Bộ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NGUYỄN TẤT THÀNH KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG NGUYEN TAT THANH KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐÁNH GIÁ Sự DA DẠNG DI TRUYỀN CỦA QUẰN THẺ CHÓ NHÀ TẠI THỊ XÃ HÀ TIÊN[.]
Bộ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NGUYỄN TẤT THÀNH KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG NGUYEN TAT THANH KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐÁNH GIÁ Sự DA DẠNG DI TRUYỀN CỦA QUẰN THẺ CHÓ NHÀ TẠI THỊ XÃ HÀ TIÊN DựA VÀO TRÌNH Tự VUNG HYPERVARIABLE REGION TRẼN Bộ GENE TY THÉ Sinh viên thực : Trương Thanh Vy Chuyên ngành TP.HCM, tháng 08 năm 2018 : Công nghệ sinh học Bộ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NGUYỄN TẤT THÀNH KHOA CƠNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MƠI TRƯỜNG KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐÁNH GIÁ Sự DA DẠNG DI TRUYỀN CỦA QUẰN THẺ CHÓ NHÀ TẠI THỊ XÃ HÀ TIÊN DựA VÀO TRÌNH Tự VÙNG HYPERVARIABLE REGION TRÊN Bộ GENE TY THẺ Sinh viên thực : Trương Thanh Vy Mã số sinh viên : 1411532039 Lớp : 14DSH02 Chuyên ngành : Công nghệ Sinh học Giáo viên hướng dần : ThS Nguyễn Thành Công TP.HCM, tháng 08 năm 2018 LỜI CẢM ƠN Tôi xin chân thành cảm ơn ba mẹ gia đình tơi lời cảm ơn vơ vàn Ba mẹ gia đình ln ủng hộ, tạo niềm tin, nghị lực sống, chăm lo, động viên, hồ trợ mặt vật chất lần tinh thần Tơi muốn bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến ThS Nguyễn Thành Công - người thầy tận tụy, hướng dần hồ trợ, suốt trình làm đe tài thầy ln nhắc nhở, sửa chừa sai sót khơng ngừng động viên, tạo điều kiện cho tơi hồn thành luận văn Tơi xin trân trọng gửi lời cảm ơn thầy cô Khoa Công Nghệ Sinh Học Môi Trường giúp đờ, tận tình dạy truyền đạt kiến thức quý giá suốt thời gian học tập trường Tôi xin chân thành cảm ơn tất cán bộ, anh, chị, em bạn bè Viện Kỳ Thuật Công Nghệ Cao NTT - Trường Đại Học Nguyễn Tất Thành giúp đờ suốt thời gian học tập nghiên cứu Viện Tác giả Trương Thanh Vy Khoa Công nghệ Sinh học Môi trường Trường Đại Học Nguyễn Tất Thành 11 MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC .iii TÓM TẮT vi SUMMARY vii DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT viii DANH MỤC CÁC HÌNH X DANH MỤC CÁC BẢNG xi ĐẶT VÁN ĐÈ 1 Tính cấp thiết cùa đề tài .1 Mục tiêu nghiên cứu Nội dung nghiên cứu 3.1 Thu mẫu ghi nhận thông tin chó nhà 3.2 Tách chiết DNA tong số từ lơng chó 3.3 Thực khuếch đại, giải hiệu chỉnh trình tự vùng HV1 hệ gene ty thể Đối tượng phạm vi nghiên cứu CHƯƠNG TỐNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Mối quan hệ tiến hóa nguồn gốc chó nhà (Cams fammiliaris') 1.1.1 Phân loại chó nhà 1.1.2 Nguồn gốc chó nhà 1.2 Đặc điểm di truyền gene ty thể động vật hữu nhũ 1.3 Các nghiên cứu đa dạng di truyền truy tìm nguồn gốc chó dựa vào trình tự vùng HV1 mtDNA 1.3.1 Các nghiên cứu giới 1.3.2 Các nghiên cứu Việt Nam 10 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cứu 12 2.1 Noi thực hiện: 12 2.2 Vật liệu 12 2.2.1 Nguyên liệu 12 2.2.2 Dụng cụ, thiết