Khóa luận tốt nghiệp tìm hiểu về đặc điểm và mô hình cấu trúc đặc trưng của nhân tố phiên mã nuclear factor y ở giống chó dingo

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: TÌM HIỂU VỀ ĐẶC ĐIỂM VÀ MƠ HÌNH CẤU TRÚC ĐẶC TRƯNG CỦA NHÂN TỐ PHIÊN MÃ NUCLEAR FACTOR-Y Ở GIỐNG CHÓ DINGO (Canis lupus dingo) Hà Nội, năm 2021 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CƠNG NGHỆ SINH HỌC KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: TÌM HIỂU VỀ ĐẶC ĐIỂM VÀ MƠ HÌNH CẤU TRÚC ĐẶC TRƯNG CỦA NHÂN TỐ PHIÊN MÃ NUCLEAR FACTOR-Y Ở GIỐNG CHÓ DINGO (Canis lupus dingo) Tên sinh viên : Nguyễn Thị Nho Khóa : 62 Ngành : Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn : TS Nguyễn Hữu Đức TS Chu Đức Hà Hà Nội, năm 2021   LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan trực tiếp thực nghiên cứu khóa luận Mọi kết thu nguyên bản, không chỉnh sửa chép từ nghiên cứu khác Các số liệu, kết khóa luận chưa cơng bố Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm với lời cam đoan trên! Hà nội, ngày tháng năm Sinh viên thực Nguyễn Thị Nho i      LỜI CẢM ƠN Trong suốt trình làm hồn thiện báo cáo khóa luận tốt nghiệp, ngồi cố gắng thân, tơi gặp phải nhiều khó khăn thiếu sót với hướng dẫn tận tình, chu đáo Thầy TS Nguyễn Hữu Đức - Bộ môn Công nghệ sinh học động vật - Khoa Công nghệ sinh học - Học viện Nông Nghiệp Việt Nam Thầy TS Chu Đức Hà - Khoa Công nghệ Nông nghiệp - Đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội giúp đỡ tơi có kinh nghiệm q báu để hoàn thành tốt báo cáo bên cạnh kiến thức xã hội bổ ích khác Tơi xin chân thành cảm ơn Bên cạnh đó, tơi xin chân thành cảm ơn giúp đỡ, bảo nhiệt tình Thầy, Cô, Anh, Chị môn Sinh học phân tử - Viện Di truyền Nông nghiệp, đơn vị tiếp nhận tạo điều kiện thuận lợi cho tơi tiến hành khóa luận tốt nghiệp Tôi xin cảm ơn giúp đỡ Thầy, Cô Khoa Công nghệ sinh học - Học viện Nông Nghiệp Việt Nam tận tâm giảng dạy truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm quý báu cho làm hành trang bước vào sống Cuối cùng, tơi xin bày tỏ lịng cảm ơn gia đình, bạn bè thân thiết làm điểm tựa tinh thần, nguồn động lực, sức mạnh để thân cố gắng vượt qua khó khăn, thử thách suốt thời gian qua Tôi xin chân thành cảm ơn! Hà nội, ngày tháng năm Sinh viên thực Nguyễn Thị Nho ii      MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC VIẾT TẮT vii DANH MỤC BẢNG ixi DANH MỤC HÌNH ixx TÓM TẮT x Phần I: MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đích yêu cầu đề tài 1.2.1 Mục đích đề tài 1.2.2 Yêu cầu đề tài Phần II: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Giới thiệu chung lồi chó giống chó Dingo 2.1.1 Tên khoa học, phân loại động vật nguồn gốc lồi chó chó Dingo 2.1.2 Đặc điểm chung lồi chó chó Dingo 2.1.2.1 Đặc điểm chung lồi chó 2.1.2.2 Đặc điểm giống chó Dingo 2.1.3 Đặc điểm di truyền lồi chó 2.2 Giới thiệu chung nhóm nhân tố phiên mã TF NF-Y 2.3 Vai trò nhân tố phiên mã TF NF-Y động vật 11 2.4 Tình hình nghiên cứu giới Việt Nam 14 iii      2.4.1 Tình hình nghiên cứu giới 14 2.4.2 Tình hình nghiên cứu Việt Nam 17 Phần III: PHẠM VI, NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU19 3.