Tần suất một số gen mã hóa yếu tố độc của escherichia coli sinh b lactamase phổ mở rộng phân lập từ máu, mủ và nước tiểu

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH ∞0∞ NGUYỄN THỊ KIM QUYÊN TẦN SUẤT MỘT SỐ GEN MÃ HÓA YẾU TỐ ĐỘC CỦA Escherichia coli SINH β- LACTAMASE PHỔ MỞ RỘNG PHÂN LẬP TỪ MÁU, MỦ VÀ NƯỚC TIỂU LUẬN VĂN THẠC SĨ CƠNG NGHỆ SINH HỌC TP HỒ CHÍ MINH, NĂM 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH ∞0∞ NGUYỄN THỊ KIM QUYÊN TẦN SUẤT MỘT SỐ GEN MÃ HÓA YẾU TỐ ĐỘC CỦA Escherichia coli SINH β- LACTAMASE PHỔ MỞ RỘNG PHÂN LẬP TỪ MÁU, MỦ VÀ NƯỚC TIỂU Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số chuyên ngành: 42 02 01 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng dẫn: PGS.TS PHAN THỊ PHƯỢNG TRANG TP HỒ CHÍ MINH, NĂM 2021 TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHOA ĐÀO TẠO SAU ĐẠI HỌC CỘNG HỊA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc GIẤY XÁC NHẬN Tôi tên là: NGUYỄN THỊ KIM QUYÊN Ngày sinh: 24/05/1980 Nơi sinh: Tây Ninh Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã học viên: 1884202010014 Tơi đồng ý cung cấp tồn văn thơng tin luận văn tốt nghiệp hợp lệ quyền cho Thư viện trường đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh Thư viện trường đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh kết nối tồn văn thơng tin luận văn tốt nghiệp vào hệ thống thông tin khoa học Sở Khoa học Công nghệ Thành phố Hồ Chí Minh Ký tên (Ghi rõ họ tên) Nguyễn Thị Kim Quyên CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc Ý KIẾN CHO PHÉP BẢO VỆ LUẬN VĂN THẠC SĨ CỦA GIẢNG VIÊN HƯỚNG DẪN Giảng viên hướng dẫn: PGS TS PHAN THỊ PHƯỢNG TRANG Học viên thực hiện: NGUYỄN THỊ KIM QUYÊN Lớp: MBIO18B Ngày sinh: 24/05/1980 Nơi sinh: Xã Long Thuận, huyện Bến Cầu, tỉnh Tây Ninh Tên đề tài: “TẦN SUẤT MỘT SỐ GEN MÃ HÓA YẾU TỐ ĐỘC CỦA Escherichia coli SINH β- LACTAMASE PHỔ MỞ RỘNG PHÂN LẬP TỪ MÁU, MỦ, VÀ NƯỚC TIỂU” Ý kiến giáo viên hướng dẫn việc cho phép học viên……………………………… bảo vệ luận văn trước Hội đồng: Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 02 tháng 12 năm 2021 Người nhận xét PGS TS PHAN THỊ PHƯỢNG TRANG i LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan luận văn “TẦN SUẤT MỘT SỐ GEN MÃ HÓA YẾU TỐ ĐỘC CỦA Escherichia coli SINH β- LACTAMASE PHỔ MỞ RỘNG PHÂN LẬP TỪ MÁU, MỦ VÀ NƯỚC TIỂU” nghiên cứu tơi Ngoại trừ tài liệu tham khảo trích dẫn luận văn này, tơi cam đoan toàn phần hay phần nhỏ luận văn chưa công bố sử dụng để nhận cấp nơi khác Khơng có sản phẩm/nghiên cứu người khác sử dụng luận văn mà khơng trích dẫn theo quy định Luận văn chưa nộp để nhận cấp trường đại học sở đào tạo khác Thành phố Hồ Chí Minh, tháng 11 năm 2021 Nguyễn Thị Kim Quyên ii LỜI CẢM ƠN Em đặc biệt cảm ơn Cô PGS TS Phan Thị Phượng Trang tận tình hướng dẫn, dạy em suốt thời gian thực đề tài Cô người đặt nhiều tâm huyết hết giúp em thêm tự tin hoàn thành luận văn cách tốt Em gửi lời cảm ơn sâu sắc đến Cô NCS Nguyễn Lý Hoàng Ngân thời gian thực đề tài Cơ nhiệt tình chia sẻ truyền đạt kiến thức thực tế vô quý giá để nội dung luận văn hoàn chỉnh Chân thành cảm ơn giúp đỡ nhiệt tình em NCS Tinh Tươm giúp chị hoàn thành tốt luận văn Em chân thành cảm ơn giúp đỡ từ Ban Giám hiệu, Quý Thầy, Cô khoa Công Nghệ Sinh Học Quý Thầy Cô khoa Đào Tạo Sau Đại Học trường Đại học Mở thành phố Hồ Chí Minh tận tình dạy bảo, truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm suốt thời gian qua Đồng thời, cảm ơn Ban Lãnh đạo Trung tâm Khoa học Công nghệ Sinh học (CBB) - Trường Đại học Khoa học Tự nhiên thành phố Hồ Chí Minh, Ban lãnh đạo Viện Y tế cơng cộng thành phố Hồ Chí Minh tạo điều kiện cho em học tập, thực hoàn thành luận văn thạc sĩ Chân thành cảm ơn người bạn đồng hành chia sẻ Quyên kiến thức mà lĩnh hội suốt trình học tập Cuối cùng, xin cảm ơn gia đình ln điểm tựa vững cho em hoàn cảnh Trân trọng cảm ơn! Nguyễn Thị Kim Quyên iii TÓM TẮT E coli mang gen kháng kháng sinh β-lactamase phổ mở rộng (ESBL) mối quan tâm hàng đầu y tế cơng cộng Hiện có nhiều nghiên cứu E coli sinh ESBL phân lập từ người lành bệnh phẩm Tuy nhiên, nghiên cứu E coli sinh ESBL phân lập từ bệnh phẩm đồng thời mang gen mã hóa yếu tố độc lực Việt Nam chưa tiến hành Vì vậy, nghiên cứu xác định tần suất số gen mã hóa yếu tố độc lực E coli sinh ESBL phân lập từ bệnh phẩm Bệnh viện Bình Dân, TP Hồ Chí Minh cách sử dụng phương pháp cắt ngang, mô tả kỹ thuật multiplex-PCR monoplex-PCR với cặp mồi đặc hiệu để phát 16 gen mã hóa yếu tố độc: fimH, fyuA, iutA, PAI, kpsMTII, papC, hlyA, kpsMTK1, ompT, hlyF, iroN, ireA, ibeA, sfa, iss cvaC 127 chủng phân lập từ loại bệnh phẩm khác Kết phân tích cho thấy, khơng có khác biệt tần suất 16 gen quan tâm nhóm bệnh nhân đến từ khu vực TP Hồ Chí Minh khu vực khác, khơng có khác biệt tần suất tìm thấy gen chủng phân lập từ nhóm bệnh nhân nam nữ gen fyuA, iutA, PAI, fimH chiếm tỷ lệ cao loại bệnh phẩm nên dùng làm gen dấu cho chủng ExPEC Khác biệt tần suất gen papC, ibeA, kps MTII chủng phân lập từ loại bệnh phẩm có ý nghĩa thống kê Các chủng E coli sinh ESBL phân lập từ máu thường mang – gen mã hóa yếu tố độc, chủng từ mẫu mủ nước tiểu thường mang – gen Có đến 42 kiểu tổ hợp gen mã hóa yếu tố độc khác phát chủng Chủng mang nhiều 12 gen, phân lập từ mẫu nước tiểu Nghiên cứu phản ánh phần mức độ phổ biến chủng ExPEC tiềm gây bệnh chúng iv ABSTRACT ESBL-producing E coli carrying virulence genes is a concern for public health and studies on these strains isolated from clinical specimens is lacking Because of that, this study aims to determine the prevalence of ESBL-producing E coli carrying virulence genes isolated from clinical specimens in Ho Chi Minh city A prospective, cross-sectional study was conducted in Binh Dan hospital with a total of 127 isolated from clinical specimens were tested for 16 virulence genes including: fimH, fyuA, iutA, PAI, kpsMTII, papC, hlyA, kpsMTK1, ompT, hlyF, iroN, ireA, ibeA, sfa, iss and cvaC by multiplex-PCR sets and monoplex-PCR with specific primers The analysis results showed that there was no difference in the frequency of 16 genes of interest between groups of patients from HCMC and other areas There was also no difference in the frequency of these genes found in strains isolated from male and female patients The four genes fyuA, iutA, PAI, and fimH account for the highest percentage in all three types of clinical samples, so they can be used