Luận văn nghiên cứu đặc điểm kháng kháng sinh và gen liên quan ở các chủng salmonella đa kháng

MỞ ĐẦU Theo tổ chức Y tế Thế giới (WHO), gánh nặng gây bệnh từ thực phẩm lớn Theo đó, năm khoảng 10 người có người bị bệnh Bệnh từ thực phẩm tiến triển nghiêm trọng, đặc biệt trẻ nhỏ, người già người bị suy giảm miễn dịch Trong số bệnh thực phẩm gây tiêu chảy phổ biến sử dụng thực phẩm khơng an tồn, khoảng 550 triệu người bị bệnh năm, có 220 triệu trẻ em tuổi Salmonella nguyên nhân gây bệnh tiêu chảy tồn cầu Salmonella có khoảng 2500 serovar khác có mặt khắp nơi Tất type huyết Salmonella có khả gây bệnh cho người Khả kháng kháng sinh Salmonella tăng lên nhanh chóng trở thành mối đe dọa lớn tới sức khỏe loài người Salmonella kháng kháng sinh gây khó khăn cho việc kiểm sốt nhiễm khuẩn, dự phòng điều trị bệnh Do vậy, việc phân lập xác định đặc điểm kháng kháng sinh Salmonella từ thực phẩm việc làm cần thiết Việc nghiên cứu đặc điểm kháng kháng sinh Salmonella cung cấp thơng tin quan trọng cho việc dự phịng, kiểm sốt bệnh tật kiểm sốt nhiễm thực phẩm quy định sử dụng kháng sinh điều trị chăn nuôi nhằm hạn chế khả kháng kháng sinh vi khuẩn Hiện Việt Nam, hầu hết nghiên cứu chủ yếu tập trung vào dịch tễ học kháng kháng sinh chủng Salmonella Nghiên cứu chuyên sâu mức độ phân tử Salmonella Việt Nam chưa nhiều Nghiên cứu nhóm gen chủng Salmonella đa kháng kháng sinh giúp hiểu biết sâu dịch tễ học phân tử gen kháng kháng sinh Quan trọng phát đột biến gen kháng kháng sinh gây tính kháng kháng sinh Salmonella Ngồi cịn tìm nhóm gen có khả gây nên tính kháng kháng sinh loài vi khuẩn Ở Việt Nam thời điểm chưa có nghiên cứu phân tích nhóm gen chủng Salmonella đa kháng kháng sinh phân lập từ thực phẩm cơng nghệ giải trình tự hệ Theo tổ chức Nông lương Liên Hiệp Quốc, Việt Nam quốc gia có lượng tiêu thụ thịt bị, thịt lợn, thịt gia cầm tăng lên nhanh kể từ năm 1993 trở lại Trong lượng thịt lợn tiêu thụ đầu người tăng lần, lượng thịt bò tăng lên lần thịt gia cầm tăng gấp lần so sánh lượng thịt tiêu thụ năm 2015 năm 1993 Lượng thịt tiêu thụ dự báo tăng lên đáng kể năm Vì vậy, luận án: "Nghiên cứu đặc điểm kháng kháng sinh gen liên quan chủng Salmonella đa kháng" thực với mục tiêu nội dung sau: Mục tiêu: Phân lập định danh chủng Salmonella từ thịt lợn, thịt bò, thịt gà chợ bán lẻ khu vực Hà Nội Xác định đặc điểm kháng kháng sinh chủng Salmonella phân lập Phân tích nhóm gen chủng Salmonella đa kháng kháng sinh Nội dung nghiên cứu: Nuôi cấy phân lập, định danh vi khuẩn từ mẫu thịt thu thập chợ địa bàn Hà Nội, lựa chọn mẫu nhiễm vi khuẩn Salmonella Tiến hành thử nghiệm kháng sinh đồ, từ lựa chọn chủng Salmonella đa kháng kháng sinh Giải trình tự gen hệ số chủng Salmonella đa kháng kháng sinh để phân tích nhóm gen liên quan Xác nhận số kết phương pháp giải trình tự gen Sanger Chương TỔNG QUAN Salmonella phân lập lần từ ruột lợn rừng năm 1884 Salmon Vào thời điểm đó, lồi vi khuẩn đặt tên Bacillus choleraesuis Tên sau thay đổi thành Salmonella Choleraesuis Lignières vào năm 1900 ơng tìm cách đặt tên cho nhóm vi khuẩn gây bệnh tiêu chảy lợn Tên sử dụng Buchanan năm 1918 ông nghiên cứu lồi vi khuẩn thuộc giống Salmonella, có tính chất sinh hóa glucose dương tính, lactose âm tính, sinh acid CO2 Cũng năm 1900, vài loài Salmonella quan trọng phát nghiên cứu gồm S Typhosum (sau đặt tên Typhimurium), Paratyphosum A B (Paratyphi A B) Ở thời kỳ đó, hai lồi S Gallinarum S Typhimurium nghiên cứu chỉ vai trò gây bệnh chúng người động vật công nhận rộng rãi Cho đến năm 1960 tên Salmonella, dùng để chỉ loài vi khuẩn đặc biệt thuộc họ Enterobacteriaceae chấp nhận sử dụng rộng rãi giới [1] 1.1 Đặc điểm sinh học Salmonella Salmonella tác nhân gây bệnh chủ yếu người động vật Loài vi khuẩn gây nhiều bệnh thương hàn viêm dày ruột, đe dọa đến sức khỏe nhân loại [2] 1.1.1 Hình thái Salmonella trực khuẩn Gram âm, kích thước trung bình 2-3 x 0,5-1,0 µm, có nhiều lơng quanh thân (trừ S Gallinarum S Pullorum) Hầu hết Salmonella di động Salmonella khơng có vỏ, khơng sinh bào tử [2] 1.1.2 Tính chất nuôi cấy Salmonella dễ nuôi, vừa ưa khí vừa kỵ khí Phát triển mơi trường ni cấy thơng thường, nhiệt độ thích hợp 37oC Salmonella sống khoảng pH từ 3,8 đến 9,5 pH thích hợp 6,5-7,5 [1] Trên mơi trường thích hợp khuẩn lạc sau 24 có kích thước trung bình - mm Salmonella mọc số mơi trường có chất ức chế chọn lọc DCA (deoxycholate citrate agar) XLD (xylose lysine deoxycholate) Trên môi trường XLD, khuẩn lạc Salmonella thường có màu đỏ (ngoại trừ loại khơng có xylose khơng khử carbonyl lysine), có màu đen (ngoại trừ loại khơng sinh H2S) [2] 1.1.3 Tính chất hóa sinh Salmonella có lactose âm tính, glucose dương tính thường sinh hơi, đa số có sucrose âm tính, salicin âm tính, inositol âm tính, citrate dương tính mơi trường Simmons Salmonella có catalase dương tính, oxidase âm tính, lysine decarboxylase dương tính Hầu hết sinh H2S, khơng sinh urease, lipase, deoxyribonuclease Khơng phải tất Salmonella có đầy đủ tính chất Ví dụ, S Typhi có glucose âm tính, khơng sinh citrate Simmons âm tính Hầu hết S Paratyphi A S Choleraesuis không sinh H2S Khoảng 5% Salmonella có khả sinh bacteriocin kháng lại E coli, Shigella số Salmonella khác [2] 1.1.4 Sức đề kháng Salmonella có sức đề kháng cao ngoại cảnh Chúng có khả sống mơi trường khơ Trong rác thải, chúng có khả sống nhiều năm Một vài lồi có khả sống nhiều tuần mơi trường có 20% muối Salmonella nhạy cảm với nhiệt độ, chúng bị tiêu diệt từ 70oC trở lên [3] 1.1.5 Kháng nguyên Salmonella có loại kháng ngun trình bày hình 1.1 Hình 1.1 Kháng nguyên Salmonella [4] Chú thích: ba loại kháng nguyên Salmonella là kháng nguyên thân O, kháng nguyên lông H, kháng nguyên Vi Kháng nguyên Vi có thể bao phủ kín kháng nguyên O, kháng nguyên này có ở S Typhi S Paratyphi C 1.1.5.1 Kháng nguyên O Kauffmann White nhà khoa học nghiên cứu cách hệ thống cấu trúc kháng nguyên O Salmonella Có khoảng gần 70 yếu tố kháng nguyên O khác Mỗi type huyết mang số yếu tố kháng nguyên khác Kháng nguyên O có chất Lipopolysaccharide (LPS) màng tế bào Salmonella Kháng nguyên có khả chịu nhiệt nội độc tố vi khuẩn, đóng vai trị gây bệnh Dựa vào kháng nguyên O, Salmonella chia thành nhóm huyết từ A đến Z [2] Mỗi kháng nguyên O gồm từ đến đơn vị đường, biến đổi đơn vị đường, liên kết cộng hóa trị chúng liên kết tiểu đơn vị kháng nguyên O tạo kháng nguyên O khác [1] Kháng nguyên O Salmonella chia thành hai nhóm Nhóm gồm có phân tử đường N-acetylglucosamine Nacetylgalactosamine nhóm hai gồm có phân tử đường galactose cấu trúc Trong năm gần đây, người ta xác định 21 cấu trúc hóa học trình tự 28 nhóm gen mã hóa cho kháng nguyên O thuộc nhóm Hiện tại, xác định cấu trúc hóa học trình tự gen mã hóa cho 46 kháng nguyên O Salmonella Cấu trúc hóa học gen mã hóa cho kháng nguyên O thuộc nhóm có tính đa dạng cao [5] 1.1.5.2 Kháng nguyên H Hầu hết Salmonella có kháng nguyên H trừ S Gallinarum S Pullorum Kháng nguyên H Salmonella có tính đặc hiệu đơn kép Những Salmonella có kháng ngun H mang tính đặc hiệu đơn gặp kháng huyết tương ứng khả di động Một số Salmonella có kháng nguyên H mang tính đặc hiệu kép, ni cấy mơi trường có kháng huyết tương ứng với kháng nguyên Salmonella di động biểu tính đặc hiệu kháng nguyên H Ví dụ S Paratyphi B có kháng ngun H mang tính đặc hiệu kép đặc hiệu b đặc hiệu 1, Nếu ni mơi trường có huyết kháng hai đặc hiệu kháng nguyên S Paratyphi B bị ngưng kết khả di động Tuy nhiên, chúng không bị ngưng kết di động ni mơi trường có huyết chỉ kháng loại đặc hiệu kháng nguyên Kháng nguyên H dễ bị phá hủy nhiệt độ, cồn acid Kháng nguyên H ứng dụng để chẩn đoán huyết [2] 1.1.5.3 Kháng nguyên Vi Kháng nguyên Vi kháng nguyên bề mặt Kháng nguyên Vi polysaccaride N-acetylglucosamine uronic acid dạng lớp mỏng khơng quan sát kính hiển vi quang học Kháng ngun Vi bao phủ kín kháng nguyên O Kháng nguyên Vi chịu trách nhiệm sinh độc tố, có vai trị quan trọng chẩn đốn bệnh thương hàn Kháng nguyên chỉ có S Typhi S Paratyphi C [2] 1.1.6 Phân loại Lúc đầu, loài Salmonella đặt tên theo hội chứng lâm sàng mà chúng gây S Typhi S Paratyphi A, B, C (typhoid bệnh thương hàn para phó thương hàn) Salmonella cịn đặt tên theo vật chủ S Typhimurium gây bệnh chuột (murine nghĩa chuột) Về sau người ta thấy lồi Salmonella gây số hội chứng phân lập nhiều lồi động vật khác Vì thế, lồi phát đặt tên theo địa phương nơi lần phát Ví dụ S Teheran, S Congo, S London [2] Bằng kỹ thuật sinh học phân tử, nghiên cứu sâu cấu trúc DNA cho phép xếp tất Salmonella vào loài Tuy nhiên đề xuất không chấp nhận cách phân loại truyền thống sử dụng quen có ý nghĩa thực tiễn riêng [2] Ngày