Hóa sinh

Donoamin monocarboxyl acid amin trung tính, diamin monocarboxyl acid amin kitính, monoamin dicarboxyl acid amin acid tính.. trung tính: serine Ser, threonine Thr, base: acid: Trang 28

HÓA SINH

HÓA SINH

4

I VIII

BÀI 1 1

1.1 MÔN 1

1

1

1.2 BÀO MÔN HÓA SINH 2

- 3

- 4

1.3 HÌNH THÀNH VÀ TIÊU TRONG QUÁ TRÌNH HÓA 4

1.4 CÁC 6

TÓM 7

CÂU ÔN 7

BÀI 2 8

2.1 CÁC TÁC TRONG 8

2.2 ION HÓA 9

2.3 SINH 10

2.4 TRAO 10

TÓM 11

CÂU ÔN 11

BÀI 3 12

3.1 CHUNG 12

12

12

13

3.2 ACID AMIN 15

15

17

3.3 PEPTIDE 21

eptide 21

22

27

30

TÓM 33

CÂU ÔN 34

BÀI 4 DRATE 35

4.1 KHÁI CHUNG 35

35

35

36

4.1 36

4.2 MONOSACCHARIDE 37

37

41

46

4.3 OLIGOSACCHARIDE 50

50

50

51

4.4 POLYSACCHARIDE 53

54

4.4.2 Cellulose 57

4.4.3 Pectin 60

4.4.4 Agar 61

4.4.5 Alginat 63

4.4.6 Glycogen 63

4.4.7 Peptidoglycan 64

4.4.8 Glycosaminoglycan và proteoglycan 65

4.4.9 Glycoprotein và glycolipid 66

TÓM 67

CÂU ÔN 68

BÀI 5 69

5.1 CHUNG 69

69

5.1.2 Phân b 69

5.1.3 Vai trò lipid 70

71

5.2 ACID BÉO (FATTY ACID) 71

71

5.2.2 Acid béo no 72

72

5.3 ACYL-GLYCERIDE 75

75

76

77

5.3 78

5.4 CÁC ACYL LIPID KHÁC 80

5.4.1 Seride 80

5.4.2 Steroid 82

5.4.3 Phospholipid 86

5.4.4 Lipoprotein 90

91

TÓM 92

CÂU ÔN 93

BÀI 6 ACID NUCLEIC 94

6.1 THÀNH HÓA ACID NUCLEIC 94

6.1.1 Base N 94

tose) 95

6.1.3 Nucleotide 96

6.2 TRÚC PHÂN ACID NUCLEIC 97

97

99

100

6.3 TRÍ VÀ PHÂN ACID NUCLEIC 101

101

i RNA 102

6.4 TÍNH CHUNG ACID NUCLEIC 103

103

103

6.5 NUCLEOPROTEIN 104

TÓM 105

108

108

109

7.2 TRÚC PHÂN ENZYME 109

109

110

111

113

115

116

7.3 TÍNH ENZYME 117

117

117

7.4 TÁC ENZYME 119

119

120

7.5 ENZYME 123

123

123

124

125

128

129

129

130

130

7.6 CÁCH TÊN VÀ PHÂN ENZYME 131

131

132

134

7.7 ENZYME 137

138

138

139

141

7.8 CÔNG ENZYME 142

142

143

144

7.9 ENZYME 146

146

7.9.2 Tính 147

147

148

150

155

TÓM 158

CÂU ÔN 160

BÀI 8 TE 162

8.1 QUÁ TRÌNH TIÊU HÓA VÀ THU CARBOHYDRATE 162

8.2 HÓA MONOSACCHARIDE 163

163

167

170

8.3 CHU TRÌNH KREBS (TRICACBOXYLIC ACID-TCA) 170

TÓM 174

CÂU ÔN 174

BÀI 9 175

9.1 TÂN GLUCOSE (GLUCONEOGENESIS) 175

9.2 CARBOHYDRATE - QUANG CÂY XANH 177

9.3 SINH GLYCOGEN, SACCHAROSE, TINH 182

-glucose 182

-glucose và UDP-glucose 184

TÓM 185

CÂU ÔN 185

BÀI 10 186

10.1 QUÁ TRÌNH TIÊU HÓA VÀ THU LIPID 186

10.1.1 186

10.1.2 188

TÓM 197

CÂU ÔN 198

BÀI 11 199

11.1 QUÁ TRÌNH TIÊU HÓA VÀ THU PROTEIN 199

11.1.1 199

11.1.2 201

11.1.3 201

11.1.4 202

11.2 OXY HÓA AMINO ACID VÀ CHU TRÌNH UREA 202

11.2.1 nhóm amin 202

11.2.2 206

11.2.3 207

11.2.4 209

TÓM 210

BÀI 12 212

12.1 ACID BÉO VÀ EICOSANOID 212

12.1.1 Malonyl-coA 212

12.1.2 215

12.1.3 218

