(Luận văn) nghiên cứu đặc điểm hình thái và trình tự gen matk, its của cây lan một lá (nervilia fordii)

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM TRẦN THỊ THÙY LINH lu an n va p ie gh tn to d oa nl w NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ TRÌNH TỰ GEN matK, ITS CỦA CÂY LAN MỘT LÁ (Nervilia fordii) nf va an lu z at nh oi lm ul LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC z m co l gm @ va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN an Lu Thái Nguyên - 2019 ac th si ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM TRẦN THỊ THÙY LINH lu an NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ TRÌNH TỰ GEN matK, ITS CỦA CÂY LAN MỘT LÁ (Nervilia fordii) n va p ie gh tn to d oa nl w Ngành: Di truyền học Mã số: 42 01 21 an lu nf va LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC z at nh oi lm ul Người hướng dẫn khoa học: PGS TS NguyễnThị Tâm z m co l gm @ va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN an Lu Thái Nguyên - 2019 ac th si LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu thực hướng dẫn PGS.TS Nguyễn Thị Tâm Mọi trích dẫn luận văn ghi rõ nguồn gốc Các số liệu, kết nghiên cứu luận văn trung thực chưa cơng bố cơng trình khác Thái Nguyên, tháng năm 2019 Tác giả luận văn lu an va n Trần Thị Thùy Linh gh tn to XÁC NHẬN CỦA KHOA CHUYÊN MÔN CỦA GIÁO VIÊN HƯỚNG DẪN p ie XÁC NHẬN d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul PGS TS Nguyễn Thị Tâm z m co l gm @ an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thơng tin – ĐHTN ac th si LỜI CẢM ƠN Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành sâu sắc tới PGS TS Nguyễn Thị Tâm tận tình hướng dẫn, bảo tạo điều kiện giúp đỡ tơi q trình nghiên cứu hồn thành luận văn thạc sĩ Tôi xin chân thành cảm ơn giúp đỡ thầy cô cán Bộ môn Di truyền học đại, Khoa Sinh học, Bộ phận Sau đại học thuộc Phòng Đào tạo, Trường Đại học Sư phạm - Đại học Thái Nguyên tạo điều kiện lu thuận lợi cho q trình học tập hồn thành luận văn an va Tơi xin cảm ơn động viên, khích lệ gia đình bạn bè suốt n thời gian học tập hoàn thành luận văn to gh tn Thái Nguyên, tháng năm 2019 p ie Tác giả luận văn d oa nl w lu nf va an Trần Thị Thùy Linh z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN ac th si MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC CÁC BẢNG iv DANH MỤC CÁC HÌNH v MỞ ĐẦU v Đặt vấn đề lu Mục tiêu nghiên cứu an Nội dung nghiên cứu va n Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU gh tn to 1.1 Nguồn gốc, phân loại đặc điểm sinh học lan Một ie 1.1.1 Nguồn gốc phân loại p 1.1.2 Đặc điểm sinh học oa nl w 1.1.3 Phân bố 1.1.4 Thành phần hóa học lan Một d an lu 1.1.5 Công dụng lan Một nf va 1.2 Mã vạch DNA (DNA barcode) lm ul 1.3 Sử dụng mã vạch DNA nhận biết dược liệu 10 1.3.1 Đặc điểm vùng ITS 10 z at nh oi 1.3.2 Đặc điểm gen matK 11 1.4 Tình hình nghiên cứu gen matK, ITS Việt Nam thê giới 11 z Chương VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 14 @ l gm 2.1 Vật liệu, hóa chất, thiết bị địa điểm nghiên cứu 15 2.1.1 Vật liệu nghiên cứu 15 co m 2.1.2 Hóa chất, thiết bị 15 an Lu 2.1.3 Thời gian địa điểm nghiên cứu 15 va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN ac th si 2.2 Phương pháp nghiên cứu 15 2.2.1 Phương pháp thu mẫu 15 2.2.2 Phương pháp đánh giá số đặc điểm hình