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 19 3.2 Nội dung nghiên cứu 19 3.3 Vật liệu phương pháp nghiên cứu 19 3.3.1 Vật liệu nghiên cứu 19 3.3.2 Phương pháp nghiên cứu 20 3.3.2.1 Phương pháp xác định họ gene mã hóa TF NF-Y genome giống chó Dingo 20 3.3.2.2 Phương pháp phân tích đặc điểm cấu trúc gene mã hóa TF NF-Y giống chó Dingo 21 3.3.2.3 Phân tích đặc điểm lý hóa phân tử protein họ TF NF-Y giống chó Dingo 22 3.3.2.4 Phương pháp phân tích vùng bảo thủ họ TF NF-Y giống chó Dingo 23 3.3.2.5 Phương pháp xây dựng cấu trúc phân tử protein họ TF NF-Y giống chó Dingo 22 Phần IV: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 26 4.1 Kết xác định họ gene mã hóa TF NF-Y genome giống chó Dingo 26 4.2 Kết phân tích đặc điểm cấu trúc họ TF NF-Y giống chó Dingo 30 a Kết đặc tính cấu trúc họ gene TF NF-Y giống chó Dingo 30 b Kết cấu trúc mRNA họ TF NF-Y giống chó Dingo 31 c Kết cấu trúc gene mã hóa TF NF-Y giống chó Dingo 32 4.3 Đặc điểm lý hóa phân tử protein họ TF NF-Y giống chó Dingo 34 4.4 Phân tích vùng bảo thủ họ TF NF-Y giống chó Dingo 37 4.5 Mơ hình cấu trúc khơng gian họ TF NF-Y giống chó Dingo 38 iv      Phần V: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 40 5.1 Kết luận 40 5.2 Đề nghị 40 DANH MỤC CƠNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN KHĨA LUẬN 41 TÀI LIỆU THAM KHẢO 42 PHỤ LỤC 42       v      DANH MỤC VIẾT TẮT STT Chữ viết tắt BLAST Giải thích tiếng anh Giải thích tiếng việt Basic local alignment Cơng cụ tìm kiếm trình tự search tool BlastP Protein-protein BLAST - CDS Coding DNA sequence Trình tự DNA mã hóa DNA Deoxyribonucleic acid Axit deôxyribônucleic gDNA Genomic DNA Trình tự DNA Gene Structure Display Hệ thống hiển thị cấu trúc Server gen GSDS HFM Histone fold motif Vùng gấp histone HSP Heat-shock protein Protein sốc nhiệt National Center for Trung tâm Thông tin Biotechnology Công nghệ Sinh học Quốc Information gia NCBI 10 NF-Y Nuclear factor - Y Yếu tố nhân Y 11 NF-YA Nuclear factor - YA Yếu tố nhân YA 12 NF-YB Nuclear factor - YB Yếu tố nhân YB 13 NF-YC Nuclear factor - YC Yếu tố nhân YC 14 NST Chromosome Nhiễm sắc thể 15 PS Protein sequence Trình tự protein vi      16 RNA Ribonucleic acid Axit ribônucleic 17 TF Transcription factor Nhân tố phiên mã 18 VEGF Vascular endothelial Yếu tố tăng trưởng nội mô growth factor mạch máu vii      DANH MỤC BẢNG Bảng 4.1 Kết tìm kiếm TF NF-YA giống chó Dingo 26 Bảng 4.2 Kết tìm kiếm TF NF-YB giống chó Dingo 27 Bảng 4.3 Kết tìm kiếm TF NF-YC giống chó Dingo 28 Bảng 4.4 Kết họ gene mã hóa TF NF-Y genome giống chó Dingo 29 Bảng 4.5 Đặc tính CDS gDNA họ gene TF NF-Y giống chó Dingo 30 Bảng 4.6 Đặc điểm lý hóa tiểu phần protein họ TF NF-Y đối tượng chó Dingo, lồi chó, bị nhà, chuột 30 viii      