as markers for ExPEC strains in general The difference in frequency of papC, ibeA, kps MTII genes among strains isolated from types of specimens is statistically significant ESBLproducing strains of E coli isolated from blood usually carry 6-7 genes encoding virulence factors while strains from pus and urine samples usually carry 4-7 genes Up to 42 different combinations of genes encoding virulence factors were detected in the strains The strain carried at most 12 genes was isolated from urine sample Higher virulence gene diversity was found among clinical isolates of ESBL- producing E coli showing that clinical strains need more virulence factors v MỤC LỤC Trang Lời cam đoan .i Lời cảm ơn ii Tóm tắt iii Abstract .iv Mục lục v Danh mục hình đồ thị viii Danh mục bảng ix Danh mục từ viết tắt x CHƯƠNG GIỚI THIỆU 1.1 Cơ sở hình thành luận văn 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3 Câu hỏi nghiên cứu 1.4 Đối tượng phạm vi nghiên cứu 1.5 Phương pháp nghiên cứu 1.6 Ý nghĩa khoa học thực tiễn CHƯƠNG CƠ SỞ TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU 2.1 Vi khuẩn E coli 2.1.1 Lịch sử 2.1.2 Đặc tính chung 2.1.3 Các dạng kháng nguyên E coli 2.2 Các dạng E coli thường gặp 2.2.1 E coli hội sinh 2.2.2 E coli gây bệnh 2.3 E coli sinh β-lactamase phổ mở rộng (ESBL) 10 vi 2.3.1 Kháng với β-lactam 10 2.3.2 β-lactamase phổ mở rộng 10 2.3.3 Phương pháp phát E coli sinh β-lactamase phổ mở rộng 12 2.4 Các yếu tố độc lực E coli 13 2.4.1 Yếu tố bám dính xâm lấn 14 2.4.2 Yếu tố thu nhận sắt 15 2.4.3 Yếu tố vượt qua hệ miễn dịch vật chủ 16 2.4.4 Độc tố 16 2.5 Tình hình nghiên cứu E coli sinh ESBL 17 2.5.1 Tỷ lệ E coli sinh ESBL giới 17 2.5.2 Tỷ lệ E coli sinh ESBL Việt Nam 18 2.5.3 Nghiên cứu gen mã hóa yếu tố độc E coli sinh ESBL giới 19 2.5.4 Nghiên cứu gen mã hóa yếu tố độc E coli sinh ESBL Việt Nam 19 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 21 3.1 Vật liệu 21 3.1.1 Dụng cụ thiết bị 21 3.1.2 Hóa chất 22 3.1.3 Vật liệu sinh học 23 3.2 Phương pháp 26 3.2.1 Phương pháp thu thập chủng E coli có nguồn gốc từ bệnh phẩm 26 3.2.2 Phương pháp kiểm tra E coli 26 3.2.3 Phương pháp đĩa kháng sinh khuếch tán môi trường thạch 26 3.2.4 Phương pháp xác định kiểu gen mã hóa yếu tố độc lực 28 3.3 Phân tích số liệu 31 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN 32 4.1 Định danh sinh hóa chủng E coli thu nhận từ mẫu bệnh phẩm 32 89 PHỤ LỤC DANH SÁCH KIỂU GEN MÃ HÓA YẾU TỐ ĐỘC CỦA VI KHUẨN E coli virulence genes STT PAI fimH ibeA fyuA iutA K1 hlyA kpsII papC sfa iroN ompT iss ireA hlyF cvaC Code of sample A1 + + - + + + + + + + + - - - - - A2 + + - + + - - + + - - - - - - - A3 + + - + + + - + - - - - - - - - A4 + + - + + + - + + - - - - - - - A5 + + - + + - + + + - - - - - - - A6 + + - + + - - - - - - - - - - - A7 + - - + + - - + - - - - - - - - A8 + + - + + - - + + - - - - - - - A9 + + - + + - - + + - - - - - - - 10 A10 + + - + + - + + + - - - - - - - 11 A11 + + - + + - - + - - - - - - - - 12 A12 + + - + + - + + + - - - - - - - 13 A13 + + - + + - - + + - - - - - - - 14 M1 + + - + + - - + + + - - - - - - 15 M2 + - - + + - - - - - - - - - - - 16 M3 + - - + + - - + - - - - - - - - 17 M4 + - - + + - - + - - - - - - - - 