XÂY DỰNG cơ sở dữ LIỆU SSRs (SIMPLE SEQUENCE REPEATS) từ ESTs (EXPRESSED SEQUENCE TAGS) của cây dứa (ananas comosus)

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** TRẦN NGUYỄN MINH ĐĂNG XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU SSRs (SIMPLE SEQUENCE REPEATS) TỪ ESTs (EXPRESSED SEQUENCE TAGS) CỦA CÂY DỨA (Ananas comosus) Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 09/2006 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NƠNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU SSRs (SIMPLE SEQUENCE REPEATS) TỪ ESTs (EXPRESSED SEQUENCE TAGS) CỦA CÂY DỨA (Ananas comosus) Luận văn kỹ sƣ Chuyên ngành: Công Nghệ Sinh Học Giáo viên hƣớng dẫn: Sinh viên thực hiện: TS TRẦN THỊ DUNG TRẦN NGUYỄN MINH ĐĂNG Cử Nhân LƢU PHÚC LỢI Khóa: 2002-2006 Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 09/2006 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING NONG LAM UNIVERSITY, HCMC DEPARTMENT OF BIOTECHNOLOGY ***000*** BUILDING SSRs (SIMPLE SEQUENCE REPEATS) DATABASE FROM ESTs (EXPRESSED SEQUENCE TAGS) OF PINEAPPLE (Ananas comosus) Graduation thesis Major: Biotechnology Professor Student PhD Tran Thi Dung TRAN NGUYEN MINH DANG BSc LƢU PHÚC LỢI Term: 2002 - 2006 Ho Chi Minh City 09/2006 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com LỜI CẢM ƠN XIN CHÂN THÀNH CẢM ƠN Ban Giám Hiệu trƣờng Đại học Nông Lâm Tp Hồ Chí Minh tạo điều kiện cho suốt thời gian học tập Các thầy cô môn Công Nghệ Sinh Học thầy cô trực tiếp giảng dạy suốt bốn năm qua Xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến:  TS Trần Thị Dung  Cử Nhân Lƣu Phúc Lợi Đã tận tụy hƣớng dẫn, truyền đạt kiến thức giúp cho tơi hồn thành khóa luận Cùng tồn thể lớp Công Nghệ Sinh Học 28 thân thiện hỗ trợ, giúp đỡ động viên suốt thời gian làm đề tài Thành kính ghi ơn ba mẹ ngƣời thân gia đình ln tạo điều kiện động viên suốt trình học tập trƣờng Tháng 08 năm 2006 Trần Nguyễn Minh Đăng iv LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com TĨM TẮT KHỐ LUẬN TRẦN NGUYỄN MINH ĐĂNG, đại học Nơng Lâm TP Hồ Chí Minh, tháng 08/2006 “XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU SSRs (SIMPLE SEQUENCE REPEATS) TỪ ESTs (EXPRESSED SEQUENCE TAGS) CỦA CÂY DỨA (Ananas comosus)” Hội đồng hướng dẫn:  TS Trần Thị Dung  Cử Nhân Lưu Phúc Lợi Khóa luận thực môn Công Nghệ Sinh Học, trường đại học Nông Lâm TP Hồ Chí Minh, khoảng thời gian từ tháng 3/2006 đến 8/2006 Trong năm qua sinh học không ngừng phát triển, tạo kho liệu lớn trình tự gene, protein, thực vật, động vật,… Và với thành tựu vốn có cơng nghệ thơng tin, trình tự gene lưu trữ sở liệu sinh học lớn NCBI, EMBL, DDBj,…Vì sở liệu lớn chứa nhiều thông tin khác nhau, không tập trung thành gene cụ thể nên khó thực việc truy xuất thông tin phục vụ trực tiếp cho nghiên cứu chuyên biệt, có phương pháp microsatellite Do vậy, mục