Tóm tắt: Nghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trị

Nghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trịNghiên cứu bệnh E. coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trị

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ

TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH:

BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI

MÃ NGÀNH: 62640102

NGHIÊN CỨU BỆNH DO E coli TRÊN VỊT Ở MỘT

SỐ TỈNH ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG: KHẢO SÁT TÌNH HÌNH, ĐẶC ĐIỂM VI KHUẨN GÂY BỆNH

VÀ THỬ NGHIỆM BIỆN PHÁP PHÒNG TRỊ

NĂM 2024

CÔNG TRÌNH ĐƯỢC HOÀN THÀNH TẠI TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ

Người hướng dẫn chính:

Luận án được bảo vệ trước Hội đồng đánh giá luận án tiến

sĩ cấp trường

Họp tại: ……… Vào lúc … giờ … ngày … tháng … năm 2024

Phản biện 1:

Phản biện 2:

Xác nhận đã xem lại của Chủ tịch Hội đồng

Có thể tìm hiểu luận án tại thư viện:

– Trung tâm Học liệu, Trường Đại học Cần Thơ

– Thư viện Quốc gia Việt Nam

DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ

1 (2019) Nghiên cứu thử nghiệm kháng sinh amikacin, men

tiêu hóa lactizym và than hoạt tính trong điều trị bệnh Escherichia coli trên vịt Tạp chí khoa học Trường Đại học Cần Thơ, 55(CĐ

Công nghệ Sinh học): 243–251

2 (2023) Gene độc lực của vi khuẩn Escherichia coli và mối

liên quan giữa sự hiện diện của chúng với đặc điểm bệnh lý ở vịt

Tạp chí khoa học kỹ thuật thú y 30(3): 64–73.

CHƯƠNG 1: GIỚI THIỆU 1.1 Tính cấp thiết của đề tài

Ở Việt Nam, chăn nuôi vịt là nghề truyền thống đã gắn bó từlâu đời với người dân, đặc biệt là tại vùng Đồng bằng sông CửuLong (ĐBSCL) do đặc điểm tự nhiên với sông ngòi chằng chịt, tạonguồn thức ăn tự nhiên cho vịt khá dồi dào Bên cạnh đó, vịt cũng làđối tượng tận dụng các phụ phế phẩm nông nghiệp có hiệu quả nhất,đặc biệt là từ ruộng lúa Nuôi vịt có vòng quay nhanh, ít tốn vốn và íttốn chi phí thú y so với chăn nuôi gà Do đó, vịt là loài thủy cầmđược người dân địa phương lựa chọn chăn nuôi Tuy nhiên, ngànhchăn nuôi vịt tại Việt Nam nói chung và vùng ĐBSCL nói riêng cũngđang đối mặt với tình hình dịch bệnh phức tạp, phổ biến nhất là bệnh

do vi khuẩn E coli gây ra (Nguyễn Xuân Bình và ctv., 2000; Đặng

Thị Vui và Nguyễn Bá Tiếp, 2016) Bệnh gây tổn thất to lớn do đây

là bệnh rất phổ biến trên vịt, mọi giống và mọi lứa tuổi của vịt đều có

thể mắc bệnh, tỷ lệ bệnh và chết khá cao E coli là vi khuẩn thường

trú trong đường tiêu hoá của vật nuôi, bình thường không gây bệnhnhưng khi gặp điều kiện ngoại cảnh bất lợi, sức đề kháng của vật chủ

giảm, vi khuẩn E coli bội nhiễm và trở thành nguyên nhân gây bệnh (Barnes et al., 2008) Để phòng và trị bệnh, phần lớn người chăn

nuôi sử dụng nhiều loại kháng sinh trên thị trường với số lượng vàliều dùng không kiểm soát Điều này làm phá vỡ cân bằng tự nhiêncủa hệ vi sinh vật đường ruột và tạo ra những dòng vi khuẩn khánglại kháng sinh đặc biệt là sự đề kháng kháng sinh ở những vi khuẩn

gram âm, điển hình là E coli , Klebsialla pneumoniae và một số vi khuẩn thuộc họ vi khuẩn đường ruột Enterobacteriacae Ngoài ra,

