Đánh giá thực trạng công tác bồi thường giải phóng mặt bằng, hỗ trợ và tái định cư đoạn đường cao tốc nội bài lào cai qua địa bàn thị xã phú thọ tỉnh phú thọ giai đoạn 2006 2013

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC PHẠM VĂN PHÚC NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG KỸ THUẬT MULTIPLEX PCR PHÁT HIỆN NHANH VÀ ĐỒNG THỜI Staphylococcus aureus VÀ Salmonella typhi GÂY BỆNH TRONG THỰC PHẨM LUẬN VĂN THẠC SĨ CƠNG NGHỆ SINH HỌC Thái Ngun - 2013 Số hóa trung tâm học liệu Tai ngay!!! Ban co the xoa dong chu nay!!! http://www.lrc-tnu.edu.vn/ ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC PHẠM VĂN PHÚC NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG KỸ THUẬT MULTIPLEX PCR PHÁT HIỆN NHANH VÀ ĐỒNG THỜI Staphylococcus aureus VÀ Salmonella typhi GÂY BỆNH TRONG THỰC PHẨM Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã Số: 60420201 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC TS NGUYỄN VĂN DUY Thái Nguyên - 2013 Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: Luận văn cơng trình nghiên cứu thực cá nhân, thực hướng dẫn khoa học TS Nguyễn Văn Duy Các số liệu, kết luận nghiên cứu trình bày luận văn trung thực Tôi xin chịu trách nhiệm nghiên cứu Học viên Phạm Văn Phúc Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ ii LỜI CẢM ƠN Để hồn thành chương trình cao học viết luận văn tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới TS Nguyễn Văn Duy, Khoa Công nghệ Sinh học Công nghệ Thực phẩm, Trường Đại học Nông Lâm Thái Nguyên tạo điều kiện thuận lợi hướng dẫn tận tình tơi q trình thực đề tài Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn chân thành đến TS Lê Quang Hịa, trưởng phịng Cơng nghệ gen, Viện CNSH&CNTP, Trường Đại học Bách Khoa Hà Nội; TS Nguyễn Đắc Trung, phó trưởng khoa Y học Cơ sở, Trường Đại học Y Dược Thái Nguyên; ThS Nguyễn Thị Lan Hương, cán Trung tâm Y tế dự phịng tỉnh Thái Ngun; ThS Đỗ Bích Duệ, cán phòng Vi sinh, Viện Khoa học Sự sống, Trường Đại học Nông Lâm Thái Nguyên cung cấp chủng vi sinh vật để thực đề tài Tôi xin cảm ơn cán phòng Vi sinh, Viện Khoa học Sự sống, Trường Đại học Nông Lâm Thái Nguyên; cán Bộ môn Vi sinh, Khoa Y học Cơ sở, Trường Đại học Y Dược Thái Nguyên; cán phịng thí nghiệm Khoa Cơng nghệ Sinh học & Công nghệ Thực phẩm, Trường Đại học Nông Lâm Thái Nguyên Tôi x Tôi xin chân thành cảm ơn! Thái Nguyên, ngày 20 tháng năm 2013 Học viên Phạm Văn Phúc Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ iii MỤC LỤC MỞ ĐẦU 1 Lý chọn đề tài Mục tiêu nghiên cứu đề tài: Nội dung nghiên cứu Ý nghĩa khoa học, thực tiễn đề tài 4.1 Ý nghĩa khoa học 4.2 Ý nghĩa thực tiễn Chƣơng 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tình hình ngộ độc thực phẩm Staphylococcus Salmonella 1.1.1 Trên giới 1.1.2 Ở Việt Nam 1.2 Tổng quan Salmonella typhi Staphylococcus aureus 1.2.1 Salmonella typhi 1.2.1.1 Hình thái, cấu tạo Salmonella typhi 1.2.1.2 Cấu trúc di truyền Salmonella typhi 10 1.2.1.3 Các thị phân tử Salmonella typhi 11 1.2.1.4 Đặc tính sinh học Salmonella typhi 12 1.2.1.5 Đặc tính gây bệnh Salmonella typhi 14 1.2.2 Staphylococcus aureus 15 1.2.2.1 Hình thái , cấu tạo Staphylococcus aureus 15 1.2.2.2 Cấu trúc di truyền Staphylococcus aureus 18 1.2.2.3 Các thị phân tử Staphylococcus aureus 18 1.2.2.4 Đặc tính sinh học Staphylococcus aureus 19 Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ iv 1.2.2.5 Đặc tính gây bệnh Staphylococcus aureus 22 1.3 Các phương pháp phát Staphylococcus aureus Salmonella typhi 24 1.3.1 Các phương pháp vi sinh 24 1.3.2 Các phương pháp sinh học phân tử 25 1.4 Tổng quan