thái 16 2.2.3 Các phương pháp sinh học phân tử 16 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 20 3.1 Đặc điểm hình thái mẫu lan Một thu thập Thái Nguyên Cao Bằng 20 lu 3.2 Đặc điểm gen matK ITS phân lập từ lan Một 22 an 3.2.1 Kết tách chiết DNA từ lan Một 22 va n 3.2.2 Kết nhân gen matK ITS phản ứng PCR 23 gh tn to 3.2.3 Kết xác định trình tự nucleotit đoạn gen matK ITS phân lập từ ie mẫu lan Một 24 p 3.3 Sự đa dạng trình tự nucleotit vùng ITS matK lan Một nl w 32 d oa 3.3.1 Sự đa dạng trình tự nucletotit vùng ITS lan Một 32 an lu 3.3.2 Sự đa dạng trình tự nucletotit đoạn gen matK lan Một 34 nf va KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 37 lm ul Kết luận 37 z at nh oi Đề nghị 37 TÀI LIỆU THAM KHẢO 38 z m co l gm @ an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thông tin – ĐHTN ac th si DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1 Phân loại khoa học Chi lan Một (Nervilia fordii) Bảng 2.1.Trình tự cặp mồi nhân gen ITS matK 17 Bảng 2.2 Thành phần phản ứng PCR 17 Bảng 2.3 Chu trình nhiệt phản ứng nhân gen ITS matK 18 Bảng 3.1 Số lượng tỉ lệ loại nucleotit vùng ITS từ mẫu LML-01TN (ITS-01-TN) mẫu LML-02-CB (ITS-02-CB) 24 Bảng 3.2 Các vị trí nucleotit sai khác trình tự nucleotit đoạn gen lu matK mẫu lan Một matK-02-CB với JX865503 JN004498 32 an Bảng 3.3 Mã số, năm công bố, quốc gia tác giả trình tự vùng ITS va n GenBank 33 gh tn to Bảng 3.4 Hệ số tương đồng hệ số phân ly dựa trình tự vùng ITS từ ie mẫu LML-01-TN LML-02-CB với trình tự vùng ITS GenBank 33 p Bảng 3.5 Mã số, năm công bố, quốc gia tác giả trình tự gen matK nl w GenBank 35 d oa Bảng 3.6 Hệ số tương đồng hệ số phân ly dựa trình tự đoạn gen matK nf va an lu từ mẫu LML-02-CB với trình tự đoạn gen matK GenBank 35 z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu http://lrc.tnu.edu.vn n va Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thông tin – ĐHTN ac th si DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Cây lan Một (Nervilia fordii) thu thập Hòa An - Cao Bằng Định Hóa - Thái Nguyên Hình 3.1 Hình ảnh thân, rễ, mẫu lan Một thu huyện Hòa An tỉnh Cao Bằng (LML-02-CB) 21 Hình 3.2 Hình ảnh thân, rễ, mẫu lan Một thu huyện Định Hóa tỉnh Thái Nguyên (LML-01-TN) 21 Hình 3.3 Kết điện di kiểm tra sản phẩm DNA tổng số 23 lu Hình 3.4 Kết điện di kiểm tra sản phẩm PCR nhân gen matK ITS từ an hai mẫu lan Một 24 va n Hình 3.5 Kết phân tích tương đồng trình tự vùng gen ITS mẫu lan gh tn to Một mẫu LML-02-CB với số trình tự vùng ITS GenBank ie BLAST NCBI 26 p Hình 3.6 Kết phân tích tương đồng trình tự vùng gen ITS mẫu lan oa nl w Một LML-01-TN với số trình tự vùng ITS GenBank BLAST NCBI 26 d an lu Hình 3.7 Trình tự vùng ITS mẫu LML-01-TN, LML-02-CB hai trình nf va tự mang mã số JX011630 JX011631 GenBank 28 lm ul Hình 3.8 Kết phân tích tương đồng trình tự gen matK mẫu z at nh oi lan Một LML-02-CB với số trình tự gen matK GenBank BLAST NCBI 29 Hình 3.9 Trình tự đoạn gen matK mẫu LML02-CB hai trình tự mang z gm @ mã số JX865503 JN004498 GenBank 31 Hình 3.10 Mối quan hệ di truyền mẫu lan Một dựa phân tích trình l co tự nucleotit vùng ITS 34 m Hình 3.11 Mối quan hệ di truyền mẫu lan Một dựa phân tích trình an Lu tự nucleotit đoạn gen matK 36 http://lrc.tnu.edu.vn n va Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thông tin – ĐHTN ac