Trong lĩnh vực Công Nghệ Thông Tin nói riêng, yêu cầu quan trọng nhất của người học đó chính là thực hành. Có thực hành thì người học mới có thể tự mình lĩnh hội và hiểu biết sâu sắc với lý thuyết. Với ngành mạng máy tính, nhu cầu thực hành được đặt lên hàng đầu. Tuy nhiên, trong điều kiện còn thiếu thốn về trang bị như hiện nay, người học đặc biệt là sinh viên ít có điều kiện thực hành. Đặc biệt là với các thiết bị đắt tiền như Router, Switch chuyên dụng
VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM MỘT SỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU XÁC ĐỊNH CÁC QTLs VÀ GEN MỚI LIÊN QUAN ĐẾN SỰ PHÁT TRIỂN BỘ RỄ TRONG MỘT TẬP ĐOÀN GIỐNG LÚA VIỆT NAM Đỗ Năng Vịnh1, Hà Thị Thúy1, Phùng Thị Phương Nhung1, Mai Đức Chung1, Hoàng Thị Giang1, Nguyễn Thị Huế1, Nguyễn Thị Thơm1, Nguyễn Diệu Thu1, Nguyễn Lê Khanh1, Đinh Văn Lâm, Trương Thị Minh Huệ1, Brigitte Courtois3 Pascal Gantet2 Viện Di truyền Nơng nghiệp Viện Nghiên cứu phát triển IRD - Pháp Trung tâm Nghiên cứu Nông nghiệp phát triển CIRAD- Pháp TĨM TẮT Nhóm nghiên cứu sử dụng phương pháp GWAS (Genome-wide association study) tính trạng phát sinh rễ lúa tập đoàn 182 giống lúa địa Việt Nam Với tổng số 50 000 thị GBS sử dụng, thu tổng số 25 971 marker cho số đa hình (PIC) biến động từ 1% đến 50% Kết thống kê di truyền liên kết tính trạng phát sinh rễ, xác định 66 markers cho toàn tập đoàn nghiên cứu có sai khác ý nghĩa mức P-value ≤ 1E-04, tương đương với số QTLs xác định Các marker liên kết với tính trạng mức ý nghĩa cao ghi nhận là: với độ sâu rễ (DEPTH) nhiễm sắc thể số 1(q17; P=2,67e-07) marker liên kết với số lượng rễ (NCR) nhiễm sắc thể 11 (q45; P=6,59e-07) tồn tập đồn nghiên cứu Từ khóa: phương pháp GWAS, rễ lúa, DArT markers, QTLs I ĐẶT VẤN ĐỀ Bộ rễ giữ vai trò quan trọng việc kháng lại hạn hán trồng Ngoài việc hút nước, hấp thụ dinh dưỡng khoáng từ đất, rễ phát triển nhanh, lan tỏa rộng góp phần giúp trồng phát triển tốt điều kiện bất lợi môi trường đất nước (de Dorlodot cộng sự, 2007) Phần lớn công tác cải tạo giống trồng thời gian qua tập trung vào nghiên cứu để làm tăng suất sinh khối tăng sản lượng, mối liên hệ rễ suất thường bị bỏ qua rễ phát triển lịng đất, khó quan sát thực nghiên cứu Nghiên cứu cải tiến rễ gần trọng đưa vào chương trình cải tiến giống trồng coi đường quan trọng để tạo giống trước thách thức phải đối mặt với hậu biến đổi khí hậu toàn cầu (Herder cộng sự., 2010) Do vậy, hiểu biết sâu rộng gen chủ chốt, QTLs tham gia vào phát triển rễ giúp nhà chọn tạo giống chọn lọc giống lúa có rễ cải tiến cách sử dụng thị phân tử (Marker Assisted Selection: MAS) sử dụng công nghệ di truyền Nhiều nghiên cứu phát QTLs liên quan đến 412 phát triển rễ công bố cho thấy đắn tiềm hướng tiếp cận (Courtois cộng sự, 2009) Việc xác định vị trí xác QTL thường khó khăn hạn chế mặt số lượng hệ tái tổ hợp quần thể đồ bố mẹ truyền thống Phương pháp GWAS xuất với việc sử dụng quần thể có tỉ lệ tái tổ hợp cao quần thể tự nhiên tái tổ hợp diễn từ 8000 đến 10000 năm trước giúp khắc phục vấn đề Nhiều nghiên cứu sử dụng