kỹ thuật multiplex PCR 27 1.4.1 Nguyên lý kỹ thuật multiplex PCR 27 1.4.2 Ứng dụng kỹ thuật multiplex PCR phát nhanh vi sinh vật gây bệnh……………………………………………………………………………….28 Chƣơng 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 31 2.1 Đối tượng nghiên cứu 31 2.2 Địa điểm thời gian nghiên cứu 31 2.2.1 Địa điểm nghiên cứu 31 2.2.2 Thời gian nghiên cứu 31 2.3 Vật liệu nghiên cứu 31 2.3.1 Các cặp mồi sử dụng đề tài 31 2.3.2 Hóa chất sử dụng đề tài 32 2.3.3 Dụng cụ, thiết bị 33 2.4 Phương pháp nghiên cứu 33 2.4.1 Phương pháp thiết kế cặp mồi 33 2.4.1.1 Thiết kế cặp mồi đặc hiệu cho vi khuẩn Staphylococcus aureus 33 2.4.1.2 Thử nghiệm khả khuếch đại cặp mồi sử dụng phản ứng PCR 34 2.4.2 Phương pháp tách chiết DNA 35 2.4.2.1 Phá vỡ tế bào vi khuẩn sốc nhiệt 35 2.4.2.2 Tách chiết DNA vi khuẩn hóa chất 36 Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ v 2.4.2.3 Định lượng, kiểm tra chất lượng tách chiết DNA 37 2.4.3 Phản ứng multiplex PCR phát nhanh đồng thời Staphylococcus aureus Salmonella typhi 38 2.4.4 Phương pháp xác định ngưỡng phát phản ứng multiplex PCR 39 2.4.5 Phương pháp xác định độ đặc hiệu multiplex PCR 39 Chƣơng 3: KẾT QUẢ - BIỆN LUẬN 40 3.1 Thiết kế cặp mồi cho phản ứng multiplex PCR phát nhanh đồng thời Staphylococcus aureus Salmonella typhi 40 3.2 Xây dựng quy trình phát nhanh đồng thời Staphylococcus aureus Salmonella typhi phản ứng multiplex PCR 43 3.2.1 Tách chiết DNA tổng số chủng vi khuẩn 43 3.2.2 Nghiên cứu nồng độ DNA tối thiểu phản ứng PCR đơn phát riêng rẽ Staphylococcus aureus Salmonella typhi 45 3.2.3 Tối ưu phản ứng multiplex PCR phát nhanh đồng thời Staphylococcus aureus Salmonella typhi 47 3.2.4 Thử nghiệm quy trình kỹ thuật multiplex PCR với chủng vi khuẩn …………………………………………………………………………… 53 3.2.5 Thử nghiệm quy trình kỹ thuật multiplex PCR với phương pháp tách chiết DNA khác 54 3.3 Xác định giới hạn phát phản ứng multiplex PCR phát nhanh đồng thời Staphylococcus aureus Salmonella typhi 56 3.4 Xác định độ đặc hiệu phản ứng multiplex PCR phát nhanh đồng thời Staphylococcus aureus Salmonella typhi 57 Chƣơng 4: KẾT LUẬN – KIẾN NGHỊ 60 4.1 Kết luận 60 4.2 Kiến nghị 61 Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ vi TÀI LIỆU THAM KHẢO 62 DANH MỤC CÁC TỪ, CÁC CỤM TỪ VIẾT TẮT Từ viết tắt Tên đầy đủ ATTP An toàn thực phẩm ATVSTP An toàn vệ sinh thực phẩm CIAA Hỗn hợp gồm 24 chloroform : isoamylalcohol CFU Colony Forming Unit - Đơn vị đo khuẩn lạc DNA Deoxyribonucleic Acid dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate NĐTP Ngộ độc thực phẩm OD Optical Density - Giá trị mật độ quang PCR Polymerase Chain Reaction Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ vii Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ viii DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1 Bảng phân loại Salmonella vật chủ theo danh pháp KauffmannWhite Bảng 1.2 Những đặc tính S aureus, S epidermidis Micrococci 22 Bảng 2.1 Các cặp mồi sử dụng nghiên cứu 32 Bảng 2.2 Các hóa chất sử dụng nghiên cứu 32 Bảng 2.3 Các thiết bị sử dụng nghiên cứu 33 Bảng 3.1 Kết xác định nồng độ DNA tổng số chủng vi khuẩn nghiên cứu 44 Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 62 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng việt: Nguyễn Văn Duy (2011), “Nghiên cứu phát triển kỹ thuật DNA macroarray nhằm phát nhanh tính kháng rifampicin isoniazid vi khuẩn lao”, Luận án Tiến sĩ kỹ thuật, Đại học Bách khoa Hà Nội, Hà Nội Nguyễn Thị Hiền, Phạm Thanh Yến, Phan Thị Kim, Nguyễn Thị Sợt, Nguyễn Thị Khánh Sâm (2005), Tình hình nhiễm vi khuẩn nhận thức vệ sinh an toàn thực phẩm