th si MỞ ĐẦU Đặt vấn đề Việt Nam quốc gia nằm vùng nhiệt đới có hệ thực vật vơ đa dạng phong phú Theo thống kê, nước ta có gần 12.000 lồi thực vật bậc cao có mạch thuộc 2.256 chi, 305 họ, 69 loài thực vật hạt trần, 12.000 lồi thực vật hạt kín, 2.200 loài nấm, 2.176 loài tảo, 481 loài rêu, 368 loài vi khuẩn lam, 691 loài dương xỉ 100 loài khác [1], [7] Trong số loài thực vật nước ta có nhiều lồi sử dụng làm thuốc chữa bệnh Trải qua lu an nhiều năm điều tra nghiên cứu, thống kê cho thấy Việt Nam có khoảng n va 3.800 loài thực vật dùng làm thuốc Đó nguồn tài ngun vơ q tn to giá [2],[8] Hiện nhiều lồi có giá trị bị người dân khai thác thu hái gh để bán lợi ích kinh tế Trong đó, loài lan Một (Nervilia fordii) thuộc họ p ie Lan (Orchidaceae) có nhiều cơng dụng như: làm thuốc giải độc ngộ độc w nấm, làm mát phổi, chữa ho lao, ho lâu năm, viêm phế quản…[2] Ở nước ta oa nl có lồi thuộc chi Nervilia là: Nervilia aragoana, Nervilia crispata, d Nervilia fordii, Nervilia plicata Nervilia prainiana mang số đặc điểm lu nf va an hình thái tương tự [2],[6] Trước đây, việc phân biệt giống, loài chủ yếu thơng qua đặc điểm lm ul hình thái Tuy nhiên, số lồi có đặc điểm hình thái giống nhau, z at nh oi khó nhận biết phân biệt cách xác dựa đặc điểm hình thái giải phẫu Để khắc phục khó khăn phân loại hình z thái phương pháp phân loại học phân tử phương pháp mang lại hiệu gm @ Phân loại học phân tử (Molecular taxonomy) phương pháp phân loại l chủ yếu dựa kỹ thuật phân tích DNA cho kết xác, m co giúp cho việc phát loài mới, giải mối nghi ngờ vị trí phân thuộc vào yếu tố môi trường va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thơng tin – ĐHTN an Lu loại So với thị hình thái, thị DNA cho độ xác cao mà không lệ ac th si Trong phương pháp phân loại phân tử, mã vạch DNA (DNA barcode) phương pháp phổ biến dựa đoạn trình tự DNA ngắn có tốc độ tiến hóa đủ nhanh để hỗ trợ giải khó khăn phân loại hình thái Trên đối tượng thực vật, vùng mã vạch DNA thường sử dụng phân loại phân tử thường trình tự thuộc hệ gen nhân ITS (Internal transcribed spacer) hệ gen lục lạp psbAtrnH, matK, rbcL, rpoC1 Đối với loài thuộc chi Nervilia, nhà nghiên cứu xu lu phân loại vùng gen matK so với vùng gen ITS2, rbcL LSU D1- an D3 Tuy nhiên, nhiều nghiên cứu mã vạch DNA việc sử va n dụng kết hợp hai mã vạch DNA cho kết phân loại tốt so với gh tn to mã vạch đơn lẻ Cho đến nay, Việt Nam chưa có cơng trình p ie nghiên cứu đặc điểm hình thái chi tiết mã vạch DNA loài lan Một Nervilia fordii nl w Xuất phát từ lý chọn đề tài nghiên cứu: d oa “Nghiên cứu đặc điểm hình thái trình tự gen matK, ITS Lan an lu (Nervilia fordii)” nhằm mô tả, xác định đặc điểm hình thái đặc nf va trưng phân tích trình tự hai vùng gen có độ biến thiên cao, thích hợp cho lm ul định loại phân tử ITS matK loài Lan (Nervilia fordii) Việt vạch DNA Mục tiêu nghiên cứu z at nh oi Nam, góp phần tư liệu hóa nguồn gen Lan xây dựng mã z - Phân tích đặc điểm hình thái số mẫu lan Một thu thập l gm @ địa phương khác co - Dựa phân tích trình tự gen ITS matK để xác định mối quan m hệ di truyền mẫu nghiên cứu phục vụ xây dựng mã vạch DNA cho va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thơng tin – ĐHTN an Lu lan Một (Nervilia fordii) ac th si Kết so sánh trình tự nucleotit vùng ITS hai mẫu lan Một LML-01-TN, LML-02-CB