số lượng cấu trúc, qua ta thấy cấu trúc gene tiểu phần NF-YC động vật tương đối đa dạng cấu trúc trật tự exon/intron 4.3 Đặc điểm lý hóa phân tử protein họ TF NF-Y giống chó Dingo Trong nghiên cứu này, đặc điểm tiểu phần protein họ TF NF-Y chó Dingo xác định Expasy Protparam Kết phân tích chó Dingo cho thấy tiểu đơn vị NF-YA có kích thước trọng lượng phân tử 347 axít amin 36,88 kDa, hai tiểu đơn vị NF-YB NF-YC đạt 207 axít amin (tương ứng 22,81 kDa) 402 axít amin (tương ứng 44,69 kDa) Giá trị điểm đẳng điện TF NF-Y dao động từ khoảng axít (pI = 4,46) đến bazơ (pI = 9,99) (Bảng 4.6) Kết phân tích đặc điểm lý hóa tiểu phần NF-YA chó Dingo, chó chuột giống tất thông số với 347 amino acid, trọng lượng 36,88 kDa, giá trị điểm đẳng điện pI 8,89, độ bất ổn định 42,94 có giá trị độ ưa nước trung bình GRAVY -0,373 Ở bị nhà có kết đặc điểm lý hóa khác với ba đối tượng cịn lại trọng lượng phân tử (36,82 kDa), độ bất ổn định (43,31), độ ưa nước trung bình (-0,358) cơng thức phân tử (C1577H2601N479O510S12) Đối với tiểu phần NF-YB chó Dingo chó giống tất thơng số, cịn bị nhà chuột hai đối tượng có kết khác Chuột lồi có kích thước nhỏ (131 aa) lại có điểm đẳng điện (4,59) độ bất ổn định (47,8), độ ưa nước trung bình (-0,287) cao ba đối tượng cịn lại NF-YC thành phần có kết khác tất bốn đối tượng nghiên cứu, chó Dingo lồi có kích thước phân tử (402 aa), trọng lượng phân tử (44,69 kDa), giá trị điểm đẳng điện (9,99 pI) lớn lại có giá trị độ bất ổn định 59,88 nhỏ chuột 66,45 (Bảng 4.6) 34      Bảng Đặc điểm lý hóa tiểu phần protein TF NF-Y đối tượng chó Dingo, lồi chó, bị nhà, chuột   Ghi chú: L - Kích thước (amino acid); mW - Trọng lượng phân tử (kDa); pI - Điểm đẳng điện; II - Độ bất ổn định ống nghiệm; GRAVY - Giá trị ưa nước trung bình Giá trị điểm đẳng điện TF NF-Y đối tượng nghiên cứu dao động từ khoảng axit (4,45) đến khoảng bazơ (9,99) cho thấy họ NF-Y động vật mang tính chất axit bazơ Tất giá trị độ bất ổn định ba tiểu đơn vị TF NF-Y bốn đối tượng lớn 40 (từ 41,03 đến 66,45), cho thấy phân tử không ổn định ống nghiệm, giá trị ưa nước trung bình đạt giá trị âm cho thấy TF NF-Y động vật có tính ưa nước (Bảng 4.6) Theo kết phân tích thành phần amino acid họ TF NF-Y giống chó Dingo (Hình 4.3) Gln, Gly amino acid chiếm tỷ lệ cao Ở tiểu phần NF-YA, Gln (16%) amino acid chiếm tỷ lệ cao nhất, Gly (11%), Val (10%) Ala (9%) Ở tiểu phần NF-YB, Glu đạt tỷ lệ cao 9%, Ile, Gln, Ser, Gly, Thr 35      năm amino acid đạt giá trị 8% Cuối NF-YC, đạt giá trị cao Gln (17%), Ala (9%) Thr, Gly có giá trị 8%   Hình Thành phần amino acid tiểu phần TF NF-Y đối tượng nghiên cứu Thành phần amino acid tiểu phần NF-YA đối tượng nghiên cứu hoàn toàn giống nhau, giá trị lớn Glu với 19%, Gly 11%, Val 10% giá trị nhỏ Asp 1%, His 1%, Phe 1% Tiểu phần NF-YB chó chó Dingo giống với giá trị amino acid lớn Glu 9%, Gly 8%, Thr 8%, Ser 8%, Ile 8% Ở bò nhà giá trị lớn Ser 9%, bốn amino acid Glu, Gln, Gly, Ile có giá trị 