12.2 TRIACYLGLYCEROL 220

12.3 PHOSPHOLIPID MÀNG 222

12.4 CHOLESTEROL, STEROID VÀ ISOPRENOID 223

TÓM 227

CÂU ÔN 228

BÀI 13 229

13.1 PHÂN NUCLEOTIDE 229

13.1.1 229

13.1.2 230

13.2 SINH NUCLEOTIDE 231

13.2.1 231

13.2.2 232

13.2.3 233

13.2.4 234

TÓM 234

CÂU ÔN 235

BÀI 14 D 236

14.1 SINH AMINO ACID 236

14.1.1 236

14.1.2 238

14.1.3 239

14.2 AMINO ACID LÀ SINH QUAN 240

TÓM 242

CÂU ÔN 243

BÀI 15 ACID 244

15.1 TÁI DNA LÀ TÁI BÁN 244

15.1.1 244

15.1.2 247

15.1.3 248

15.2 PHIÊN MÃ DNA THÀNH RNA 249

15.2.1 249

15.2.2 250

15.3 DICH MÃ, SINH TÔNG P PROTEIN DNA THÀNH RNA 252

15.3.1 Ribosome 252

15.3.2 RNA t 253

15.3.3 254

15.3.4 255

15.3.5 257

TÓM 258

CÂU ÔN 259

TÀI THAM 260

rotein, acid nucleic, lipid, polysaccharide Tuy nhiên, sau khi cá

-CH2CH(CH3) (CH3)CHCH2-

8-21 8-21 4-8

4 Các

6,5-3.1.2

Xúc tác:

protein có vai tr

-3.1.3.2

-

leucine (Leu), valine (Val), methionine

tryptophane (Trp), proline (Pro)

- Acid amin kh valine, leucine, isoleucine, phenylalanine, tryptophane, methionine, threonine, histidine lysine và arginine

- Acid amin thay th glycine, alanine, proline, serine, cysteine, tyrosine, asparagine, glutamine, aspatic acid và acid glutamic

H

(asparagin và glutamin)

-L- Axit amin

Hình 3.

acid amin tham gia Ví

-100 acid amin, p -500 acid amin, pvirus hàng nghìn acid amin Glutamin, histidine v

C

n , c u trú

polypeptide Li

-N-Glycin

Cysteine

Valine

Lysine

Hình 3.3

-Hình 3.4

4)2SO4 bán bão hòa, NaCl

chính

(R)

-NH 2

và

tác nhân:

-trái cây chín

4.1.3

-1g carbohydrate là 4,1calo hóa

2 và H2O, cung c cho các ho s ( u th khi còn tr ); carbohydrate

(m ) ( u th khi v già)

coenzyme

Tinh b

(mucopolysaccharide) v c , côn trùng, tôm, cua, màng

i hòa: tiêu hóa , m khí

4 (Tetrose) Aldotetrose Cetotetrose/Tetrulose

5 (Pentose) Aldopentose Cetopentose/Pentulose

7 (Heptose) Aldoheptose Cetoheptose/Heptulose

1

CH 2 OH H

OH

OH

H OH H

OH

CH 2 OH H

H

OH

- D -glucose - D -gluco se

2 3 4

5 6

6 5 4

H CHO

C OH

C H HO

C OH H

C OH H

CH2OH

1

5

2 3 4

6 5 4 3 2

6 5

2 1

D -fructose (linear) - D -fructofuranose

anomer 36% và -ano

OH

HO

HHO

HO

HHO

Oxy hóa 2 hay Cl 2 , I 2 trong hóa

-hóa

hóa thành nhóm -COOH di-acid-cacboxylic

-COOH) acid uronic

- NaBH4

ulose thành -

thành mannitol, fructose thành mannitol và sorbitol

ô

Nhóm - -OH hemiacetal -

-4.3.3

Saccharose

-25%

-glucopyranose liên -1,2-O-

-D-galactose và -D-glucose Còn 1 nhóm

- oài -H

hòa tan khác nhau

rình sinh

-0,7

-Amylopectin

-Tính c

Tính tan:

extrin và tính ch c dextrin: amylodextrin (

); achrodextrin (tan trong ethanol 70%, cho màu

4.4.2.3

Cacboxymetylcellulose (CMC)