do trên thị trường không có vaccine phòng bệnh do vi khuẩn E coli

có hiệu quả, nên việc phòng và trị bệnh do vi khuẩn E coli trên gia

cầm nói chung và trên vịt nói riêng chủ yếu dựa vào kháng sinh.Điều này càng làm cho áp lực chọn lọc vi khuẩn gia tăng dẫn đến vikhuẩn đề kháng kháng sinh một cách nhanh chóng Nhiều báo cáo

trên thế giới cho thấy vi khuẩn E coli đã đề kháng với nhiều loại

1

kháng sinh và các yếu tố đề kháng kháng sinh của vi khuẩn E coli

từ gia cầm đã được chứng minh có thể lan truyền sang vi khuẩn E coli trên người (Bogaard et al., 2001) Sự tăng tính đa kháng trong các dòng vi khuẩn E coli ngoài đường ruột Extraintestinal Pathogenic Escheriachia coli) (ExPEC), đặc biệt là vi khuẩn E coli gây bệnh trên gia cầm (APEC- Avian pathogenic E coli ) và việc

hạn chế của kháng sinh trong tương lai sẽ gây khó khăn cho việcđiều trị bệnh ở cả người và vật nuôi, vì vậy vaccine sẽ được sử dụng

như một công cụ để ngăn ngừa và kiểm soát các bệnh do E coli Nhiều nghiên cứu trên thế giới cho thấy E coli thuộc các nhóm

huyết thanh O phổ biến có liên quan đến bệnh trên gia cầm là O1,O2, O35, O36, O78 và O111, nhưng sự phân bố của những nhóm

này tùy thuộc vào từng vùng địa lý khác (Sojka et al., 1965; Heller et al., 1977) Do đó việc khảo sát phân bố dịch tễ các nhóm huyết thanh

E coli là công việc vô cùng quan trọng, những số liệu này sẽ là cơ

sở cần thiết cho việc xây dựng chương trình giám sát và phòngchống bệnh, vì vaccine đơn giá không thể bảo vệ gia cầm chống lại

E coli thuộc nhiều nhóm huyết thanh khác nhau (Dziva et al.,, 2008) Ngoài ra, E coli là sinh vật sống thường trú trong đường ruột

của người và động vật và khi nào các vi khuẩn này không nhận đượccác yếu tố di truyền mã hoá cho các yếu tố độc lực, chúng vẫn là các

vi khuẩn lành tính Các yếu tố độc lực được biểu hiện bằng cácprotein, chúng được mã hóa bằng các gene nằm trên chromosomehoặc plasmid Có rất nhiều gene mã hóa các yếu tố độc lực của vi

khuẩn E coli gây bệnh trên vịt quan trọng nhất là Fim, Col, VAT, Hly, Iss (Wang et al., 2010; Luo et al., 2023) Nhờ những yếu tố độc

lực này mà vi khuẩn mới có thể tồn tại trong cơ thể ký chủ và gâynên những biến đổi bệnh lý trên con vật

Ở nước ta, đã có một số công trình nghiên cứu về vi khuẩn E coli gây bệnh cho heo và trâu bò Tuy nhiên, các chủng E coli gây

bệnh cho gia cầm có các đặc tính không hoàn toàn giống với các

chủng gây bệnh cho người và động vật có vú (Delicato et al., 2003).

Đặc biệt ở đồng bằng sông Cửu Long, nơi có ngành chăn nuôi vịt rấtphát triển mạnh và tổng đàn vịt cao nhất nước, nhưng nghiên cứu về

vi khuẩn E coli trên vịt rất hạn chế chỉ giới hạn trong việc phân lập

và định danh E coli bằng xét nghiệm sinh hóa và khảo sát tính đề

kháng của vi khuẩn đối với một số loại kháng sinh Do đó, cần cónhững nghiên cứu sâu rộng về đặc điểm dịch tễ của bệnh do vi

khuẩn E coli với sự lưu hành của các nhóm huyết thanh gây bệnh

quan trọng trên vịt ở đồng bằng sông Cửu Long để làm nguồn giống

và dữ liệu dùng trong sản xuất vaccine trong chiến lược phòng chốngbệnh lâu dài Ngoài ra việc khảo sát những sản phẩm có hiệu quảtrong phòng và trị bệnh hiện nay là những việc vô cùng cần thiết