bị hóa chất sử dụng nghiên cứu 12 iii 2.3 Phương pháp nghiên cứu 12 2.3.1 Phương pháp thu mẫu 13 2.3.2 Phương pháp tách chiết DNA tổng số 13 2.3.3 Phương pháp kiểm tra độ tinh DNAbằng quang phổ kế 14 2.3.4 Kỳ thuật điện di DNA gel agarose 15 2.3.5 Khuếch đại trình tự vùng HV1 kỳ thuật PCR 15 2.4 Phương pháp giải hiệu chỉnh trình tự 16 2.4.2 Hiệu chỉnh trình tự 17 2.5 Phương pháp xử lý phân tích kết 18 2.5.1 So sánh với sở dừ liệu GenBank 18 2.5.2 Phương pháp xác định loại haplotype 18 2.5.3 Dị tìm mơ hình tiến hóa xây dựng phát sinh chủng loài 19 2.5.4 Các phần mềm sử dụng nghiên cứu 19 CHƯƠNG KÉT QUẢ VÀ THAO LUẬN 21 3.1 Thu thập xử lý mầu 21 3.2 Ket tách chiết DNA tồng số từ lông chó 22 3.3 Ket đo tỷ số OD nồng độ DNA 15 mẫu lơng chó 22 3.4 Kết khuếch đại vùng HV1 23 3.5 Ket giải trình tự hiệu chỉnh trình tự vùng HV1 24 3.5.1 Ket giải trình tự vùng HV1 24 3.5.2 Hiệu chỉnh lắp ráp trình tự 27 3.5.3 So sánh trình tự truy vấn mầu nghiên cưu với sở dừ liệu GenBank 27 3.6 Xác định vị trí đa hình vùng trình tự HV1 28 3.7 Định loại haplotype quần thể chó nhà thị xã Hà Tiên 31 3.8 Phân tích mối quan hệ phát sinh chúng lồi 15 cá thể chó nhà đề tài với nịi chó khác giới 31 3.9 Đánh giá đa dạng di truyền quần the chó nhà thị xã Hà Tiên 33 3.10 So sánh đa dạng di truyền quần the chó nhà thị xà Hà Tiên với số quần thể chó nhà khác Việt Nam số khu vực khác giới 36 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 40 iv TÀI LIỆU THAM KHAO 41 V TÓM TẢT Chó lồi động vật hóa sống hịa hợp với người Đe tài “Đánh giá đa dạng di truyền quần thể chó nhà thị xã Hà Tiên dựa vào trình tự vùng Hypervariable region gen ty thể” thực từ tháng 01/2018 đến tháng 07/2018 Viện Kỳ Thuật Công Nghệ Cao NTT Trường Đại Học Nguyền Tất Thành với mục tiêu đánh giá đa dạng di truyền quần the chó nhà (Cams lupus fatniliaris) thị xà Hà Tiên góp phần bổ sung nguồn co sở dừ liệu hữu ích, nhằm hồ trọ cho nghiên cứu đe truy tìm nguồn gốc nịi chó nhà đặc hữu Việt Nam Đe tài có nội dung: tách chiết DNA tổng số; khuếch đại trình tự vùng HV1 kỹ thuật PCR; giải hiệu chỉnh trình tự; so sánh trình tự truy vấn sở dừ liệu GenBank; định loại haplotype đoạn trình tự 582 bp vùng HV1; đánh giả đa dạng di truyền quần thể chó nhà ni nhốt thị xã Hà Tiên Những kết đạt sau tháng nghiên cứu: Tách chiết thành công DNA tổng số 15 mẫu lơng chó Khuếch đại thành cơng trình tự vùng HV1 hệ gene ty thể 15 cá thể chó nhà, hiệu chỉnh trình tự từ kết giải trình tự Xác định haplotype (All, A18, A19, A85, Bl, C3, CH) thuộc haplogroup (A, B, C) dựa vào vị trí đa hình đoạn trình tự 582 bp vùng HV1 15 cá the chó nhà cách so sánh với trình tự định loại haplotype cơng cụ BLAST Quần thể chó nhà thị xã Hà Tiên có tính đa dạng di truyền truyền cao VI SUMMARY Domestic dog (Canis lupus familiaris) is the first domesticated animal and is able to live in harmony with human The thesis “Evaluation of genetic diversity of domestic dog population in Ha Tien based on mitochondrial DNA hypervariable1 region” was carried out at NTT Hi-Tech Institute - Nguyen