BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** LÊ VĂN TÁM XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis) Luận văn kỹ sƣ Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Thành phố Hồ Chí Minh -2006- BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis) Luận văn Kỹ sƣ Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Giáo viên hƣớng dẫn TS TRẦN THỊ DUNG LƢU PHÚC LỢI Sinh viên thực LÊ VĂN TÁM Thành phố Hồ Chí Minh -2006- MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING NONG LAM UNIVERSITY, HCMC DEPARTMENT OF BIOTECHNOLOGY ************ CONSTRUCT DATABASE OF 16S AND 23S RIBOSAMAL RNA GENE IN BACTERIA – APPLICATION THE DATABASE FOR DETECTION BACTERIAL MENINGITIS Graduation thesis Major: Biotechnology Professor Student Ph.D TRAN THI DUNG LE VAN TAM LUU PHUC LOI Ho Chi Minh City -2006- LỜI CẢM ƠN Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến: Ban Giám hiệu trƣờng Đại học Nơng Lâm thành phố Hồ Chí Minh, Ban chủ nhiệm Bộ môn Công nghệ Sinh học, tất quý thầy cô truyền đạt kiến thức cho tơi suốt q trình học trƣờng TS Trần Thị Dung Cử Nhân Lƣu Phúc Lợi tận tình hƣớng dẫn, giúp đỡ tơi thời gian làm khóa luận tốt nghiệp Xin gởi lời cảm ơn đến tập thể lớp Công Nghệ Sinh Học K28 động viên, giúp đỡ bên cạnh lúc vui buồn Cha mẹ kính yêu ni nấng, dạy dỗ động viên để đạt đƣợc thành nhƣ ngày hôm Thành phố Hồ Chí Minh, ngày…tháng…năm 2006 Sinh viên LÊ VĂN TÁM iii TÓM TẮT KHÓA LUẬN LÊ VĂN TÁM, Đại học Nơng Lâm TP Hồ Chí Minh Tháng 8/2006 “XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitidis)” Hội đồng hƣớng dẫn: – TS Trần Thị Dung – Cử nhân Lƣu Phúc Lợi Khóa luận đƣợc thực mơn Cơng Nghệ Sinh Học - Trƣờng Đại Học Nông Lâm TP Hồ Chí Minh, từ tháng 1/2006 đến 8/2006 Với phát triển kỹ thuật sinh học phân tử, số lƣợng lớn gene 16S 23S rRNA đƣợc giải trình tự Những trình tự gene đƣợc lƣu trữ CSDL sinh học lớn nhƣ NCBI, EMBL, DDBj…Vì CSDL lớn chứa nhiều thông tin khác nhau, không tập trung cho đối tƣợng cụ thể nên khó thực việc truy xuất thông tin phục vụ trực tiếp cho nghiên cứu chuyên biệt Do vậy, mục tiêu đề tài tiến hành xây dựng sở liệu hai gene 16S 23S rRNA vi khuẩn ứng dụng CSDL để phát loài vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ Để đạt đƣợc mục tiêu trên, khóa luận cần đảm bảo thực nội dung nhƣ sau: Dùng Perl script để thu nhận mẫu tin hai gene từ trang CSDL GenBank (CSDL nucleotide NCBI) Tiếp tục sử dụng Perl script tách mẫu tin thu nhận đƣợc thành phần riêng biệt nhƣ accession number (mã số truy cập), gi, definition, sequence (trình tự gene)… Thiết kế CSDL dựa vào mơ hình liệu quan hệ Dùng Perl script để chuyển tự động thông tin tách đƣợc bƣớc vào CSDL Sử dụng giao thức CGI kết hợp với ngơn ngữ lập trình Perl để thiết kế trang web CSDL hai gene 16S 23S rRNA loài vi khuẩn iv Sử dụng trình tự hai gene 16S 23S rRNA CSDL để thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát phân biệt tác nhân gây bệnh viêm màng não mủ Đề tài đạt đƣợc kết nhƣ sau: Đã thu thập đƣợc 2825 mẫu tin gene 16S rRNA 305 mẫu tin