với hai trình tự vùng ITS mang mã số JX011630 JX011631 GenBank phần mềm BioEdit thể hình 3.7 lu an n va p ie gh tn to d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thông tin – ĐHTN ac th si lu an n va p ie gh tn to d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu Hình 3.7 Trình tự vùng ITS mẫu LML-01-TN, LML-02-CB hai trình tự mang mã số JX011630 JX011631 GenBank va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN ac th si Kết so sánh trình tự nucleotit hình 3.7 cho thấy vùng ITS hai mẫu lan Một LML-01-TN, LML-02-CB có độ tương đồng cao, so với trình tự JX011630 khơng có sai khác cịn so với trình tự JX011631 khác vị trí nucleotit vị trí nucleotit thứ 173 (C thay G) 3.2.3.2 Kết xác định trình tự nucleotit đoạn gen matK phân lập từ mẫu lan Một thu thập Cao Bằng Kết xác định trình tự đoạn gen matK từ mẫu LML-02-CB máy xác định trình tự nucleotit tự động, đoạn trình tự thu có 778 nucleotit Trong đó, có nucleotit loại A 236 (30,33%), C 120 (15,42%), G 115 lu an (14,78%), T 307 (39,46%) n va Kết so sánh độ tương đồng chương trình so sánh BLAST p ie gh tn to NCBI cho kết thể hình 3.8 d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul z @ l gm Hình 3.8 Kết phân tích tương đồng trình tự gen matK mẫu lan Một LML-02-CB với số trình tự gen matK GenBank m co BLAST NCBI an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN ac th si Bằng chương trình so sánh tương đồng BLAST NCBI cho thấy đoạn gen matK phân lập từ mẫu lan Một LML-02-CB có độ tương đồng 98% so với 10 trình tự gen matK GenBank Đặc biệt trình tự gen matK mẫu LML-02-CB có hệ số tương đồng 99,1% so với trình tự gen matK lồi Nervilia fordii mang mã số JX865503 loài Nervilia aragona mang mã số JN004498 GenBank Như vậy, kết so sánh BLAST NCBI khẳng định trình tự phân lập từ mẫu lan Một LML-02-CB đoạn gen matK lu Kết so sánh trình tự nucleotit đoạn gen matK mẫu lan Một an LML-02-CB với hai trình tự gen matK mang mã số JX865503 JN004498 va n GenBank phần mềm BioEdit thể hình 3.9 p ie gh tn to d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thông tin – ĐHTN ac th si lu an n va p ie gh tn to d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul z l gm @ m co Hình 3.9 Trình tự đoạn gen matK mẫu LML02-CB hai trình tự mang mã số JX865503 JN004498 GenBank an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN ac th si Kết so sánh trình tự nucleotit hình 3.9 cho thấy đoạn gen matK mẫu lan Một LML-02-CB hai trình tự gen mang mã số JX865503 JN004498 có độ tương đồng cao Vị trí sai khác thể bảng 3.2 Bảng 3.2 Các vị trí nucleotit sai khác trình tự nucleotit đoạn gen matK mẫu lan Một matK-02-CB với JX865503 JN004498 JX865503 JN004498 matK-02-CB 372 - - T 378 G G T 451 - - G 486 C C T 487 T T C 493 G G T 568 - - A 775 T T G nl G G A 778 A A T T T G lu Vị trí an n va p ie gh tn to w 776 d oa nf va an lu 779 lm ul 3.3 Sự đa dạng trình tự nucleotit vùng ITS matK lan Một z at nh oi 3.3.1 Sự đa dạng trình tự nucletotit vùng ITS lan Một Bằng BLAST NCBI xác định trình tự vùng ITS phân lập từ z gm @ mẫu lan Một LML-01-TN LML-02-CB có hệ số tương đồng cao l 90% so với trình tự vùng ITS GenBank Các trình tự gen sử va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN an Lu lan Một (bảng 3.3) m co dụng phân tích đa dạng trình tự nucleotit vùng ITS mẫu ac th si Bảng 3.3 Mã