TRƯỜNG ĐẠ Ọ ỘI H C BÁCH KHOA HÀ N I LUẬN VĂN THẠC SĨ Nghiên c u t n su ầ ất alen 21 locus đa hình STR ở ầ ể ngườ ệ qu n th i Kinh Vi t Nam ĐỖ Ị TH XAO MAI Ngành Công ngh sinh h c ệ ọ Giảng viên hướng[.]
TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Nghiên cu tần suất alen 21 locus đa hình STR quần thể người Kinh Việt Nam ĐỖ THỊ XAO MAI Ngành: Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn: PGS TS Trương Quc Phong TS Nguyn Văn Li Viện: Công nghệ sinh học Công nghệ thực phẩm HÀ NỘI, 2020 Tai ngay!!! Ban co the xoa dong chu nay!!! 17061132205011000000 TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Nghiên cu tần suất alen 21 locus đa hình STR quần thể người Kinh Việt Nam ĐỖ THỊ XAO MAI Ngành: Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn: PGS TS Trương Quc Phong TS Nguyn Văn Li Viện: Chữ ký GVHD Công nghệ sinh học Công nghệ thực phẩm HÀ NỘI, 2020 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc BẢN XÁC NHẬN CHỈNH SỬA LUẬN VĂN THẠC SĨ Họ tên tác giả luận văn: Đỗ Thị Xao Mai Đề tài luận văn: Nghiên cu tần suất alen 21 locus đa hình STR quần thể người Kinh Việt Nam Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số SV: CA180119 Tác giả, Người hướng dẫn khoa học Hội đồng chấm luận văn xác nhận tác giả sửa chữa, bổ sung luận văn theo biên họp Hội đồng ngày 30/10/2020 với nội dung sau: - Chỉnh sửa lỗi tả, thiếu chữ viết tắt - Trình bày cho rõ ràng - Viết lại tài liệu tham khảo theo tiêu chuẩn - Chỉnh sửa b cục, nội dung luận văn cho hp lý Ngày tháng Giáo viên hướng dẫn CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG năm 2020 Tác giả luận văn LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan nội dung viết luận văn tìm tịi, học hỏi nghiên cu thân với hướng dẫn tận tình PGS TS Trương Quc Phong TS Nguyn Văn Li Mọi kết nghiên cu ý tưởng tác giả khác (nếu có) đưc trích dẫn cụ thể Đề tài luận văn chưa đưc bảo vệ hội đồng bảo vệ luận văn thạc sĩ chưa đưc công b phương tiện Tôi xin chịu trách nhiệm lời cam đoan Hà Nội, ngày tháng năm 2020 HỌC VIÊN Đ Th Xao Mai LỜI CẢM ƠN Với lng knh trọng biết ơn chân thành nhất, em xin cảm ơn PGS TS Trương Quc Phong TS Nguyn Văn Li tận tình hướng dẫn em q trình nghiên cu để em hồn thành luận văn Em xin chân thành cảm ơn Lãnh đạo, Chỉ huy Viện Pháp y Quân đội tin tưởng giao đề tài quan tâm, tạo điều kiện gip đ em q trình cơng tác, học tập nghiên cu đề tài Cui cng em xin cảm ơn tâp thể cán bộ, nhân viên Khoa Xt nghiệm Viện Pháp y Quân đội tạo điều kiện thuận li cho em sut q trình học tập hồn thành luận văn Hà Nội, tháng 10 năm 2020 Học viên Đ Th Xao Mai MỤC LỤC MỤC LỤC i ĐẶT V Ấ N Đ Ề CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan tần suất alen 1.1.1 Tần suất alen 1.1.2 Tầm quan trọng củ a việc nghiên cứu tần suất alen 1.2 Tổng quan STR, Alen, locus gen 1.2.1 STR ( Short tandem repeat) 1.2.2 Alen 1.2.3 Locus 1.3 Tình hình nghiên cứu nước .9 1.3.1 Tình hình nghiên cứu nước 1.3.2 Tình hình nghiên cứu giới 10 CHƯƠNG VẬ T LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 12 2.1 Vật liệu nghiên cứu 12 2.1.1 Đối tượng n ghiên cứu 12 2.1.2 Hóa chất, thiết bị sử dụng nghiên cứu 12 2.1.3 Đặc điểm kit GlobalFiler™ PCR Amplification Kit 14 2.2 Phương pháp nghiên cứu 20 2.2.1 Phương pháp thu mẫu: 20 2.2.2 Phương pháp phân tích