Tiểu luận sử dụng BLAST

Sử dụng BLAST Nhóm Sử dụng blast để so sánh trình tự: • Vào NCBI  BLAST Màn hình lên: Blastn: So sánh cấu trúc chuỗi nu cần phân tích với chuỗi nu ngân hàng liệu Blastp: so sánh cấu trúc chuỗi axit amin cần phân tích với cấu trúc chuỗi protein ngân hàng liệu Blastx: So sánh cấu trúc chuỗi nu cần phân tích với cấu trúc chuỗi protein sở liệu tblastn: So sánh cấu trúc chuỗi axitamin cần phân tích với cấu trúc chuỗi protein tương ứng dịch mã bảo toàn từ trình tự chuỗi nu ngân hàng liệu tblastx: so sánh cấu trúc chuỗi axit amin cần phân tích với cấu trúc chuỗi protein ngân hàng liệu theo đoạn khung gồm cụm lí tự Protein blast: Tìm kiếm sở liệu cách sử dụng truy vấn protein Nucleotid blast: tìm kiếm sở liệu nucleotid cách sử dụng truy vấn nucleotid Tuy nhiên thấy dạng đề so sánh trình tự chuỗi polypeptid tìm protein tương đồng với trình tự Nhưng ng nên đọc qua sợ thầy hỏi thêm VD: dùng proteinblast để so sánh trình tự protein Sau hình lên: Để so sánh trình tự, chọn Align two or more sequence.Nhập vào trình tự sau Blast Lưu ý: Trình tự dùng để blast phải dạng FASTA, để lấy trình tự dạng FASTA vào “display settings” (góc trên, bên trái) chọn FASTA == > apply Kết so sánh trình tự • Phía thông tin trình tự so sánh ( gồm mã nguồn, tên liệu, loại phân tử, chiều dài) • Tiếp theo thước màu tương đồng Thanh ngang cuối kết độ tương đồng so sánh, số độ tương đồng tương ứng với vạch màu chia • Max score : độ tương đồng lớn • Total score: tổng độ tương đồng • Query coverage : độ bao phủ ( tức mức độ tạo cặp đối để so sánh bao nhiêu,không phải tất đơn phân trình từ đc đem để so sánh với nhau, blast so sánh số vị trí, tương đồng phần trăm  độ tương đồng) • Links : có đường link họ cho • Score : độ tương đồng • Expect : Sai số • Identities : độ tương đồng tuyệt đối ( không tính vị trí có dấu cộng) • Positives : độ tương đồng tương đối ( tính vị trí có dấu cộng) • Gaps = ko có trình tự để so sánh Thường gặp số lượng đơn phân trình tự khác nhau, dài ngắn == > so sánh trình tự dài có ko có đơn phân tương ứng trình tự để so sánh Lưu ý thầy hỏi có Gap phải trả lời trình tiến hóa, xảy tượng thêm đơn phân ( cội nguồn thêm nu) Tìm trình tự tương đồng với trình tự biết • Vào blast, sau up trình tự biết ( dạng FASTA) sau kích blast ( không chọn align two or more sequence) Kết T ko biết số trường hợp trang có cải biến mà kết lại mà t thử Theo t tìm hiểu người ta phân tích cho thông tin protein có tay ( gồm đầu N C vùng hay sử dụng, nghiên cứu họ cụ thể) • Đây kết tìm trình tự tương đồng với trình tự ta có với độ tương đồng cao nhất.Mỗi ngang trình tự, kích chuột vào cho thông tin chi tiết cụ thể trình tự Kết giống phần so sánh trình tự [...]... là do trong quá trình tiến hóa, có thể xảy ra hiện tượng mất hoặc thêm đơn phân ( cội nguồn là mất hoặc thêm nu) Tìm trình tự tương đồng với 1 trình tự đã biết • Vào blast, sau đó chỉ up 1 trình tự đã biết ( cũng ở dạng FASTA) sau đó kích blast ( không chọn align two or more sequence) Kết quả T ko biết là chỉ trong 1 số trường hợp thôi hay là trang này bây giờ có cải biến mà kết quả nó lại ra cả cái... kết quả nó lại ra cả cái này nữa mà t thử mấy cái đều ra cái này Theo như t tìm hiểu thì đây chỉ là người ta phân tích cho mình thông tin về protein mình đang có trong tay ( gồm đầu N C vùng hay được sử dụng, nghiên cứu trong đó họ sẽ chỉ ra từng cái cụ thể) • Đây là những kết quả tìm ra các trình tự tương đồng với trình tự ta đang có với độ tương đồng cao nhất.Mỗi thanh ngang là 1 trình tự, khi kích... Total score: tổng độ tương đồng • Query coverage : độ bao phủ ( tức là mức độ có thể tạo cặp đối để so sánh là bao nhiêu,không phải tất cả đơn phân của 2 trình từ đều đc đem ra để so sánh với nhau, có thể blast chỉ so sánh ở 1 số vị trí, trong đó tương đồng nhau bao nhiêu phần trăm  độ tương đồng) • Links : nếu có đường link họ sẽ cho • Score : chỉ độ tương đồng • Expect : Sai số • Identities : độ tương .. .Sử dụng blast để so sánh trình tự: • Vào NCBI  BLAST Màn hình lên: Blastn: So sánh cấu trúc chuỗi nu cần phân tích với chuỗi nu ngân hàng liệu Blastp: so sánh cấu trúc... ngân hàng liệu tblastx: so sánh cấu trúc chuỗi axit amin cần phân tích với cấu trúc chuỗi protein ngân hàng liệu theo đoạn khung gồm cụm lí tự Protein blast: Tìm kiếm sở liệu cách sử dụng truy vấn... tự Protein blast: Tìm kiếm sở liệu cách sử dụng truy vấn protein Nucleotid blast: tìm kiếm sở liệu nucleotid cách sử dụng truy vấn nucleotid Tuy nhiên thấy dạng đề so sánh trình tự chuỗi polypeptid