gene 23S rRNA từ sở liệu GenBank (NCBI) Tạo đƣợc CSDL hai gene 16S 23S rRNA tích hợp với web Trang web CSDL hai gene gồm có trang chính: HOME, SEARCH, TOOL, LINK, ABOUT Từ trang web này, ngƣời sử dụng truy xuất thơng tin, tìm kiếm trình tự, so sánh trình tự quan tâm với trình tự CSDL (alignment, BLAST)… Ngồi ra, trang web kết nối đến trang phụ khác để cung cấp tiện ích cho ngƣời dùng Thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát tác nhân gây bệnh viêm màng não mủ chƣơng trình thiết kế mồi Primrose v MỤC LỤC Nội dung Trang LỜI CẢM ƠN iii TÓM TẮT KHÓA LUẬN iv MỤC LỤC vi DANH SÁCH CÁC BẢNG VÀ SƠ ĐỒ x DANH SÁCH CÁC HÌNH xi DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT xiii PHẦN 1: MỞ ĐẦU .1 1.1 ĐẶT VẤN ĐỀ 1.2 MỤC ĐÍCH 1.3 YÊU CẦU PHẦN 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 SƠ LƢỢC VỀ CƠ SỞ DỮ LIỆU 2.1.1 Định nghĩa 2.1.2 Hệ quản trị CSDL (Database Management System – DBMS) 2.1.3 Các mơ hình liệu 2.2 NGÔN NGỮ LẬP TRÌNH PERL, MẠNG INTERNET VÀ WEB 2.2.1 Perl 2.2.1.1 Tóm tắt lịch sử phát triển 2.2.1.2 Ứng dụng 2.2.1.3 Một số module Perl thƣờng đƣợc sử dụng 2.2.2 Giới thiệu mạng Internet 2.2.3 Tích hợp CSDL với web dùng CGI 2.3 CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC 2.3.1 NCBI (National Center for Bioinformatic Information) 2.3.1.1 Vài nét NCBI 2.3.1.2 Một số sở liệu NCBI 2.3.1.3 Một số công cụ NCBI 2.3.2 EBI (European Bioinformatics Institute) vi 2.3.2.1 Vài nét EBI 2.3.2.2 Một số sở liệu EBI 2.3.2.3 Một số công cụ hỗ trợ phân tích trình tự sinh học 2.3.3 SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) 2.3.4 DDBJ (DNA Data Bank Japan) PDBj (Protein Database Japan) 10 2.4 BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ 12 2.4.1 Sơ lƣợc bệnh viêm màng não mủ 12 2.4.1.1 Định nghĩa 12 2.4.1.2 Bệnh theo lứa tuổi 12 2.4.1.3 Các đƣờng xâm nhiễm vi khuẩn gây bệnh 13 2.4.2 Các triệu chứng biểu lâm sàng bệnh 13 2.4.2.1 Những triệu chứng giai đoạn khởi phát 13 2.4.2.2 Biểu lâm sàng viêm màng não mủ 13 2.4.3 Hậu bệnh đối tƣợng bị lây nhiễm 15 2.4.4 Tình hình bệnh viêm màng não mủ giới Việt Nam 15 2.5 VI KHUẨN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ 16 2.6 CÁC PHƢƠNG PHÁP XÉT NGHIỆM BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ 18 2.6.1 Phƣơng pháp chẩn đoán lâm sàng 18 2.6.2 Phƣơng pháp xét nghiệm vi khuẩn học 18 2.6.3 Phƣơng pháp miễn dịch học 19 2.6.4 Phƣơng pháp tế bào học 19 2.6.5 Phƣơng pháp sinh hoá 19 2.6.5.1 Đƣờng dịch não tủy 19 2.6.5.2 Đạm dịch não tủy 19 2.6.5.3 Phƣơng pháp khảo sát nồng độ lactate 20 2.6.6 Phƣơng pháp chụp cắt lớp – CT (computer tomography) 20 2.6.7 Phƣơng pháp xét nghiệm dựa vào kỹ thuật PCR 20 2.7 KỸ THUẬT PCR VÀ ỨNG DỤNG TRONG VIỆC PHÁT HIỆN TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ 20 2.7.1 Nguyên tắc kỹ thuật PCR 20 2.7.2 Quy trình phản ứng PCR 21 2.7.3 Seminested PCR/ Multiplex PCR 22 vii 2.7.3.1 Seminested PCR 22 2.7.3.2 Multiplex PCR 22 2.7.4 Ứng dụng kỹ thuật PCR việc phát vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ 22 2.8 GENE 