nay, Salmonella phân thành hai loài S bongori S enterica Trong đó, S enterica chia thành loài là: I (enterica), II (salamae), IIIa (arizonae), IIIb (diarizonae), IV (houtenae) VI (indica) Hiện nay, người ta phát 2.610 serovar khác (hình 1.2) Salmonella phân thành serovar cách sử dụng hệ thống phân loại cổ điển Kauffman Các serovar xác định nhờ kết hợp 46 kháng nguyên O 85 kháng nguyên H (bao gồm kháng nguyên H1 H2) Sự kết hợp tạo khoảng 1.500 serovar S enterica subspecies enterica khoảng 1.000 serovar phân loài khác S enterica S bongori [6] Hình 1.2 Phân loại Salmonella [6] Chú thích: Salmonella được phân thành hai loài là S bongori S enterica Salmonella được chia thành loài, đó, S enterica gồm loài I, II, IIIa, IIIb, IV VI S bongori thuộc loài V với 23 serovar Salmonella lồi I có sớ lượng lớn (1.547 serovar) đó 99% gây nhiễm trùng ở người và động vật 1.2 Đặc điểm hệ gen Salmonella 1.2.1 Cấu trúc hệ gen Kích thước hệ gen Salmonella khác nhau, dao động từ 3,39 Mb đến 5,59 Mb Số gen trung bình Salmonella 4.742 (dao động từ 3.969 đến 9.898 gen) Khơng có mối liên quan kích thước hệ gen số lượng gen Ngồi ra, Salmonella cịn sở hữu từ đến plasmid Các plasmid Salmonella có kích thước khác nhau, dao động từ kb đến 200 kb Tuy nhiên, hầu hết Salmonella enterica khơng có plasmid Ví dụ, serovar S Typhi, S Paratyphi, S Hadar, S Infantis hầu hết serovar độc khác thường plasmid Ngược lại, Salmonella thường xuyên gây bệnh người động vật, ví dụ, S Enteritidis, S Typhimurium, S Dublin, S Choleraesuis, S Gallinarum, S Pullorum, S Abortus-ovis thường sở hữu plasmid S enterica cần khoảng 3.499 gen S bongori cần khoảng 3.368 gen để đảm bảo cho trình sinh trưởng bình thường [7] So sánh trình tự protein Salmonella enterica người ta thấy chúng có độ tương đồng từ 65% đến 99% Hệ gen Salmonella có tính bảo thủ cao biến đổi hệ gen thường chỉ tập trung vào số vùng đặc biệt Có khoảng 2.800 họ gen có mặt tất Salmonella tổng số họ gen tất serovar khoảng 10.000 (hình 1.3) Salmonella có số lượng lớn gen có tính bảo thủ cao, bên cạnh đó, số lượng gen thu trình sống phong phú, bao gồm Salmonella Pathogenicity Islands (SPI), yếu tố di truyền chuyển vị, thực khuẩn thể, plasmid (hình 1.4) Các gen thu thường biến đổi, phong phú khác serovar [8] Hình 1.3 Số lượng gen chung gen riêng số lồi Salmonella [8] Chú thích: hình bơng hoa thể gen chung gen riêng ở serovar khác Salmonella có khoảng 2.811 gen chung (vòng tròn ở trung tâm cánh hoa) gen riêng tùy thuộc vào serovar với số lượng khác (phần cánh hoa) Hình 1.4 Cấu trúc hệ gen S Gallinarum [9] Chú thích: vịng trịn ngồi thể vị trí vùng gen khác Vịng trịn thứ hai từ ngồi vào thể kích thước hệ gen Vòng tròn thứ ba thứ tư thể vị trí vùng gen mã hóa theo chiều kim đồng hồ ngược chiều kim đồng hồ Vòng tròn thứ năm thể vị trí gen giả Vịng trịn sớ gen chung với S Typhimurium LT2 (màu xanh cây) Vịng trịn sớ gen chung với S Enteritidis PT4 (màu xanh lam) Vịng trịn sớ gen riêng so với S Typhimurium LT2 (màu hồng) Vịng trịn sớ gen riêng so với S Enteritidis PT4 (màu xám) Vịng trịn sớ 10 vị trí rRNA (màu đỏ) Hệ gen Salmonella giống với hệ gen E coli có thêm số lượng lớn gen độc tố Một số gen độc tập trung thành cụm hệ gen, gọi GI (genomic island), GI đoạn DNA kích thước lớn, thu nhờ hình thức chuyển ngang Các GI nằm gần gen tRNA, người ta cho gen tRNA nguyên nhân để tích hợp GI vào nhiễm sắc thể Salmonella Các GI SPI có vai trị tạo độc tố tạo khả xâm nhập vi khuẩn Nhiều SPI tìm thấy nằm bên cạnh gen mã hóa cho tRNA, tỷ lệ GC chúng khác so với tỷ lệ GC hệ gen Vì vậy, hầu hết SPI gen ngoại lai chèn vào hệ gen Salmonella Hiện người ta tìm thấy 23 SPI, nhiên, chức gen độc SPI chưa nghiên cứu đầy đủ Ngoài SPI-1 SPI-2 nghiên cứu đầy đủ, vai trò gây bệnh SPI khác cịn biết đến [10] Sự khác biệt hệ gen Salmonella xảy chủ yếu tái xếp lại hệ gen liên quan đến tái tổ hợp operon rRNA khác yếu tố chèn IS200 Mỗi serovar tiến hóa thơng qua việc tiếp nhận yếu tố di truyền chuyển gen theo chiều ngang thoái biến gen Sự đa dạng hệ gen Salmonella chủ yếu SPI, plasmid, thực khuẩn thể Trong đó, thực khuẩn thể tích hợp vào hệ gen yếu tố tạo đa dạng di truyền gen Salmonella [11] 1.2.2 Cơ chế kháng kháng sinh Salmonella 10 Source ID Sal Sal Sal Sal Sal 11 Sal 12 VFG000551 + + + + + + VFG000552 + + + + + + VFG000553 + + + + + + VFG000554 + + + + + + VFG000555 + + + + + + VFG000556 + + + + + + VFG000557 + + + + + + Chức components); Surface presentation of antigens protein SpaQ Type III secretion inner membrane protein (YscR,SpaR,HrcR,EscR,homologous to flagellar export components); Surface presentation of antigens protein SpaP Type III secretion inner membrane protein (YscQ,homologous to flagellar export components); Surface presentation of antigens protein SpaO Type III secretion host injection and negative regulator protein (YopD); Surface presentation of antigens protein SpaN (Invasion protein InvJ) Surface presentation of antigens protein SpaM Type III secretion cytoplasmic ATP synthase (EC 3.6.3.14, YscN,SpaL,MxiB,HrcN,EscN); Probable ATP synthase SpaL (Invasion protein InvC) Type III secretion system protein BsaR; Surface presentation of antigens protein SpaK (Invasion protein InvB) Type III secretion inner membrane channel protein (LcrD,HrcV,EscV,SsaV); Invasion protein InvA Phân loại Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Source ID Sal Sal Sal Sal Sal 11 Sal 12 VFG000558 + + + + + + VFG000559 + + + + + + VFG000560 + + + + + + VFG000561 + + + + + + VFG000574 + + + + + + VFG000575 + + + + + + VFG000589 + + + + + + VFG000925 + + + + + + VFG000926 + + + + + + VFG000928 + + + + + + VFG000931 + + + + + + Chức Type III secretion outermembrane contact sensing protein (YopN,Yop4b,LcrE); Invasion protein InvE Type III secretion outermembrane pore forming protein (YscC,MxiD,HrcC, InvG); Protein InvG precursor Type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid) Invasion protein invH precursor Mg(2+) transport ATPase, P-type (EC 3.6.3.2) Mg(2+)-transport-ATPase-associated protein MgtC Pentapeptide repeat family protein Ferric enterobactin transport ATP-binding protein FepC Ferric enterobactin transport system permease protein FepD Ferric enterobactin transport system permease protein FepG Isochorismate synthase) [enterobactin] siderophore @ Isochorismate synthase of siderophore biosynthesis 10 Phân loại Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Magnesium uptake Magnesium uptake Iron uptake,Siderophore Iron uptake,Siderophore Iron uptake,Siderophore Iron uptake,Siderophore Source ID Sal Sal Sal Sal Sal 11 Sal 12 Chức Isochorismatase [enterobactin] siderophore / Apo-aryl carrier domain of EntB @ Isochorismatase of siderophore biosynthesis 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase [enterobactin] siderophore @ 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase (EC 1.3.1.28) of siderophore biosynthesis VFG000933 + + + + + + VFG000934 + + + + + + VFG000935 + + + + + + Outer Membrane Siderophore Receptor IroN VFG001443 + + + + + + Outer membrane protein A precursor VFG002302 + + + + + + Transcriptional regulator VFG002304 + + + + + + autotransporter VFG002305 + + + + + + AIDA autotransporter-like protein VFG002306 + + + + + + VFG002307 + + + + + + VFG002319 + + + + + + Putative outer membrane protein adherence and invasion outermembrane protein (Inv,enhances Peyer's patches colonization) RNA polymerase sigma factor for flagellar operon VFG002329 + + + + + + Flagellar motor switch protein FliG VFG002335 + + + + + + Flagellar motor switch protein FliM 11 Phân loại Iron uptake,Siderophore Iron uptake,Siderophore Iron uptake,Siderophore receptor Invasion,Serum resistance Resistance to antimicrobial peptides Adherence,Nonfimbrial,Au totransporter Adherence,Nonfimbrial,Au totransporter Adherence,Nonfimbrial Adherence,Nonfimbrial Secretion system,Invasion,Motility Secretion system,Invasion,Motility Secretion system,Invasion,Motility Source ID Sal Sal Sal Sal Sal 11 Sal 12 Chức VFG002338 + + + + + + Flagellar biosynthesis protein FliP VFG002345 + + + + + + Flagellar L-ring protein FlgH VFG002346 + + + + + + Flagellar basal-body rod protein FlgG VFG002350 + + + + + + Flagellar basal-body rod protein FlgC VFG003635 + + + + + + VFG003645 VFG003977 VFG003988 + + + + + + + + + + + + + + + + + + VFG004125 + + + + + + VFG012513 + + + + + + VFG013418 + + + + + + VFG013465 + + + + + + VFG042066 VFG042067 + + + + + + + + + + + + VFG043206 + + + + + + VFG043210 + + + + + + Putative effector protein OrgC of SPI-1 type III secretion system Oxygen-regulated invasion protein OrgA Deubiquitinating