số, năm công bố, quốc gia tác giả trình tự vùng ITS GenBank STT Mã số Năm Quốc gia Tác giả JX011630 2012 Trung Quốc Huang,Q JX011631 2012 Trung Quốc Huang,Q JN114615 2012 Ấn Độ Parveen,I MG452047 2018 Trung Quốc Gale,S.W AF324178 2002 Ôxtrâylia Perkins,A lu an Dựa trình tự nucleotit vùng ITS mẫu lan Một va n trình tự vùng GenBank tiến hành thiết lập bảng ma trận hệ số tương tn to đồng di truyền hệ số phân ly trình tự nucleotit phần mềm DNAstar ie gh Kết trình bày bảng 3.4 p Bảng 3.4 Hệ số tương đồng hệ số phân ly dựa trình tự vùng ITS từ d oa nl w mẫu LML-01-TN LML-02-CB với trình tự vùng ITS GenBank nf va an lu z at nh oi lm ul z gm @ Kết bảng 3.4 cho thấy, hệ số tương đồng di truyền dựa trình tự nucleotit vùng ITS từ mẫu lan Một LML-01-TN, LML-02-CB với l m phân ly dao động từ 0,0% đến 2,7% co trình tự vùng ITS GenBank dao động từ 72,9% đến 100% , hệ số an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thông tin – ĐHTN ac th si Mối quan hệ di truyền mẫu lan Một dựa phân tích trình tự nucleotit vùng ITS trình tự GenBank thể sơ đồ hình - hình 3.10 lu an n va Hình 3.10 Mối quan hệ di truyền mẫu lan Một dựa phân tích trình tn to tự nucleotit vùng ITS Trên sơ đồ hình 3.10 cho thấy, dựa trình tự nucleotit vùng ITS gh p ie mẫu lan Một LML-01-TN, LML-02-CB trình tự vùng ITS w GenBank chia thành hai nhánh chính, nhánh có mẫu mang mã nhánh 1,4% d oa nl số AF324178 nhánh gồm mẫu lại Khoảng cách di truyền hai lu nf va an Nhánh chia thành hai nhánh phụ (nhánh phụ 1, 2) Vùng ITS mẫu LML-02-CB (ITS-02-CB), LML-01-TN (ITS-01-TN) vùng ITS lm ul mẫu mang mã số JX011630, JX011631 phân bố nhóm thuộc nhánh z at nh oi phụ có khoảng cách di truyền gần 3.3.2 Sự đa dạng trình tự nucletotit đoạn gen matK lan Một Bằng BLAST NCBI xác định trình tự đoạn gen matK phân z gm @ lập từ mẫu lan Một LML02-CB có hệ số tương đồng cao 97% so với l trình tự đoạn gen matK GenBank Các trình tự gen sử dụng va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN an Lu LML02-CB (bảng 3.5) m co phân tích đa dạng trình tự nucleotit đoạn gen matK mẫu lan Một ac th si Bảng 3.5 Mã số, năm công bố, quốc gia tác giả trình tự gen matK GenBank STT Mã số Năm Quốc gia Tác giả JN004498 2016 Ấn Độ Parveen,I JX865503 2012 Trung Quốc Huang,Q JN004505 2016 Ấn Độ Parveen,I MG452080 2018 Trung Quốc Gale,S.W JN004513 2016 Ấn Độ Parveen,I lu Dựa trình tự nucleotit đoạn gen matK mẫu lan Một LML- an n va 02-CB trình tự gen matK GenBank tiến hành thiết lập bảng ma trận mềm DNAstar Kết trình bày bảng 3.6 gh tn to hệ số tương đồng di truyền hệ số phân ly trình tự nucleotit phần p ie Bảng 3.6 Hệ số tương đồng hệ số phân ly dựa trình tự đoạn gen d oa nl w matK từ mẫu LML-02-CB với trình tự đoạn gen matK GenBank nf va an lu z at nh oi lm ul Kết bảng 3.6 cho thấy, hệ số tương đồng di truyền dựa trình z gm @ tự nucleotit đoạn gen matK từ mẫu lan Một LML-02-CB trình tự đoạn gen matK GenBank dao động từ 97,4% đến 100% , hệ số phân ly l co dao động từ 0,0% đến 2,6% Trình tự đoạn gen matK mẫu LML-02-CB có m hệ số tương đồng so với trình tự đoạn gen matK GenBank dao động từ va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN an Lu 97,4% đến 99,5% ac th si Mối quan hệ di truyền mẫu lan Một LML-02-CB dựa phân tích trình tự nucleotit đoạn gen matK trình tự gen matK GenBank thể sơ đồ hình hình 3.11 