Từ những thực tế trên, đề tài “Nghiên cứu bệnh do vi khuẩn

E coli trên vịt ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long: Khảo

sát tình hình, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh và thử nghiệm biện pháp phòng trị” được tiến hành Các kết quả của nghiên cứu đóng

góp quan trọng cho các chiến lược phòng chống bệnh lâu dài, nhằmđảm bảo sức khỏe đàn vịt, đảm bảo năng suất trong chăn nuôi vịt vàđảm bảo sức khỏe của người tiêu dùng trong cộng đồng

1.2 Mục tiêu nghiên cứu

Xác định tình hình bệnh, một số đặc điểm bệnh lý và dịch tễ

của bệnh do vi khuẩn E coli gây ra trên vịt tại 5 tỉnh vùng ĐBSCL.

Xác định các đặc điểm về kháng nguyên, tính đề kháng khángsinh, gene mã hóa yếu tố kháng kháng sinh và gene mã hóa yếu tố

độc lực của vi khuẩn E coli gây bệnh trên vịt tại 5 tỉnh vùng

ĐBSCL

Thử nghiệm lựa chọn thuốc có hiệu quả trong phòng và trịbệnh

1.3 Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của nghiên cứu

Các kết quả của đề tài rất có ý nghĩa thực tiễn, là cơ sở khoahọc cho việc chẩn đoán, phòng trị bệnh và nghiên cứu sản xuất

3

vaccine, kháng thể phòng bệnh do vi khuẩn E coli trên gia cầm

trong tương lai

Chủng vi khuẩn phân lập với các đặc điểm đã được xác định lànguồn giống phong phú để sản xuất vaccine và kháng thể trong chiếnlược phòng chống bệnh

1.4 Điểm mới của nghiên cứu

Đây là công trình nghiên cứu khá đầy đủ và có hệ thống về

bệnh do E coli trên vịt những thông tin về đặc điểm dịch tễ, đặc

điểm bệnh lý, đặc điểm vi khuẩn gây bệnh trên vịt

Kết quả nghiên cứu đã xác định những nhóm huyết thanh gâybệnh quan trọng trên vịt tại vùng ĐBSCL, quan trọng nhất là O2 vàO78

Nghiên cứu đầu tiên về sự hiện diện của một số gene mã hoáyếu tố đề kháng kháng sinh và một số gene mã hóa yếu tố độc lực

của vi khuẩn E coli phân lập trên vịt tại vùng ĐBSCL.

Kết quả nghiên cứu cho thấy vi khuẩn E coli rất nhạy cảm

với kháng sinh amikacin và có hiệu quả tốt trong phòng và trị bệnhtrong điều kiện in vivo

CHƯƠNG 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU

2.1 Tình hình nghiên cứu bệnh do E coli trên vịt trong

nước

Kết quả nghiên cứu của Nguyễn Trọng Phước (1997) ở tỉnhLong An và quận Gò Vấp, quận Thủ Đức thuộc TP Hồ Chí Minh cho

thấy tỷ lệ nhiễm E coli trên vịt là 74,50% Kết quả nghiên cứu trên

những đàn vịt bệnh vịt tại tỉnh Long An bởi tác giả Nguyễn Xuân

Bình và ctv (2000) cho thấy tỷ lệ phát hiện vi khuẩn E coli trên

đàn vịt chiếm 64,90% và tỷ lệ chết có thể lên đến 40,0–50,0%;