người kinh doanh thức ăn đường phố, Cục An toàn vệ sinh thực phẩm, Bộ Y tế Bùi Thế Hiền, Tơ Thị Thu (2005), Tình hình nhiễm thực phẩm vi sinh vật hai xã huyện Kiến Xương tỉnh Thái Bình năm 2001, Cục an tồn vệ sinh thực phẩm, Bộ Y tế Đỗ Thị Hòa (2006), Phòng chống tụ cầu vàng, Khoa học phổ thơng Lâm Quốc Hùng (2009), Phịng chống ngộ độc Việt Nam năm 2008, dự báo giải pháp phòng chống ngộ độc thực phẩm năm 2009, Cục an toàn vệ sinh thực phẩm, Bộ Y tế Nguyễn Lý Hương, Nguyễn thị Phấn, Bùi Thị Kim Dung (2005), Khảo sát tình hình nhiễm vi sinh vật số mặt hàng thực phẩm ăn liền bán Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 63 chợ Tp.Hồ Chí Minh năm 2002-2004, Cục an toàn vệ sinh thực phẩm, Bộ Y tế Trần Thị Xuân Mai (2011), “Phát nhanh Salmonella spp, Salmonella enterica diện thực phẩm kỹ thuật PCR đa mồi (multiplexPCR)”, Tạp chí Khoa học, 20, tr 198-208 Nguyễn Đỗ Phúc, Hoàng Hoài Phương, Bùi Kiều Nương (2003), Đánh giá mức độ ô nhiễm vi sinh vật thức ăn đường phố thành phố Hồ Chí Minh năm 2002, Cục an toàn vệ sinh thực phẩm, Bộ Y tế Tô Liên Thu (2005), Nghiên cứu tình trạng nhiễm số vi khuẩn vào thịt lợn, thịt gà sau giết mổ Hà Nội số phương pháp làm giảm nhiễm khuẩn thịt, Luận án Tiến sỹ Nông nghiệp, Viện Thú y Quốc gia, Hà Nội 10 Đỗ Ngọc Thúy (2006), “Đánh giá tình hình nhiễm số loại vi khuẩn gây bệnh thịt tươi địa bàn Hà Nội”, Tạp chí Khoa học Kỹ thuật Thú y, 13(3), tr 48-54 11 Nguyễn Vũ Trung (2009), “Độ nhạy độ đặc hiệu PCR đa mồi xác định trực tiếp Salmonella từ bệnh phẩm phân”, Tạp chí Y học thực hành, (641)1, tr 3-76 Tiếng nƣớc ngoài: 12 Achtman M (2008), "Evolution, Population Structure, and Phylogeography of Genetically Monomorphic Bacterial Pathogens", Annual Review of Microbiology, 62, pp 53-70 13 Agarwal A., Makker A., Goel S K (2002), “Application of the PCR technique for a rapid, specific and sensitive detection of Salmonella spp in foods”, Mol Cell Probes, 16, pp 243-250 14 Atanmassova V., Meindl A., Ring C (2001), “Prevalence of Staphylococcus aureus and staphylococci enterotoxin in raw pork and uncooked smoked Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 64 ham – a comparison of classical culturing detection and RFLP-PCR”, International Journal of Food Microbiology, 68, pp 105-113 15 Baba T., Takeuchi F., Kuroda M., Yuzawa H., Aoki K., Oguchi A., Nagai Y., Iwama N., Asano K., Naimi T., Kuroda H., Cui L.,Yamamoto K., Hiramatsu K (2002), “Genome and virulence determinants of high virulence community- acquired MRSA”, Lancet, 359(9320), pp 1819-1827 16 Baba T., Bae T., Schneewind O., Takeuchi F., Hiramatsu K (2008), “Genome sequence of Staphylococcus aureus strain Newman and comparative analysis of staphylococcal genomes: polymorphism and evolution of two major pathogenicity islands”, J Bacteriol, 190(1), pp 300-310 17 Baird R M., Lee W H (1995), “Media used in the detection and enumeration of Staphylococcus aureus”, International Journal of Food Microbiology, 26, pp 15-24 18 Banavandi M J S., Shahhosseiny M H., Shahbazzadeh D., V Karimi, Mirzahoseini H., Mahboudi F., Abachi M., Javadi G (2004), “Selective Amplification of prt, tyv and invA Genes by Multiplex PCR for Rapid Detection of Salmonella typhi”, Iranian Biomedical Journal, 9(3), pp 135-138 19 Bannoehr J., Franco A., Iurescia M., Battisti A., Fitzgerald J R (2009), “Molecular diagnostic identification of Staphylococcus pseudintermedius”, J Clin Microbiol, 47, pp 469-471 20 Bennett R W., Lancette G A (2001), Bacteriological Analytical Manual Online (Chapter12: Staphylococcus aureus), Center for Food Safety & Applied