16S rRNA VÀ 23S rRNA 24 2.8.1 RNA ribosome (rRNA) – Cấu trúc ribosome 24 2.8.2 Gene 16S rRNA thƣớc đo tiến hóa 25 2.8.3 Gene 23S rRNA 28 2.9 ĐIỀU TRỊ BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ BẰNG KHÁNG SINH 28 PHẦN 3: PHƢƠNG PHÁP VÀ CÁC CHƢƠNG TRÌNH SỬ DỤNG 29 3.1 CÁC CHƢƠNG TRÌNH VÀ NGƠN NGỮ LẬP TRÌNH ĐƢỢC SỬ DỤNG 29 3.1.1 Hệ điều hành 29 3.1.2 Các chƣơng trình phân tích trình tự 29 3.1.2.1 Chƣơng trình so sánh trình tự ClustalW 29 3.1.2.2 Chƣơng trình tìm kiếm trình tự tƣơng đồng – BLAST 30 3.1.3 Hệ quản trị CSDL quan hệ MySQL 30 3.1.4 Apache web server 31 3.1.5 Ngơn ngữ lập trình Perl gói sử dụng 31 3.1.6 Chƣơng trình thiết kế mồi Primrose 2.17 32 3.2 PHƢƠNG PHÁP 33 3.2.1 Thu nhận mẫu tin chứa trình tự thông tin liên quan hai gene 16S 23S rRNA 33 3.2.3 Thiết kế CSDL gene 16S 23S rRNA 38 3.2.3.1 Phân tích liệu 38 3.2.3.2 Thiết kế CSDL dạng bảng 39 3.2.3.3 Lƣu trữ thông tin vào CSDL 41 3.2.4 Tích hợp CSDL gene 16S rRNA 23S rRNA với trang web 42 3.3 Thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát vi khuẩn viêm màng não 42 3.3.1 Thiết kế mồi dựa trình tự gene 16S rRNA 43 3.3.2 Thiết kế mồi dựa trình gene 23S rRNA 47 3.3.3 Nhiệt độ nóng chảy mồi 51 PHẦN 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 52 viii 4.1 Kết thu nhận mẫu tin chứa trình tự thơng tin liên quan hai gene 16S 23S rRNA 52 4.2 CSDL gene 16S 23S rRNA 52 4.3 Trang web thể thông tin CSDL gene 16S 23S rRNA 52 4.3.1 Trang thông tin chung CSDL gene 16S 23S rRNA (Home Page) 54 4.3.2 Trang tìm kiếm (Search Page) 55 4.3.3 Trang công cụ (Tool Page) 58 4.3.4 Trang Meningitidis 60 4.4 Kết thiết kế mồi phát tác nhân viêm màng màng não mủ 60 PHẦN 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 63 PHẦN 6: TÀI LIỆU THAM KHẢO 64 PHỤ LỤC ix 55 4.3.2 Trang tìm kiếm (Search Page) Cung cấp cho ngƣời dùng công cụ tìm kiếm trình tự thơng tin liên quan gene có CSDL – Trang tìm kiếm biết mã số truy cập (accession number) Ngƣời dùng nhập nhiều mã số này, để tìm trình tự nucleotide có mã số tƣơng ứng (Hình 4.2) Ngƣời dùng tùy chọn phần hiển thị kết tìm kiếm nhƣ phần định nghĩa trình tự (definition), tên lồi (species), chiều dài trình tự cần tìm (Hình 4.3) Hình 4.2 Trang tìm kiếm theo mã số truy cập (accession number) 56 Hình 4.3 Trang kết tìm kiếm mã số truy cập – Trang tìm kiếm biết tên lồi (species name) Tất tên vi khuẩn có CSDL đƣợc thể menu SPECIES NAME(s) Chúng ta chọn nhiều tên để tìm kiếm trình tự thơng tin liên quan đến gene 16S 23S rRNA sinh vật (Hình 4.4) Ngƣời dùng tùy chọn phần hiển thị kết tìm kiếm (Hình 4.5) 57 Hình 4.4 Trang tìm kiếm theo tên lồi (species name) Hình 4.5 Trang kết tìm kiếm theo tên lồi (species name) 58 4.3.3 Trang cơng cụ (Tool Page) – Nội dung trang web: trang cung cấp hai cơng cụ chủ yếu để phân tích trình tự sinh học, gióng cột (alignment) tìm kiếm trình tự tƣơng đồng (BLAST) Sắp gióng cột (alignment) hai hay nhiều trình tự cơng cụ thơng dụng để khảo sát tƣơng đồng, đột biến, nghiên cứu chức gene Mặt khác để tìm trình tự tƣơng đồng với trình tự quan