Nghiên cứu cũng cho thấy vi khuẩn E coli trên đàn vịt tại tỉnh

Long An còn nhạy cảm khá cao với kháng sinh phổ biến (75,00–90,00%) bao gồm norfloxacin, nitrofuratoin và flumequin Nhưng

nhiều năm sau, tính đề kháng kháng sinh của vi khuẩn E coli trên

gia cầm đã gia tăng rõ rệt Kết quả khảo sát mức độ mẫn cảm của

100 phân lập vi khuẩn E coli trên gà với 11 loại kháng sinh của Võ Thị Trà An (2010) cho thấy E coli chỉ còn mẫn cảm với

ceftazidime (93,00%), nhưng đối với các kháng sinh khác tỷ lệ mẫncảm với kháng sinh đã giảm rất lớn, tuần tự như sau amoxicillin vàclavulanic acid (73,00%), norfloxacin (66,00%), gentamicin(40,00%), chloramphenicol (34,00%), kanamycin (33,00%),cephalexin (25,00%), ampicillin (21,00%), tetracycline (20,00%)

Nghiên cứu của Nguyễn Thị Liên Hương và ctv (2010) khảo sát gene mã hóa yếu tố độc lưc của 122 chủng E coli phân lập từ

ngan bệnh, đã xác định được sự hiện diện của 29 loại tổ hợp gene,một chủng có thể mang từ 2 đến 9 loại gene trong đó gene iutAchiếm tỉ lệ cao nhất 91,80%, tiếp theo là FimA (89,34%), iucA(80,32%), CvaC (71,31%), Iss (68,85%), Tsh (59,84%), PapC(53,28%), FimH (24,59%) và thấp nhất là eaeA (4,92%)

Tuy nhiên, vẫn chưa có một nghiên cứu hệ thống nào về bệnh

do vi khuẩn E coli trên vịt tại vùng ĐBSCL.

2.2 Tình hình nghiên cứu bệnh do E coli trên vịt ngoài

nước

5

Tại Bangladesh, tỷ lệ gà chết do nhiễm vi khuẩn E coli là 6,56%, trong khi tỷ lệ vịt chết do vi khuẩn E coli được ghi nhận

là 11,00% với các biểu hiện như viêm ruột xuất huyết, xuất huyếtmàng phổi Kết quả kiểm tra sự nhạy cảm với 9 loại kháng sinhcho thấy các chủng phân lập rất nhạy cảm với ciprofloxacin

nhưng có xu hướng kháng thuốc gia tăng ở gà thịt ( E coli phân lập từ gà kháng 7/9 loại kháng sinh so với E coli phân lập từ vịt

kháng 4/9 loại kháng sinh) Kết quả nghiên cứu thấy, tỷ lệ nhiễm

E coli cao ở gà và vịt cùng với sự kháng kháng sinh cao là mối

đe dọa cho ngành công nghiệp gia cầm ở Bangladesh (Islam et al.,

2004)

Wang et al (2010) đã nghiên cứu về sự phân bố các nhóm

huyết thanh và các gene liên quan đến độc lực của 397 chủng phânlập được, trong đó 254 phân lập từ vịt bệnh và 143 chủng phân lậpđược từ mẫu swab túi hậu môn vịt khỏe) Kết quả đã xác định được

53 nhóm huyết thanh O, trong đó các nhóm quan trọng là O93,O78 và O92 Kết quả PCR cho thấy trong nhóm APEC chỉ có 2,4%

là thuộc nhóm sinh độc tố đường ruột (Shiga-toxin-producing E coli ) trong khi có đến 49.2% chủng APEC có mang gene irp2, và 44.9% mang gene fyuA Gene ibeA chỉ hiện diện ở chủng 27 APEC và không được tìm thấy ở những chủng trên vịt khỏe Gene RfaH chiếm

20,50% trong các mẫu vịt nhiễm APEC và chiếm 5,60% ở vịt

khỏe mạnh Kết quả cũng cho thấy có 79,50% APEC có chứa gene BetA, cao hơn có ý nghĩa so với tỷ lệ này trên vịt khỏe là 16,10% Các kết quả của nghiên cứu đã chứng minh gene BetA có thể có liên quan với độc lực của vi khuẩn E coli gây bệnh trên gia cầm Điều này chứng tỏ của gene BetA có liên quan đến độc lực của gia cầm.

