BÁO cáo SEMINAR môn CÔNG NGHỆ DI TRUYỀN (CS320) chủ đề ỨNG DỤNG kỹ THUẬT đọc TRÌNH tự TRONG ĐỊNH DANH SINH vật

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ THỰC PHẨM BÁO CÁO SEMINAR MÔN CÔNG NGHỆ DI TRUYỀN (CS320) Chủ đề: ỨNG DỤNG KỸ THUẬT ĐỌC TRÌNH TỰ TRONG ĐỊNH DANH SINH VẬT Giảng viên hướng dẫn Ts Nguyễn Thị Pha Sinh viên thực Đinh Ngọc Bích Thái Thị Thùy Dương Vũ Ngọc Nguyễn Hùng Phi Nguyễn Thanh Phong Hồ Nhật Quang Phạm Thị Kim Tha Lê Trương Thanh Thanh Vương Quốc Thái Phạm Thị Huỳnh Thơ 11/2022 B2010497 B2010512 B2010572 B2010589 B2010590 B2010596 B2010606 B2010607 B2010609 B2010617 MỤC LỤC I GIỚI THIỆU II CÁC PHƯƠNG PHÁP XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ Phương pháp Maxam Gilbert Nguyên lý giải trình tự phương pháp Maxam Gilbert Phương pháp Sanger Nguyên lý giải trình tự Sanger Những giai đoạn phương pháp Sanger III ỨNG DỤNG PHƯƠNG PHÁP SANGER VÀO TRONG ĐỊNH DANH VI SINH VẬT TRONG ĐẤT Vật liệu Phân lập định danh vi sinh vật đất 2.1 Phân lập .6 2.2 Định danh sinh học phân tử .7 2.3 Kết 13 III KẾT LUẬN 13 IV TÀI LIỆU THAM KHẢO 14 BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat I GIỚI THIỆU Khi nghiên cứu gen, việc xác định vị trí gen nhiễm sắc thể chưa cho phép kết luận chất gen tương ứng với gen gì, chức điều hịa hay mã hóa cho protein Nhờ việc giải trình tự gen mà người ta giải khó khăn Có hai phương pháp xác định trình gen là: + Phương pháp Maxam Gilbert ( 1977) cắt đứt sợi đôi DNA vị trí đặc biệt phản ứng hố học + Phương pháp Sanger (1977) dùng enzyme xúc tác sợi bổ sung tương ứng chuỗi DNA cần xác định trình tự, sản phẩm tổng hợp bị chấm dứt điểm đặc biệt II CÁC PHƯƠNG PHÁP XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ Phương pháp Maxam Gilbert Vào năm 1977, Maxam Gilbert lần phát minh phương pháp giải trình tự gen phương pháp hóa học Nguyên tắc phương pháp dựa phản ứng hóa học thủy giải đặc hiệu, DNA không tự xoắn lại với nhau, tạo thành tập hợp nhiều phân đoạn có kích thước khác Nguyên lý giải trình tự phương pháp Maxam Gilbert Giải trình tự Maxam-Gilbert u cầu ghi nhãn phóng xạ ở đầu 5′ của đoạn DNA cần giải trình tự (thường bằng phản ứng kinase sử dụng gamma-32P ATP) tinh DNA Xử lý hóa học tạo đứt gãy tỷ lệ nhỏ hai số bốn gốc nucleotide phản ứng số bốn phản ứng (G, A + G, C, C + T) Ví dụ: purin (A + G) khử bằng axit fomic , guanines (và mức độ là adenin) methyl hóa bởi dimethyl sulfat , và pyrimidin (C + T) thủy phân cách sử dụnghydrazine  Việc thêm muối (NaCl) vào phản ứng hydrazine ức chế phản ứng thymine phản ứng C Sau đó, DNA sửa đổi bị phân cắt bởi piperidine nóng; (CH2)5NH vị trí bazơ biến đổi Nồng độ hóa chất sửa đổi kiểm sốt để đưa vào trung bình lần sửa đổi phân tử DNA Do đó, loạt đoạn đánh dấu tạo ra, từ đầu gắn nhãn phóng xạ đến vị trí "cắt" phân tử Các mảnh bốn phản ứng được mạ điện cạnh gel acrylamide biến tính để phân tách kích thước. Để hình dung đoạn, gel chiếu vào phim Xquang để chụp tự động , tạo loạt dải tối, dải hiển thị vị trí phân tử DNA đánh dấu phóng xạ giống hệt nhau. Từ diện vắng mặt số đoạn định, trình tự suy BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat Hình Một ví dụ phản ứng giải trình tự Maxam – Gilbert Phương pháp Sanger Giải trình tự DNA theo phương pháp Sanger phát triển nhà hóa học người Anh Frederick Sanger cộng vào năm 1977, dùng enzyme xúc tác sợi bổ sung tương ứng chuỗi DNA cần xác định trình tự, sản phẩm tổng hợp bị chấm dứt điểm đặc biệt Nguyên lý giải trình tự Sanger Phương pháp thực dựa kỹ thuật phổ biến “chain terminationkết thúc chuỗi” việc sử dụng deoxy nucleotide bị chỉnh sửa làm nhóm hydroxyl đầu 3’ phân tử đường Nhóm 3’-OH đóng vai trị cho phép gắn thêm nucleotide vào chuỗi Giải trình tự DNA theo Sanger thực bước giống kỹ thuật PCR, thành phần phản ứng bao gồm chất cần thiết để nhân DNA:  Một enzyme DNA polymerase: xúc tác phản ứng kéo dài mạch  Một primer: đoạn DNA sợi đơn ngắn kết hợp với DNA, trình tự khởi đầu cho polymerase  Trình tự DNA  loại deoxy