tâm, nhà sinh học thƣờng sử dụng công cụ BLAST Do nhu cầu đó, chúng tơi tích hợp hai cơng cụ vào trang web CSDL gene 16S 23S rRNA – Hình thức thể hiện: Với cơng cụ Alignment: ngƣời sử dụng nhập vào hay nhiều trình tự DNA thơng qua nhập văn hay tập tin chứa trình tự DNA dƣới định dạng FASTA Chọn hay nhiều trình tự CSDL gene 16S 23S rRNA để thực gióng cột (có thể thực Alignment gene CSDL) (Hình 4.6) Hình 4.6 Trang cơng cụ gióng cột (Alignment) 59 Hình 4.7 Trang kết gióng cột hai trình tự Với cơng cụ BLAST: ngƣời dùng nhập vào trình tự DNA Trình tự đƣợc so sánh tƣơng đồng cục với CSDL trình tự gene 16S 23S rRNA (Hình 4.8) Hình 4.8 Trang cơng cụ BLAST 60 4.3.4 Trang Meningitidis – Nội dung trang web: liệt kê vi khuẩn viêm màng não mủ Ngƣời dùng chọn nhiều trình tự vi khuẩn cho việc thiết kế mồi – Hình thức thể hiện: Hình 4.9 Hình 4.9 Trang Meningitidis 4.4 Kết thiết kế mồi phát tác nhân viêm màng não mủ Theo bƣớc tiến hành nhƣ phần 3.3 thu đƣợc hai cặp mồi cho phản ứng PCR phát Streptococcus pneumoniae dựa hai gene 16S 23S rRNA Tuy nhiên mồi ngƣợc đƣợc viết theo chiều 5‟-3‟ sợi sense Do đó, phải chuyển mồi theo chiều 5‟-3‟ sợi antisense cách dịch sang trình tự ngƣợc bổ sung (Reverse complement) Trình tự cặp mồi thiết kế đƣợc cho gene nhƣ sau Gene 16S rRNA Gene 23S rRNA F 5‟-3‟sense AGAGGGGAGAGTGGAATTCC AAGCGATTGCCTTAGTAGCG R 5‟-3‟antisense AGYSGTCAGAGGGATGTCAA TCTATTTCACTCCCCTCCCG Trong S = (C G) Y = (T C) So sánh cặp mồi cho gene 16S rRNA với cặp mồi cho gene 23S rRNA – Tính chuyên biệt Kết bắt cặp cặp mồi 16S rRNA với trình tự đích trình tự ngồi vùng đích 61 Hình 4.10 Sự bắt cặp cặp mồi 16S rRNA trình tự đích trình tự ngồi vùng đích Hình 4.11 Sự bắt cặp cặp mồi 23S rRNA trình tự đích trình tự ngồi vùng đích 62 Nếu có đến mismatch: hai cặp mồi bắt cặp hồn tồn với vùng đích (target) Nếu có mismatch: số lƣợng trình tự ngồi vùng đích (non-target) mà hai mồi có khả bắt cặp tăng lên Tuy nhiên, số lƣợng trình tự cặp mồi cho gene 16S rRNA lớn nhiều so với cặp mồi cho gene 23S rRNA Điều có nghĩa tính chun biệt cặp mồi gene 16S rRNA thấp cặp mồi cho gene 23S rRNA – Sự tƣơng thích mồi ngƣợc mồi xi cặp mồi Theo việc tính tốn nhiệt độ nóng chảy (Tm) thực mục 3.3.3 ta tính đƣợc nhiệt độ nóng chảy cho mồi cịn lại Mồi Tm (oC) %GC Forward primer 16S 51,3 55 Reverse primer 16S 47,5 52,5 Forward primer 23S 52,6 50 Reverse primer 23S 53,5 55 – Nhiệt độ bắt cặp (Tanneal = Tm – 4) thể tƣơng thích hai mồi Sự chênh lệch Tanneal mồi ngƣợc mồi xi thích hợp 3oC Nhiệt độ bắt cặp hai mồi gần phản ứng PCR diễn tốt Chênh lệch nhiệt độ bắt cặp (ΔTanneal) mồi xuôi mồi ngƣợc cặp mồi: ΔTanneal 16S = 51,3 – 47,5 = 3,8 (oC) ΔTanneal 23S = 53,5 – 52,6 = 0,9 (oC) Suy ΔTanneal 16S > ΔTanneal 23S Vậy tƣơng thích mồi xi mồi ngƣợc cặp mồi cho gene 23S rRNA tốt cặp mồi cho gene 16S rRNA Từ so sánh ta thấy việc sử dụng trình tự gene 23S rRNA để thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát Streptococcus pneumoniae nhóm vi khuẩn viêm màng não tốt so với chọn trình tự gene 16S rRNA 63 PHẦN 