Một máy phay thông thường thực hiện các nguyên công kế tiếp nhau do điểu khiển tay của người vận hành. Trên máy phay cnc thì mọi quá trình gia công đều được thực hiện tự động. Một hệ thống điều khiển theo chương trình CNC sẽ điều khiển và theo dõi quá trình. Hệ thống CNC do đó cần có một chương trình làm việc do người vận hành máy hoặc do một kỹ sư lập trình soạn thảo. Chương trình viết ra phải mô tả đầy đủ tất cả các bước cần thiết cho quá trình gia công bằng một ngôn ngữ lập trình mà cụm điều khiển có thể hiểu được. Đường dịch chuyển của dao là một nội dung cơ bản của chương trình. Những điều kiện công nghệ khác như tốc độ chạy dao, số vòng quay trục chính, chọn dao hay dẫn dung dịch trơn nguội cũng được đưa vào chương trình.