nucleotide DNA (dATP, dTTP, dCTP, dGTP)  loại dideoxy nucleotide (ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP) đánh dấu đồng vị phóng xạ BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat Những giai đoạn phương pháp Sanger Biến tính DNA (nếu DNA mạch đôi) + Giai đoạn bắt cặp mồi DNA + Giai đoạn chép: phản ứng tiến hành song song phản ứng có dNTP ddNTP khác + Điện di gel polyacrylamide + Đọc kết nhờ dNTP đánh dấu đồng vị phóng xạ (35S, 33 P) III ỨNG DỤNG PHƯƠNG PHÁP SANGER VÀO TRONG ĐỊNH DANH VI SINH VẬT TRONG ĐẤT Vật liệu Tổng cộng 20 mẫu đất thu thập 20 xã thuộc huyện tỉnh Bình Thuận (Hình2, Bảng 1) Các mẫu đất lấy từ khu vực đất hoang, có can thiệp người Quy trình lấy mẫu thực theo TCVN 4046-1985, cụ thể sau: mẫu đất lấy theo quy tắc đường chéo ziczac tùy địa hình vùng đất, khơng lấy đất vị trí có phân gia súc, phân vơ hay chỗ có tàn dư thực vật Mỗi địa điểm lấy từ 15-20 mẫu, mẫu khoảng 0,5 kg mẫu trộn lấy đại diện theo quy tắc đường chéo khoảng 0,5 kg Hình Bản đồ hành tỉnh Bình Thuận BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat Bảng Vị trí lấy mẫu đất ký hiệu mẫu nghiên cứu STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 Địa điểm lấy mẫu (xã – huyện) Sông Phan - Hàm Tân TT Tân Nghĩa – Hàm Tân Hàm Chính – Hàm Thuận Bắc TT Liên Hương – Tuy Phong Hàm Minh – Hàm Thuận Nam Hồng Liêm – Hàm Thuận Bắc Hải Ninh – Bắc Bình Hàm Cường – Hàm Thuận Nam Thuận Minh – Hàm Thuận Bắc Vĩnh Tân – Tuy Phong Võ Xu – Đức Linh Gia An – Tánh Linh Huy Khiêm – Tánh Linh Đức Phú – Đức Linh Mê Pu – Đức Linh Lạc Hưng 1, Lạc Tánh – Tánh Linh Trà Cụ, Lạc Tánh – Tánh Linh Ngũ Phụng – Phú Quý Tam Thanh – Phú Quý Long Hải – Phú Qúy Ký hiệu mẫu A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T Phân lập định danh vi sinh vật đất 2.1 Phân lập Tổng cộng 20 mẫu đất thu huyện tỉnh Bình Thuận, mẫu đất sau ni cấy mơi trường cao thịt – peptone Sau chọn lọc khuẩn lạc đặc trưng cho Bacillus theo mơ tả Nguyễn Thị Bích Đào cộng năm 2015 [10] tiến hành làm cấy ria môi trường cao thịt – peptone agar, tổng thu 12 khuẩn lạc có đặc điểm giống với đặc điểm hình thái Bacillus: khuẩn lạc màu trắng, trịn, bề mặt nhăn, rìa cưa khơng (Hình 3) Hình Hình thái 12 khuẩn lạc thu thập từ tỉnh Bình Thuận BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat Tổng số 12 khuẩn lạc tiếp tục sàng lọc sơ dựa vào kết dương tính với enzyme catalase, tính di động khả lên men đường Kết có khuẩn lạc bao gồm khuẩn lạc thu thập từ Sông Phan - Hàm Tân (A), Hàm Chính - Hàm Thuận Bắc (C), Hồng Liêm - Hàm Thuận Bắc (F), Hải Ninh - Bắc Bình (G), Hàm Cường - Hàm Thuận Nam (H), Đức Phú - Đức Linh (N), Ngũ Phụng - Phú Quý (R), Tam Thanh - Phú Quý (S) Long Hải - Phú Quý (T) dương tính với đặc điểm khảo sát Sau nhuộm Gram, ngoại trừ chủng thu thập từ Hải Ninh - Bắc Bình (G), khuẩn lạc lại mang đặc điểm vi khuẩn Gram dương, sở ban đầu để nhận diện vi khuẩn thuộc chi Bacillus Kết thể Hình Hình Kết nhuộm Gram chủng vi khuẩn phân lập từ tỉnh Bình Thuận 2.2 Định danh sinh học phân tử Sau vùng 16S rDNA chủng vi khuẩn khuếch đại phản ứng PCR, kết cho thấy band vạch xuất rõ ràng kích thước khoảng 500 bp (Hình 5) chứng tỏ điều kiện phản ứng PCR tối ưu Hình Kết phản ứng PCR khuếch đại gen 16S rDNA chủng vi khuẩn phân lập từ tỉnh Bình Thuận Các sản phẩm PCR sau tinh với QIAquick PCR Purification Kit (QIAGEN, Đức) giải trình tự theo phương pháp Sanger công ty Nam Khoa Biotek (Quận 7, TP Hồ Chí Minh) Trình tự đoạn DNA thu sau: BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat >A_Song_Phan_Ham_Tan GGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGAC AGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGT AACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGC TTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAG ATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCAACG ATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCC AGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCT3TCCGCAATGGACGAAAGTCTG A CGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTT AGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAG AAAGCCACGGCTAACTACG Trình tự sau kiểm tra ngân hàng gen thông qua BLAST, kết cho thấy vi khuẩn phân lập từ Sơng Phan- Hàm Tân thuộc lồi Bacillus subtilis với độ tương đồng 100% (Hình 6) Hình Kết BLAST DNA chủng vi khuẩn phân lập từ Sông Phan - Hàm Tân(A) >D_Lien_Huong_Tuy_Phong TGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGA CAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGG TAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATG GTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACA GATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAAC GATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGC CCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCT GACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTG TTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACC AGAAAGCCACGGCTAACTACG BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat Trình tự sau kiểm tra ngân hàng gen thông qua BLAST, kết cho thấy vi khuẩn phân lập từ Liên Hương - Tuy Phong thuộc lồi Bacillus subtilis với độ tương đồng 100% (Hình 7) Hình Kết BLAST DNA chủng vi khuẩn phân lập từ Liên Hương - Tuy Phong (D) >F_Hong_Liem_Ham_Thuan_Bac CTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGG ACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGG GTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGAT GGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTAC AGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAA CGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGG CCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTC TGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTT GTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAAC CAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGC Trình tự sau kiểm tra ngân hàng gen thông qua BLAST, kết cho thấy vi khuẩn phân lập từ Hồng Liêm- Hàm Thuận Bắc thuộc lồi Bacillus subtilis với độ tương đồng 100% (Hình 8) Hình Kết BLAST DNA chủng vi khuẩn phân lập từ Hồng Liêm-Hàm Thuận Bắc (F) BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat >H_Ham_Cuong_Ham_Thuan_Nam GATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGA GCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACAC GTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACC GGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCAC TTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAG GCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGAC ACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGA AAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCT CTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTAC CTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGC Trình tự sau kiểm tra ngân hàng gen thông qua BLAST, kết cho thấy vi khuẩn phân lập từ Hàm Cương - Hàm Thuận Nam thuộc loài Bacillus velezensis với độ tương đồng 100% (Hình 9) Hình Kết BLAST DNA chủng vi khuẩn phân lập từ Hàm Cường - Hàm Thuận Nam (H) >L_Gia_An_Tanh_Linh CCGTCAGGTACAGCCAGTTACTACTGTACTTGTTCTTCCCTTACAACAGAGTT TTACGATCCGAAAACCTTCTTCACTCACGCGGCGTTGCTCCATCAGGCTTTCGCCC ATTGTGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTC CCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCC GTTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGCCCATCTTATAGCGACAGCC Trình tự sau kiểm tra ngân hàng gen thông qua BLAST, kết cho thấy vi khuẩn phân lập từ Sông Phan- Hàm Tân thuộc lồi Lysinibacillus xylanilyticus với độ tương đồng 99% (Hình 10) 10 BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat Hình 10 Kết BLAST DNA chủng vi khuẩn phân lập từ Gia An - Tánh Linh (L) >N_Duc_Phu_Duc_Linh GATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGA GCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACAC GTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACC GGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCAC TTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAG GCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGAC ACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGA AAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCT CTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTAC CTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCC Trình tự sau kiểm tra ngân hàng gen thông qua BLAST, kết cho thấy vi khuẩn phân lập từ Sông Phan - Hàm Tân thuộc loài Bacillus amyloliquefaciens với độ tương đồng 100% (Hình 11) Hình 11 Kết BLAST DNA chủng vi khuẩn phân lập từ Đức Phú - Đức Linh (N) 11 BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat >R_Ngu_Phung-Phu_Quy TCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGC GGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGT GGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGG ATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTT ACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGC GACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACAC GGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAA GTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCT GTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCT AACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGC Trình tự sau kiểm tra ngân hàng gen thơng qua BLAST, kết cho thấy vi khuẩn phân lập từ Sơng Phan - Hàm Tân Nam thuộc lồi Bacillus velezensis với độ tương đồng 100% (Hình 12) Hình 12 Kết BLAST DNA chủng vi khuẩn phân lập từ Ngũ Phụng - Phú Quý (R) >S_Tam_Thanh_Phu_Quy TCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGC GGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGT GGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGG ATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTA CAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCA ACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACG GCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGT CTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGT TGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAA CCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCA Trình tự sau kiểm tra ngân hàng gen thông qua BLAST, kết cho thấy vi khuẩn phân lập từ Sông Phan - Hàm Tân thuộc lồi Bacillus amyloliquefaciens với độ tương đồng 100% (Hình 13) 12 BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat Hình 13 Kết BLAST DNA chủng vi khuẩn phân lập từ Tam Thanh - Phú Quý (S) 2.3 Kết Qua so sánh với trình tự Genbank, kết cho thấy chủng vi khuẩn phân tích, có chủng thuộc chi Bacillus Trong khuẩn lạc thu từ Sơng Phan - Hàm Tân (A), TT Liên Hương - Tuy Phong (D) Hàm Liêm - Hàm Thuận Bắc (F) thuộc loài Bacillus subtilis Khuẩn lạc thu từ Đức Phú - Đức Linh (N) Tam Thanh - Phú Quý (S) thuộc lồi Bacillus amyloliquefaciens Trong khuẩn lạc thu từ Hàm Cường - Hàm Thuận Nam (H) Ngũ Phụng - Phú Quý (R) thuộc loài Bacillus velezensis Riêng khuẩn lạc thu từ Gia An - Tánh Linh (L) thuộc lồi Lysinibacillus xylanilyticus, qua xác định hình thái nhuộm Gram, chủng vi khuẩn thu thập từ Gia An - Tánh Linh mang đặc tính Bacillus, điều chứng tỏ ưu điểm phương pháp sinh học phân tử định danh vi sinh vật III KẾT LUẬN Dựa vào đặc điểm hình thái, đặc điểm sinh hóa giải trình tự gene 16S rRNA, nghiên cứu phân lập chủng vi khuẩn thuộc loài Bacillus subtilis, Bacillus amylolique faciens Bacillus velezensis từ 20 mẫu đất thu thập từ huyện tỉnh Bình Thuận Các chủng vi khuẩn phân lập nghiên cứu đối tượng tiềm để nghiên cứu sản xuất chế phẩm phân bón vi sinh chế phẩm khác xử lý mơi trường Kĩ thuật giải trình tự gen đời mang đến nhiều ý nghĩa quan trọng: Biết xếp gen Giúp phân loại định danh vi sinh vật Khám phá bệnh gen quy định Khám phá gen người giúp cho việc phòng ngừa điều trị số bệnh liên quan tới gen 13 BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat BAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vatBAO.cao.SEMINAR.mon.CONG.NGHE.DI.TRUYEN.(CS320).chu.de.UNG.DUNG.ky.THUAT.doc.TRINH.tu.TRONG.DINH.DANH.SINH.vat