phương pháp ngũ cốc thành công chứng minh ưu điểm khả ứng dụng rộng rãi phương pháp nghiên cứu di truyền Trong năm gần đây, với tiến kỹ thuật gen, phát triển kỹ thuật giải trình tự NGS với việc genome lúa giải trình tự hồn tồn thúc đẩy gia tăng nghiên cứu thống kê di truyền liên kết lúa Phương pháp GWAS trở thành phương pháp nhiều nhà nghiên cứu di truyền, nghiên cứu chức gen lúa đặc biệt quan tâm nhằm xác định khai thác gen quan trọng, liên quan đến thay đổi tính trạng số lượng phức tạp Từ mang lại lợi ích to lớn, có tính ứng dụng cao nghiên cứu chọn tạo giống trồng Hội thảo Quốc gia Khoa học Cây trồng lần thứ hai nói riêng phát triển ngành nơng nghiệp nói chung II VẬT LIỆU VÀ NGHIÊN CỨU PHƯƠNG PHÁP 2.1 Vật liệu Một tập đoàn gồm 182 giống lúa thu thập từ nhiều địa phương khác Việt Nam lưu giữ Ngân hàng gen thực vật Trung tâm Tài nguyên Thực vật (PRC) 03 giống lúa đối chứng (IR64, Azucena, Nipponbare) Một liệu Microarray cung cấp Viện Nghiên cứu Phát triển (IRD) – Pháp Trung tâm Nghiên cứu Nơng nghiệp phát triển (CIRAD) - Pháp 2.2 Phương pháp nghiên cứu Tách chiết ADN tổng số: ADN chiết tách từ lúa 06 tuần tuổi (1 cây/1 mẫu giống) phương pháp CTAB Murray Thompson năm 1980 Dữ liệu kiểu gen phân tích phương pháp giải trình tự (Genotyping by Sequencing - GBS) Phương pháp GBS xây dựng công ty Diversity Arrays Technology Pty Ltd (Úc) kết hợp DArT cơng nghệ giải trình tự NGS (nextgenaration sequencing) gọi tắt DArTseqTM, cách sử dụng enzyme giới hạn PstI/TaqI để làm giảm phức tạp genome, kết hợp với cơng nghệ đọc trình tự ngắn Illumina, phương pháp miêu tả công bố Courtois cộng (Courtois cộng sự., 2013) Đánh giá cấu trúc rễ tập đoàn giống lúa nghiên cứu sử dụng phương pháp ống rễ IRRI (có cải tiến) Thí nghiệm bố trí theo kiểu Alphal-latin, lần lặp lại, lần lặp lại gồm ô lớn (100 mẫu giống), ô lớn chứa ô nhỏ, ô nhỏ có chứa 20 mẫu giống Đo đếm 11 tiêu: Chiều cao - LLGHT, Chiều dài rễ - MRL, Độ sâu rễ DEPTH, Số lượng rễ bất định – NCR, Số nhánh - TIL, Đường kính rễ bất định –THK, Trọng lượng khô đoạn rễ từ 00 - 20 cm – DW0020, Trọng lượng khô đoạn rễ từ 20 40 cm – DW2040, Trọng lượng khô đoạn rễ từ 40 – 60 cm – DW4060, Trọng lượng khô đoạn rễ dài 60cm - DWB60, Trọng lượng khô phần thân (phần mặt đất SDW), tiêu khác tính tốn dựa tiêu đo đếm (PDW -Trọng lượng khơ tồn cây, RDW - Trọng lượng khơ phần rễ cây, DRW - Trọng lượng khô phần rễ ăn sâu 20 cm, SRP - Phần trăm khối lượng phần rễ ăn nông (trên 20 cm), R-S - tỷ lệ khối lượng hai phẩn rễ thân cây), DRP - Phần trăm khối lượng phần rễ ăn sâu (dưới 20 cm), NR-T - Số lượng rễ trung bình nhánh) Số liệu thu thập phân tích sử dụng phần mềm thống kê Excel, XLStat SAS 9.2 Thống kê di truyền liên kết toàn genome (phương pháp GWAS) tiến hành liệu kiểu gen, kiểu hình thu sử dụng mơ hình hỗn hợp (MLM) với hỗ trợ phần mềm Tassel v.5 Các QTLs có khả liên kết với tính trạng quan tâm xác định dựa kết phân tích số cân liên kết (LD – linkage disequilibrium) Các gen ứng cử viên có liên quan đến tính trạng nghiên cứu xác định vào liệu gen toàn genome lúa công