18 M5 + - - + + - - + - - - - - - - - 19 M6 - - - + + - - - - - - - - - - - 20 M7 + + - + + - - - - - - - - - - - 21 M8 + + - + + - + + + - - - - - - - 90 virulence genes STT Code of sample PAI fimH ibeA fyuA iutA K1 hlyA kpsII papC sfa iroN ompT iss ireA hlyF cvaC 22 M9 + - - + + - - + - - - - - - - - 23 M10 + - - + + - - + - - - - - - - - 24 M11 + + - + + - + + + - - - - - - - 25 M12 + + - + + - + + + - - - - - - - 26 M13 + + - - - - - - - - - - - - - - 27 M14 - + - + + - - + + - - - - + - - 28 M15 + + - + + - - + + - - - - - - - 29 M16 + + - + + - + + + - - - - - - - 30 M17 + + - + + - - + + - - - - - - - 31 32 M18 M19 33 M21 + + + + + + - + + + + + + + + - + + + + + - - - - - - - 34 M22 + - - + + - - - - - - - - - - - 35 M23 + - - + + - - + - - - - - - - - 36 M25 + + - - + - - - - - - - - - - - 37 M26 + + - + + - - - + - - - - - - - 38 M27 + + - + + - - - - - - - - - - - 39 M28 + + - + + - - - + - - - - - - - 40 M29 + + - + + - + + + - - - - - - - 41 M30 + + - + + - - - + - - - - - - - 42 M31 + + - + + + - - - - - - - - - - 43 M32 + + - + + + - - - - - - - - - - 44 M33 - + - + + - - - - - + + + - + + 45 M34 - + - + + - - - - - + + + - + + 46 M35 + + - + + - - - - - + + + - + + 91 virulence genes STT Code of sample PAI fimH ibeA fyuA iutA K1 hlyA kpsII papC sfa iroN ompT iss ireA hlyF cvaC 47 M36 + + - + + + + + + - - + - - + - 48 M37 + + - + + + + + + - - + - - + - 49 M38 + + - + + + + + + - - + - - + - 50 M39 + + - + + + + + + - - + - - + - 51 M40 + + - + + - - - - - - - - - - - 52 M41 + + - + + + + + - - - - - + - - 53 M42 + + - + + - - - - - - - - - - - 54 M43 + + - + + - - - - - - - - - - - 55 M44 + + - + + - + + + - - - - + - - 56 M45 + + - + + - - - - - - - - - - - 57 M46 + + - + + - - - - - - - - - - - 58 M47 - + - + + - - - - - - - - - - - 59 M48 - + - - - - - - - - - - - - - - 60 M49 + + - + + + - + - - - + - - + - 61 M50 + + - + + - - + + - - + - - + - 62 M51 + + - - - - + + + - - - - - - - 63 M52 + + - + + + - - - - - - - - - - 64 M53 + + - + + - - + + - - - - - - - 65 M54 + + - + + - - + + - - - - - - - 66 M55 + + - + + + - + + - - - - - - - 67 M56 + + - + + - - + + - - - - - - - 68 M57 - + - + + - - - - - - - - - - - 69 M58 - + - - - - - - - - - - - - - - 70 M59 + + - + + + - + - - - - - - - - 71 M60 - - - + + - - + - - - - - - - - 92 virulence genes STT Code of sample PAI fimH ibeA fyuA iutA K1 hlyA kpsII papC sfa iroN ompT iss ireA hlyF cvaC 72 M61 + + - + + - - + - - - - - - - - 73 M62 - + - + + - - + + - - - - - - - 74 M63 + + - + - - - + - - - - - - - - 75 M64 - + - - - - - - - - - - - - - - 76 M65 + + - + + - - - + - - + - - + - 77 M66 + + - + + - - + + - - - - - - - 78 M67 + + - + + - - - + - - - - - - - 79 M68 + - - + + + - + - - - - - - - - 80 M69 + + - + + - + + + - - - - - - - 81 M70 + + - + + - - + - - - - - - - - 82 M71 + + - + + - - + - - - - - - - - 83 M72 + + - + + - - + - - - - - - - - 84 M73 + + + + + - + - + - + + + - + - 85 M74 + + - + + - + - + - - - - - - - 86 M75 - + - + + - - + + - - - - - - - 87 M76 + + - + - - - - - - - - - - - - 88 T1 + + - + + - - + - - - - - - - - 89 T2 + + - + + - - + - - - - - - - - 90 T3 + + - + + - + + + - - - - - - - 91 T4 - + - + - - - - - - - - - - - - 92 T5 - + - - - - - - - - - - - - - - 93 T6 - + - + + - - - - - - - - - - - 94 T7 + + - + + - - - - - - - - - - - 95 T8 + + - + + - - - + - - - - - - - 96 T9 + + - + + - + + + - - - - - - - 93 virulence genes STT Code of sample PAI fimH ibeA fyuA iutA K1 hlyA kpsII papC sfa iroN ompT iss ireA hlyF cvaC 97 T10 + + - + + - + + + - - - - - - - 98 T11 + - - + + - - - - - - - - - - - 99 T12 + + - + + - + + + - - - - - - - 100 T13 - + - + - - - - - - - - - - - - 101 T14 - + - + - - - - - - - - - - - - 102 T16 + + - + + + - - - - - - - - - - 103 T17 + + - + + - - - - - - - - - - - 104 T18 + + - + + - - + - - - - - - - - 105 T19 + + - + + - + + + - - - - - - - 106 T20 - + - + + - - + - - - - - - - - 107 T21 + + - + + + - + - - - - - - - - 108 T22 + + - + + + - + - - - - - - - - 109 T23 + + - + + + - + - - - - - - - - 110 T24 + + - + - - - + - - - - - - - - 111 T25 + + + + + + + + + + + - - + - - 112 T26 + + + + - + - - + + + - - + - - 113 T27 + + + + - + + + + + + - - + - - 114 T28 + + - + + - + + + - - - - - - - 115 T29 + + - + + - + - + - - - - - - - 116 T30 - + + - + - - - - - + + + - + - 117 T31 + + - + + - - - + - - - - - - - 118 T32 - - - - - - - - - - - - - - - - 119 T33 + + - + + - - - - - - - - - - - 120 T34 + + - + + - + + + - - - - - - - 121 T35 + + - + + - - + + - - - - - - - 94 virulence genes STT Code of sample PAI fimH ibeA fyuA iutA K1 hlyA kpsII papC sfa iroN ompT iss ireA hlyF cvaC 122 T36 + + - + + - - - - - - - - - - - 123 T37 + + - + - - - + - - - - - - - - 124 T38 + + - + + - - - - - - + - - + - 125 T39 + + - + + - - + - - - - - - - - 126 T40 - + - + + - - + - - - - - - - - 127 T41 + + - + + + - + - - - - - - - - PHỤ LỤC Biểu đồ so sánh tỷ lệ gen mã hóa yếu tố độc lực khu vực 100.0 90.0 80.0 Tỷ lệ % 70.0 60.0 50.0 40.0 30.0 20.0 10.0 0.0 Gen mã hóa yếu tố độc TP.HCM Khu vực khác TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH HỘI ĐỒNG CHẤM LUẬN VĂN THẠC SĨ CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 28 tháng 12 năm 2021 BIÊN BẢN HỘI ĐỒNG ĐÁNH GIÁ LUẬN VĂN THẠC SĨ CHUYÊN NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC Căn Quyết định số 2533/QĐ-ĐHM, ngày 16 tháng 12 năm 2021 Hiệu trưởng Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh việc thành lập Hội đồng đánh giá luận văn thạc sĩ chuyên ngành Công nghệ Sinh học, Hội đồng tiến hành đánh giá luận văn thạc sĩ cho học viên vào lúc 00 , ngày 28 tháng 12 năm 2021, Hội đồng Bảo vệ Luận văn Trực tuyến I Học viên: HỌ TÊN LUẬN VĂN GVHD Tần suất số gen mã hóa yếu tố độc PGS TS Phan Escherichia coli sinh β lactamase phổ mở Thị Phượng Nguyễn Thị Kim Quyên rộng phân lập từ máu, mủ, nước tiểu KHÓA 2018 Trang II Thành viên hội đồng chấm: 05 thành viên - Chủ tịch Hội đồng: - Phản biện 1: PGS TS Lê Huyền Ái Thúy - Phản biện 2: TS Trần Nhật Phương - Ủy viên: TS Lê Quang Anh Tuấn - Thư ký: TS Lê Thị Trúc Linh PGS TS Ngô Thị Hoa - Số thành viên có mặt: 05 - Số thành viên vắng mặt: - Kết thúc buổi bảo vệ luận văn ngày 28/12/2021, Sau tổng kết phiếu đánh giá luận văn thạc sĩ, Hội đồng thống kết đánh giá luận văn cho học viên cụ thể sau: III Kết đánh giá luận văn: Điểm trung bình số Điểm trung bình chữ 8.0 Tám không TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHOA ĐÀO TẠO SAU ĐẠI HỌC CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc NHẬN XÉT LUẬN VĂN THẠC SĨ CHUYÊN NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC (Nhận xét Phản biện) Học viên: Nguyễn Thị Kim Quyên Lớp: MBIO018 Tên đề tài: Tần suất số Gen mã hóa yếu tố độc Escherichia coli sinh β- Lactamase phổ mở rộng phân lập từ máu, mủ, dịch thể nước tiểu Giảng viên hướng dẫn: PGS TS Phan Thị Phượng Trang Người nhận xét: PGS TS Ngô Thị Hoa NỘI DUNG NHẬN XÉT I PHẦN NHẬN XÉT: Về tính cấp thiết, ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài: E coli sinh ESBL vi sinh đa kháng thuốc gây bệnh cần phải tầm soát để tránh lây lan bệnh nhân bệnh viện Do nghiên cứu khảo sát lưu hành độc tính chủng thực cần thiết, có ý nghĩa khoa học có tính thực tiễn Về độ tin cậy phù hợp đề tài (trong nêu rõ không trùng lặp đề tài, phù hợp tên đề tài với nội dung, nội dung với chuyên ngành đào tạo;độ tin cậy tính đại phương pháp nghiên cứu…) Đề tài có nội dung phân với nội dung nghiên cứu NCS GV hướng dẫn, phân tích cỡ mẫu khác nên kết khg trùng lắp Số chủng nghiên cứu khác 127 Gen khảo sát: 16 gen Bài báo xuất trùng (cả liệt kê sản phẩm nghiên cứu) Tên đề tài phù hợp với nội dung chuyên ngành đào tạo Ưu điểm nhược điểm nội dung, kết cấu hình thức luận văn 3.1 Ưu điểm Bài viết tốt, tổng quan hợp lý với chi tiết liên quan trực tiếp đến nội dung nghiên cứu Phần phương pháp: viết xúc tích, có trật tự hợp lý cho thấy HVCH hiểu tốt nội dung thực nghiên cứu 3.2 Hạn chế Phần kết quả: viết tốt có hình ảnh minh hoạ Phần thảo luận: hợp lý Thảo luận: Cịn chổ viết khó hiểu Trang 35-36 …Trong đó, phát số chủng E coli sinh ESBL mẫu máu lại chiếm tỉ lệ cao 28,9%, mẫu mủ có kết thấp 18,5% Đây số có giá trị cho y tế cơng cộng tỷ lệ mẫu mủ có E coli cao (65,2%) lại chủng không nguy hiểm Như chủng không nguy hiểm? (trang 36) Kết tương đối tương đồng với nghiên cứu Iran vào năm 2020 cho thấy chủng E coli sinh ESBL có tỷ lệ tìm thấy cao mẫu máu (28,9%) tỷ lệ tìm thấy thấp mẫu mủ (2,9%) (Shirani et al., 2019) Tương đồng ? (trong tì lệ ESBL nc máu: 41/174 mủ 76/410) Trang 37 : Cần xem lại đoạn dẫn 16_gen mã hóa yếutố độc đại diện… Trang 44, 45: trình bày bảng hình cho kết quả: để làm gì? II PHẦN CẦU HỎI (Nếu có) Vui lịng giải thích Tại thực nghiên cứu E coli phân lập từ mẫu bệnh phẩm khác nhau? (máu, mủ, nước tiểu); Tại dùng dùng Monoplex Multiplex PCR mà khg ghép thành Multiplex PCR? Khó khăn gì? Ngun tắc multiplex PCR thiết kế gì? Tính ứng dụng Cơ sở khoa học cho việc phân tích tỉ lệ diện gen độc lực theo phân bố địa lý? (bảng 4.2 trang 44) giới tính Bệnh nhân (trang 46-47) Kết luận: Bệnh nhân nhiễm ESBL HCM trẻ hố có hợp lý? (trang 45?) kết luận có ý nghĩa gì? Việc kết luận số gen độc lực chủng phân lập từ Bệnh nhân đến từ tpHCM ….thấp chủng từ BN đến từ vùng khác … có hợp lý, hay gen độc lực có nguồn gốc từ gà III KẾT LUẬN (cần khẳng định mức độ đáp ứng yêu cầu luận văn cao học) Luận văn đạt yêu cầu luận văn cao học Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 28 tháng 12 năm 2021 NGƯỜI NHẬN XÉT (ký ghi rõ họ tên) PGS TS Ngô Thị Hoa TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ cHí MINH KHOA ĐÀO TẠO SAU ĐẠI HỌC CỘNG HỒ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Đơc lâp - Tự - Hạnh phúc NHẬN XÉT LUẬN VĂN THẠC SĨ CHUYÊN NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC (Nhận xét Phản biện) Học viên: Nguyễn Thị Kim Quyên Lớp: MBIO018 Tên đề tài: Tần suất số Gen mã hóa yếu tố độc Escherichia coli sinh 0- Lactamase phổ mở rộng phân lập từ máu, mủ nước tiểu Giảng viên hướng dẫn: PGS TS Phan Thị Phượng Trang Ngươi nhận xét: TS TRẦN NHẬT PHƯƠNG NỘI DUNG NHẬN XÉT I PHẦN NHẬN XÉT: Về tính cấp thiết, ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài: Đề tài có giá trị tình hình đề kháng kháng sinh trở nên phổ biến cần giải pháp thực tiễn cấp bách để can thiệp Đề tài nghiên cứu tập trung vi khuẩn E coli đa kháng mang đồng thời nhiều yếu tố độc lực, lây lan nhanh tác nhân phổ biến gây nhiễm trùng cộng đồng chứng minh ý nghĩa nghiên cứu Về độ tin cậy phù hợp đề tài (trong nêu rõ khơng trùng lặp đề tài, phù hợp tên đề tài với nội dung, nội dung với chuyên ngành đào tạo;độ tin cậy tính đại phương pháp nghiên cứu ) - Đề tài với tên Tần suất số gen mã hoá yếu tố độc E coli sinh b - lactamase phổ mở rộng phân lập từ máu, mủ nước tiểu phân tích theo khu vực dịch tễ, theo giới theo mẫu phân lập để chứng minh đa dang mặt dịch tễ phân tử cuả gen mã hoá độc lực, hoàn toàn phù hợp với chuyên ngành đào tạo - Nội dung nghiên cứu thiết kế hợp lý với năm chương phù hợp với mục tiêu nghiên cứu - Các phương pháp sử dụng nghiên cứu phương pháp thường quy đại sử dụng rộng rãi nghiên cứu phân tích nên cho kết đáng tin cậy Ưu điểm nhược điểm nội dung, kết cấu hình thức luận văn 3.1 Ưu điểm Hiện nay, đa số khảo sát tập trung vào yếu tố độc lực diện E coli nhóm gia súc lớn, đề tài cung cấp thơng tin diện 16 gen mã hoá cho yếu tố độc lực, gen góp phần gây bệnh, truyền ngang chủng kháng khác chủng E coli gây bệnh ngồi ruột sinh ESBL thu nhận BV Bình Dân đóng góp quan trọng khảo sát vi sinh lâm sàng có tính ứng dụng cao Các thơng tin/ kết liệu theo nội dung nghiên cứu báo cáo luận án chứng minh đa dạng đặc điểm dịch tễ học phân tử gen mã hóa yếu tố độc lực vi khuẩn E coli Tác già có báo xuất tạp chí Phát triển KHCN ĐHQG TP HCM chuyên sang KHTN kết có liên quan trực tiếp đến đề tài Các báo khoa học xuất thời gian thực đề tài cho thấy tác giả hướng dẫn có nỗ lực đáng trân trọng 3.2 Hạn chế Một số đoạn cần chỉnh sửa lại cho rõ nghĩa khoa học II PHẦN CẦU HỎI (Nếu có) Tác giả cho biết sở để kết luận genpapC gen sfa có kết hợp với (trang 52)? Tác giả giải thích điều gen phát ompT hlyF đựơc theo nghiên cứu Sarowska (trang 52)? Tác giả cho biết sở để kết luận hai hệ Aerobactin Yersiniabactin có mặt thường xuyên xuất 100% chủng E coli phân lập từ máu III KÊT LUẬN (cần khẳng định mức độ đáp ứng yêu cầu luận văn cao học) Nghiên cứu đáp ứng điều kiện luận văn cao học Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 28 tháng 12 năm 2021 NGƯỜI NHẬN XÉT (ký ghi rõ họ tên) TRẦN NHẬT PHƯƠNG TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH HỘI ĐỒNG CHẤM LUẬN VĂN THẠC SĨ CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc BIÊN BẢN ĐIỀU CHỈNH THEO GÓP Ý CỦA HỘI ĐỒNG (Bảo vệ ngày 28/12/2021) Tên Học viên: Nguyễn