tiểu luận DNAstar và MEGA5 for analysis of biological sequence

Các chủ đề báo cáo            4/4/15 Phương pháp, kỹ thuật xác định trình tự genome hệ lắp ráp Đăng ký trình tự vào ngân hàng gene Cơ sở liệu protein Các genome browser Công cụ BLAST Công cụ FASTA Cơng cụ ExPaSy Căn trình tự Xây dựng phân loại 10 Cơ sở liệu Pubmed, cách quản lý trích dẫn tài liệu nghiên cứu 11 DNAstar tin sinh nhom11 TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC TIN SINH HỌC DNAstar MEGA5 for analysis of biological sequence Giáo viên hướng dẫn : TS Nguyễn Đức Bách Giáo viên hướng dẫn : TS Nguyễn Đức Bách Nhóm sv thực hiện: Nhóm sv thực hiện: Họ tên Hồ Thị Thương 540349 Trần Thị Huyền Trang 540353 Nguyễn Viết Tùng 540356 Nguyễn Văn Tâm 540343 Phạm Thị Kiều Nhân 4/4/15 Mã sv 540340 Trần Tiến Đạt 540324 tin sinh nhom11 Mục lục II Nội dung 1.DNAstar I Đặt vấn đề 2.Mega5 III Kết luận Web for analysis biological sequence 4/4/15 tin sinh nhom11 Liệu có phần mềm tích hợp tất nội dung DNAstar Mega5 4/4/15 tin sinh nhom11 II Nội dung 4/4/15 tin sinh nhom11 2.1 DNAstar 2.1.1 DNAstar gì? Lịch sử sáng chế DNAstar  Được thiết kế Giáo sư Di truyền học Frederick Blattner John Schroeder, Đại học Wisconsin, đầu năm 1980  Một phần mềm tiên phong tin sinh học 4/4/15 tin sinh nhom11 Frederick Blattner tin sinh nhom11 4/4/15 John Schroeder 2.1.1 DNAstar gì?   Phát hành lần đầu năm 1986, ngày hoàn thiện  4/4/15 Sản phẩm phần mềm Lasergene, thường sử dùng để lắp ráp, phân tích trình tự DNA protein Phiên Lasergene 9.0, phát hành tháng năm 2011 tin sinh nhom11 2.1.2 Các công cụ DNAstar Seqbuilder Genequest Mealign Seqman Protean Editseq 4/4/15 Primerselect tin sinh nhom11 Seqbuider Seqbuider cho biết gì? Các ORF khung Các trình tự dịch mã đầy đủ Bản đồ enzyme cắt giới hạn dạng: thẳng, vòng, thu nhỏ 4/4/15 tin sinh nhom11 10 Mega5 ? Một cơng cụ tích hợp để thực liên kết chuỗi tự động hướng dẫn sử dụng, suy luận phát sinh loài, khai thác sở liệu dựa web, tỷ lệ ước tính tiến hóa phân tử, suy luận trình tự tổ tiên, thử nghiệm giả thuyết tiến hóa 4/4/15 tin sinh nhom11 49      Các phiên MEGA Đầu năm 1990 MEGA1 đời MEGA2 thiết kế vào cuối năm 1990 Năm 2004 MEGA3 phát hành Năm 2007 phiên đời MEGA5 phát hành vào năm 2011 Các thao tác sử dụng MEGA5  Nhập trình tự vào cách copy/paste điền tay 4/4/15 tin sinh nhom11 51 Các thao tác sử dụng MEGA5 (Tương tự trên) Cài đặt chương trình MEGA5 Chuẩn bị trình tự - Vào mục Align, chọn Edit/Build Alignment 4/4/15 tin sinh nhom11 52 Các thao tác sử dụng MEGA5   Sau save file chứa trình tự vào ổ đĩa (lưu ý vị trí file trước save) Để xây dựng phân loại, chọn mục Phylogeny sau lựa chọn thuật tốn (Maximum Likelihood Tree/ Neighbor-Joining Tree/ Minimum-Evolution Tree/ UPMA Tree/ Maximum Parsimony Tree) 4/4/15 tin sinh nhom11 53 Các thao tác sử dụng MEGA5 4/4/15 tin sinh nhom11 54 Các thao tác sử dụng MEGA5 4/4/15 tin sinh nhom11 55 Các thao tác sử dụng MEGA5  Sau đưa đường dẫn đến file chứa trình tự, thay đổi tham số (nếu cần thiết), sau click vào Compute Một phân loại tạo 4/4/15 tin sinh nhom11 56 Các phần mềm tương tự  Sử dụng chương trình ClustalX Sử dụng phần mềm trực tuyến Truy cập vào trang web Protein Information resource (PIR) theo địa sau: http://pir.georgetown.edu/ 4/4/15 tin sinh nhom11 57 Web for analysis biological sequence   Có trang web tham khảo là: ONLINE ANALYSIS TOOLS http://molbiol-tools.ca/   4/4/15 workbench http://workbench.sdsc.edu/ tin sinh nhom11 58  4/4/15 Tham khảo trang web tin sinh nhom11 59 Có thể đăng ký sử dụng để khai thác công cụ trang web 4/4/15 tin sinh nhom11 60 4/4/15 tin sinh nhom11 61 III Kết luận  Giúp cho nhà khoa học sống tiết kiệm thời gian, chi phí nâng cao hiệu nghiên cứu 4/4/15 tin sinh nhom11 62 Thank you for your listening! 4/4/15 tin sinh nhom11 63 ... Mục lục II Nội dung 1 .DNAstar I Đặt vấn đề 2 .Mega5 III Kết luận Web for analysis biological sequence 4/4/15 tin sinh nhom11 Liệu có phần mềm tích hợp tất nội dung DNAstar Mega5 4/4/15 tin sinh...TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC TIN SINH HỌC DNAstar MEGA5 for analysis of biological sequence Giáo viên hướng dẫn : TS Nguyễn Đức Bách Giáo viên hướng dẫn : TS... nào?  Bắt đầu: nhập vào trình tự DNA, RNA,hoặc trình tự protein dịch mã trở lại  Nhập vào trình tự từ sở liệu truy cập qua Internet mạng nội bộ, StarBlast DNASTAR (xem www .dnastar. com) sở liệu