tiêu tiến hành xây dựng sở liệu SSRs từ ESTs dứa Ananas comosus lấy sở liệu sinh học NCBI Để đạt mục tiêu trên, khóa luận cần đảm bảo thực nội dung sau:  Dùng Perl script để thu nhận trình tự nucleotide gene từ trang sở liệu GenBank NCBI  Tìm tách đoạn microsatellite có đoạn gen  Tìm hiểu mơ hình liệu quan hệ, sử dụng mơ hình vào việc lưu trữ liệu trình tự nucleotide trình tự SSRs Ananas comosus, tạo sở liệu chứa trình tự Sau chuyển liệu vào sở liệu  Kết hợp phần mềm quản lý sở liệu phần mềm tạo web, thiết kế trang web chia sẻ thông tin với người dùng v LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com MỤC LỤC Nội dung Trang LỜI CẢM ƠN .iv TĨM TẮT KHỐ LUẬN .v DANH SÁCH CÁC HÌNH x DANH SÁCH CÁC BẢNG xi DANH SÁCH CÁC TỪ VIẾT TẮT xii Phần Mở đầu 1.1 Đặt vấn đề 1.1.1 Sơ lược sinh – tin học 1.1.2 Sơ lược dứa .2 1.1.3 Sơ lược phương pháp Microsatellite 1.2 Mục tiêu khóa luận Phần Tổng quan tài liệu 2.1 Giới thiệu dứa 2.1.1 Vị trí phân loại 2.1.2 Nguồn gốc phân bố .4 2.1.3 Đặc điểm hình thái .5 2.1.3.1 Rễ 2.1.3.2 Thân 2.1.3.3 Lá 2.1.3.4 Hoa 2.1.3.5 Quả 2.3.1.6 Hạt 2.1.4 Đặc điểm trồng trọt 2.1.4.1 Yếu tố khí hậu 2.1.4.2 Yếu tố đất đai 2.1.4.3 Yếu tố sinh vật 2.1.5 Giá trị kinh tế sử dụng 2.1.6 Các giống trồng 2.1.6.1 Nhóm Cayenne 2.1.6.2 Nhóm Queen 2.1.6.3 Nhóm Spanish vi LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 2.1.6.4 Nhóm Abacaxi 10 2.1.6.5 Các giống trồng nước 11 2.1.7 Tình hình phát triển dứa nước 11 2.2 Các Marker phân tử 12 2.2.1 Isozymes 12 2.2.2 ALP 12 2.2.3 AFLP 12 2.2.4 RAPD 13 2.2.5 SSCP 14 2.2.6 SNP 14 2.2.7 SSR 15 2.2.8 Kỹ thuật STS SCARP 15 2.2.9 RFLP 15 2.3 Chi tiết microsatellite 16 2.3.1 Định nghĩa 16 2.3.2 Các phương pháp phát microsatellite 16 2.3.2.1 Phương pháp lai 17 2.3.2.2 Phương pháp PCR 17 2.3.3 Vai trò microsatellite 18 2.3.4 Ứng dụng 19 2.4 EST 19 2.4.1 Sơ lược EST 19 2.4.2 Nguồn gốc EST 20 2.5 Cơ sở liệu hệ quản trị sở liệu 20 2.5.1 Ngun nhân đời mơ hình quan hệ .20 2.5.2 Cơ sở liệu hệ quản trị sở liệ 21 2.5.2.1 Định nghĩa sở liệu 21 2.5.2.2 Hệ quản trị sở liệu 21 2.5.3 Các mơ hình liệu 23 2.5.3.1 Định nghĩa 23 2.5.3.2 So sánh mơ hình liệu 23 2.5.4 Người dùng .24 2.5.5 Cơ sở liệu quan hệ hệ tập tin theo lối cũ 25 2.5.5.1 Vấn đề 1: Cấu trúc logic cấu trúc vật lý 25 vii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 2.5.5.2 Vấn đề 2: Dư thừa liệu 25 2.5.5.3 Vấn đề 3: Sự khai thác liệu người sử dụng 25 2.6 Internet Web 26 2.6.1 Sơ lược Internet 26 2.6.1.1 Tóm lược lịch sử phát triển 26 2.6.1.2 Tổng quát Internet 26 2.6.2 Các dịch vụ cung cấp Internet .28 2.6.2.1 Phân loại khối thông tin 28 2.6.2.2 Các dịch vụ 28 2.6.3 Tích hợp sở dự liệu với web 28 2.7 Ngơn ngữ lập trình Perl Javascript 28 2.7.1 Ngôn ngữ Perl 28 2.7.1.1 Tóm tắt lịch sử phát triển 28 2.7.1.2 Ứng dụng 29 2.7.1.3 Một số module Perl thường sử dụng 29 