[C 6 H 7 O 2 (OH) 3 - x (OCH 2 COOH) x - -CMC)

H-CMC không tan trong

h dùng là

4.4.3 Pectin

vách cao

-

-

: pectin -

4.4.4 Agar

4.4.4.3

N-acetylglucosamine

N-acetylmuramic

4.4.8 Glycosaminoglycan và proteoglycan

-

-glycosamino

lõi Ngoài ra, các nhóm

- Hyaluronic acid: l

-glucuronic acid và glycoside (1-3) và (1-

H H

OH H

4 5

6

1

2 3

4 5 6

N-acetyl-D -glucosamine

hyaluronate

H O

H

OSO3H

OH

CH2OSO3

H H

H

O O

heparin or heparan sulfate - examples of residues

2-ketone

Trong ketone

trong phân tích sinh hóa

-acetylglucosamin và 1-

N-heteropolysaccharide là: N- -acetylgalactosamine và uronic

Glycoprotein và glycolipid

-99%) là ester (glyceride) Là

5.1.3 Vai trò lipid

Là

-

Lipid là dung môi hòa

vitamin tan trong

các phosphatide (leucithin)

5.1.4

,

Lipid không xà phòng hóa:

acylglyceride, phosphoglyceride, sphingolipid, seride (sáp)

acid palmitic C16H32O2, acid steric C18H36O2, acid arachidic C20H40O2, acid lauric C12H24O2

5.2.3

ên các phân

H2

3 (linolenic type), 6 (linoeic type), 9 (oleic type) Nhóm

không

trans thành cis

c

bé

Acid oleic (omega 9): C18H34O2

Acid linoleic (omega 6): C18H32O2

Acid linolenic (omega 3): C18H30O2

69oC 13,4oC

46oC -5oC -11oC -49,5oC

1

5.3.2.2 Tính hòa tan

-(-OH, -NH 2 , COOH), tro

-5.3.3

peroxyde hóa

ketone

Acid palmitic và các acid khác

Ceryl alcohol, stearyl alcohol, nonacosanol và nonacosan

:

hor (cortyzone, testosterol, andosterol, vitamin D2)

cholic

, khi hàm

Các vitamin nhóm B (B1,B2, Piridoxin (B6)) giúp

-

-

Hormon steroid

hormon

5.4.2.3

(0,5mg/kg), (6,2mg/kg),

Obtusifoliol (4 ,14

-dimethyl-24-methylen-5 -cholest-8en-3 -ol)

Gramisterol ( methylen-5 -cholest-7en-3 -ol)

-methyl-24-5.4.3 Phospholipid

5.4.3.1

L

phosphoric, base có N

- C : glycerin, inositol, sphi

- Các acid béo là: acid palmitic, acid stearic, acid linolenic, acid linoleic, acid

cholamin metyl hóa cholin

béo và glycerin

- Very Low Density Lipoprotein (D<1,006g/ml), LDL - Low Density Lipoprotein (D<1,063g/ml), HDL - High Density Lipoprotein (D<1,21g/ml), protein

5.4.5

quay màng p

p

màng khác nhau Màng lipid càng

thái

Protein màng:

du ng môi hòa tan các vitamin không phân

BÀI 6 ACID NUCLEIC

Là e Trong acid nucleic có 5 base pyrimidine: cytosine

(2-oxy-6-aminopyrimidine), uracil (2,6-dioxy pyrimidine), thimine (metyl uracil),

5-metyl cytosine, 5-hydro5-metyl cytosine

Cytosine, uracil, thimine

Acid phosphoric

Guanin (G)

Cytosin (C) Thimin (T)

Acid phosphoric

-

Deoxyadenosine Deoxyguanosine Deoxycytidine

- Thimidin

S

adenosin-monophosphate (AMP), adenosin-diphosphate (ADP), adenosin-triphosphate (ATP).

-RNAm hay RNAi (m là messenger, i là information)

trong nhân, trên khuôn DNA

6.4

6.4.1

Dun

-280nm,

-6.5 NUCLEOPROTEIN

cleic

nucleotide

iên N-

acid phosphoric là ester

7.2.3

otomer

-

-

ính kháng sinh :

-D-glucose chúng

-D-glucose thành gluconic acid

fumarathydratas - -malic acid

k-1[ES] + k2[ES] = k1[E][S] (k-1+k2)[ES] = k1[E][S] (1)

0 ; [E0] = [E]+[ES] [E] = [E0]-[ES] (2)

(k-1+k2)[ES] = k1([E0]-[ES])[S] k1[E0][S] = (k-1+k2+k1[S])[ES]

v = vmax [E0] = [E0S]