protease ElaD secreted effector protein Transcriptional regulator CsgD for 2nd curli operon Glycosyltransferase IroB D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase (EC 5.3.1.28) 2-Keto-3-deoxy-D-manno-octulosonate-8phosphate synthase (EC 2.5.1.55) Putative inner membrane protein hypothetical protein Chemotaxis regulator - transmits chemoreceptor signals to flagellar motor components CheY Positive regulator of CheA protein activity (CheW) 12 Phân loại Secretion system,Invasion,Motility Secretion system,Invasion,Motility Secretion system,Invasion,Motility Secretion system,Invasion,Motility unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown Source ID VFG043213 VFG044165 Sal Sal + + + + Sal + + Sal + + Sal 11 + + Sal 12 + + VFG000521 + + - - + + VFG000670 + + + + + + VFG000932 + - + + + + VFG002321 + - + - - - VFG003982 VFG003997 + + + + - + + + + + + VFG020318 + - + - - - VFG042068 VFG000468 VFG000529 VFG000669 VFG004016 VFG042216 VFG042552 VFG042553 VFG042559 VFG043209 VFG000452 + - + + + + + + - + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + Chức Flagellar motor rotation protein MotA Enterobactin exporter EntS Type III secretion inner membrane protein (YscT,HrcT,SpaR,EscT,EpaR1,homologous to flagellar export components) Bactoprenol glucosyl transferase 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase (EC 2.7.7.58) [enterobactin] siderophore @ 2,3dihydroxybenzoate-AMP ligase (EC 2.7.7.58) of siderophore biosynthesis Phân loại unknown unknown Secretion system,Type III secretion system Endotoxin Iron uptake,Siderophore Secretion system,Invasion,Motility hypothetical protein unknown hypothetical protein unknown Cytolethal distending toxin subunit B, DNase Toxin,Intracellular I-like toxin,DNaseI hypothetical protein unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown Adherence,Fimbrial Flagellin FliC 13 Source ID Sal Sal Sal Sal Sal 11 Sal 12 Chức Phân loại VFG000453 + + + Adherence,Fimbrial VFG000454 + + + Adherence,Fimbrial VFG000455 + + + Adherence,Fimbrial VFG000456 + + + Adherence,Fimbrial VFG000463 + + + Stress protein VFG003971 + + + unknown VFG004006 + + unknown Chú thích: +(gen có biểu hiện), -(gen khơng biểu hiện), Sal (S Indiana), Sal (S Derby), Sal (S Give), Sal (S Typhimurium S360), Sal 11 (S Typhimurium S384), Sal 12 (S Typhimurium S181) Phụ lục Biểu gen liên quan đến flagellar Tên gen flgA flgB flgC flgE flgF flgG flgH flgI flgK flgL flgN flhA Phân loại Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Chức protein Flagella basal body P-ring formation protein flgA Flagellar basal-body rod protein flgB Flagellar basal-body rod protein flgC Flagellar hook protein flgE Flagellar basal-body rod protein flgF Flagellar basal-body rod protein flgG Flagellar L-ring protein Flagellar P-ring protein Flagellar hook-associated protein Flagellar hook-associated protein Flagella synthesis protein flgN Flagellar biosynthesis protein flhA 14 Tên gen flhB flhC flhD flhE fliC fliD fliE fliF fliG fliH fliI fliJ fliK fliL fliM fliN fliO fliP fliQ fliR fliS fliT flk ycgR motA motB Phân loại Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Chức protein Flagellar biosynthetic protein flhB Flagellar transcriptional regulator FlhC Flagellar transcriptional regulator FlhD Flagellar protein flhE Flagellin Flagellar hook-associated protein Flagellar hook-basal body complex protein FliE Flagellar M-ring protein Flagellar motor switch protein FliG Flagellar assembly protein fliH Flagellum-specific ATP synthase Flagellar fliJ protein Flagellar hook-length control protein Flagellar protein FliL Flagellar motor switch protein FliM Flagellar motor switch protein FliN Flagellar protein fliO Flagellar biosynthetic protein fliP Flagellar biosynthetic protein FliQ Flagellar biosynthetic protein fliR Flagellar protein fliS Flagellar protein FliT Flagellar regulator flk Flagellar brake protein YcgR Motility protein A Motility protein B 15 Phụ lục Các gen tổng hợp LPS thành tế bào Phân loại Chức protein Capsular and extracellular polysacchrides dTDP-4-dehydrorhamnose reductase Capsular and extracellular polysacchrides Glucose-1-phosphate cytidylyltransferase Capsular and extracellular polysacchrides dTDP-glucose 4,6-dehydratase Capsular and extracellular polysacchrides dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase Capsular and extracellular polysacchrides Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase Capsular and extracellular polysacchrides Putative capsular polysaccharide transport protein YegH Capsular and extracellular polysacchrides O-antigen flippase Wzx Capsular and extracellular polysacchrides Oligosaccharide repeat unit polymerase Wzy Capsular and extracellular polysacchrides UDP-glucose 4-epimerase Capsular and extracellular polysacchrides N-acetylneuraminate lyase Capsular and extracellular polysacchrides Glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase Capsular and extracellular polysacchrides Transcriptional regulator NanR Capsular and extracellular polysacchrides Sialic acid transporter (permease) NanT Capsular and extracellular polysacchrides Glucosamine-6-phosphate deaminase Capsular and extracellular polysacchrides Predicted sialic acid transporter Capsular and extracellular polysacchrides UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase Putative sugar isomerase involved in processing of exogenous sialic Capsular and extracellular polysacchrides acid Capsular and extracellular polysacchrides N-acetylmannosamine kinase Capsular and extracellular polysacchrides N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase Capsular and extracellular polysacchrides N-acetylneuraminic acid outer membrane channel protein NanC Capsular and extracellular polysacchrides Phosphoglucosamine mutase Capsular and extracellular polysacchrides N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase Capsular and extracellular polysacchrides N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase CMP-N-acetylneuraminate-beta-galactosamide-alpha-2,3Capsular and extracellular polysacchrides sialyltransferase 16 12 + + + + + + + + + + + + + + + + 11 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + - - - + - + Phân loại Capsular and extracellular polysacchrides Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Chức protein Sialic acid utilization regulator, RpiR family UDP-glucuronic acid oxidase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase Polymyxin resistance protein PmrG UDP-glucose 6-dehydrogenase Protein of unknown function YceH Virulence factor MviM Proposed peptidoglycan lipid II flippase MurJ Protein YhjJ, putative peptidase LysR family transcriptional regulator YhjC Inner membrane protein YhjD Uncharacterized protein YhjG Lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC Lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase Soluble lytic murein transglycosylase precursor Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase L,D-transpeptidase YcfS L,D-transpeptidase YnhG L,D-transpeptidase YcbB L,D-transpeptidase YbiS L,D-transpeptidase ErfK 17 12 11 + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Phân loại Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Chức protein UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-mesodiaminopimelate ligase Gamma-D-Glutamyl-meso-Diaminopimelate Amidase AmpG permease Membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor 12 11 + + + + + + + + - + + - + + + + + - + + - + + - Chú thích: +(gen có biểu hiện), -(gen không biểu hiện) 12 (Sal 12), 11 (Sal 11), (Sal 8), (Sal 7), (Sal 6), (Sal 4) Phụ lục Các gen liên quan đến yếu tố di truyền vận động, phage, prophage Tên gen - Phân loại Phage tail proteins Phage tail proteins Phage tail proteins Phage tail proteins Phage tail proteins Phage tail proteins Phage tail proteins Phage replication Phage replication Phage packaging machinery Phage packaging machinery Phage packaging machinery Phage packaging machinery Phage packaging machinery Phage tail proteins Phage tail proteins Chức các gen Phage tail tube protein Phage tail assembly protein I Phage tail/DNA circulation protein Phage tail length tape-measure protein Phage minor tail protein Phage tail length tape-measure protein Phage tail assembly protein DNA polymerase III alpha subunit Phage replication protein Phage terminase, small subunit Phage terminase, ATPase subunit Phage terminase, large subunit Phage portal protein Phage DNA-binding protein Phage tail assembly protein I Phage tail length tape-measure protein 18 Sal 