Phương pháp dò tìm promoter và exon đầu 5' Việc dò tìm đầu 5´ là một trong những thách thức lớn nhất trong việc dò tìm gene do rất khó xác định chính xác promoter và đi ểm khởi sự phi ên mã (transcriptional start site TSS). Hiện nay, xấp xỉ 17.000 gene người xuất hiện trên Genbank chỉ có khỏang 3000 gene là được ghi chú TSS. Hầu hết các cDNA lấy từ mRNA đều bị cắt ngắn đầu 5´ do quá trình phiên mã ngược không thể tạo được đầu 5´. Gần đây, một cơ sở dữ liệu chuyên biệt cho TSS (Database of Transcriptional Start Site DBTSS) đã được phát triển chứa đầu 5´ của khỏang 8000 gene người. Đây thực sự là một nguồn dữ liệu cực kỳ hữu dụng cho nghiên cứu promoter. Cũng cần nhắc lại là họat động của promoter và quá trình khởi sự phiên mã th ực sự khá phức tạp. Sau khi chromatin trong khu vực chứa promoter được tái cấu trúc theo hướng duỗi thẳng và siêu acetyl hóa, phức hợp tiền khởi sự sẽ gắn lên vùng promoter lõi (nằm xấp xỉ 100 bp ở hai phía TSS). Quá trình phiên mã sau đó sẽ đư ợc điều khiển chủ yếu bởi các yếu tố phiên mã gắn lên vùng lân cận promoter (khỏang 1 kb theo hướng thượng nguồn của TSS) và vùng intron đ ầu tiên. Hiện có nhiều chương trình dùng để chỉ định TSS và và promoter. Nhưng hầu hết đều không có độ chính xác cao, đặc biệt là chúng không có khả năng nhận diện các dấu hiệu dương tính giả. Trong trường hợp người ta có một vùng không gian DNA khá rộng lớn như genome người và việc lập bản đồ trình tự TSS chỉ cần độ phân giải thấp (khỏang xấp xỉ 2kb) đồng thời các TSS này có liên hệ với CpG thì người ta có thể kết hợp hai thuộc tính CpG và promoter (CpG_promoter) cho quá trình dò tìm. Tuy nhiên với những bản độ cần độ phân giải cao (khỏang 100bp) cho TSS thì người ta ưu tiên chọn dấu hiệu promoter và lõi (Core_promote) để tìm kiếm gene. Chương trình Promoter-Inspector cho thấy nó có thể ước tính tỷ lệ giữa dương tính thật và dương tính giả là 2,3 trong khi chương trình TSSW thì tỷ lệ này là 0,6. Một chương tr ình khác, Eponine, có tính đặc hiệu và độ nhạy như Promoter Inspector , nó có khả năng chỉ định vị trí TSS bằng cách dò tìm những thuộc tính tinh vi hơn (như là hộp TATA và những đảo CpG gần nhau). Hơn nữa, nó còn gia tăng tính đặc hiệu trong việc dò tìm nhóm gene đồng điều hòa bằng cách khai thác sự tương quan đặc hiệu giữa các điểm gắn yếu tố phiên mã trong một module chức năng. Cũnng như hầu hết các chương trình chỉ định gene bằng cách dò tìm exon đầu 3´, các chương trình dò tìm gene bằng exon đầu 5´ và promoter cũng có giới hạn tương tự, tức là nó chỉ dò được thực chất cái gọi là vùng mã hóa đầu 5´ (5´CDS). Gần đây, một thuật tóan cho phép chỉ định đúng exon đầu 5´ đã được công bố đó là FisrtEF (dựa trên QDA- phương pháp phân tích biệt thức bậc hai không tuyến tính- nonlinearal Quadratic Discriminant Analysis). Nó phân tách các exon đầu 5´ có CpG liên quan ra khỏi các exon đầu 5´ không liên quan CpG. Nó có thể chỉ định cả utexon đầu 5´ và cả uexon đầu 5´. Hơn nữa, bằng cách tích hợp nhiều thuộc tính trình tự, nó cho phép tăng độ chính xác khi nhận diện TSS và promoter. . Phương pháp dò tìm promoter và exon đầu 5' Việc dò tìm đầu 5´ là một trong những thách thức lớn nhất trong việc dò tìm gene do rất khó xác định chính xác promoter và đi ểm. gene bằng cách dò tìm exon đầu 3´, các chương trình dò tìm gene bằng exon đầu 5´ và promoter cũng có giới hạn tương tự, tức là nó chỉ dò được thực chất cái gọi là vùng mã hóa đầu 5´ (5´CDS) phân tách các exon đầu 5´ có CpG liên quan ra khỏi các exon đầu 5´ không liên quan CpG. Nó có thể chỉ định cả utexon đầu 5´ và cả uexon đầu 5´. Hơn nữa, bằng cách tích hợp nhiều thuộc tính