Bài giảng thực tập tin học ứng dụng dược trường đh võ trường toản

TRƯỜNG ĐẠI HỌC VÕ TRƯỜNG TOẢN KHOA DƯỢC  BÀI GIẢNG MÔN HỌC THỰC TẬP TIN HỌC ỨNG DỤNG DƯỢC Đơn vị biên soạn KHOA DƯỢC Hậu Giang – Năm 2017 MỤC LỤC Trang Bài Tìm kiếm đánh giá thông tin Y Dược Bài Phần mềm Chemoffice Bài Kiểm định giả thuyết 28 Bài Phân tích phương sai yếu tố 30 BÀI TÌM KIẾM VÀ ĐÁNH GIÁ THƠNG TIN Y DƯỢC Mục tiêu học tập Trình bày nguồn thơng tin Y Dược Tìm kiếm thông tin Y Dược đáng tin cậy internet Đọc đánh giá báo cáo khoa học Nội dung Tìm kiếm thơng tin ngẫu nhiên: cơng cụ Google Google scholar Ví dụ: Tìm kiếm thơng tin Adrenaline Tìm kiếm từ nguồn thông tin cấp 3: Nguồn thông tin cấp 3: thông tin xây dựng cách tổng hợp thông tin từ hai nguồn thông tin Tác giả nguồn thông tin thứ thường chuyên gia thuốc lĩnh vực đó, từ kiến thức chuyên sâu lĩnh vực họ phân tích tổng hợp thơng tin liên quan để đưa thơng tin mang tính khái qt vấn đề Các thông tin thuộc nguồn thông tin cấp thường công bố dạng sách giáo khoa, hướng dẫn điều trị chuẩn Người sử dụng phần lớn khai thác nguồn thông tin thơng tin thường ngắn gọn, súc tích, độ khái quát hóa cao (do xử lý chuyên gia) Tuy nhiên, nhược điểm nguồn thông tin tính cập nhật kém, độ tin cậy phụ thuộc vào lực tác giả (vì có sai sót riêng thành kiến tác giả, sai sót q trình chuyển tải thơng tin tác giả không tập hợp đầy đủ thơng tin ban đầu có liên quan hay đánh giá sai lệch thông tin này) AHFS Drug Information (AHFS) Do Hiệp hội Dược sĩ thuộc hệ thống y tế Hoa Kỳ (American Society of Health System Pharmacists) biên soạn cập nhật hàng năm Đây nguồn thông tin thuốc Cơ quan quản lý Dược phẩm Thực phẩm Hoa Kỳ (FDA) phê duyệt Nguồn sở liệu cung cấp chuyên luận toàn diện thuốc lưu hành Mỹ Martindale: The Complete Drug Reference (MAR) Xuất lần vào năm 1883 với tên Martindale: The Extra Pharmacopoeia, đến đổi tên thành Martindale: The Complete Drug Reference Đây nguồn CSDL cung cấp thơng tin tồn diện thuốc uy tín biên soạn Sean C Sweetman cập nhật năm lần Mục đích Martindale cung cấp thơng tin khách quan, xác cho chuyên gia y tế tất thuốc giới Đó thuốc lưu hành, thuốc xuất hiện, hay thuốc cũ dùng chí thuốc thay đổi công thức Dược thư quốc gia Việt Nam (DT) Được biên tập ban đạo biên soạn Dược thư Quốc Gia Hội đồng Dược điển Việt Nam, bao gồm 600 chuyên luận thuốc chuyên luận chung sử dụng thuốc cho phụ nữ có thai, nguyên tắc sử dụng thuốc giảm đau, nguyên tắc sử dụng kháng sinh… Người sử dụng tra cứu theo tên hoạt chất tên biệt dược Goodman & Gilman’s Cơ sở liệu Medline (National library of Medicine – USA 4000 tạp chí 70 nước) - Phần lớn báo - Có dạng: + Bảng giải, cập nhật năm + On-line (toàn liệu từ 1966) + CD – ROM (toàn liệu) Cách tìm kiếm báo liên quan - Bằng từ khóa, tên tác giả, tên quan nghiên cứu - Bằng tiêu đề Y học Tìm kiếm OPAC nước: http://moodle.yds.edu.vn/tcyh/ Tra cứu số IF Công cụ đánh giá tạp chí: “Xác định tần xuất trung bình báo tạp chí trích dẫn khoảng thời gian định” Bài tập 1: Hãy tìm kiếm báo Pubmed cách tìm kiếm tiêu đề Y học có chứa từ “Diclofenac”, tìm kiếm số IF tạp chí Bài tập 2: Hãy tìm kiếm báo Pubmed cách tìm kiếm tiêu đề Y học có chứa từ “Renin-Angiotesin” Các nghiên cứu trích dẫn tiểu luận luận văn nghiên cứu hay không? Đánh giá báo cáo Bài báo cáo phải trả lời câu hỏi sau - Tại nghiên cứu tiến hành giả thuyết tác giả kiểm tra? - Loại nghiên cứu tiến hành? + Nguyên cứu khởi thủy + Nghiên cứu nối tiếp - Thiết kế thử nghiệm phù hợp? + Trị liệu – thử nghiệm ngẫu nhiên có đối chứng + Chẩn đốn – nghiên cứu cắt ngang có so sánh + Sàng lọc – nghiên cứu cắt ngang + Hậu - nghiên cứu cắt dọc, nghiên cứu hồi cứu, nghiên cứu theo ca - Cỡ mẫu phân tích thống kê phù hợp? Bài tập: Hãy tìm kiếm báo Pubmed cách tìm kiếm từ khóa có chứa từ “Atorvastatin”, chọn báo tiến hành đánh giá sơ lược báo Đánh giá phương pháp nghiên cứu Trả lời số câu hỏi sau - Đây có phải nghiên cứu gốc? + Nếu nghiên cứu nối tiếp nghiên cứu cung cấp thêm thơng tin hữu ích? (lớn hơn, dài hơn, phương pháp theo dõi nghiêm ngặt hơn, dân số mẫu nhiều hơn…) - Nghiên cứu đối tượng nào? (đưa đối tương lựa chon đối tượng bị loại trừ) - Thiết kế nghiên cứu có rõ ràng hay khơng? (có đặc hiệu so sánh với tiêu nào, kết đánh giá đưa phương pháp đánh giá) - Tránh hạn chế sai số khuynh hướng? - Phần thống kê kết nào? (cỡ mẫu, thời gian theo dõi…) BÀI PHẦN MỀM CHEMOFFICE Mục tiêu học tập Tìm hiểu phân tích tính chương trình Chemoffice để vẽ cấu trúc chất, viết phương trình phản ứng… CHEMOFFICE ULTRA2008 Đây chương trình nay, sử dụng sở liệu (Database SQL server 2005) Do cài đặt tương đối phức tạp với nhiều công cụ Bẻ crack chương trình phức tạp hơn, địi hỏi số kỹ thuật a) Cài đặt: - Mở thư mục cài đặt ChemOffice2008v11 Nhấp đôi vào file cou11.exe - Chương trình địi hỏi nhập Name, Organization (có thể để trống mục này), Email Address, Serial Number Bạn nhập theo nội dung sau (coppy nội dung past vào địi nhập liệu): Name : lZ0 Email : lz0@lz0.COM Serial : 011-256104-7199 - Khi nút "Activate Later" rõ lên, bạn nhấp vào nút để tiến trình thực tiếp tục + Nhấp Next + Chọn I accept the terms of the license agree ment, nhấp next để chương trình tự động cài đặt - Chọn Complete (để chương trình cài đặt tồn cơng cụ) - Nút Browse : để mặc định đường dẫn cài đặt chu7ong trình C:\Program Files\ CambridgeSoft\ ChemOffice 2008 Nhấp Next, Install * Trong q trình cài đặt địi hỏi cài thêm nhiều công cụ hỗ trợ, bạn nhấp Next để cài đặt tất công cụ - Cài ChemScript 11.0: + Nhấp Next + Chọn I accept the terms of the license agree ment, nhấp next + Nhấp Next, next, chọn Complete, next Nhấn Install để chương trình tự động cài đặt + Nhấn Finish để hoàn tất - Cài E-Notebook 11.0: + Nhấp Next để thực + Chọn I accept the terms of the license agree ment, nhấp next + Để mặc định đường dẫn thư mục cài đặt Nhấp Next Nhấn Install để chương trình tự động cài đặt + Nhấn Finish để hoàn tất - Cài tiếp Mest Rec SQL server 2005: + Nhấn OK để chấp nhận + Nhấn Finish cài đặt hồn tất tồn tiến trình - Sau cài đặt xong công cụ cần thiết, chương trình địi hỏi khởi động lại máy Nếu khơng khởi động lại máy phải nhấp nút No - Mở thư mục CambridgeSoftware.ChemOffice.Ultra.2008.v11-Lz0 thư mục gốc ChemOffice2008v11: + Nhấp đôi vào file crack.reg + Coppy file RegCodeCom11.dll dán vào thư mục DLLS theo đường dẫn file cài đặt sau C:\Program Files\ CambridgeSoft\ ChemOffice2008\ Common\ DLLs (Nếu bạn để mặc định chương trình tự động cài vào ổ đĩa C) - Lúc tự khởi động lại máy - Sau máy khởi động lại, khởi động chương trình để xen chương trình có hoạt động không Vào Start\ Program\ ChemBioOffice2008\ Nhấp ChemBioDraw Ultra 11.0 Nếu chương trình khởi động giao diện cài đặt hồn tất crack thành cơng Nút chọn Click chuột phải vào vào để chọn thêm cơng cụ, ví dụ bảng tuần hồn để chọn nguyên tố hóa học Vùng trống để vẽ cơng thức - Nếu chương trình khơng khởi động mà địi hỏi phải nhập lại Name, Organization (có thể để trống mục này), Email Address, Serial Number Bạn nhập lại Name, Email theo nội dung sau (coppy nội dung past vào địi nhập liệu): Name : lZ0 Email : lz0@lz0.COM + Số Serial: coppy số serial sau để past vào nhấn Activate Later thành công Click chọn cấu trúc phía sau chọn lệnh Object/ Bring to front, click chuột vào khung chữ nhật dến có hình bàn tay sau rê vào chỗ cacbon chọn trung tâm orbital 2.3 Chuyển 2D sang 3D Trình bày cấu trúc dạng 3D phân tử phenyl alanin (dạng que – cầu) Bước 1:Vẽ cấu trúc benzyl amin Dùng lệnh Structure/Convert Name to Structure, xuất cửa sổ Insert Structure gõ tên benzyl amin Click OK ta công thức cấu tạo benzyl amin H2N 18 Bước 2: Chuyển cấu trúc hóa học từ 2D sang 3D Dùng lệnh Edit/Get 3D Model Bước 3: Chuyển cấu trúc 3D từ kiểu que sang kiểu que-cầu: Click đúp vào cấu trúc 3D, cửa sổ ứng dụng Chem3D xuất hiện, chọn Ball & Stick Model Type 2.4 Thiết kế mơ hình thí nghiệm Vẽ sơ đồ thí nghiệm đun hồn lưu Bước 1: Vẽ giá thí nghiệm gồm kẹp Chọn biểu tượng công cụ chọn Clipsware, part để lấy giá thí nghiệm, sau dùng lệnh Object/Flip Horizontal để tạo kẹp đối xứng qua mặt phẳng dọc dùng cơng cụ tồn phần để di chuyển kẹp gắn lên 19 Bước 2: Vẽ lị đốt nóng, bình cầu, ống sinh hàn Chọn biểu tượng công cụ chọn Clipsware, part để lấy lị đốt nóng bình cầu, chọn Clipsware, part để lấy ống sinh hàn 20 Bước 3: Chú thích cho hình vẽ: dùng cơng cụ vẽ mũi tên để vẽ đường dẫn công cụ soạn văn để ghi thích 2.5 Vẽ chế phản ứng Trình bày chế phản ứng HO- O OH HO O - HO O- C O + Br Br Br Bước 1: Vẽ cấu trúc hóa học - Dùng công cụ vẽ tương tự tập O Br 21 Br- Bước 