mẫu 21 2.2.3 Phân tích xử lí số liệu tính tốn tần suất alen .29 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ TH ẢO LUẬ N 34 3.1 Kết phân tích mẫu .34 3.2 Kết phân tích thống kê 37 3.2.1 Kết tính tần số alen 21 locus 37 3.2.2 Xác định liệt kê alen có tần số thấp 41 3.2.3 Kết tính tốn tần số dị hợp tử quan sát tần số dị hợp tử lý thuyết .42 i 3.2.4 Kết tính tốn so sá nh số pháp y 43 3.2.5 Giá trị tổ hợp số pháp y 47 3.3 So sánh tần suất alen quần thể nghiên cứu với mộ t số nghiên cứu khác 47 3.3.1 Tần số alen locus D3S1358 47 3.3.2 Tần số alen locus vWA 48 3.3.3 Tần số alen locus D16S539 49 3.3.4 Tần số alen locus CSF1PO 50 3.3.5 Tần số alen locus TPOX 51 3.3.6 Tần số alen locus D8S1179 52 3.3.7 Tần số alen locus D21S11 53 3.3.8 Tần số alen locus D18S51 55 3.3.9 Tần số alen locus D2S441 56 3.3.10 Tần số alen locus D19S433 57 3.3.11 Tần số alen locus TH01 58 3.3.12 Tần số alen locus FGA 59 3.3.13 Tần số alen locus D22S1045 61 3.3.14 Tần số alen locus D5S818 62 3.3.15 Tần số alen locus D13S317 63 3.3.16 Tần số alen locus D7S820 64 3.3.17 Tần số alen locus SE33 65 3.3.18 Tần số alen locus D10S1248 67 3.3.19 Tần số alen locus D1S1656 68 3.3.20 Tần số alen locus D12S391 69 3.3.21 Tần số alen locus D2S1338 71 CHƯƠNG KẾT LU ẬN VÀ KI ẾN NGHỊ 72 TÀI LIỆU THAM KHẢO 74 PHỤ LỤC 77 ii DANH MỤC HÌNH VẼ Hình 1.1 Locus TH01 01 cá thể Hình 1.2 Các locus nhiễm s ắc thể Hình 1.3 Vị trí 13 Locus CoDis NST Hình 3.1 Kiểu gen 24 locus mẫu HT105.19_2 35 Hình 3.2 Biểu đồ cột theo giá trị số PM locus 45 Hình 3.3 Biểu đồ cột theo giá trị số PD locus 45 Hình 3.4 Biểu đồ cột theo giá trị số PE locus 46 iii DANH MỤC BẢNG BI ỂU Bảng 2.1 Các locus alen kit GlobalFiler™ 17 Bảng 3.1 Kiểu gen mẫu HT105.19_2 24 locus 36 Bảng 3.2 Tần suấ t alen 21 Locus STR quầ n thể người Kinh Việt Nam 38 Bảng 3.3 Các alen có tần số thấp quần thể nghiên cứu 41 Bảng 3.4 Tần số dị hợp tử quan sát (OH) tần số dị hợp tử lý thuyết(EH) 42 Bảng 3.5 Kết tính tốn số Pháp y 43 Bảng 3.6 Tần số alen locus D3S1358 48 Bảng 3.7 Tần số alen locus vWA 49 Bảng 3.8 Tần số alen locus D16S539 50 Bảng 3.9 Tần số alen locus CSF1PO 51 Bảng 3.10 Tần số alen locus TPOX 52 Bảng 3.11 Tần số alen locus D8S1179 53 Bảng 3.12 Tần số alen locus D21S11 54 Bảng 3.13 Tần số alen locus D18S51 55 Bảng 3.14 Tần số alen locus D2S441 56 Bảng 3.15 Tần số alen locus D19S433 57 Bảng 3.16 Tần số alen locus TH01 59 Bảng 3.17 Tần số alen locus FGA 60 Bảng 3.18 Tần số alen locus D22S1045 62 Bảng 3.19 Tần số alen locus D5S818 63 Bảng 3.20 Tần số alen locus D13S317 64 Bảng 3.21 Tần số alen locus D7S820 65 Bảng 3.22 Tần số alen locus SE33 66 Bảng 3.23 Tần số alen locus D10S1248 68 Bảng 3.24 Tần số alen locus D1S1656 69 Bảng 3.25 Tần số alen locus D12S391 70 Bảng 3.26 Tần số alen locus D2S1338 71 iv DANH MỤC VIẾT TẮT Chữ viế t tắt Nội dung ADN Deoxyribonucleic acid FTA Giấy thu mẫu máu NST nhiễm sắc thể STR Short tandem repeat PCR Polymerase chain reaction PM Match probability PD Power of discrimination PE Power of Exclusion FBI Federal Bureau of Investigation EH Expected Heterozygosity OH Observed Heterozygosity CPM Combinded Match probability CPE Combinded Power of Exclusion CPD Combinded Power of discrimination PBS Phosphate - Buffered Saline SDS Sodium dodecyl sulfate DDT Dithiothreitol v