8% Ở loài chuột lớn Glu 11%, Gln 9%, ba amino acid Gly, Ala, Ser có giá trị 8% Trong số amino acid, His có giá trị nhỏ tiểu phần NF-YB chó, chó Dingo, bị nhà 2% chuột 1% Chỉ riêng tiểu phần NF-YC bốn đối tượng nghiên cứu có kết thành phần amino acid khác Glu amino acid chiếm tỷ lệ cao 36      chó Dingo với 17%, chó 22%, bị nhà 21% chuột 13% Bốn giá trị Asn 2%, Trp 1%, Met 3%, His 1% amino acid giống tất bốn đối tượng 4.4 Phân tích vùng bảo thủ họ TF NF-Y giống chó Dingo Cấu trúc vùng bảo thủ (vùng domain) đặc trưng TF NF-Y lồi chó Dingo phân tích dựa mức độ bảo thủ so với loài động vật khác chuột (R norvegicus) bò (B taurus), nấm men (Saccharomyces cerevisiae) thực vật đại diện đậu gà (C arietinum) Kết cho thấy vùng domain ba tiểu phần NF-Y ba loài động vật bảo thủ tồn vẹn, có số sai khác ghi nhận cấu trúc nấm men đậu gà Tuy nhiên, kết trình tự vùng bảo thủ số amino acid đặc trưng cho chức miền vùng domain, tương tự ghi nhận nghiên cứu trước (Li et al., 2018)   Hình 4 Cấu trúc vùng bảo thủ tiểu phần NF-YA (A), NF-YB (B), NF-YC (C) đối tượng nghiên cứu Vùng bảo thủ tiểu phần NF-YA amino acid 264 đến 317, vùng domain tiểu phần NF-YA năm lồi nghiên cứu có cấu trúc gồm miền 37      tương tác NF-YB/C, đặc trưng N5A6, Q8, R11, L13 A20, miền bám ADN, đặc trưng R32, Y35, H37, R40H41, H43A44 R47 (Hình 4.4A) Ở tiểu phần NF-YB, vùng domain amino acid 62 đến 129, vùng domain tiểu phần NF-YB năm lồi có cấu trúc gồm ba miền bám ADN, tương tác với NF-YA tương tác với NF-YC, chúng đặc trưng P1, N4, R7, A17K18, A23K24, V27Q28, S36 A42 (Hình 4.4B) Ở tiểu phần NF-YC vùng domain từ amino acid 160 đến 227, vùng domain tiểu phần NF-YC năm lồi có cấu trúc gồm hai miền, tương tác với NFYA tương tác với NF-YB, đặc trưng A3R4, K7K8I9, L26, A28, I35, L38, I59, A62 F66 (Hình 4.4C) 4.5 Mơ hình cấu trúc khơng gian họ TF NF-Y giống chó Dingo Ở giống chó Dingo cấu trúc khơng gian tiểu phần NF-YA thiết kế dựa mơ hình "c4awlA", NF-YB NF-YC xây dựng dựa hai mô hình "d1jfib" "c4g92C" (Hình 4.5) Tiểu phần NF-YA có tỷ lệ chuỗi xoắn alpha 10%, sợi beta 24%, NF-YB đạt tỷ lệ chuỗi xoắn alpha 46%, sợi beta 1%, tiểu phần NF-YC có tỷ lệ chuỗi xoắn alpha 34% sợi beta 3% Về tỷ lệ cấu trúc không xác định tiểu phần NF-YA đạt giá trị cao 82%, NF-YC 66% NF-YB đạt giá trị nhỏ 59% Giá trị cấu trúc không xác định tiểu phần NF-YA bốn đối tượng giống chiếm 82%, giá trị cao phân tích trạng thái cấu trúc khơng gian họ NF-Y Giá trị cấu trúc sợi beta, bị có giá trị nhỏ 18% ba đối tượng lại 24% Bên cạnh đó, giá trị cấu trúc chuỗi xoắn alpha bị 11% lớn ba động vật lại (10%) 38        Hình Cấu trúc khơng gian phân tử protein họ TF NF-Y giống chó Dingo, chó, bị nhà chuột Phân tích kết cấu trúc không gian tiểu phần NF-YB đối tượng nghiên cứu cho thấy tất đối tượng nghiên cứu có giá trị chuỗi xoắn alpha (46%) sợi beta (1%) giống Giá trị cấu trúc khơng xác định có khác đối tượng, chó Dingo chó có giá trị trung bình 59%, bị 60% giá