bố website OrygenesDB (http://orygenesdb.cirad.fr/tools.html) III KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Kết đánh giá đa dạng alen sử dụng phương pháp GBS Với tổng số 50.000 thị GBS sử dụng, sau phân tích kết thu ban đầu, chúng tơi thu tổng số 25.971 marker cho số đa hình (PIC) biến động từ 1% đến 50%, số đa hình trung bình 32% Một phân tích cấu trúc di truyền quần thể thực 1275 SNP marker, kết cho thấy tập đoàn 182 giống lúa Việt Nam chia thành hai nhóm rõ rệt gồm 114 mẫu giống thuộc loài phụ indica, 62 mẫu giống thuộc loài phụ japonica, mẫu giống thuộc dạng trung gian hai lồi phụ Tiến hành phân tích mối quan hệ 114 mẫu giống thuộc loài phụ indica, sử dụng 840 SNP marker xác định có nhóm phụ, ký hiệu từ I1 đến I6, kết lần xác định phương 413 VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM pháp phân tích thành phần (DACP) (Jombart cộng sự, 2010) Phân tích mối quan hệ di truyền mẫu giống thuộc loài phụ japonica, sử dụng 780 SNP marker, kết cho thấy 62 giống lúa japonica chia thành nhóm nhóm trung gian gồm giống Sự khác biệt di truyền nhóm giống lồi phụ indica japonica xác định thông qua hệ số FST mức ý nghĩa cao, kết phân tích cho thấy số nhóm giống japonica cao nhóm giống indica Chỉ số FST nhóm phụ thuộc nhóm giống japonica dao động từ 0,428 đến 0,692, nhóm giống indica từ 0,264 đến 0,555 (Bảng 1) Bảng 1: Hệ số FST nhóm phụ nhóm lồi phụ indica japonica Indica I1 I2 I3 I4 I5 I6 Japonica J1 J2 J3 J4 I1 0,303 0,406 0,327 0,374 0,264 J1 I2 0,001 I3 0,003 0,001 0,453 0,301 0,405 0,270 0,498 0,555 0,375 J2 0,001 0,528 0,428 0,461 J3 0,003 0,001 0,692 0,542 I4 0,001 0,001 0,001 0,381 0,269 I5 0,001 0,001 0,001 0,001 I6 0,001 0,001 0,001 0,001 0,001 0,347 J4 0,001 0,001 0,001 0,676 3.2 Kết đánh giá đặc điểm cấu trúc rễ Bảng 2: Các thống kê tính trạng nghiên cứu Chỉ tiêu theo dõi LLGTH TIL DEPTH MRL LAT NCR THK SDW DW0020 DW2040 DW4060 DWB60 RDW DRW DRP R_S 414 Số mẫu theo dõi 194 194 194 194 194 194 194 194 194 194 194 194 194 194 194 194 Giá trị Trung bình 94,5906 7,4290 68,9364 85,4930 4,2176 91,8053 0,7700 5,6860 0,8857 0,4545 0,2065 0,0963 1,6430 0,3028 17,7990 30,6033 Độ lệch chuẩn 12,4049 3,8314 4,4747 6,2932 0,5749 30,0078 0,1062 2,1280 0,2784 0,1738 0,1009 0,0608 0,5522 0,1463 4,6462 6,2824 Giá trị nhỏ 64,6510 1,6882 46,7211 67,0645 2,6370 35,5805 0,4825 1,3543 0,3068 0,1266 0,0317 0,0053 0,4623 0,0290 4,3028 17,1076 Giá trị lớn 119,3488 20,6625 76,4515 98,9397 5,3014 179,7910 1,0045 13,5336 1,7928 1,0862 0,5467 0,3624 3,1073 0,7754 29,5562 49,7449 CV (%) 13,1143 51,5736 6,4911 7,3611 13,6311 32,6863 13,7960 37,4251 31,4317 38,2326 48,8481 63,0850 33,6100 48,3226 26,1035 20,5286 Hội thảo Quốc gia Khoa học Cây trồng lần thứ hai VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM Bằng phương pháp trồng ống rễ, nhóm nghiên cứu thực đo đếm tiêu liên quan đến phát triển rễ phân tích thống kê tập đoàn giống lúa nghiên cứu Chỉ số CV (%) tính để xem xét biến động giá trị thu mẫu giống tập đoàn nghiên cứu Kết bảng cho thấy: Chỉ số CV(%) dao động từ 6,5% tính