12 + + + + + + + + + + + + + + + + Sal 11 + + + + + + + + + + + + + + + + Sal + + + + + + + + + + Sal + + + + + + + + - Sal + + + + + + + + + + - Sal + + + + + - Tên gen - Phân loại Chức các gen Phage tail proteins Phage minor tail protein Phage tail proteins Phage tail length tape-measure protein Phage tail proteins Phage tail assembly protein Phage tail fiber proteins Phage tail fiber protein Phage tail fiber proteins Phage tail fibers Phage tail fiber proteins Phage tail fiber assembly protein Phage capsid proteins Phage capsid and scaffold Phage capsid proteins Phage major capsid protein IbrA and IbrB: co-activators of Co-activator of prophage gene expression prophage gene expression IbrB IbrA and IbrB: co-activators of Co-activator of prophage gene expression prophage gene expression IbrA Integrons Integron integrase IntI4 Integrons Integron integrase IntI1 Phage tail proteins Phage tail protein Phage tail proteins Phage tail assembly protein Phage packaging machinery Phage-related capsid packaging protein Phage packaging machinery Phage terminase, endonuclease subunit Phage capsid proteins Phage capsid scaffolding protein Phage lysis modules Phage endolysin Phage lysis modules Phage holin Phage capsid proteins Phage head completion-stabilization protein Phage lysis modules Phage outer membrane lipoprotein Rz1 Phage lysis modules Phage spanin Rz Phage tail proteins Phage tail completion protein Phage packaging machinery Phage terminase 19 Sal 12 + + + + + + + + Sal 11 + + + + + + + + Sal + + + + + + + Sal + + + + + Sal + + + + + Sal + + + + + + + + + + + + + + + - - + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + - + + - Chú thích: + (gen có biểu hiện), - (gen không biểu hiện), Sal (S Indiana), Sal (S Derby), Sal (S Give), Sal (S Typhimurium S360), Sal 11 (S Typhimurium S384), Sal 12 (S Typhimurium S181) Phụ lục Các gen liên quan đến tác động bất lợi môi trường biểu mẫu nghiên cứu Phân loại Subsystem Chức Osmotic stress Osmoregulation Outer membrane protein A precursor Osmotic stress Osmoregulation Propanediol diffusion facilitator Osmotic stress Osmoregulation Osmotically inducible protein OsmY Osmotic stress Osmoregulation Glycerol uptake facilitator protein Osmoprotectant ABC transporter YehZYXW of Osmotic stress Osmoprotectant ABC transporter permease protein YehY Enterobacteriales Osmoprotectant ABC transporter YehZYXW of Osmotic stress Osmoprotectant ABC transporter inner membrane protein YehW Enterobacteriales Osmoprotectant ABC transporter YehZYXW of Osmotic stress Osmoprotectant ABC transporter binding protein YehZ Enterobacteriales Osmoprotectant ABC transporter YehZYXW of Osmotic stress Osmoprotectant ABC transporter ATP-binding subunit YehX Enterobacteriales Osmotic stress Synthesis of osmoregulated periplasmic glucans Glucans biosynthesis protein C (EC 2.1.-.-) Osmotic stress Synthesis of osmoregulated periplasmic glucans Glucans biosynthesis protein D precursor Osmotic stress Synthesis of osmoregulated periplasmic glucans Glucans biosynthesis glucosyltransferase H (EC 2.4.1.-) Osmotic stress Synthesis of osmoregulated periplasmic glucans Glucans biosynthesis protein G precursor Oxidative stress Protection from Reactive Oxygen Species Superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor (EC 1.15.1.1) Oxidative stress Protection from Reactive Oxygen Species Cytochrome c551 peroxidase (EC 1.11.1.5) Oxidative stress Protection from Reactive Oxygen Species Superoxide dismutase [Fe] (EC 1.15.1.1) Oxidative stress Oxidative stress Redox-sensitive transcriptional activator SoxR Oxidative stress Oxidative stress Alkyl hydroperoxide reductase subunit C-like protein Oxidative stress Oxidative stress Superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor (EC 1.15.1.1) 20 Phân loại Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Subsystem Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Glutathione: Biosynthesis and gamma-glutamyl cycle Glutathione: Biosynthesis and gamma-glutamyl cycle Glutathione: Biosynthesis and gamma-glutamyl cycle Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Oxidative stress Glutathione: Non-redox reactions Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Redox cycle Oxidative stress Glutathione: Redox