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1 KẾT LUẬN – Chúng tơi tải đƣợc 3130 trình tự gene 16S 23S rRNA từ sở liệu NCBI Trong có 2825 trình tự gene 16S rRNA 305 trình tự gene 23S rRNA – CSDL có 3130 trình tự đƣợc tích hợp với web – Trang web CSDL gene 16S 23S rRNA gồm có trang chính, HOME, SEARCH, TOOL, LINK, ABOUT PAGE Ngồi ra, từ trang web cịn kết nối đến trang phụ khác để cung cấp tiện ích cho ngƣời dùng Từ trang web này, ngƣời sử dụng truy xuất thơng tin, so sánh trình tự quan tâm với trình tự sở liệu gene 16S 23S rRNA, tìm kiếm trình tự, đặc tính loài… – Thiết kế đƣợc primer phục vụ cho phản ứng PCR phân biệt loài vi khuẩn gây bệnh viêm màng não thơng qua chƣơng trình thiết kế mồi Primrose 2.17 5.2 ĐỀ NGHỊ – Bổ sung thơng tin trình tự gene, đặc tính lồi… Thơng qua việc thu nhận thơng tin liên quan đƣợc đăng tải Internet hay thông tin từ nghiên cứu phịng thí nghiệm – Xây dựng nhiều trang web chứa thông tin công cụ (enzyme cắt giới hạn, xây dựng mơ hình cấu trúc, xây dựng phân loài…) phục vụ cho việc khai thác thông tin ứng dụng khác – Tiến hành làm thực nghiệm với cặp mồi để khẳng định ƣu điểm cặp mồi đƣợc thiết kế dựa gene 23S rRNA 64 PHẦN 6: TÀI LIỆU THAM KHẢO TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT CAO NGỌC PHƢỢNG, (2003) Tài liệu sở liệu Đại học Khoa Học Tự Nhiên – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh ĐẬU QUANG TUẤN, (2006) Thiết kế trang web Front Page 2003 Xara Webstyle NXB GTVT HUỲNH THỊ NGỌC NHÂN, (2003) Xây dựng qui trình phát đồng thời vi khuẩn gây bệnh viêm màng não mủ Escherichia coli, streptococcus suis, Listeria monocytogenes phƣơng pháp PCR Luận văn tốt nghiệp cử nhân sinh học Đại học Khoa Học Tự Nhiên – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh LƢU PHÚC LỢI, (2004) Xây dựng sở liệu gene pbp (Penicililin binding protein) vi khuẩn Streptococcus pneumoniae Luận văn tốt nghiệp cử nhân CNSH Đại học Khoa Học Tự Nhiên – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh TRẦN HIỀU THUẬN, (2003) Tài liệu lập trình Perl Đại học Khoa Học Tự Nhiên – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh VÕ CẨM QUY, (2003) Tài liệu soạn thảo web Đại Học Khoa Học Tự Nhiên – Đại Học Quốc Gia Thành phố Hồ Chí Minh TÀI LIỆU NƢỚC NGỒI JAMES TISDALL, (2001) Beginning Perl for bioinformatics 1st edition, O‟Reilly & Associates, Inc 468 pages JAMES TISDALL, (2001) Mastering Perl for bioinformatics 1st edition, O‟Reilly & Associates, Inc 369 pages KONRAD SACHES, DR RER NAT JOACHIM FREY, Ph.D., (2003) Methods in Molecular BiologyTM PCR Detection of Microbial Pathogens Humana press-Totowa New Jersey, p 4-9 10 RINA UZUKA, HISASHI KAWASHIMA, (2004) Rapid diagnosis of bacterial meningitidis by using multiplex PCR and real time PCR Pediatrics International 46, p 551-554 11 R.M.ANTHONY, T.J.BROWN, AND G.L.FRENCH*, (2000) Rapid diagnosis of Bacteremia by Universal Amplification of 23S Ribosomal DNA Followed 65 by Hybridization to an Oligonucleotide Array Journal of Clinical Microbiology, Feb 2000, p 781-788 12 