Thị Kim Quyên Tên Đề Tài: Tần suất số gen mã hóa yếu tố độc Escherichia coli sinh β-lactamase phổ mở rộng phân lập từ máu, mủ nước tiểu Những điều cần chỉnh sửa theo góp ý Hội Đồng STT Nội dung Nội dung chỉnh sửa Trang, mục Biên tập lại bảng 4.2 (loại Trang 44 45, mục liệu bảng 4.2 4.3 chưa thấy cần thiết bỏ độ tuổi giới tính) 4.3.2.1 rõ ràng Loại bỏ kết luận liên quan Kết luận “Bệnh nhân nhiễm ESBL HCM đến chênh lệch độ tuổi Cách trình bày số liệu độ tuổi bảng số Trang, mục Những điều chỉnh sửa Trang 45, mục 4.3.2.1 trẻ hố” chưa hợp lý Mơ tả kết cho số liệu bảng 4.3 trang 46 Trang 46, mục 4.3.2.2 thơng tin tuổi chưa trình bày rõ ràng Tác giả cho biết sở để kết luận gen papC Biên tập lại bảng 4.3 (loại Trang 46, mục 4.3.2.2 bỏ độ tuổi) Trang 52, mục 4.3.2.3 gen sfa có kết hợp với nhau? Bỏ ý “Trong số nghiên Trang 51, mục 4.3.2.3 cứu trước đây, kết hợp gen bám dính khơng tìm thấy” Tác giả giải thích điều gen phát Trang 52, mục 4.3.2.3 Bổ sung ý “Phân tích kĩ Trang 51, mục 4.3.2.3 ompT hlyF đựơc theo nghiên cứu hơn, chủng tìm thấy Sarowska? gen ompT, gen hlyF tìm thấy khơng có xuất riêng lẻ gen nghiên cứu này” Tác giả cho biết sở để kết luận hai hệ Trang 53, mục 4.3.2.3 Bổ sung ý (đại diện Aerobactin Yersiniabactin có mặt thường diện gen fyuA xuyên xuất 100% chủng E iutA) Trang 52, mục 4.3.2.3 coli phân lập từ máu Trong đó, phát số chủng E coli sinh ESBL Trang 36, mục 4.2 mẫu máu lại chiếm tỉ lệ cao Sửa thành “chủng không Trang 36, mục 4.2 sinh ESBL” 28,9%, mẫu mủ có kết thấp 18,5% Đây số có giá trị cho y tế cơng cộng tỷ lệ mẫu mủ có E coli cao (65,2%) lại chủng không nguy hiểm Như chủng không nguy hiểm? Kết tương đối tương đồng với Trang 36, mục 4.2 Bỏ ý “Kết tương nghiên cứu Iran vào năm 2020 cho thấy đối tương đồng…giải thích chủng E coli sinh ESBL có tỷ lệ tìm thấy cao cho” mẫu máu (28,9%) tỷ lệ tìm thấy thấp mẫu mủ (2,9%) (Shirani et al., 2019) Tương đồng ? Trang 36, mục 4.2 10 Trang 37: Cần xem lại đoạn dẫn Trang 37, mục 4.3.1 Sửa lại đoạn dẫn cho đủ ý, 16_gen mã hóa yếu tố độc đại diện rõ ràng Trang 44, 45: trình bày bảng hình cho kết Trang 45, 4.3.2.1 Chuyển Hình 4.11 thành quả: để làm gì? Phụ lục Trang 37, mục 4.3.1 Trang 45, 4.3.2.1 Cơ sở khoa học cho việc phân tích tỉ lệ Trang 45, 4.3.2.1 Bổ sung thêm lời dẫn để Trang 45, 4.3.2.1 diện gen độc lực theo phân bố địa Trang 46, 4.3.2.2 giải thích phân tích Trang 46, 4.3.2.2 Lý giới tính Bệnh nhân theo địa lý theo giới tính Nhận xét Hội đồng Nhận xét GVHD PGS TS Lê Huyền Ái Thúy PGS TS Phan Thị Phượng Trang Tên học viên Nguyễn Thị Kim Quyên ... Long Thuận, huyện B? ??n Cầu, tỉnh Tây Ninh Tên đề tài: “TẦN SUẤT MỘT SỐ GEN MÃ HÓA YẾU TỐ ĐỘC CỦA Escherichia coli SINH β- LACTAMASE PHỔ MỞ RỘNG PHÂN LẬP TỪ MÁU, MỦ, VÀ NƯỚC TIỂU” Ý kiến giáo viên... coli sinh ESBL phân lập từ b? ??nh phẩm đồng thời mang gen mã hóa yếu tố độc lực Việt Nam chưa tiến hành Vì vậy, nghiên cứu xác định tần suất số gen mã hóa yếu tố độc lực E coli sinh ESBL phân lập từ. .. i LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan luận văn “TẦN SUẤT MỘT SỐ GEN MÃ HÓA YẾU TỐ ĐỘC CỦA Escherichia coli SINH β- LACTAMASE PHỔ MỞ RỘNG PHÂN LẬP TỪ MÁU, MỦ VÀ NƯỚC TIỂU” nghiên cứu tơi Ngoại trừ tài liệu