Nutrition, U.S.Food and Drug Administration Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 65 21 Berke A., Tilton R C (1986), “Evaluation of Rapid Coagulase Methods for the Identification of Staphylococcus aureus”, Journal of clinical microbiology, 23(5), pp 916-919 22 Bes M., Saidi S L., Becharnia F., Meugnier H., Vandenesch F., Etienne J., Freney J (2002), “Population diversity of Staphylococcus intermedius isolates from various host species: typing by 16S-23S intergenic ribosomal DNA spacer polymorphism analysis”, J Clin Microbiol, 40, pp 2275-2277 23 Bhan M K., Bahl R., Bhatnagar S (2005), "Typhoid and paratyphoid fever", Lancet, 366, pp 749-762 24 Blaiotta G., Fusco V., Ercolini D., Pepe O., Coppola S (2010), “Diversity of Staphylococcus species strains based on partial kat (catalase) gene sequences and design of a PCR-restriction fragment length polymorphism assay for identification and differentiation of coagulase-positive species”, J Clin Microbiol, 48, pp 192-201 25 Brakstad O G., Aasbakk K., Maeland J A (1992), “Detection of Staphylococcus aureus by Polymerase Chain Reaction Amplification of the nuc Gene”, Journal of clinical microbiology, 30(7), pp 1654-1660 26 Bremer P J., Fletcher G C., Osbome C (2004), “Staphylococcus aureus”, Nee Zealand Institute for Crop and Food Research 27 Brenner F W., Villar R G., Angulo F J., Tauxe R., Swaminathan B (2000), "Salmonella Nomenclature", Journal of Clinical Microbiology, 38, pp 2465-2467 28 Carmo L S., Dias R S., Linardi V R., Sena M J., Santos D A., Faria M E., Pena E C., Jett M., Heneine L G (2001), “Food poisoning enterotoxigenic strains of Staphylococcus present in Minas cheese and raw milk in Brazil”, Food Microbiology, 19, pp 9-14 Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 66 29 CDC (2002), Salmonella, United States 30 Chaudhry R., Laxmi B V., Nisar N., Ray K., Kumar D (1997), “Standardisation of polymerase chain reaction for the detection of Salmonella typhi in typhoid fever”, J Clin Pathol, 50, pp 437-439 31 Clelland M., Sanderson K E., Clifton S W., Latreille P., Porwollik S., Sabo A., Meyer R., Bieri T., Ozersky P., McLellan M., Harkins C R., Wang C., Nguyen C., Berghoff A., Elliott G., Kohlberg S., Strong C., Du F., Carter J., Kremizki C., Layman D., Leonard S., Sun H., Fulton L., Nash W., Miner T., Minx P., Delehaunty K., Fronick C., Magrini V., Nhan M., Warren W., Florea L., Spieth J., Wilson R K (2004), "Comparison of genome degradation in paratyphi A and typhi, human-restricted serovars of Salmonella enterica that cause typhoid", Nat Genet, 36, pp 1268-74 32 Dolapci I., Erdem B., Tekeli A (2010), “Molecular analyses of Salmonella serotypentyphi and Salmonella serotype paratyphy B strain isolated in Turkey”, Turkey Journal Medical Science, 40(3), pp 447- 458 33 Freitas C G., Santana A P., Silva P H., Gonỗalves V S., BarrosMde A., Torres F A., Murata L S., Perecmanis S (2010), “PCR multiplex for detection of Salmonella Enteritidis, typhi and typhimurium and occurrence in poultry meat”, Int J Food Microbiol, 139(1-2), pp 15-22 34 Gibert I., Barbe J., Casadesus J (1990), "Distribution of insertion sequence IS200 in Salmonella and Shigella", J Gen Microbiol, 136, pp 2555-2560 35 Gill S R., Fouts D E., Archer G L., Mongodin E F., Deboy R T., Ravel J., Paulsen I T., Kolonay, J F., Brinkac L., Beanan M., Dodson R J., Daugherty S C., Madupu R., Angiuoli S V., Durkin A S., Haft D H., Vamathevan J., Khour I H., Utterback T., Lee C., Dimitrov G., Jiang L., Qin H., Weidman J., Tran K., Kang K., Hance I R., Nelson K E., Fraser C Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 67 M (2005), “Insights on evolution of virulence and resistance from the complete genome analysis of an early methicillin-resistant Staphylococcus aureus strain and a biofilm-producing methicillin-resistant Staphylococcus epidermidis strain”, J Bacteriol, 187, pp 2426-2438 36 Hashimoto Y., Itho Y., Fujinaga Y., Khan A Q., Sultana F., Miyake M., Hirose K., Yamamoto H (1995), “Devel-opment of nested PCR based on the ViaB sequence to detect Salmonella typhi”, J Clin Microbiol, 33, pp 775-777 37 Hirose K., Itoh K I., Nakajima H., Kurazono T., Yamaguchi M., Moriya K., Ezaki T., Kawamura Y., Tamura K., Watanabe H (2002), “Selective Amplification oftyv (rfbE ), prt (rfbS ), viaB , and fliC Genes by Multiplex PCR for Identification of Salmonella enterica Serovars typhi and paratyphi A”, Journal of Clinical Microbiology, 40(2), pp 633-636 38 Holden M T., Feil E J., Lindsay J A., Peacock S J., Day N P., Enright M C., Foster T J., Moore C E., Hurst L., Atkin R., Barron A., Bason N., Bentley S D., Chilling W C., Chilling W.T., Churcher C., Clark L., Corton C., Cronin A., Doggett J., Dowd L., Feltwell T., Hance Z., Harris B., Hauser H., Holroyd S., Jagels K., James K D., Lennard N., Line A., Mayes R., Moule S., Mungall K., Ormond D., Quail M A., Rabbinowitsch E., Rutherford K., Sanders M., Sharp S., Simmonds M., Stevens K.,Whitehead S., Barrell B G., Spratt B G., Parkhill J (2004), “Complete genomes of two clinical Staphylococcus aureus strains: evidence for the rapid evolution of virulence and drug resistance”, Proc Natl Acad Sci USA, 101(26), pp 9786-9791 39 Humphrey T (2004), "Salmonella, stress responses and food safety", Nature Reviews Micriobiology, 2, pp 504-509 40 Imen S B., Ridha M., Makjoub A., (2007), Laboratory typing method for diagnostic of Salmonella strain, Monastir University Tunisia Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 68 41 Kathryn E H., Wain J., Langridge G C., Hasan Z A B., Quail M A., Norbertczak H., Walker M S D., White B., Bason L., G., Mungall D J P (2009), "Pseudogene accumulation in the evolutionary histories of Salmonella enterica serovars paratyphi A and typhi", BMC Genomics, 10, pp 1186-1471 42 Kidgell C., Reichard U., Wain J., Linz B., Torpdahl M., Dougan G., Achtman M (2002), "Salmonella typhi, the causative agent of typhoid fever, is approximately 50,000 years old", Infect Genet Evol, 2, pp 39-45 43 Kopecko L H J (2002), "Salmonella typhi and paratyphi", Molecular Medical Microbiology, 5, pp 1365-1391 44 Kumar S., Balakrishna K., Batra H.V (2005), Detection of Salmonella enterica serovar typhi ( S typhi) by selective amplification of invA , viaB, fliC-d and prt genes by polymerase chain reaction in mutiplex format, Letters in Applied Microbiology 45 Kuroda M., Ohta T., Uchiyama I., Baba T., Yuzawa H., Kobayashi I., Cui L., Oguchi A., Aoki K., Nagai Y., Lian J., Ito T., Kanamori M., Matsumaru H., Maruyama A., Murakami H., Hosoyama A., Mizutani U Y., Takahashi N K., Sawano T., Inoue R., Kaito C., Sekimizu K., Hirakawa H., Kuhara S., Goto S., Yabuzaki J., Kanehisa M., Yamashita A., Oshima K., Furuya K., Yoshino C., Shiba T., Hattori M., Ogasawara N., Hayashi H., Hiramatsu K (2001), “Whole genome sequencing of meticillin-resistant Staphylococcus aureus”, Lancet, 357(9264), pp 1225-1240 46 Kwok A Y., Chow A W (2003), “Phylogenetic study of Staphylococcus and Macrococcus species based on partial hsp60 gene sequences”, Int J Syst Evol Microbiol, 53, pp 87-92 Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 