VINCENT J.QUAGLIARELLO, M.D., AND MICHEAL SCHELD, M.D., (1997) Treatment of Bacterial Meningitidis The New England Journal of Medicine, p 708-716 13 Primrose 2.17 Dr K.E Ashelford, 2006© Cardiff University TÀI LIỆU TỪ CÁC TRANG WEB 14 http://history.perl.org 15 http://ppm.activestate.com/PMMpackages/zips/6xx-builds-only/ 16 http://stein.cshl.org/WWW/software/CGI/ 17 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/index.html 18 http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalW/clustalw.html 19 http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/blast_whatsnew.shtml#20040512 20 http://httpd.apache.org/ 21 http://www.stopbit.com/mysql-tutorial/manual-introduction.html#History PHỤ LỤC PHỤ LỤC 1: MỘT SỐ TRANG WEB TRONG CSDL GENE 16S VÀ 23S rRNA Trang Link: Cung cấp liên kết đến CSDL sinh học trực tuyến Trang About: Giới thiệu cấu trúc ribosome, gene 16S 23S rRNA, bệnh viêm màng não mủ PHỤ LỤC 2: MỘT SỐ CSDL SINH HỌC VÀ ĐỊA CHỈ WEB TƢƠNG ỨNG STT Tổ chức Tên sở liệu Địa trang web EMBL-BANK http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html TrEMBL http://www.ebi.ac.uk/swissprot/ EBI (http://www.ebi.a MSD http://www.ebi.ac.uk/msd/ c.uk/) Ensembl http://www.ensembl.org/ ArrayExpress http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ OMIM http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide Protein http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Protein Genome http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Genome MMDB http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Structure Taxonomy http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Taxonomy dbSNP http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=snp CDD http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=cdd Pubmed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed dbEST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ NCBI (http://www.ncbi nlm.nih.gov) MỘT SỐ CSDL SINH HỌC VÀ ĐỊA CHỈ WEB TƢƠNG ỨNG (tiếp theo) STT Tổ chức SIB Tên sở liệu http://au.expasy.org/sprot/ SWISS-PROT (http://au.expas y.org) Địa trang web http://au.expasy.org/ch2d/ SWISS-2DPAGE PROSITE http://au.expasy.org/prosite/ ENZYME http://au.expasy.org/enzyme/ SWISS-3DIMAGE http://au.expasy.org/sw3d/ CD40L http://au.expasy.org/cd40lbase http://www.ddbj.nig.ac.jp CIB/DDBJ DDBj Pdbj Pdbj http://www.pdbj.org PDB PDB http://www.pdb.org wwPDB wwPDB http://www.wwpdb.org ... Một điểm mạnh Apache khả nâng cấp trình chủ web thơng qua module Có loại module Apache external module internal module Cả hai loại module đƣợc sửa chữa, thay nâng cấp chúng có kèm theo mã nguồn... trợ module (tập hàm) giúp kết nối, truy xuất CSDL với trang web, tạo trang web động Nhƣợc điểm: dùng để viết chƣơng trình, script nhỏ 2.2.1.3 Một số module Perl thƣờng đƣợc sử dụng Module CGI... nâng cấp, xử lý, rút trích…dữ liệu vào hay khỏi CSDL Module DBD (Database Driver): module phụ thuộc loại hệ quản trị CSDL liên kết với module DBI để truy cập vào loại hệ quản trị CSDL định Nhƣ tƣơng