2: Vẽ thêm cơng thức hóa học Dùng lệnh Copy Paste để thêm cấu trúc hóa học giống bước 1, sau dùng cơng cụ vẽ thay đổi số yếu tố cho công thức vừa Paste, dùng công cụ vẽ số để vẽ O- OH O O O- Br Br Br Bước 3: Vẽ thêm công thức hóa học Dùng cơng cụ vẽ tương tự bước HO C O Bước 4: Vẽ mũi tên thẳng, cong: dùng công cụ vẽ mũi tên HO- O OH HO O - HO O- C O + Br Br Br 2.6 Dự đoán phổ cộng hưởng từ hạt nhân phân tử (1H – NMR 13C - NMR) Ví dụ: Dự đoán phổ 1H – NMR 13 C – NMR phenyl acetate Bước 1: Vẽ công thức phân tử phenyl acetate O H3C C O phenyl acetate 22 Br- Bước 2: - Dùng công cụ Lasso Marquee chọn lấy phân tử Vào menu Structure, chọn Predict 1H – NMR Shifts Predict 13C – NMR Shifts CHEM3D ULTRA 3.1 Cửa sổ chương trình: Đối với ChemOffice 2004 : Start \Programs \ ChemOffice 2004 \ Chem3D Ultra 8.0 23 Đối với ChemOffice 2008 : Start \ Programs \ ChemBioOffice 2008 \ ChemBio3DUltra11.0 Nếu xuất hộp thoại Chem 3D to chem 3D 8.0! lựa chọn chức “Enable hardware acceleration, and make this default settings” nhấp chuột trái chọn vào ô “I have read Please don’t show me this again” để không hiển thị thơng báo khởi động tiếp theo, sau click OK để bắt đầu Cửa sổ làm việc Chem3D Ultra 8.0 24 Cửa sổ làm việc ChemBio3D Ultra 11.0 *Cơng cụ Chem 3D tương tự với Chemdraw 3.2 Cách sử dụng: Chem 3D Ultra sử dụng chủ yếu vào việc thiết kế mơ hình phân tử hợp chất hóa học Đồng thời cịn cho phép ta thiết kế quay mơ hình phân tử khơng gian a Cách tạo mơ hình phân tử: Ví dụ: Để vẽ cấu trúc phân tử axit sunfuric ta thực sau: Kích chuột vào cơng cụ (Text) kích vào vùng trình bày Nhập cơng thức phân tử H2SO4 vào nhấn phím Enter, mơ hình phân tử tương ứng với công thức nhập hiển thị Hoặc sử dụng cơng cụ vẽ liên kết để vẽ cấu trúc phân tử 25 * Để biên tập lại mơ hình phân tử kích chuột vào biểu tượng sau: + cho phép xoay mơ hình phân tử + : mơ hình phân tử ký hiệu loại nguyên tố + : hiển thị số mơ hình phân tử + : thay đổi màu cho mô hình phân tử + + nhìn mơ hình khơng gian chiều chọn kiểu mơ hình phân tử: - Wire fram: dạng sợi - Sticks:dạng que - Balls and sticks: dạng que hình cầu - Cylindrical bonds : dạng liên kết kiểu hình trụ - Space filling: dạng khối *Để thay đổi nguyên tố mô hình phân tử thiết kế, ta kích chuột vào cơng cụ Text, sau kích chuột ngun tử muốn đổi tên mơ hình phân tử, đánh tên ngun tố cần thay đổi thay đổi vào Text này, nhấn phím Enter chương trình tự động đổi tên ngun tử Ví dụ chuyển mơ hình phân tử H2SO4 thành Na2SO4: ta dùng công cụ Text để thay nguyên tử H Na b Tạo phim quay cấu trúc 3D không gian Sau tạo cấu trúc 3D, ta muốn cho cấu trúc quay không gian để đưa vào MS Power Point, ta tiến hành sau: - Tạo cấu trúc quay không gian 26 + Với Chemoffice 2004 B1 Nhấp chọn thẻ Analyze, hộp thoại xổ xuống ta chọn chiều quay tương ứng theo thẻ Spin About X Axis (quay theo trục