CHƯƠNG 2 CẤU TRÚC CHỨC NĂNG VÀ PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH PROTEIN

Chương Cấu trúc, chức phương pháp phân tích protein DNA tế bào chứa nhiều dạng thơng tin Bao g g g g gồm trình tự nucleotide có tác dụng điều hịa, tín hiệu bắt đầu kết thúc dịch mã thông tin cho tổng hợp ọ p lọai RNA protein Phần lớn thông tin lưu trữ gen dùng để tổng hợp protein DNA phân tử tĩnh Gen mã hóa → cấu trúc protein → xác định hoạt tính sinh học → sinh lý tế bào Thay đổi DNA đột biến biến đổi tế bào thông ổ ế ế ổ ế qua biến đổi protein Kiểu gen tế bào → Xác định kiểu hình tế bào 2.1 Acid amin 2.1.1 1 Cấu trúc: protein polymer aa dạng đồng phân L Cấu trúc chung: R NH3+ C COOH 20 Amino acids Glycine (G) Alanine (A) Valine (V) Isoleucine (I) Leucine (L) Proline (P) Methionine (M) Phenylalanine (F) Tryptophan (W) Asparagine (N) Glutamine (Q) Serine (S) Threonine (T) Tyrosine (Y) Cysteine (C) Lysine (K) Arginine (R) Histidine (H) Asparatic acid (D) Glutamic acid (E) White: Hydrophobic, Green: Hydrophilic, Red: Acidic, Blue: Basic Các aa ion lưỡng cực dung dịch nước Các chuổi phụ ảnh hưởng đến tính chất protein 2.1.2 Các chuỗi phụ tích điện Tính id Tí h acid: a.aspartic, a glutamic ti l t i Tính kiềm: lysine, arginine 2.1.3 Các chuỗi phụ khơng tích điện Ưa nước: serine threonine serine, 2.1.4 Các chuỗi phụ béo không phân cực Glycine, proline Leucine, i l L i isoleucine i Methionine 2.1.5 Chuỗi phụ thơm Phenylalanine, tyrorine, tryptophan Acid amin không phổ biến Prothrombin Ca2+ binding protein Plant cell wall Collagen Collagen elastin myosin 21th a.a aa Added during protein synthesis UGA codon glutathione peroxidases 2.2 Cấu trúc chức protein i 2.2.1 Kích thức hình dạng: Hình dạng: hình cầu (phần lớ enzym), d Hì h d hì h ầ ( hầ lớn ) dạng sợi ( i (protein cấu trúc) i ấ ú ) Khối ượng phân tử: nhỏ insulin (5 734 Da), lớn pyruvate dehydrogenase (5 triệu Da) dalton (symbol: Da) A unit of atomic mass roughly equivalent to the mass of a hydrogen atom 1.67 × 10-24 g Named after the famous nineteenth-century chemist, John Dalton (1766-1844)) 2.2.2 Cấu trúc bậc Liên kết peptid 2.2.3 Cấu trúc bậc hai Điện di (electrophoresis) (1) SDS-PAGE SDS PAGE • Proteins migrate according to their size and shape i d h • One SDS bind for every two residues • Protein is denatured, subu ts subunits will be separated cathode th d Anode Nhuộm Coomassive blue Các band protein Điện di (2) Tập trung đẳng điện • Determine protein pI • Use ampholytes to create get with pH gradient • Proteins stop migration when i i h pH = pI Điểm đẳng điện protein Phương pháp điện di hai chiều 2.3.2 Giải trình tự protein 2.3.3 Xác đị h 3 Xá định khối l lượng phân tử hâ Điện di gel poly-acrylamide Phép đo quang phổ khối lượng (khối phổ p p y) Mass spectrophotometry) 1953, Frederick Sanger worked out the sequence of i li h f insulin 1958 Nobel Prize in Chemistry 1980 Nobel Prize in Chemistry: DNA seque c g N sequencing b 1918 Only identify the first a.a Pehr Edman: Edman degradation Cắt protein lớn thành đọan nhỏ • • • • • Breaking disulfide bond Cleaving the polypeptide chain Sequencing of p p q g peptides Ordering peptide fragments Locating disulfide bond Breaking disulfide bond Cắt protein enzym ... atom 1.67 × 10 -24 g Named after the famous nineteenth-century chemist, John Dalton (1766-1844)) 2. 2 .2 Cấu trúc bậc Liên kết peptid 2. 2.3 Cấu trúc bậc hai Cấu trúc protein • Cấu trúc bậc I Primary... Miễn dịch Điều hòa 2. 2.8 2 Miền motif họ protein • Miền (Domain): Cấu trúc siêu bậc II Motif β−α−β motif • ’ 2. 3 Phân tích protein 2. 3.1 Tinh protein p Trong tế bào có hàng ngàn protein khác nhau>... ế ế ổ ế qua biến đổi protein Kiểu gen tế bào → Xác định kiểu hình tế bào 2. 1 Acid amin 2. 1.1 1 Cấu trúc: protein polymer aa dạng đồng phân L Cấu trúc chung: R NH3+ C COOH 20 Amino acids Glycine