Hình 7.10 không

(uncompetitive inhibition)

Hình 7.11

-Burk khi

Hình 7.12

(mixed inhibition)

NAD+, NADP+, FMN, FAD, heme

dehydrogenase, oxydase, oxygenase và peroxydase

peptide hydrolase, lipase

7.6.3.5

- UDP-glucose-4-epimerase:

galactose và glu

-+UDP-galactose UDP-glucose

agar-

Hình 7.16

Fungamyl 800L Amylase

Promozyme 200L Enzyme phân nhánh

pullulanase AMG 300L Enzyme glucoamylase

7.9.4.2

pore glass),

7.9.5

7.9.5.1

protein

tophan

nhóm -NH2 ysine

7.9.5.3

M

7.9.5.4

n

Hình 7.21

7.9.6

7.9.6.1

-aminoacid thành L-

dù

- Giai

trong n

v t

Michaelis Menten

-60 o

yme

enzyme xúc -

h

enzyme xúc

CH2OPO32

H

OHH

2 3

4 5 6

6 5 4

2Glyceraldehyde-H O

OH

H

OH H

OH

CH2OPO32H

OH

H

1

6 5 4

C C

C C

CH2OPO32C

CH2OH O

C C

fructose-1,6- bisphosphate

Aldolase

dihydroxyacetone glyceraldehyde-3- phosphate phosphate

Triosephosphate Isomerase

-3P triosephosphate isomerase

C C

CH 2 OPO 3 O

C C

CH2OPO3

H O

H O H

C C

CH 2 OPO 3

H O

H OH

C C

CH 2 OPO 3

O OPO32

H OH + P i

+ H+NAD+ NADH 1

2 3

2 3 1

glyceraldehyde- 1,3-bisphospho- 3-phosphate glycerate

Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase

-enzyme xúc tác phosphoglycerate kinase

C C

CH2OPO32

O OPO32

C C

1

Mg2+

1,3-bisphospho- 3-phosphoglycerate glycerate

Phosphoglycerate Kinase

xúc tác phosphoglycerate mutase

C C

CH2OH

H 2 O PO33

1

C C

CH2O PO3

3 1

3-phosphoglycerate 2-phosphoglycerate

Phosphoglycerate Mutase

edolase

C C

CH2OH

O O

H OPO3

C C

CH2OH

O O

OPO3

C C

1

2 3 1

CH3

O O

O

2 3

1

ADP ATP

C C

CH2

O O

O PO3

2 3 1

phosphoenolpyruvate pyruvate

Pyruvate Kinase

C C

pyruvate lactate

6H12O6 + 2NAD + 2ADP 2C3H4O3 + 2NADH2 + 2ATP

2Fructose-H O

OH

H

OH H

4

5 6

1

1

6 5 4

C HC CH HC HC

CH2OPO32

OH HO

OH OH

NADPH + H+NADP+ H2 O H+

1 2 3 4 5 6

Glucose-6-phosphate Dehydrogenase

6-Phospho- glucono-lactonase

glucose-6-phosphate 6-phoshogluconolactone 6-phosphogluconate

4

5 6

1

1

6 5 4

C HC CH HC HC

CH2OPO3

OH HO

OH OH

NADPH + H+NADP+ H2 O H+

1 2 3 4 5 6

Glucose-6-phosphate Dehydrogenase

6-Phospho- glucono-lactonase

glucose-6-phosphate 6-phoshogluconolactone 6-phosphogluconate

pentose-5P (Ru5P)

C HC CH HC HC

CH2OPO32

OH HO

OH OH

1 2 3 4 5 6

CH2OH C HC HC

CH2OPO32

OH OH

1 2 3 4 5

O NADP+ NADPH + H+

CO2

Phosphogluconate Dehydrogenase

C C C

CH2OPO3

O OH H

OH H

CH2OH

C C C

CH2OPO3

O H

HO

OH H

CH2OH

C C C

CH2OPO3

OH OH H

OH H

Hribulose-5-

phosphate

xylulose-5- phosphate

ribose-5- phosphate

OH H

CH2OH

C C C

CH2OPO3

OH OH H

OH H

C C

CH2OPO3

OH OH H

OH H

C

CH2OH O

HO

+ +

5-phosphate 5-phosphate 3-phosphate 7-phosphate

Transketolase

sedoheptulose-7P glyceraldehyde-3P

CH2OH C

OPO 3

OH

HC HC

H2C

O

OPO3OH

H2C C

CH

HC HC H2C

OH

OPO3 OH

OH

HO

O

Transaldolase

+ +

8.3 CHU TRÌNH KREBS (TRICACBOXYLIC

decacboxylase (TTP) và acid lipoic

trình Krebs

oxy hóa acid succinic thành acid fumaric

hydrate hóa acid fumaric thành malic

Ph hóa

hóa ogenase có CoE là NAD+

oxy hóa acid malic thành acid oxaloacetic

acetyl-hóa thành khí CO2 và H2

- chu trình di-, tricacboxylic

polysacchride

6 H 12 O 6 + 2NAD + 2ADP 2C 3 H 4 O 3 + 2NADH 2 + 2ATP

-3G6P + 6NADP+ 2F6P + Glyceraldehyde-3P (GAP) + 3CO 2 + 6(NADPH + H + )