trị cao 57% giá trị nhỏ chuột Giá trị cấu trúc không xác định chiếm tỷ lệ cao phân tích thành phần cấu trúc khơng gian tiểu phần NF-YC đối tượng chó Dingo (66%), chó (63%), bị chuột có giá trị lớn với 67% Giá trị chuỗi xoắn alpha bị chuột có giá trị giống 44%, chó Dingo 34% chó 43% Bị chuột có chung giá trị sợi beta 4%, chó có giá trị nhỏ 1% chó Dingo có giá trị trung bình với 3% 39      Phần V: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1 Kết luận Ba tiểu phần TF NF-Y lồi chó Dingo xác định giải thông qua công cụ tin sinh học Đối chiếu với nghiên cứu trước cho thấy họ TF NF-Y lồi động vật nói chung giống chó Dingo nói riêng mã hóa họ đơn gene Trong đó, nghiên cứu xác định ba tiểu phần có kích thước trọng lượng NF-YA 347 axít amin, 36,88 kDa; NF-YB 207 axít amin, 22,81 kDa; NF-YC 402 axít amin, 44,69 kDa Tất tiểu phần TF NF-Y nghiên cứu giống chó Dingo khơng ổn định (NF-YA: 42,94; NF-YB: 42,16; NF-YC: 59,88) có tính ưa nước (NFYA: -0,373; NF-YB: -0,49; NF-YC: -0,551) Gene mã hóa TF NF-Y lồi chó Dingo có cấu trúc phân mảnh, gồm (NFYA), (NF-YB) 10 exon (NF-YC) tương tự loài động vật nghiên cứu khác Ba tiểu phần TF NF-Y lồi chó Dingo chia sẻ cấu trúc domain đặc trưng tương tự loài khác sinh giới, gồm miền chức với axít amin bảo thủ 5.2 Đề nghị Nghiên cứu tiếp tục nhằm tìm hiểu chế tương tác tiểu phần chế điều hòa gene TF NF-Y để làm rõ khả thích nghi mơi trường lồi chó Dingo 40      DANH MỤC CƠNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN KHÓA LUẬN Chu Đức Hà, Nguyễn Thị Nho, Nguyễn Hữu Đức, Nguyễn Quốc Trung, Phạm Phương Thu, Trần Thị Phương Liên, Lê Thị Ngọc Quỳnh, Hà Thị Quyến, Lê Thị Hiên, Lê Huy Hàm, 2021 Nghiên cứu đặc tính lý hóa học xây dựng mơ hình cấu trúc khơng gian nhóm nhân tố phiên mã yếu tố nhân Y giống chó Dingo (Canis familiaris dingo) Tạp chí Khoa học Cơng nghệ Nơng nghiệp Việt Nam, 6: 23-30 41      TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Nguyễn Hồ Bảo Trân, Nguyễn Hữu Hưng (2014) Tình hình nhiễm ngoại ký sinh trùng chó thành phố Cần Thơ Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, Nông nghiệp (2): 69-73 Trần Hồng Dũng, Thái Kế Qn, Nguyễn Thành Cơng, Huỳnh Văn Hiếu, Chung Anh Dũng (2016) Xác định nguồn gốc chó Phú Quốc trình tự vùng D-lopp genome ty thể Tạp chí Sinh học, 38(2): 269-278 Chu Đức Hà, Nguyễn Thu Trang, Đoàn Thị Hải Dương, Vũ Thị Thu Hiền, Nguyễn Văn Giang, Phạm Thị Lý Thu, Lê Tiến Dũng (2017a) Phân tích in silico họ gene mã hóa yếu tố phiên mã Nuclear factor - YB cam (Citrus siensis), Tạp chí Khoa học Cơng nghệ Nông nghiệp Việt Nam, 3: 22 - 27 Chu Duc Ha, Do Thi Thuy Tam, Pham Thi Ly Thu (2017b) Genome-wide identification and annotation of the Nuclear-factor YA gene family in cassava (Manihot esculenta Crantz), Vietnam Journal of Science Technology and Engineering, 59: 39 - 43 Chu Đức Hà, Lê Thị Thảo, Lê Quỳnh Mai, Phạm Thị Lý Thu (2017c) Xác định gene mã hóa Nuclear factor-YB sắn (Manihot esculenta