69 47 Liu D., Verma N K., Romana L K., Reeves P R (1991), “Relationships among the rfb Regions of Salmonella Serovars A, B, and D”, Journal of Bacteriology, 173(15), pp 4814-4819 48 Madison B M., Baselski V S (1983), “Rapid identification of Staphylococcus aureus in blood cultures by thermonuclease testing”, J Clin Microbiol, 18, pp 722-724 49 Malorny B., Bunge C., Helmuth R (2007), “A real-time PCR for the detection of Salmonella enteritidis in poultry meat and consumption eggs”, J Microbiol Methods, 70, pp 245-251 50 Martin S E., Iandolo J J., Harvey J., Gilmour A., Tatini S R., Bennett R., Bergdoll M S (2000), Staphylococcus encyclopedia of Food Microbiology, Academic Press, San Diego - San Francisco - New Yolk – Boston – London – Sydney – Tokyo, pp 2062-2083 51 Mead P S., Slutsker L., Griffin P M., Tauxe R V (1999), “Food – related illness and death in the United State”, Emerging Infect Dis, 5, pp 607-652 52 Moganedi K., Goyvaerts E., Venter S (2007), “Optimization of the PCRinvA primers for the detection of Salmonella in drinking and surface waters following a precultivation step”, Water, 33(2), pp 195-202 53 Monack D M., Mueller A., Falkow S (2004), "Persistent bacterial infections: the interface of the pathogen and the host immune system", Nature reviews, 2(9), pp.747-765 54 Mousavi S L., Salimiyan J., Rahgerdi A K., Amani J., Nazarian S., Ardestani H (2006), “A rapid and specific PCR–ELISA for detecting Salmonella typhi”, Iranian Journal of Clinic al Infectious Diseases, 1(3), pp 113-119 Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 70 55 Munoz N., Diaz-Osorio M., Moreno J., Sanchez-Jimenez M., CardonaCastro N (2010), “Development and Evaluation of a Multiplex Real-Time Polymerase Chain Reaction Procedure to Clinically Type Prevalent Salmonella enterica Serovars”, J Mol Diagn, 12(2), pp 220-225 56 Nakano S., Kobayashi T., Funabiki K., Matsumura A., Nagao Y., Yamada T (2003), “Development of a PCR assay for detection of Enterobacteriaceae in foods”, J Food Prot, 66, pp 1798-1804 57 Normanno G., Firinu A., Virgilio S., Mula G., Dambrosio A., Poggiu A., Decastelli L., Mioni R., Scuota S., Bolzoni G., DiGiannatale E., Salinetti A P., Salandra G L., Bartoli M., Zuccon F., Pirino T., Sias S., Parisi A., Quaglia N C., Celano G V (2004), “Coagulase-positive Staphylococci and Staphylococcus aureus in food products marketed in Italy”, International Journal of Food Microbiology, 98, pp 73-79 58 Ohl M E., Miller S I (2001), "Salmonella: Amodel for Bacterial Pathogenesis", Annu Rev Med, 52, pp 259-74 59 Parkhill J., Dougan G., James K D., Thomson N R., Pickard D., Wain J., Churcher C., Mungall K L., Bentley S D., Holden M T., Sebaihia M., Baker S., Basham D., Brooks K., Chillingworth T., Connerton P., Cronin A., Davis P., Davies R M., Dowd L., White N., Farrar J., Feltwell T., Hamlin N., Haque A., Hien T T., Holroyd S., Jagels K., Krogh A., Larsen T S., Leather S., Moule S., O'Gaora P., Parry C., Quail M., Rutherford K., Simmonds M., Skelton J., Stevens K., Whitehead S., Barrell B G (2001), "Complete genome sequence of a multiple drug resistant Salmonella enterica serovar typhi CT18", Nature, 413, pp 848-852 60 Parry C M., Hien T T., Dougan G., White N J., Farrar J J (2002), "Typhoid fever", N Engl J Med, 347, pp 1770-1782 Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 71 61 Pinto B., Chenoll E., Azna R (2004), “Identification and typing of foodborne Staphylococcus aureus by PCR-based techniques” Systematic and Applied Microbiology, 28, pp 340-350 62 Poyart C., Quesne G., Boumaila