trạng độ ăn sâu rễ (DEPTH) tới 63% khối lượng khơ đoạn rễ có độ dài 60 cm. đến phát triển rễ mẫu giống tập đồn nghiên cứu, điều có ý nghĩa quan trọng nghiên cứu di truyền liên kết Kết phân tích ANOVA (Bảng 3) cho thấy ảnh hưởng yếu tố giống lên tiêu nghiên cứu rõ rệt, giống khác có biểu khác tiêu theo dõi Điều phản ánh đa dạng nguồn gen biểu tính trạng giống tập đoàn nghiên cứu Chỉ số CV(%) cao dấu hiệu cho thấy biểu đa dạng tiêu liên quan Bảng Kết phân tích ANOVA hệ số di truyền (h2) tiêu nghiên cứu Trait LLGHT TIL SDW DEPTH MRL NCR THK DW0020 DW2040 DW4060 DWB60 DRW RDW PDW DRP R_S Rep Block(Rep) Variety h2 < 0,001 < 0,001 0,0043 0,0254 0,1428 0,2270 0,0071 0,0546 0,1605 0,4307 0,0260 0,0863 0,0650 0,0364 0,0179 < 0,0001 < 0,001 0,0009 < 0,0001 0,0003 0,0277 < 0,0001 0,0017 < 0,0001 < 0,0001 < 0,001 0,0047 0,0004 < 0,0001 < 0,0001 0,0045 < 0,0001 < 0,001 < 0,001 < 0,0001 0,0002 0,0001 < 0,0001 < 0,0001 < 0,0001 < 0,0001 < 0,0001 < 0,0001 < 0,0001 < 0,0001 < 0,0001 < 0,0001 < 0,0001 0,90 0,80 0,73 0,35 0,46 0,84 0,84 0,74 0,68 0,69 0,70 0,75 0,75 0,73 0,65 0,75 Hầu hết tiêu theo dõi có hệ số di truyền mức cao (từ 0,65 đến 0,9) trừ hai tiêu độ ăn sâu chiều dài tối đa rễ, hệ số di truyền hai tiêu đạt 0,35 0,46 tương ứng Tác động số lần lặp lại tiêu nghiên cứu hầu hết khơng có sai khác, nhiên số tiêu cho thấy có sai khác mức ý nghĩa, điều có yếu tố khơng đồng lần lặp lại, việc thiết kế thí nghiệm giúp hạn chế bớt tác động yếu tố không đồng 415 3.3 Kết thống kê di truyền liên kết 3.3.1 Xác định QTLs liên kết với tính trạng quan tâm Thống kê di truyền liên kết thực dựa hai liệu biến đổi cấu trúc rễ đa dạng kiểu gen giống lúa tập đoàn nghiên cứu sử dụng phần mềm Tassel V5 Sử dụng mơ hình phân tích MLM (sử dụng liệu phân tích cấu trúc tập đồn ma trận quan hệ gần mẫu giống quần thể), nhóm nghiên cứu xây dựng 415 VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM đồ liên kết phù hợp, hạn chế tối đa tỉ lệ dương tính giả kết nghiên cứu Với kết thống kê di truyền liên kết, xác định 66 markers cho toàn tập đoàn nghiên cứu, 20 markers cho nhóm lồi phụ indica 26 markers cho nhóm lồi phụ japonica có sai khác ý nghĩa mức Pvalue ≤ 1E-04, tương đương với số QTLs xác định Số lượng QTL xác định toàn tập đoàn nghiên cứu nhiều so với số lượng QTL xác định nhóm lồi phụ, điều phù hợp với nghiên cứu cơng bố trước lĩnh vực Các marker liên kết với tính trạng mức ý nghĩa cao ghi nhận là: với độ sâu rễ (DEPTH) nhiễm sắc thể số (q17; P=2,67e-07); marker liên kết với số lượng rễ (NCR) nhiễm sắc thể 11 (q45; P=6,59e-07) toàn tập đồn nghiên cứu; marker liên kết với đường kính rễ (THK) nhiễm sắc thể số (q57; P=4,77e07) giống thuộc nhóm lồi phụ indica; marker liên kết với số nhánh (TIL) nhiễm sắc thể số (q4; P=2,28e-07) marker liên kết với độ sâu rễ (DEPTH) nhiễm sắc thể số (q22; P=4,75e-07) nhóm giống lúa thuộc lồi phụ japonica Tất P-value tương đương với giá trị qvalue nhỏ 0,05 “Manhattan plots” đồ thị biểu diễn phân bố marker vào vị trí marker nhiễm sắc thể mức ý nghĩa (P-value) của marker Hình ví dụ “Manhattan