Crantz) công cụ tin sinh học, Tạp chí Khoa học Đại học Quốc gia Hà Nội, 1: 133 - 137 Nguyễn Văn Dũng, Lê Việt Bảo, Lê Đinh Hà Thanh (2019) Phân lập xác định đặc tính sinh học Coronavirus chó ni thành phố Hồ Chí Minh Tạp chí Khoa học kỹ thuật thú ý, Võ Văn Hải, Nguyễn Thị Yến, Đào Lê Anh, Hoàng Minh, Bùi Trần Anh Đào, Bùi Thị Tố Nga, Nguyễn Thị Lan, Lê Văn Phan (2019) Một số đặc tính phân tử Parvovirus type chó phân lập tài thành phố Hà Nội Tạp chí Khoa học Nơng nghiệp Việt Nam, 17(2): 100-107 Tài liệu tiếng Anh Li, G., Zhao, H., Wang, L., Wang, Y., Guo, X., & Xu, B (2018) The animal nuclear factor Y: an enigmatic and important heterotrimeric transcription factor Am J Cancer Res, 8(7): 1106-1125 Vanacore, Constance B (2021) "Dog" Encyclopedia Britannica 10 Shipman P (2021) What the dingo says about dog domestication Anatomical record (Hoboken, N.J.: 2007), 304(1), pp 19-30 42      11 Laura R B, Shiya S, Amelie S, Shyamalika G, Amanda L P, Matthew O, Angela M T, Timo S, Andrea Z-L, Rose-M A, Dean B, Kevin D, Martina U, Joachim B, Jeffrey M K & Krishna R V (2017) Ancient European dog genomes reveal continuity since the Early Neolithic Nature Communications, 8: 16082 12 Alimov AP, Park-Sarge OK, Sarge KD, Malluche HH, Koszewski NJ (2005) Transactivation of the parathyroid hormone promoter by specificity proteins and the nuclear factor Y complex Endocrinology, 146(8):3409-3416 Doi: 10.1210/en.2005-0272 13 Rakha, G M., Abdl-Haleem, M M., Farghali, H A., & Abdel-Saeed, H (2015) Prevalence of common canine digestive problems compared with other health problems in teaching veterinary hospital, Faculty of Veterinary Medicine, Cairo University, Egypt Veterinary world, 8(3):403-11 Doi: 10.14202/vetworld.2015.403-411 14 Vaquerizas, J., Kummerfeld, S., Teichmann, S et al (2009) A census of human transcription factors: function, expression and evolution Nat Rev Genet, 10(4):252-63 Doi: 10.1038/nrg2538 15 Ly LL, Yoshida H, Yamaguchi M (2013) Nuclear transcription factor Y and its roles in cellular processes related to human disease Am J Cancer Res, 3(4): 339-346 16 Wilkinson, A.C., Nakauchi, H., Göttgens, B (2017) Mammalian transcription factor networks: Recent advances in interrogating biological complexity Cell Sys, 5(4):319-331 doi: 10.1016/j.cels.2017.07.004 17 Gurtner A, Manni I, Piaggio G (2017) NF-Y in cancer: Impact on cell transformation of a gene essential for proliferation Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech, 1860(5): 604616 18 Cui H, Zhang M, Wang Y, Wang Y (2017) NF-YC in glioma cell proliferation and tumor growth and its role as an independent predictor of patient survival Neurosci Lett, 631:40-49 doi: 10.1016/j.neulet 19 Louis DN, Ohgaki H, Wiestler OD, Cavenee WK, Burger PC, Jouvet A, Scheithauer BW, Kleihues P (2007) The 2007 WHO classification of tumours of the central nervous system Acta Neuropathol, 114(2):97-109 doi:10.1007/s00401-007-0243-4 20 Xu