phương pháp phân cụm sử dụng marker tren dữ liệu Comparative Genomic Hybridization

Ti liu chia s ti: wWw.SinhHoc.edu.vn 1 báo cáobáo cáo Ng-ời thực hiện: ThS. Nguyễn Thị Tân Tiến ThS. Đỗ Thị Ph-ơng Quỳnh đại học tháI nguyên Tr-ờng đại học y d-ợc Thái Nguyên, tháng 1/2012 Ph-ơng pháp phân cụm sử dụng Marker trên dữ liệu Comparative Genomic Hybridization Tài liӋu chia sҿ tҥi: wWw.SinhHoc.edu.vn 2  Căn bӋnh ung thư đã trӣ thành nӛi ám ҧnh cӫa rҩt nhiӅu quӕc gia.  Thӵc nghiӋm: Các bӋnh nhân mҳc cùng mӝt bӋnh ung thư thì mүu quang sai cӫa hӑ sӁ tương đӗng vӟi nhau  Giҧi pháp đưa ra: Sӱ dөng phương pháp phân cөm đӇ nhóm các bӋnh nhân có mүu quang sai giӕng nhau vào cùng mӝt cөm.  Trên cơ sӣ đó, chúng tôi nghiên cӭu ³Phương pháp phân cͭm s͵ dͭng marker trên dͷ li͏u Comparative Genomic Hybridization (CGH)´. LÝ DO NGHIÊN CͨU Tài liӋu chia sҿ tҥi: wWw.SinhHoc.edu.vn 3 N͘I DUNG TRÌNH BÀY 1 2 3 4 Dӳ liӋu CGH Marker Đӝ đo Phương pháp phân cөm 5 Nӝi dung Đánh giá kӃt quҧ thӵc nghiӋm Tài liӋu chia sҿ tҥi: wWw.SinhHoc.edu.vn  Dӳ liӋu CGH là dӳ liӋu có đưӧc tӯ phương pháp lai gen so sánh, đưӧc sӱ dөng đӇ đo sӵ khác thưӡng cӫa bӝ gen nhҵm phát hiӋn ra các gen mҩt cân bҵng ± gen dӏ tұt trong bӝ nhiӉm sҳc thӇ Dͮ LIʃU CGH Dӵa trên cơ chӃ nhân đӕi cӫa tӃ bào, trong kӻ thuұt CGH tiӃn hành lai DNA thuӝc bӝ gen cӫa tӃ bào tham khҧo và DNA thuӝc bӝ gen cӫa tӃ bào kiӇm tra. Tài liӋu chia sҿ tҥi: wWw.SinhHoc.edu.vn Dͯ liʄu thô và sau khi đưͣc làm mʈn Mӛi mүu cӫa nhiӉm sҳc thӇ CGH tương ӭng vӟi mӝt dãy các giá trӏ 1, -1, 0 tương ӭng vӟi 3 trҥng thái thͳa, thi͇u, không đ͝i sӕ lưӧng sao chép đoҥn DNA Tài liӋu chia sҿ tҥi: wWw.SinhHoc.edu.vn 6 PHƯƠNG PHÁP PHÂN CӨM Các thuұt toán phân cөmCác thuұt toán phân cөm 33 Thuұt toán bottom - up 22 Thuұt toán top - down 11 Thuұt toán k -means Nhóm các đӕi tưӧng tương tӵ nhau trong tұp dӳ liӋu vào các cөm sao cho các đӕi tưӧng trong cùng mӝt cөm có đӝ tương đӗng cao, còn các đӕi tưӧng ӣ các cөm khác nhau sӁ có đӝ tương đӗng thҩp hơn. Tài liӋu chia sҿ tҥi: wWw.SinhHoc.edu.vn 7 MARKER, NHɩN DIʃN MARKER  Khái ni͏m  Marker là mӝt khoҧng gen quan trӑng đҥi diӋn cho mӝt vùng biӃn đәi hӗi quy (recurrent alteration - tұp hӧp các quang sai có cùng tình trҥng mà nhiӅu mүu CGH thӇ hiӋn chúng).  