qua chu trình Cori

Fructose-1,6- 1 phosphate do enzyme fructose-1,6-biphosphatase xúc tác:

-6-Fructose-1,6-biphosphate + H2O Fructose-6-phosphate + Pi

-6-phosphate -6-phosphatase xúc tác:

-6-phosphate

-vào nhóm

phân nhán

Hình 9.8

TG.lipase R3COOH

DG.lipase R1COOH OH

R2

OH

§ång ph©n ho¸

Glycerol

10.1.2

ph c a quá trình tiêu hoá lipid là glycerol và acid béo Glycerol và acid béo

Acid béo chu i dài (>10C) không hoà tan trong n c nên k t h p v i mu i m t thành

D, E, K và cholesterolm qua vách ru t non Sau khi vào t bào thành ru t, acid mtách k i acid béo Acid m i vào nh m v gan

vào túi

thành glycerin và acid béo gan và c oxy hoá i phóng ng

A

trình oxy hóa (hình 9.3 và 9.4):

Acid béo + CoA + ATP Acyl-CoA + AMP + 2Pi

-1 và

(C-2 và C- -CoA do enzyme

enoyl-CoA hydratase -hydroxyacyl-CoA

7 FADH2 7 x 2 ATP = 14 ATP

7 NADH2 7 x 3 ATP = 21 ATP -

21 ATP + 96 ATP = 131 ATP

enoyl hydroxyacyl

enzyme -oxy hóa

-Hình 10.8 hóa acid béo không no acid oleic (a) và acid linoleic (b)

-CoA và cis- 3-dodecenoyl-CoA.

Ý±ß Á Í

Ñ Ý

ÍÁ ݱß

·­±³»®¿­»

Û²±§´óݱß

ê í

Ý±ß Á Í Ñ Ý

Ѩ§¸±'¿

ß½»¬§´óݱß

ê

ô ô

ô

í

Ý Ñ

ÍÁݱß

ï î í

ì ë

õ ÒßÜÐ ÒßÜÐØ õ Øõ

î ì

Ý±ß Á Í

Ñ Ý

ï î ì ë

ô

ë ß½»¬§´óݱß

Ý Ñ

ÍÁ ݱß

Ý±ß Á Í

Ñ Ý

Ø

Ø Ý Ñ

Í Á ݱß

Ý±ß Á Í

Ñ Ý ÑØ

enzyme enoyl-CoA isomerase xúc tác thành trans-

2dodecenoyl

9, -

cis-c

acid propionic Quá trình

citric tên g i trong oán lâm sàng c a nhóm g m 3

-ch acid acetoacetic; acid hydroxy butyric và aceton

-acetyl CoA

d ra ngoài qua n Nh

v th ketone là nh ng ch chuy hoá bình c a t ng v t, bình

th ng th ketone 1-2% Chúng ch nên ngu n g c gây

t kho ng 0,1% Khi SV ch t ho c các ng acid, catepsin s

Enzym xúc tác ph ng chuy n amin là enzym aminotransferase (transam

coenzyme là vitamin B6 (phosphopyridoxal)

Trong t ng v 2 enzym chuy n

xúc

2

GOT (Glutamate oxaloacetat transaminase)

2 h

các keto acid c a leucin, isoleucin

- M t s keto acid khác thành các s ph carbohydrate H ng này

ng là keto acid c a acid glutamic và m amino acid m

là NAD ho c NADP+ hi n di n trong t t c các mô bào,

ng glutamate

2O và NH4+ Các keto

H u h t các transaminase (glutamate aminotransferase) t và s n ph

tamate và keto glutarate v i glutamine dehydrogenase ph i h p gi a ph n

ng chuy n và kh bài ti ng acid

Quá trình trên cho th y vai trò trung tâm c a glutamate trong ki m soát chuy n

H u h t các amino acid c kh amin gián ti p thông qua h th ng chuy n amin nh -keto glutarate làm ch t trung gian