Kết quả nghiên cứu của Lin et al (2017), cho thấyviệc sử

dụng kháng sinh trong chăn nuôi là rất phổ biến, đặc biệt là trongchăn nuôi vịt thịt, đặc biệt các kháng sinh được tìm thấy trong thức

ăn với hàm lượng rất cao doxycycline (100 mg/kg), ofloxacin (50

mg/kg) Bên cạnh đó, một lượng kháng sinh rất đáng kể đã tích lũytrong chất độn chuồng, là một trong những nguyên nhân dẫn đến tìnhtrạng kháng thuốc ngày càng phức tạp Cụ thể, mức độ kháng kháng

sinh của vi khuẩn E coli phân lập từ chuồng vịt theo vụ nuôi có sự

dao động, nhưng nhìn chung là tỷ lệ kháng vẫn rất cao: Ampicillin(84,10–100%), ofloxacin (71,40–90,90%), doxycycline (94,40–95,50%), florfenicol (83,30–100%)

7

CHƯƠNG 3: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

3.1 Nội dung nghiên cứu

Nội dung 1: Khảo sát tình hình bệnh và một số đặc điểm bệnh

lý và dịch tễ của bệnh do vi khuẩn E coli gây ra trên vịt tại 5 tỉnh

vùng ĐBSCL

Nội dung 2: Khảo sát một số đặc điểm sinh học của vi khuẩn

E coli gây bệnh trên vịt tại 5 tỉnh vùng ĐBSCL.

Nội dung 3: Thử nghiệm thuốc phòng và trị bệnh do vi khuẩn

E coli gây ra trên vịt.

3.2 Vật liệu và phương tiện nghiên cứu

3.2.1 Đối tượng khảo sát

Đối tượng khảo sát là những đàn vịt có các triệu chứng lâm

sàng và bệnh tích nghi ngờ bệnh do E coli

3.2.2 Địa điểm và thời gian thực hiện

Đề tài tiến hành thu thập mẫu tại 05 tỉnh/thành phố bao gồmthành phố Cần Thơ, tỉnh Hậu Giang, tỉnh Vĩnh Long, tỉnh Trà Vinh

và tỉnh Đồng Tháp

Thời gian thực hiện từ năm 2016 đến năm 2022

3.2.3 Vật liệu nghiên cứu

Một số thiết bị, dụng cụ, hóa chất, thuốc thử, kháng sinh dùngtrong nuôi cấy, phân lập, định nhóm huyết thanh, kiểm tra tính nhạycảm với kháng sinh và phản ứng PCR

3.3 Phương pháp nghiên cứu

3.3.1 Nội dung 1

3.3.1.1 Phương pháp chẩn đoán lâm sàng

Việc chẩn đoán lâm sàng chủ yếu dựa vào triệu chứng và bệnh

tích của vịt mắc bệnh theo Barnes et al (2008) Các triệu chứng lâm

sàng của vịt sau đó được ghi nhận vào phiếu khảo sát Tiếp đến, tiến

hành mổ khám vịt nghi mắc bệnh do E coli Trong mỗi đàn vịt

bệnh, chọn 4–6 vịt nghi mắc bệnh và tiến hành mổ khám để kiểm tra

bệnh tích trên vịt Bệnh tích đại thể của vịt được ghi nhận vào phiếukhảo sát.

3.3.1.2 Phương pháp thu thập mẫu và thông tin dịch tễ

Tất cả những đàn vịt nghi ngờ mắc bệnh do E coli tại 5 tỉnh

khảo sát đều được ghi nhận đầy đủ các thông tin dịch tễ thông quaphiếu điều tra, được thực hiện song song với việc lấy mẫu từ tháng

01 đến tháng 12 năm 2017 Qua đó đã xác định tổng số đàn nghi

nhiễm E coli thông qua chẩn đoán lâm sàng được thể hiện trong

Bảng 3.1 Những thông tin như lứa tuổi, phương thức nuôi, mục đíchchăn nuôi, quy mô đàn được thu thập qua phiếu điều tra Bên cạnh

đó, những thông tin về các triệu chứng và bệnh tích cũng được ghinhận

Bảng 3.1: Phân bố số lượng vịt khảo sát và số đàn vịt được điều tra

Tỉnh/thành phố Số vịt khảo sát (con) Số đàn khảo sát (đàn)