C., Trieu-Cuot P (2001), “Rapid and accurate species-level identification of coagulase-negative staphylococci by using the sodA gene as a target”, J Clin Microbiol, 39, pp 4296-4301 63 Pui C F., Wong W C., Chai L C., Lee H Y., Noorlis A., Zainazor T C T., Tang J Y H., Ghazali F M., Cheah Y K., Nakaguchi Y., Nishibuchi M., Radu S (2011), “Multiplex PCR for the concurrent detection and differentiation of Salmonella spp, Salmonella typhi and Salmonella typhimurium”, Trop Med Health, 39(1), pp 9-15 64 Quintaes B R., Leal N C., Reis E M F, Hofer E (2004), “Optimization of randomly amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction for molecular typing of Salmonella enterica serovar typhi”, Review Socety Brassica Medical, 37, pp 143-7 65 Rosec J P., Gigaud O (2002), “Staphylococcal enterotoxin genes of classical and new types detected by PCR in France”, Int J Food Microbiol, 77, pp 61-70 66 Sandel M K., McKillip J L (2002), “Virulence and recovery of Staphylococcus aureus to the food industry using improvement on traditional approaches”, Food control, 15, pp 5-10 67 Sasaki T., Tsubakishita S., Tanaka Y., Sakusabe A., Ohtsuka M., Hirotaki S., Kawakami T., Fukata T., Hiramatsu K (2010), “Multiplex-PCR Method for Species Identification of Coagulase-Positive Staphylococci”, Journal of clinical microbiology, pp 765-769 Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 72 68 Sasaki T., Kikuchi K., Tanaka Y., Takahashi N., Kamata S., Hira-matsu K (2007), “Reclassification of phenotypically identified Staphylococcus intermedius strains”, J Clin Microbiol, 45, pp 2770-2778 69 Stephen G L., Herbert L DuPont, Linda Gaul, Raouf R Arafat, Beatrice J Selwyn, Joan Rogers, Eric Casey, (2010), “Pulsed-field Gel Electrophoresis for Salmonella Infection Surveillance, Texas, USA, 2007”, Emerg Infect Dis, 16(6) pp 983–985 70 Steven R G., Derrick E F., Gordon L A (2005), “Insights on Evolution of Virulence and Resistance from the Complete Genome Analysis of an Early Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Strain and a BiofilmProducing Methicillin-Resistant Staphylococcus epidermidis Strain”, J Bacteriol, 187(7), pp 2426–2438 71 Taniuchi M., Verweij J J., Houpt E R (2011), “Multiplex PCR method to detect Cyclospora, Cystoisospora, and Microsporidia in stool samples”, Diagnostic microbiology and infectious disease, 71(4), pp 386-390 72 Tucker P W., Hazen E E., Cotton F A (1978), “Staphylococcal nuclease reviewed: a prototypic study in contemporary enzymology Isolation, physical and enzymatic properties”, Mol Cell Biochem, 22, pp 67-77 73 Wallace D J., Van T G., Shallow S., Fiorentino T., Segler S D., Smith K E., Shiferaw B., Etzel R., Garthright W E., Angulo F J (2000), “Incidence of Foodborne Illesses Reported by the Foodborne Diseases Active Surveillance Network (FoodNet)-1997”, J Food Prot, 63, pp 807-809 74 Wei H L., Chiou C S (2001), “Molecular subtyping of Staphylococcus aureus from an outbreak associated with a food handler”, Epidemiol Infect, 128, pp 15-20 Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 73 75 Wieneke A A., Roberts D., Gilbert R J (1993), “Staphylococcal food poisoning in the United Kingdom, 1969-90”, Epidemiol Infect, 110, pp 519-531 76 Wilson I G., Cooper J E., Gilmour A (1991), “Detection of enterotoxigenic Staphylococcus aureus in dried skimmed milk: use of the polymerase chain reaction for amplification and detection of staphylococcal enterotoxin genes entB and entCI and the thermonuclease gene nuc”, Appl Environ Microbiol, 57, pp 1793-1798 77 Yves L L., Florence B., Michel