cycle Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress 21 Chức Paraquat-inducible protein B Superoxide dismutase [Fe] (EC 1.15.1.1) Ferric uptake regulation protein FUR Superoxide dismutase [Mn] (EC 1.15.1.1) Nitrite-sensitive transcriptional repressor NsrR Paraquat-inducible protein A Fumarate and nitrate reduction regulatory protein Gamma-glutamyltranspeptidase (EC 2.3.2.2) Glutathione synthetase (EC 6.3.2.3) Glutamate cysteine ligase (EC 6.3.2.2) Glutathione S-transferase, zeta (EC 2.5.1.18) Glutathione S-transferase (EC 2.5.1.18) Uncharacterized glutathione S-transferase-like protein Lactoylglutathione lyase (EC 4.4.1.5) FIG005121: SAM-dependent methyltransferase (EC 2.1.1.-) Glutathione S-transferase, omega (EC 2.5.1.18) Uncharacterized GST-like protein yghU associated with glutathionylspermidine synthetase/amidase Hydroxyacylglutathione hydrolase (EC 3.1.2.6) Probable glutathione S-transferase (EC 2.5.1.18), YfcF homolog Probable glutathione S-transferase (EC 2.5.1.18), YfcG homolog Glutathione reductase (EC 1.8.1.7) Glutaredoxin-like protein NrdH, required for reduction of Ribonucleotide reductase class Ib Phân loại Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Subsystem Glutathione: Redox cycle Glutathione: Redox cycle Glutathione: Redox cycle Glutathione: Redox cycle Oxidative stress Glutaredoxins Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress* Oxidative stress Glutaredoxins Glutaredoxins Glutaredoxins Glutaredoxins* Glutathionylspermidine and Trypanothione Oxidative stress Glutathionylspermidine and Trypanothione Oxidative stress Glutathionylspermidine and Trypanothione Detoxification Uptake of selenate and selenite Detoxification Uptake of selenate and selenite Detoxification Tellurite resistance: Chromosomal determinants Detoxification Tellurite resistance: Chromosomal determinants Detoxification Tellurite resistance: Chromosomal determinants Glutathione-dependent pathway of formaldehyde detoxification Glutathione-dependent pathway of formaldehyde detoxification Detoxification Detoxification 22 Chức Glutathione peroxidase (EC 1.11.1.9) Glutaredoxin (Grx3) Glutaredoxin Glutaredoxin Glutaredoxin-like protein NrdH, required for reduction of Ribonucleotide reductase class Ib Glutaredoxin (Grx3) Glutaredoxin Glutaredoxin Cell wall endopeptidase, family M23/M37* Glutathionylspermidine amidohydrolase (EC 3.5.1.78) Uncharacterized GST-like protein yghU associated with glutathionylspermidine synthetase/amidase Glutathionylspermidine synthase (EC 6.3.1.8) Sulfate and thiosulfate import ATP-binding protein CysA (EC 3.6.3.25) DedA protein Uncharacterized membrane lipoprotein clustered with tellurite resistance proteins TehA/TehB FIG005189: putative transferase clustered with tellurite resistance proteins TehA/TehB Tellurite resistance protein TehA S-formylglutathione hydrolase (EC 3.1.2.12) S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (EC 1.1.1.284) Phân loại Periplasmic Stress Periplasmic Stress Periplasmic Stress Periplasmic Stress Periplasmic Stress Periplasmic Stress Periplasmic Stress Subsystem Chức Periplasmic Stress Response Sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA Periplasmic Stress Response Outer membrane stress sensor protease DegS Periplasmic Stress Response Outer membrane protein H precursor Periplasmic Stress Response Intramembrane protease RasP/YluC, implicated in cell division based on FtsL cleavage Periplasmic Stress Response Sigma factor RpoE negative regulatory protein RseB precursor Periplasmic Stress Response Outer membrane stress sensor protease DegQ, serine protease Periplasmic Stress Response HtrA protease/chaperone protein Ghi chú: * Gen không biểu Sal 23 ... khuẩn Salmonella Tiến hành thử nghiệm kháng sinh đồ, từ lựa chọn chủng Salmonella đa kháng kháng sinh Giải trình tự gen hệ số chủng Salmonella đa kháng kháng sinh để phân tích nhóm gen liên quan. .. chợ bán lẻ khu vực Hà Nội Xác định đặc điểm kháng kháng sinh chủng Salmonella phân lập Phân tích nhóm gen chủng Salmonella đa kháng kháng sinh Nội dung nghiên cứu: Nuôi cấy phân lập, định danh... đề kháng kháng sinh, bao gồm gen không liên quan trực tiếp đến kháng kháng sinh biết vi khuẩn Nhìn chung, mối quan hệ phức tạp khả kháng kháng sinh đột biến gen chưa rõ ràng [19] 1.2.4 Các gen