A phylogenomic study of the genus Alphavirus employing whole genome comparison ppsx

A phylogenomic study of the genus Alphavirus employing whole genome comparison Phân tích phát sinh chủng loài đối với nhóm Aplhavirus đã đư ợc thực hiện từ lâu trước đây bằng cách sử dụng một đoạn gene nào đó, hoặc cả một gene hoặc một phần dữ liệu proteomics. Trên tờ Comaparative and Functional Genomics 6: 217-227 (xem bài báo đính kèm), nhóm tác giả Luers và cộng sự đã sử dụng trình tự cDNA và protein t ừ ngân hàng dữ liệu GenBank để phân tích quá trình tiến hóa của nhóm virus này. Dữ liệu dùng cho phân tích phần lớn là các gene đã được giải trình tự có chiều dài đầy đủ, chỉ một số rất ít là đoạn gene chưa hoàn ch ỉnh. Quá trình phát sinh chủng loài của nhóm alphavirus đư ợc suy luận từ 3 phép phân tích riêng rẽ là (1) phân tích vùng mã hóa cấu trúc vỏ capsid, (2) phân tích vùng mã hóa không cấu trúc và (3) phân tích toàn bộ genome thông qua phương pháp khoảng cách lân cận (distance/neighbour-joining). Kết quả phân tích trong nghiên cứu này đã xác nhận lại rằng nhánh Western Equine Ecepphalitis (WEE) là do quá trình tái tổ hợp mà ra cũng như đồng ý với nhiều công bố trước đó cho rằng việc phát xạ loài theo quy mô địa lý và sự phân kỳ của các nhóm khác nhau là do các cơ chế khác nhau. Dữ liệu phân tích của nhóm Luers cho thấy hai nhánh Salmon Pancreatic Disease Virus và Sleeping Disease Virus là một nhánh có chung một thủy tổ và thủy tố của chúng chính là một loài alphavirus nào đó trong quá khứ đã phân ly khỏi nhóm alphavirus một cách thành công. Hơn nữa, kết quả nghiên cứu trong bài báo này cho th ấy có nhiểu điểm không giống với một số báo cáo trước đó, ví dụ như Barmah Forest Virus và Middelburg Virus có vẻ như là thành viên của nhánh Semliki Forest. Đặc biệt là Southern Elephant Seal Virus chính là một thành viên của nhánh Semliki Forest mặc dù khoảng cách di truyền của loài Southern Elephant Seal Virus khá xa so với các loài khác trong nhóm Alphavirus. Điều thú vị cuối c ùng trong bài báo này đó là các tác giả nhận thấy to àn bộ genome c ủa Rubella có thể đóng vai trò như một nhóm ngoại (nhóm đối chứng) rất lý tưởng cho việc nghiên cứu phát sinh chủng loài của nhóm Alphavirus. . A phylogenomic study of the genus Alphavirus employing whole genome comparison Phân tích phát sinh chủng loài đối với nhóm Aplhavirus đã đư ợc thực hiện. nhóm Luers cho thấy hai nhánh Salmon Pancreatic Disease Virus và Sleeping Disease Virus là một nhánh có chung một thủy tổ và thủy tố c a chúng chính là một loài alphavirus nào đó trong quá. viên c a nhánh Semliki Forest. Đặc biệt là Southern Elephant Seal Virus chính là một thành viên c a nhánh Semliki Forest mặc dù khoảng cách di truyền c a loài Southern Elephant Seal Virus