lu an va n Hình 3.11 Mối quan hệ di truyền mẫu lan Một dựa phân tích trình to ie gh tn tự nucleotit đoạn gen matK Trên sơ đồ hình 3.11 cho thấy, dựa trình tự đoạn gen matK p mẫu lan Một LML-02-CB trình tự gen matK GenBank chia oa nl w thành hai nhánh chính, nhánh có trình tự gen mang mã số JN004513 nhánh gồm trình tự gen cịn lại Nhánh chia thành hai nhánh phụ d nf va nhóm an lu (nhánh phụ 1,2) Mẫu matK-02-CB mẫu mang mã số JN004498 phân bố z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thông tin – ĐHTN ac th si KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ Kết luận 1.1 Hình thái thân, rễ, lá, củ hai mẫu lan Một LML-01-TN thu Thái Nguyên LML-02-CB thu Cao Bằng giống 1.2 Kích thước vùng ITS mẫu lan Một thu thập Cao Bằng Thái Nguyên 450 bp Kích thước đoạn gen matK mẫu LML-02-CB 778 bp 1.3 Hệ số tương đồng trình tự nucleotit vùng ITS mẫu lan lu Một so với trình tự vùng ITS GenBank dao động từ 72,9% đến 100% an 1.4 Hệ số tương đồng trình tự nucleotit đoạn gen matK mẫu va n LML-02-CB so với trình tự đoạn gen matK GenBank dao động từ Đề nghị ie gh tn to 97,4% đến 99,5% p Tiếp tục nghiên cứu giải mã hệ gen lục lạp để tạo sở liệu phục vụ d oa nl w xây dựng mã vạch DNA cho lan Một Việt Nam nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Cơng nghệ thông tin – ĐHTN ac th si TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt Nguyễn Tiến Bân (2003), Danh lục lồi thực vật Việt Nam tập 2, Nxb Nơng nghiệp, Hà Nội Đỗ Huy Bích (2004), Cây thuốc động vật làm thuốc Việt Nam tập 1, Nxb Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội Lê Đình Chắc, Nguyễn Thị Hiền (2017), “ Phương pháp phân lập đọc lu trình tự gen ITS lồi lan Kim tuyến (Anoectochilus setaceus blume) an Thanh Hóa” Tạp chí khoa học trường Đại học Hồng Đức, (35), tr 32 va n Nguyễn Tiến Dũng, Nguyễn Quỳnh Nga, Trần Ngọc Lân, Nguyễn Thị Thu, (2018), “ Đặc điểm hình thái mã vạch DNA lồi Bảy hoa, ie gh tn to Ninh Thị Phíp, Đoàn Thị Thanh Nhàn, Lê Thị Thu Hiền, Nguyễn Nhật Linh p Paris vietnamensis (Takht.) H.Li, Việt Nam”, Tạp chí Khoa học Nơng nl w nghiệp Việt Nam, 16(4), tr 282 - 289 oa Nguyễn Như Hoa (2017), “Phân tích trình tự vùng ITS số lồi lan d Hồng thảo Thủy tiên”, Tạp chí Khoa học, 15(6), tr 149 – 155 an lu nf va Hà Văn Huân, Nguyễn Văn Phong (2015), “Xác định đoạn mã vạch ADN cho trà hoa vàng Tam Đảo (Camellia tamdaoensis) - Loài đặc hữu lm ul Việt Nam”, Tạp chí nơng nghiệp PTNT, (5), tr 123 - 130 z at nh oi Phan Kế Lộc, Đặng Thị Sy (2001), Danh lục loài thực vật Việt Nam tập 1, Nxb Nông nghiệp, Hà Nội z Đỗ Tất Lợi (2015), Những thuốc vị thuốc Việt Nam, Nxb Y học, Hà Nội gm @ Tiếng Anh co l Chase M.W, Cowan R.S Hollingsworth P.M (2007), A proposal for a standard protocol to barcode all land plants Taxon, (56), pp 295 - 299 m an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN ac th si 10 De-Yi Wang, Qiang Wang, Ying-Li Wang, Xiao-Guo Xiang, Lu-Qi Huang, Xiao-Hua Jin (2017), Evaluation of DNA barcodes in Codonopsis and in some large angiosperm plant genera, https://doi.org/10.1371/ journal.pone 0170286, ngày 9/2/2018 11 Hilu K W (1997), “The matK gene: sequence variation and application in plant systematics ”, American Journal of Botany, (84), pp 830 - 839 12 Hollingsworth ML, Clark A, Forrest LL, Richardson JR, Pennington RT (2009), “Selecting