Mӛi marker đưӧc đҥi diӋn bӣi 2 sӕ <p, q> trong đó p và q tương ӭng biӇu thӏ vӏ trí và loҥi quang sai. Tài liӋu chia sҿ tҥi: wWw.SinhHoc.edu.vn 8 Ví dͭ: Có 4 marker ӣ các khoҧng gen 52, 69, 287, 690 Bi͋u đ͛ quang sai cͯa b͏nh ung thư nguyên bào võng m̩c. Tài liӋu chia sҿ tҥi: wWw.SinhHoc.edu.vn 9 Đ͘ ĐO RSIM Ví dͭ m 1 m 2 Các khoҧng gen Đӝ đo Sim là phép đo sӵ chӗng chéo giӳa các phân đoҥn Đӝ đo Rsim là phép đo sӵ chӗng chéo giӳa các phân đoҥn giao vӟi mӝt marker mà giá trӏ cӫa phân đoҥn chӗng chéo giӕng giá trӏ cӫa marker. Tài liӋu chia sҿ tҥi: wWw.SinhHoc.edu.vn 10 So sánh hai đӝ đo Sim và Rsim:  Giӕng nhau: ĐӅu là phép đo các phân đoҥn chӗng chéo trên tӯng cһp mүu CGH  Khác nhau: Đӝ đo Sim đo sӕ phân đoҥn chӗng chéo. Còn Rsim không xem xét các phân đoҥn chӗng chéo mà không giao nhau vӟi marker nào. Bӣi vұy, lӧi thӃ cӫa đӝ đo Rsim là loҥi bӓ đưӧc nhiӉu. Đ͘ ĐO RSIM [...]... d-ợc báo cáo Ph-ơng pháp phân cụm sử dụng Marker trên dữ liệu Comparative Genomic Hybridization Nhằm hỗ trợ chẩn đoán một số bệnh ung thNg-ời thực hiện: ThS Nguyễn Thị Tân Tiến ThS Đỗ Thị Ph-ơng Quỳnh Thái Nguyên, tháng 1/2012 19 Ti liu chia s ti: wWw.SinhHoc.edu.vn NI DUNG TRèNH BY 1 D liu CGH Marker v nhn din marker 2 Ni dung 3 4 5 o Rsim Phng phỏp phõn cm ỏnh giỏ kt qu thc nghim 20 MARKER, NHN DIN... chia s ti: wWw.SinhHoc.edu.vn MARKER h tr 21 Ti liu chia s ti: wWw.SinhHoc.edu.vn H TR 22 Ti liu chia s ti: wWw.SinhHoc.edu.vn NHN DIN MARKER Vn nhn din marker Input: Cho S l tp cỏc mu CGH S={s1,s2,ô,sn} Output: Tỡm tp M gm R cỏc marker M={m1,m2,ô,mr}, p . tháI nguyên Tr-ờng đại học y d-ợc Thái Nguyên, tháng 1/2012 Ph-ơng pháp phân cụm sử dụng Marker trên dữ liệu Comparative Genomic Hybridization Tài liӋu chia sҿ tҥi: wWw.SinhHoc.edu.vn 2  Căn bӋnh. tháI nguyên Tr-ờng đại học y d-ợc Thái Nguyên, tháng 1/2012 Ph-ơng pháp phân cụm sử dụng Marker trên dữ liệu Comparative Genomic Hybridization Nhằm hỗ trợ chẩn đoán một số bệnh ung th- Tài liӋu. nhau  Giҧi pháp đưa ra: Sӱ dөng phương pháp phân cөm đӇ nhóm các bӋnh nhân có mүu quang sai giӕng nhau vào cùng mӝt cөm.  Trên cơ sӣ đó, chúng tôi nghiên cӭu Phương pháp phân cͭm s͵ dͭng marker