G (2003), “Staphylococcus aureus and food poisoning”, Genet Mol Res, 2(1), pp 63-76 78 Zhu Q., Lim C K., Chan Y N (1996), “Detection of Salmonella typhi by polymerase chain reaction”, J Appl Bacteriol, 80, pp 244-251 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Ký hiệu chủng vi khuẩn sử dụng nghiên cứu Ký hiệu Nơi cung cấp S typhi YD Đại học Y - Dược Thái Nguyên S typhi NL1 Viện Khoa học Sự sống - Đại học Nông Lâm TN S typhi NL2 Viện Khoa học Sự sống - Đại học Nông Lâm TN S typhi DP Trung tâm Y tế Dự phòng tỉnh Thái Nguyên S aureus YD Đại học Y - Dược Thái Nguyên STT Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 74 S aureus BK Đại học Bách Khoa - Hà Nội S aureus DP Trung tâm Y tế Dự phòng tỉnh Thái Nguyên S aureus NL Viện Khoa học Sự sống - Đại học Nông Lâm TN Phu lục 2: Bảng kết so sánh mức độ tƣơng đồng cặp mồi NucF-NucR với trình tự gen nuc Staphylococcus aureus ngân hàng gen chƣơng trình Blast Description Max Score Total Score Query cover E value Max ident Accession (1) (2) (3) (4) (5) (6) (7) 48.1 122 100% 0.004 100% HF937103.1 481 122 100% 0.004 100% HE579073.1 Staphylococcus aureus M1 complete genome Staphylococcus aureus subsp aureus ST228 complete genome, isolate 18583 Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 75 Staphylococcus aureus subsp aureus ST228 complete genome, isolate 18412 Staphylococcus aureus subsp aureus ST228 complete genome, isolate 18341 Staphylococcus aureus subsp aureus ST228 complete genome, isolate 16125 Staphylococcus aureus subsp aureus ST228 complete genome, isolate 16035 Staphylococcus aureus subsp aureus ST228 complete genome, isolate 15532 Staphylococcus aureus subsp aureus ST228 complete genome, isolate 10497 Staphylococcus aureus subsp aureus ST228 complete genome, isolate 10388 Staphylococcus aureus 08BA02176, complete genome Staphylococcus aureus subsp aureus HO 5096 0412 complete genome Staphylococcus aureus subsp aureus 71193, complete genome Staphylococcus aureus subsp aureus VC40, complete genome Staphylococcus aureus subsp aureus 11819-97, complete genome Staphylococcus aureus subsp aureus M013, complete genome Staphylococcus aureus subsp aureus LGA251 complete genome sequence HE579071.1 481 122 100% 0.004 100% 481 122 100% 0.004 100% HE579069.1 481 122 100% 0.004 100% HE579067.1 481 122 100% 0.004 100% HE579065.1 481 122 100% 0.004 100% HE579063.1 481 122 100% 0.004 100% HE579061.1 481 92.2 100% 0.004 100% HE579059.1 481 122 100% 0.004 100% CP003808.1 481 92.2 100% 0.004 100% HE681097.1 481 92.2 100% 0.004 100% CP003045.1 481 122 100% 0.004 100% CP003033.1 481 92.2 100% 0.004 100% CP003194.1 481 94.2 100% 0.004 100% CP003166.1 481 122 100% 0.004 100% FR821779.1 (2) (3) (4) (5) (6) (7) 481 122 100% 0.004 100% CP002643.1 481 122 100% 0.004 100% FR714927.1 481 92.2 100% 0.004 100% CP002110.1 48.1 122 100% 0.004 100% CP001844.2 S.aureus mRNA for nuclease 48.1 92.2 100% 0.004 100% V01281.1 Staphylococcus aureus strain 44.1 44.1 48% 0.063 100% JX240347.1 (1) Staphylococcus aureus subsp aureus T0131, complete genome Staphylococcus aureus subsp aureus ECT-R complete genome Staphylococcus aureus subsp aureus TCH60, complete genome Staphylococcus aureus 04-02981, complete genome Số hóa trung tâm học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 76 KVAFSU-107/11 thermonuclease (nuc) gene, partial cds Staphylococcus aureus strain V112 thermonuclease (nuc) gene, partial cds S.aureus nuclease gene, partial cds Số hóa trung tâm học liệu 44.1 44.1 48% 0.063 100% JX240348.1 44.1 44.1 48% 0.063 100% M17123.1 http://www.lrc-tnu.edu.vn/