Z, Sun Y, Guo Y, Qin G, Mu S, Fan R, Wang B, Gao W, Wu H, Wang G, Zhang Z (2016) NF-YA promotes invasion and angiogenesis by upregulating EZH2-STAT3 signaling in human melanoma cells Oncol Rep, 35(6): 3630-3638 doi: 10.3892/or.2016.4761 43      21 Bhattacharya A, Deng JM, Zhang Z, Behringer R, de Crombrugghe B, Maity SN (2003) The B subunit of the CCAAT box binding transcription factor complex (CBF/NF-Y) is essential for early mouse development and cell proliferation Cancer Res, 63(23): 81678172 22 Field, M.A., Rosen, B.D., Dudchenko, O., et al., 2020 Canfam_GSD: De novo chromosome-length genome assembly of the German Shepherd Dog (Canis lupus familiaris) using a combination of long reads, optical mapping, and Hi-C Gigascience, 9(4): giaa027 23 Moeinvaziri F, Shahhoseini M (2015) Epigenetic role of CCAAT box-binding transcription factor NF-Y on ID gene family in human embryonic carcinoma cells IUBMB Life, 67(11): 880-887 doi: 10.1002/iub.1443 24 Franchini A, Imbriano C, Peruzzi E, Mantovani R, Ottaviani E (2005) Expression of the CCAAT-binding factor NF-Y in caenorhabditis elegans J Mol Histol, 36(1-2): 139-45 doi: 10.1007/s10735-004-6017-6 25 Milton AC, Packard AV, Clary L, Okkema PG (2013) The NF-Y complex negatively regulates caenorhabditis elegans tbx-2 expression Dev Biol, 382(1): 38-47 Doi:10.1016/j ydbio 26 Rodriguez-Esteban G, Gonzalez-Sastre A, Rojo-Laguna JI, Salo E, Abril JF (2015) Digital gene expression approach over multiple RNA-Seq data sets to detect neoblast transcriptional changes in Schmidtea mediterranea BMC Genomics, 16: 361 Doi.org/10.1186/s12864-015-1533-1 27 Sasi BK, Sonawane PJ, Gupta V, Sahu BS, Mahapatra NR (2014) Coordinated transcriptional regulation of Hspa1a gene by multiple transcription factors: crucial roles for HSF-1, NF-Y, NF-kappaB, and CREB J Mol Biol, 426(1): 116-35 Doi: 10.1016/j.jmb.2013.09.008 28 Hu Q, Maity SN (2000) Stable expression of a dominant negative mutant of CCAAT binding factor/NF-Y in mouse fibroblast cells resulting in retardation of cell growth and inhibition of transcription of various cellular genes J Biol Chem, 275(6): 4435-44 doi: 10.1074/jbc.275.6.4435 29 Smith Bradley, Cairns Kylie, Adams Justin, Newsome Thomas, Fillios Melanie, Déaux Eloïse, Parr William, Letnic Mike, Van Eeden Lily, Appleby Rob, Bradshaw Corey, Savolainen Peter, Ritchie Euan, Nimmo Dale, Archer-Lean Clare Greenville Aaron, Dickman 44      Christopher, Watson Lyn, Moseby Katherine, Crowther Mathew (2019) Taxonomic status of the Australian dingo: The case for Canis dingo Meyer, 1793 Zootaxa 4564(1): 173-197 30 Goemana F, Mannia I, Artusoa S, Ramachandranb B, Toiettac G, Bossia G, Randob G, Cencionid C, Germonie S, Strainoc S, Capogrossic C M, Bacchettia S, Maggib A, Sacchia A, Cianab P, Piaggioa G (2012) Molecular imaging of nuclear factor - Y transcriptional activity maps proliferation sites in live animals MBoC, 23(8): 1467-74 Doi: 10.1091/mbc 