barcoding loci for plants: evaluation of seven candidate lu loci with species-level sampling in three divergent groups of land plants”, an Molecular Ecology Resources (9), pp 439 - 457 va n 13 Lu Chuan-li (2009), Studies on chemical constitutents of petroleum ether Article_en/CJFDTOTAL-JNDX200905026.htm, ngày 04/5/2019 ie gh tn to extract with anti-tumor activity from Nervilia fordii, http://en.cnki.com.cn/ p 14 Mort ME, Levsen N, Randle RP, Jaarseld EV, Palmer A (2005), nl w “Phylogenetics and diversification of Cotyledon (Crassulaceae) inferred from d oa nuclear and chloroplast DNA sequences data”, American Journal of Botany an lu 92 (7), pp 1170 - 1176 nf va 15 Michelle M.Barthet, Khidir W.Hilu (2007), “Expression of MatK: Funtion and evolutionary implications”, A JB 94 (8), pp 1402 - 1412 lm ul 16 Moran JV, Mecklenburg KL, Sass P, Belcher SM, Mahnke D, Lewin A, z at nh oi Perlman P (1999), “ Splicing defective mutants of the COXI gene of yeast mitochondrial DNA: initial definition of the maturase domain of the group z II intron aI 2”, Oxford Journal (22), pp 2057 - 2064 @ gm 17 Paul D N Hebert (2003), Alina Cywinska, Shelley L Ball, Jeremy R Proceeding Of The Royal Society, pp 313 - 321 m co l deWaard (2003), “Biological identifications through DNA barcodes”, an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN ac th si 18 Huang, Qionglin; Liang, Lingling; He, Rui; Ma, Xinye; Zhan, Ruoting; Chen, Weiwen (2013), Applying DNA barcoding to identify Nervilia fordii and six congeneric species, POJ 6(5):325-332 (2013) ISSN:1836-3644 19 Qiu Li (2011), Study Advances on Chemical Constituents from Nervilia fordii (Hance) Schltr.and its Bioactivities, http://en.cnki.com.cn/Article_en/ CJFDTOTAL- SZGY201109099.htm, ngày 05/5/2019 20 Shilin Chen , Hui Yao, Jianping Han, Chang Liu, Jingyuan Song , Linchun lu Shi, Yingjie Zhu, Xinye Ma, Ting Gao, Xiaohui Pang, Kun Luo,Ying Li, an Xiwen Li (2010), Validation of the ITS2 Region as a Novel DNA Barcode va n for Identifying Medicinal Plant Species, gh tn to https://doi.org/10.1371/journal.pone 0008613, ngày 12/4/2018 ie 21 Taberlet P., Eric C., Franỗois P., Ludovic G., Christian M., Alice V., p Thierry V., Gérard C., Christian B., and Eske W (2007),” Power and oa nl w limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant DNA barcoding”, Nucleic Acids Res, 35(3), pp14 d an lu 22 Vijayan K., Tsou C H (2010), “DNA barcoding in plants: taxonomy in a nf va new perspective”, Current science, vol 99, pp 1530 - 1540 lm ul 23 Yong H L., Jinlan R., Shilin C., Jingyuan S., Kun L., Dong L., Hui Y (18 December, 2010) “Authentication of Taxillus chinensis using DNA z at nh oi barcoding technique”, Journal of Medicinal Plants Research Vol 4(24), pp 2706 - 2709 z Nervilia fordii (Hance)Schltr, l gm @ 24 Zhang Li (2012), Studies on Chemical Constituents from Whole Plants of http://en.cnki.com.cn/Article_en/ CJFDTOTAL- m co ngày 04/5/2019 ZYXY201204023.htm, an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN ac th si 25 Zhang Li (2012), “Three new flavonol glycosides from Nervilia fordii”, Phytochemistry Letters, 5(1), pp.104 - 107 lu an n va p ie gh tn to d oa nl w nf va an lu z at nh oi lm ul z m co l gm @ an Lu va http://lrc.tnu.edu.vn n Số hóa Trung tâm Học liệu Công nghệ thông tin – ĐHTN ac th si