3.3.1.3 Phương pháp lấy mẫu và bảo quản mẫu

Phương pháp lấy mẫu và bảo quản mẫu được thực hiện dựavào tiêu chuẩn QCVN 01–83:2011/BNNPTNT

3.3.1.4 Phương pháp nuôi cấy và phân lập vi khuẩn E coli Phương pháp nuôi cấy và phân lập vi khuẩn E coli từ mẫu dựa

vào TCVN 5155–1990

3.3.1.5 Phương pháp định danh vi khuẩn E coli bằng phản ứng sinh hóa

Phương pháp định danh vi khuẩn E coli bằng phản ứng sinh

hóa dựa theo Cowan and Steel (1974)

3.3.2 Nội dung 2

3.3.2.1 Phương pháp định nhóm huyết thanh E coli

Tiến hành định nhóm huyết thanh với 10 nhóm huyết thanh O(O1, O2, O18, O35, O36, O78, O81, O92, O93, O111)

9

3.3.2.2 Phương pháp kiểm tra tính nhạy cảm với kháng sinh

Thực hiện kháng sinh đồ bằng phương pháp khuếch tán trên

đĩa thạch của Bauer et al (1966) và đánh giá kết quả theo tiêu chuẩn

của CLSI (2016)

3.3.2.3 Phương pháp xác định sự hiện diện của các gene mã hóa yếu tố đề kháng kháng sinh của vi khuẩn E coli

Dựa vào kết quả xác định nhóm huyết thanh APEC của nội

dung 1, vi khuẩn E coli từ 3 nhóm huyết thanh có tần suất xuất hiện

cao và quan trọng trên vịt tại vùng ĐBSCL là O2, O78 và O35 đượclựa chọn để kiểm tra gene mã hóa yếu tố độc Mỗi tỉnh chọn 5 mẫu,tổng cộng có 75 mẫu (5 mẫu/tỉnh x 3 nhóm huyết thanh x 5 tỉnh )

được chọn để khảo sát sự hiện diện của 5 gene (TEM, SHV, TetA, Sul1 và aadA1) mã hoá yếu tố đề kháng kháng sinh của APEC DNA của vi khuẩn E coli được tách chiết từ khuẩn lạc rời trên đĩa MC

theo quy trình thường quy trong phòng thí nghiệm Sử dụng các cặpmồi đặc hiệu được trình bày trong Bảng 3.2 để khuếch đại các gene

mã hóa yếu tố đề kháng kháng sinh được thể hiện trong Bảng 3.2

Bảng 3.2: Cặp mồi dùng khảo sát các gene mã hoá yếu tố đề kháng khángsinh

TEM F: ATGAGTATTCAACATTTCCGR: CTGACAGTTACCAATGCTTA 868 Ferreira et al (2011)

SHV F: ACTGAATGAGGCGCTTCCR: ATCCCGCAGATAAATCACC 297 Gniadkowski et al (1998)

TetA F: GGTTCACTCGAACGACGTCAR: CTGTCCGACAAGTTGCATGA 577 Van et al (2008)

Sul1 F: GTGCGGATGAAGTCAGCTCCR: GGGGGCAGATGTGATCGAC 626 Ahmed et al (2009)

aadA1 F: TGGATGGCGGCCTGAAGCCR: AATGCCCAGTCGGCAGCG 525 Madsen et al (2000)

3.3.2.4 Phương pháp xác định sự hiện diện của các gene mã hóa yếu tố độc lực của vi khuẩn E coli

Từ 75 mẫu được chọn để khảo sát sự hiện diện của các gene

mã hoá yếu tố đề kháng kháng sinh của APEC, tiếp tục được chọn để

khảo sát sự hiện diện của các gene mã hóa yếu tố độc lực (FimH,

ColV, Iss, VAT, HlyA) Các gene mã hoá yếu tố độc lực được khuếch

đại bằng các cặp mồi đặc hiệu và được trình bày trong Bảng 3.3

Bảng 3.3: Cặp mồi dùng khảo sát các gene mã hoá yếu tố độc lực

FimH F: ATGAAACGAGTTATTACCCTR: TATTGATAAACAAAAGTCACG 903 Monique et al (2008)