Plots” tính trạng số lượng rễ (NCR) toàn tập đoàn (whole set) nhóm giống thuộc lồi phụ indica (indica set) japonica (japonica set) Sau tổng hợp loại trừ trường hợp trùng lặp QTLs ghi nhận 89 qtls thiết lập tập đoàn nghiên cứu, nhóm phụ indica nhóm japonica Bên cạnh đó, chúng tơi xác định 03 vùng có nhiều QTLs tập trung gần nhiễm sắc thể xác định QTLs liên kết với tính trạng số lượng rễ lúa (NCR) NST số 11, QTLs liên kết với tính trạng đường kính rễ (THK) NST số 2, QTLs liên quan đến tính trạng khối lượng khơ tồn rễ lúa (RDW) NST số 416 Hình 1: Manhattan Plots tính trạng số lượng rễ (NCR) tồn tập đồn hai nhóm lồi phụ “Manhattan Plots” hình ví dụ minh họa cho vùng có QTLs tập trung cao NST số 11, QTLs liên quan đến tính trạng số lượng rễ (NCR), điều bước đầu khẳng định liên kết chặt chẽ vùng nhiễm sắc thể với tính trạng số lượng rễ lúa 3.3.2 Xác định gen ứng cử viên liên quan đến tính trạng quan tâm Sau xác định marker liên kết với tính trạng quan tâm, vào kết phân tích LD (linkage disequilibrium), gen nằm khoảng +/-25kb tính từ vị trí marker (hoặc đoạn QTLs) gen ứng cử viên có liên quan đến tính trạng liên kết Các gen xác định vào liệu gen tồn genome lúa cơng bố website OrygenesDB (http://orygenesdb.cirad.fr/tools.html) Bằng phương pháp với 88 QTLs, nhóm nghiên cứu xác định 889 gen, có 407 gen xác định chức Các gen liên kết với QTLs so sánh với danh sách gen có biểu biết đến hình thành phát triển rễ lúa (crown root) cơng Hội thảo Quốc gia Khoa học Cây trồng lần thứ hai bố nghiên cứu Takehisa cộng (2012), Coudert cộng (2014) Kết cho thấy có 11 gen có biểu đặc biệt phần khác rễ lúa đỉnh rễ, vùng đặc biệt rễ bên vùng thành thục khác Tiến hành tìm kiếm thơng tin chức sinh học ortholog gen Arabidopsis công bố, xác định thêm 13 ứng viên đáng quan tâm Như vậy, qua trình so sánh đối chiếu với nguồn liệu cơng bố, chúng tơi xác định có 24 gen chứng minh có chức sinh học, hóa sinh liên quan đến phát triển giai đoạn, phần khác rễ Các gen cịn lại chúng tơi tiếp tục tiến hành nghiên cứu để hoàn thiện hiểu biết mối quan hệ chúng với phát triển rễ lúa IV KẾT LUẬN - Thực nghiên cứu GWAS tập đoàn gồm 182 giống lúa Việt Nam 03 giống lúa đối chứng, sau loại trừ trùng lặp, nhóm nghiên cứu xác định 89 QTLs liên kết với tính trạng quan tâm tồn tập đồn, nhóm phụ indica japonica Trong xác định 03 vùng nhiễm sắc thể có nhiều QTLs tập trung liên kết với tính trạng số lượng rễ (NCR), đường kính rễ (THK), khối lượng khơ rễ (RDW) NST số 11, NST số NST số - Căn vào vị trí marker nhiễm sắc thể kết phân tích LD (linkage disequilibrium), nhóm nghiên cứu xác định tổng số 889 gen nằm khoảng +/-25 kb kể từ vị trí marker, có 407 gen xác định chức So sánh với kết công bố,chúng xác định có 24 gen có cơng bố nghiên cứu chứng minh chức hóa sinh sinh học liên quan đến tính trạng cấu trúc rễ - Từ kết thu cho thấy phương pháp GWAS phương pháp nghiên cứu di truyền đại, nhiều tiềm năng, có ý nghĩa ứng dụng cao thực tế, đặc biệt nghiên cứu đặc điểm di truyền tính trạng số lượng phức tạp nghiên cứu gen chức LỜI CẢM ƠN: Nhóm