Tat Thanh University from January 2018 to July 2018 with the goal of evaluating the genetic diversity of domestic dog population in Ha Tien to provide usable supplementary database for further research of endemic Vietnamese dog breed’s origin Content of the thesis includes: DNA extraction; amplification of HV1 by PCR; editing and correcting sequences; comparing query sequences with database in GenBank; haplotype identification of the 582 bp fragment on HV1 region; evaluating of genetic diversity of domestic dog population in Ha Tien The results achieved after months were: Successful DNA extraction of 15 dog hair samples Successful amplification of mtDNA HV1 region of 15 domestic dog individuals, editing the raw sequence data from DNA sequencing results Identification of haplotypes (All, A18, A19, A85, Bl, C3, CH) belong to haplogroup (A, B, C) based on polymorphic sites on the 582bp fragment on HV1 region of 15 domestic dog individuals by comparing with sequences of known haplotypes by BLAST The domestic dogs in Ha Tien has a quite genetic diversity DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT pg Microgram pL Microlit |1M Micromole BIC Bayesian information criterion BLAST Local Alignment Search Tool Bp Base pair CHD Canis mtDNA HV1 database CR Control Region (Vùng điều khiến) D - loop Displacement - loop dATP Deoxyadenosine triphosphate dCTP Deoxycytidine triphosphate DNA Deoxyribonucleic acid DNAse Deoxyribonuclease dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate dTTP Deoxythimidine triphosphate EDTA Ethylenediamine tetraacetate EtBr Ethidium bromide F Forward Hd Haplotype diversity HV1 Hypervariable region HV2 Hypervariable region IƯPAC International Union of Pure and Applied Chemistry Kb Kilo base mg Miligram mL Mililit mM Milimol mtDNA Mitochondrial DNA (Hệ gen ty the) NCBI National Center for Biotechnology Information (Trung tâm thông tin Công nghệ sinh học Quốc gia) viii nm Nanomet nM Nanomole non - UT non - Universal haplotype OD Optical Density PCR Polymerase Chain Reaction R Reverse RNA Ribonucleic acid rRNA Ribosomal RNA SD Standard diversity SDS Sodium dodecyl sulfate SNP Single Nucleotide Polymorphism SSR Simple Sequence Repeat Taq Thermus aquaticus TBE Tris/Borate/EDTA TE Tris - EDTA Tm Melting Temperature (Nhiệt độ nóng chảy) tRNA Transfer RNA u Unit UT Universal haplotype uv Ultraviolet VNTR Variable number tandem repeat (Vùng trình tự lặp lại) IX ... khác giới 31 3.9 Đánh giá đa dạng di truyền quần the chó nhà thị xã Hà Tiên 33 3 .10 So sánh đa dạng di truyền quần the chó nhà thị xà Hà Tiên với số quần thể chó nhà khác Việt Nam số... THAM KHAO 41 V TĨM TẢT Chó lồi động vật hóa sống hịa hợp với người Đe tài ? ?Đánh giá đa dạng di truyền quần thể chó nhà thị xã Hà Tiên dựa vào trình tự vùng Hypervariable region gen ty thể? ?? thực... vào vị trí đa hình đoạn trình tự 582 bp vùng HV1 15 cá the chó nhà cách so sánh với trình tự định loại haplotype công cụ BLAST Quần thể chó nhà thị xã Hà Tiên có tính đa dạng di truyền truyền cao