 24 Moncada P, Martinez CP, Borrero J, Chatel M, Gauch H, Guimaraes E, Tohme J,and McCouch SR (2001), Quantitative trait loci for yield and yield components in an Oryza sativa X Oryza rufipogon BC2F2 population evaluated in an upland environment Theor Appl Genet 102:41-52 25 Nagata K, Fukuta Y, Shimizu H, Yagi T and Terao T (2002), Quantitative trait loci for sink size and Ripening trait in rice (Oryza sativa L.) Breed Sci 52:259-273 26 Nagaraju J., Kathirvel M., Ramesh Kumar R., Siddiq E A., and Hasnain S E., (2002) Genetic analysis of traditional and evolved Basmati and non-Basmati rice varieties by using fluorescence-based ISSR-PCR and SSR markers PNAS, 99 (9): 5836-5841 27 Oka H I (1988), "Origin of cultivated rice", J Sci Societies press, Tokyo, pp 129 28 Septiningsih EM, Prasetiyono J, Lubis E, Tai TH, Tjubaryat T (2003), 43 Footer Page 51 of 89 Header Page 52 of 89 Identification of quantitative trait loci for yield and yield components in an advanced backcross population derived from the Oryza sativa variety IR64 and the wild relative O rufipogon Theor Appl Genet 107:1419–3 29 Tateoka T (1963), “Taxononic Studies of Oryza III Key to the species and their enumeration”, Bot Mag Tokyo 76, pp 165-173 30 Theerayut, T (2013) Utilization of DNA marker technology to breed super Jasmine rice Unit National Center for Genetic Engineering and Biotechnology (BIOTEC).113 Thailand Science Park, Paholyothin Rd., Klong Luang, Pathumthani, 12120, Thailand 31 Thomson M.J., Ismail A.M., McCouch S.R., Mackill D.J (2010) Marker Assisted Breeding Abiotic Stress Adaptation in Plants 451- 469 32 Xiao JH, Li JM, Yuan LP, Tanksley SR (1996), Identification of QTLs affecting traits of agronomic importance in a recombinant inbred population derived from a subspecific rice cross Theor Appl Genet 92:230–44 33 Xiao J, J Li, S Grandillo, SN Ahn, L Yuan, SD Tanksley, SR McCouch SR (1998), Identification of trait-improving quantitative trait loci alleles from a wild rice relative,Oryza rufipogon Genetics 150:899-909 34 Xing Y, Tan Y, Hua J, Sun X, Xu C, Zhang Q 2002 Characterization of the main effects, epistatic effects and their environmental interaction of QTLs on the genetic basis of yield traits in rice Theor Appl Genet 105:248–57 35 Xing, E P., Ng, A Y., Jordan, M I., & Russell, S (2003), Distance metric learning, with application to clustering with sideinformation Advances in Neural Information Processing Systems 15 (pp 505–512) 36 Zhuang, J.-Y., R.-Y Chai, W B Ma, J Lu, M Z Jin and K L Zheng (1997), Genetic analysis of the blast resistance at vegetative and reproductive stages in rice RGN, 14: 62-64 44 Footer Page 52 of 89 Header Page 53 of 89 37 Zhuang, J Y., W B Ma, J L Wu, R Y Chai, J Lu, Y Y Fan, M Z Jin, H Leung and K L Zheng (2002), Mapping of leaf and neck blast resistance genes with resistance gene analog, RAPD and RFLP in rice Euphytica, in press 45 Footer Page 53 of 89 Header Page 54 of 89 Phụ lục : Danh mục hóa chất sử dụng nghiên cứu H a chất TT Bis – acylamide Acrylamide Silver Nitrate Formaldehyde Ammonium persulfate (APS) Bind Silane Sodium thiosulfates Glacial acetic acid Sodium carbonate 10 N,N,N‟,N‟-Tetraethyl - ethylendiamine (TEMED) 11 Urea 12 Agarose 13 Ethydium bromide 14 Bromphenol Blue 15 Xylene cyanol 16 Isoamyl alcohol 17 Isopropanol alcohol 18 Cetyltrimethyl Ammonium Bromide (CTAB) 19 Boric acid 20 Ethylenediaminetetra Acetic Acid (EDTA) 21 Chloroform 22 Ethanol 23 NaCl 5M 24 NaOH 25 RNase (10mg/ml) 26 Sodium dedoxyl sulfat (SDS) 27 Tris base 1M; pH = 8.0 28 Tris HCl 1M; pH = 8.0 29 +  - Mercaptol ethanol 46 Footer Page 54 of 89 ... nghiên cứu Lai tạo quần thể BC1 F1 tổ hợp lai [NPT1 x KC25] x F1 Sử dụng thị phân tử đa hình vị trí QTL/ gen quy định tính trạng tăng số hạt/ bông để x c định cá thể quần thể BC1 F1 mang QTL/ gen nghiên... dị hợp tử mang QTL/ gen tăng số hạt để lai trở lại với giống NPT1 (làm bố) tạo quần thể BC1 F1 Các cá thể BC1 F1 đƣợc trồng, tách chiết ADN, kiểm tra có mặt gen tăng số hạt Chọn cá thể mang gen tăng. .. lọc mang gen CTPT F1 Lai trở lại x NPT1 Dùng thị liên kết chặt với gen đích Chọn lọc gen đích BC1 F1 BC1 F1(các cá thể dị hợp tử với thị liên kết với gen đích BC1 F1 (mang gen đích) Hình 2.2 Các