X), Spin About Y Axis (quay theo trục Y), Spin About Z Axis (quay theo trục Z) B2 Chọn tốc độ quay cách nhấp chuột trái thẻ View chọn Settings Trong hộp thoại Chem 3D Settings chọn thẻ Movie kéo trượt chọn tốc độ quay phù hợp nhấp chọn OK + Với Chemoffice 2008 B1 Nhấp chuột trái vào công cụ quan sát quay cấu trúc B2 Chọn tốc độ quay cách nhấp chuột trái vào kéo trượt chọn tốc độ quay phù hợp - Lưu quay thành phim Trước tiên ta phải nhấp chuột trái vào biểu tượng để dừng việc quay Sau Chọn File\Save as để lưu lại Trong hộp thoại Save as ta chọn định dạng file cần lưu Windows AVI Movie (*.avi) ô Save as type Nhấn Save để hồn tất q trình 27 BÀI KIỂM ĐỊNH GIẢ THUYẾT Hướng dẫn khởi động Data Analysic Tools/Add –Ins/Analysis ToolPak So sánh hai phương sai Tools/Data Analysis/F-Test: Two Sample for Variances Lưu ý: Chuỗi liệu có phương sai lớn nhập vào “ Variable range” Chuỗi dữ liệu * Chuỗi dữ liệu Nhãn dữ liệu Mức ý nghĩa Nơi kết quả Ví dụ: Thời gian tan rã (phút) hai mẫu viên Panadol thuộc hai lô sản xuất xí nghiệp dược sau Hãy so sánh phương sai hai mẫu A B ( = 0,05)? Trắc nghiệm giả thuyết (bắt cặp) Tools\ Data Analysis\ t-Test: Paired Two-Sample for Means Ví dụ: Đo huyết áp 10 bệnh nhân trước sau cho uống thuốc X, ta thu kết sau: 28 10 T 140 138 141 151 142 139 148 150 149 150 S 132 131 136 143 136 131 140 141 142 140 Với  =0,05, cho biết thuốc X có tác dụng hạ huyết áp khơng? Ch̃i dữ liệu Chuỗi dữ liệu Nhãn dữ liệu Mức ý nghĩa Nơi kết quả Trắc nghiệm giả thuyết phương sai Tools\ Data Analysis\ t-Test: Two-Sample Assuming Equal Variances Ví dụ: Để nghiên cứu tác dụng hạ cholesterol loại thuốc X, người ta cho 10 bệnh nhân uống thuốc X 10 bệnh nhân khác uống thuốc giả dược Kết hàm lượng cholesterol ghi nhận lại sau: X 6.1 8.2 7.6 6.5 8.4 6.9 6.7 7.4 P 5.2 7.9 3.9 4.7 5.3 5.4 4.2 6.1 3.8 Hãy kết luận tác dụng loại thuốc X ( =0,05)? 29 10 5.8 6.3 Chuỗi dữ liệu Chuỗi dữ liệu Nhãn dữ liệu Mức ý nghĩa Nơi kết quả Trắc nghiệm giả thuyết phương sai không Tools\ Data Analysis\ t-Test: Two-Sample Assuming Unequal Variances Ví dụ: Thời gian tan rã (phút) hai mẫu viên Paracetamol thuộc hai lơ sản xuất xí nghiệp dược sau Hãy so sánh thời gian tan rã trung bình hai lơ thuốc nói ( = 0,05)? 10 A 13 14 13 12 15 14 12 15 14 12 B 13 17 15 10 13 15 10 16 13 11 30 Chuỗi dữ liệu Chuỗi dữ liệu Nhãn dữ liệu Mức ý nghĩa Nơi kết quả BÀI PHÂN TÍCH PHƯƠNG SAI MỘT YẾU TỐ Tools\ Data Analysis\ Anova: Single Factor Ví dụ: Hàm lượng saponin (mg) dược liệu chiết xuất̀ hệ dung môi A:B với tỷ lệ khác thống kê sau: 1:9 2:8 3:7 4:6 5:5 1,51 1,69 1,56 1,30 0,73 1,92 0,64 1,22 0,75 0,80 1,08 0,90 1,32 1,26 0,90 2,04 1,41 1,39 0,69 1,24 1,76 0,84 1,54 0,90 0,72 1,17 1,28 1,20 - - Tỷ lệ dung mơi có ảnh hưởng đến hàm lượng saponin chiết hay không ( = 0,05) 31 Khối liệu Cách xếp Nhập liệu Mức ý nghĩa Nơi kết qủa 32