tác giả trân trọng cảm ơn Bộ Nông nghiệp PTNT cấp kinh phí thực hiện đề tài "Nghiên cứu chức gen quy định phát triển rễ lúa, phục vụ công tác chọn tạo giống lúa chịu hạn công nghệ gen"; Cảm ơn cán Phịng thí nghiệm chung Việt – Pháp, Phịng Thí nghiệm trọng điểm Cơng nghệ Tế bào thực vật, Viện Di truyền Nông nghiệp, Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam tạo điều kiện thực đề tài TÀI LIỆU THAM KHẢO Courtois, B., Ahmadi, N., Khowaja, F., Price, A., Rami, J.-F., Frouin, J., Hamelin, C., and Ruiz, M., 2009 Rice root genetic architecture: meta-analysis from a drought QTL database Rice, 2:115-128 Coudert, Y., Le, V A., Adam, H., Bès, M., Vignols, F., Jouannic, S., Guiderdoni, E., and Gantet, P (2014) Identification of CROWN ROOTLESS1 regulated genes in rice reveals specific and conserved elements of postembryonic root formation New Phytol 206 (1):243-254 De Dorlodot, S., Forster, B., Pages, L., Price, A., Tuberosa, R., and Draye, X., 2007 Root system architecture: opportunities and constraints for genetic improvement of crops Trends Plant Sci, 12:474-481 Herder, G.D., Van Isterdael, G., Beeckman, T., and De Smet, I., 2010 The roots of a new green revolution Trends in Plant Science, 15:600-607 Takehisa, H., Sato, Y., Igarashi, M., Abiko, T., Antonio, B A., Kamatsuki, K., and Nagamura, Y (2012) Genome wide transcriptome dissection of the rice root system: implications for developmental and physiological functions The Plant Journal 69(1): 126-140 Jombart, T., Devillard, S., and Balloux, F., 2010 Discriminant analysis of principal components: a new method for the analysis of genetically structured populations BMC genetics 11, 94 http://orygenesdb.cirad.fr/tools.html 417 VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ABSTRACT Some results on new gene and QTL functions involved in rice root development Do Nang Vinh1, Ha Thi Thuy1, Phung Thi Phuong Nhung1, Mai Duc Chung1, Hoang Thi Giang1, Nguyen Thi Hue1, Nguyen Thi Thom1, Nguyen Dieu Thu1, Nguyen Le Khanh1, Dinh Van Lam1, Truong Thi Minh Hue1, Brigitte Courtois3 and Pascal Gantet2 Agriculture Genetics Institute IRD, France CIRAD, France This study has used GWAS method (Genome-wide association study) for the characters related to rice roots development in a panel of 182 Vietnamese rice varieties From 50,000 GBS markers, we obtained a total of 25,971 markers for the polymorphic information content (PIC) ranking from 1% to 50% Statistical genetic results related to the rice root development has identified 66 markers for the whole group of rice varieties which has a significant difference at P-value ≤ 1E-04, equivalent to the number of identified QTLs The most significant markers were recorded for the following traits: the depth of root (DEPTH) on the Chromosome (Q17; P = 2.67e-07) and the number of crown root (NCR) on the Chromosome 11 (Q45; P = 6.59e-07) Keywords: GWAS method, rice roots development, DArT markers, QTLs Địa liên hệ: Mai Đức Chung, 01679083304, MDCHUNGDUC@GMAIL.COM Người phản biện: TS Khuất Hữu Trung 418