ColV F: AACCTGATAGCGGGAGGGR: CTTCCATTCCACCTCCAACA 578 Tự thiết kế trong nghiên cứu này

VAT F: GTGTCAGAACGGAATTGTR: AGGATGCCTCCGTAAACT 845 Tự thiết kế trong nghiên cứu này

HlyA F: AACAAGGATAAGCACTGTTCTGGCTR: ACCATATAAGCGGTCATTCCCGTCA 1.177 Monique et al (2008)

3.3.2.5 Giải trình tự gene

Các sản phẩm PCR được giải trình tự bằng phương phápSanger

Mức độ tương đồng của đoạn gene được so sánh với các

trình tự khác trên NCBI bằng chương trình BLAST Cây phả hệ được

xây dựng bằng phương pháp Maximum likelihood với giá trị

bootstrap 1.000 lần lặp lại trên phần mềm MEGA phiên bản 7.0.26

3.3.3 Nội dung 3

3.3.3.1 Thử nghiệm điều trị dự phòng bệnh do E coli trên vịt

Thí nghiệm được bố trí theo thể thức hoàn toàn ngẫu nhiên với

5 nghiệm thức, 3 lần lặp lại Vịt thí nghiệm là những vịt được chọnlúc 15 ngày tuổi, khoẻ mạnh (vịt đã được chăm sóc, tiêm phòng đầy

đủ từ 01 đến 15 ngày tuổi) Bố trí thí nghiệm được trình bày trong

10 CFU/ml

10 CFU/ml

ĐC (+): Đối chứng dương (Tiêm vi khuẩn, không bổ sung chế phẩm); ĐC (–): Đối chứng âm (Tiêm PBS, không bổ sung chế phẩm); P: Thể trọng

Phương pháp tiến hành

Tiến hành bố trí thí nghiệm phòng bệnh do vi khuẩn E coli

cho vịt theo các nghiệm thức trong Bảng 3.4 Khi bắt đầu thí nghiệm,vịt ở các nghiệm thức 1, 2 và 3 được bổ sung kháng sinh, men tiêuhoá và than hoạt tính trước đó 24 giờ Sau đó, vịt thí nghiệm được

gây nhiễm vi khuẩn E coli sau 24 giờ phòng bệnh bằng cách đưa

vào đường miệng 1 ml huyễn dịch vi khuẩn chứa 1 liều LD50 đã xácđịnh (107,64 CFU/ml)

Vịt thí nghiệm được theo dõi liên tục trong 5 ngày Ghi nhận

số vịt chết trên từng nghiệm thức Tiến hành mổ khám và quan sát

bệnh tích trên vịt thí nghiệm bị chết

3.3.3.2 Thử nghiệm điều trị bệnh do vi khuẩn E coli trên vịt

Thí nghiệm điều trị được bố trí tương tự như thí nghiệm điều

trị dự phòng

Phương pháp tiến hành

Khi bắt đầu thí nghiệm, vịt ở các nghiệm thức 1, 2 và 3 đượcgây nhiễm qua đường miệng 1 ml huyễn dịch chứa 1 liều LD50 (107,64CFU/ml) vàtheo dõi sự xuất hiện triệu chứng tiêu chảy đầu tiên Sau

đó, vịt được tiến hành điều trị theo từng biện pháp tương ứng vớitừng nghiệm thức như trình bày ở Bảng 3.4

Vịt thí nghiệm được theo dõi liên tục trong 5 ngày Ghi nhận

số vịt chết trên từng nghiệm thức Tiến hành mổ khám và quan sát

bệnh tích trên vịt thí nghiệm bị chết

3.4 Phương pháp phân tích thống kê

13

Số liệu thô được xử lý bằng phần mềm Microsoft Excel 2013.

Các số liệu thống kê được xử lý bằng phần mềm Minitab phiên bản

16.0, sử dụng phép Chi–Square Giá trị P<0,05 được xem là có ý

nghĩa thống kê