31 Quan S, Niu J, Zhou L, et al (2018) Identification and characterization of NF-Y gene family in walnut (Juglans regia L.) BMC Plant Biol, 18(1): 255 Doi: 10.1186/s12870018-1459-2 32 Nuclear Zhao H, Wu D, Kong F, Lin K, Zhang H and Li G (2017) The Arabidopsis thaliana Factor Y Transcription Factors Front Plant Sci 7: 2045 Doi:10.3389/fpls.2016.02045 33 Laloum T., De Mita S., Gamas P., Baudin M., Niebel A (2013) CCAAT-box binding transcription factors in plants: Y so many? Trends Plant Sci, 18(3): 157-166 34 Nardone V, Chaves-Sanjuan A, Nardini M (2017) Structural determinants for NF- Y/DNA interaction at the CCAAT box Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech, 1860(5):571-580 Doi: 10.1016/j.bbagrm 35 Chang G, Chen R, Xu L, Ma T, Wang H, Chen J, Zhang Y, Li Z, Wan F, Guo X, Xu Q, Zhao W, Chen G (2015) DNA methylation and NF-Y regulate Piwil expression during chicken spermatogenesis Anim Reprod Sci, 162: 95-103 36 Manna D, Singh U (2019) Nuclear factor Y (NF-Y) modulates encystation in Entamoeba via stage-specific expression of the NF-YB and NF-YC subunits mBio, 10(3): e00737-19 doi: 10.1128/mBio.00737-19 37 Iyer H, Collins JJ, Newmark PA (2016) NF-YB regulates spermatogonial stem cell self-renewal and proliferation in the planarian schmidtea mediterranea PLoS Genet 12(6): e1006109 Doi: 10.1371/journal.pgen.1006109 38 Franchini A, Imbriano C, Peruzzi E, Mantovani R, Ottaviani E (2005) Expression of the CCAAT-binding factor NF-Y in Caenorhabditis elegans J Mol Histol, 36(1-2): 139-45 doi: 10.1007/s10735-004-6017-6 45      39 Li G, Zhao H, Guo H, Wang Y, Cui X, Xu B, Guo X (2020) Functional and transcriptomic analyses of the NF-Y family provide insights into the defense mechanisms of honeybees under adverse circumstances Cellular and Molecular Life Sciences, 77(23): 49774995 Doi: 10.1007/s00018-019-03447-0 40 Sonu, Y., Olga, D., Meera, E., et al., 2020 Desert Dingo (Canis lupus dingo) genome provides insights into their role in the Australian ecosystem bioRxiv, 11(15): 384057 41 Hu B., J Jin, A Y Guo, H Zhang, J Luo and G Gao (2015) GSDS 2.0: an upgraded gene feature visualization server Bioinformatics, 31(8): 1296-1297 Doi: 10.1093/bioinformatics/btu817 42 Larkin M A., G Blackshields, N P Brown, R Chenna, P A McGettigan, H McWilliam, F Valentin, I M Wallace, A Wilm, R Lopez, J D Thompson, T J Gibson and D G Higgins (2007) “Clustal W and clustal X version 2.0” Bioinformatics, 23(21): 29472948 doi: 10.1093/bioinformatics/btm404 43 Kelley L A., S Mezulis, C M Yates, M N Wass and M J E Sternberg (2015) The Phyre2 web portal for protein modeling, prediction and analysis Nature Protocols, 10: 845 858 46      PHỤ LỤC Căn trình tự tiểu phần NF-YA đậu gà, nấm men động vật bị nhà, chó Dingo, chuột Căn trình tự tiểu phần NF-YB đậu gà, nấm men động vật bị nhà, chó Dingo, chuột 47      Căn trình tự tiểu phần NF-YC đậu gà, nấm men động vật bị nhà, chó Dingo, chuột 48