2.7.2 Ngôn ngữ Javascript .30 2.7.2.1 Định nghĩa Javascript 31 2.7.2.2 Javascript làm gì? 31 2.7.2.3 Ưu nhược điểm Javascript 31 2.8 Cơ sở liệu sinh học 32 2.8.1 NCBI 32 2.8.1.1 Vài nét NCBI 32 2.8.1.2 Một số sở liệu NCBI 33 2.8.1.3 Một số công cụ NCBI 33 Phần Phƣơng pháp chƣơng trình sử dụng .35 3.1 Các chƣơng trình ngơn ngữ lập trình đƣợc sử dụng 35 3.1.1 Hệ điều hành .35 3.1.2 Các chương trình phân tích trình tự .35 3.1.2.1 Chương trình so sánh trình tự ClustalW 35 3.1.2.2 Chương trình tìm kiếm trình tự tương đồng – BLAST 36 3.1.2.3 Hệ trị CSDL quan hệ MySQL 36 3.1.2.4 Apache web Server 37 3.2 Thu nhận trình tự SSRs 38 3.2.1 Thu thập chọn lọc liệu 40 viii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 3.2.2 Thu nhận trình tự SSR .41 3.3 Xây dựng CSDL, cơng cụ để giúp ngƣời dùng khai thác tốt liệu 44 3.3.1 Xây dựng sở liệu 44 3.3.1.1 Tạo bảng chứa liệu 44 3.3.1.2 Xây dựng mối quan hệ 46 3.3.1.3 Nhập liệu vào bảng 47 3.4 Thiết kế giao diện web để truy xuất thông tin sở liệu 47 3.5 Tích hợp cơng cụ sinh học vào trang web 48 Phần Kết thảo luận .49 4.1 Kết thu nhận trình tự microsatellite 49 4.1.1 Kết thu nhận trình tự Ananas comosus 49 4.1.2 Kết thu nhận trình tự SSRs 50 4.2 Xây dựng CSDL, công cụ để giúp ngƣời dùng khai thác tốt liệu 51 4.2.1 Cơ sở liệu trình tự Ananas comosus 51 4.2.2 Kết sau lập CSDL trình tự microsatellite 52 4.2.3 Mơ hình quan hệ .57 4.3 Trang web thể thông tin sở liệu SSRs Ananas comosus 59 4.3.1 Trang chủ (HOME PAGE) .60 4.3.2 Trang thông tin microsatellite (ABOUT SSRs PAGE) 60 4.3.3 Trang thông tin Ananas comosus (Ananas comosus PAGE) 60 4.3.4 Trang sở liệu ESTs (ESTs PAGE) 61 4.3.5 Trang sở liệu SSRs (SSRs PAGE) 62 4.3.6 Trang công cụ 64 4.3.6.1 Trang tích hợp cơng cụ để tìm kiếm SSR 64 Phần Kết luận đề nghị 65 5.1 Kết luận 65 5.2 Đề nghị 65 Phần Tài liệu tham khảo 66 ix LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH SÁCH CÁC HÌNH Hình Trang Hình 1 Định nghĩa bioinformatics mở rộng Hình Tìm hiểu nguồn gốc dựa vào Microsatellite Hình Các giống dứa Natal Queen - Red Spanish – Cayenne 11 Hình 2 Sơ đồ hệ quản trị sở liệu 22 Hình So sánh sở liệu quan hệ hệ tập tin theo lối cũ 25 Hình Tương tác Perl script-DBI-DBD-và RBDMS 30 Hình Tương quan NCBI, NLM (National Library of Medicine NIH) 32 Hình Sơ đồ tóm tắt q trình thu nhận trình tự SSR Steven Schroeder 38 Hình Kết thiết kế mồi cuối Steven Schroeder 39 Hình 3 Sơ đồ tóm tắt q trình thu nhận trình tự từ NCBI 40 Hình Sơ đồ tóm tắt q trình thu nhận trình tự microsatellite 41 Hình Nội dung tập tin “sequence31052006.txt” để thu nhận SSR 42 Hình Nội dung tập tin “ssrout31052006.txt” 42 Hình Nội dung tập tin “labdbout31052006.txt” 43 Hình Nội dung tập tin “new_ids31052006.txt” 44 Hình Sơ đồ trình tự nhập liệu vào bảng 47 Hình 10 Trang web mẫu trình tự microsatellite 48 Hình Nội dung mẫu tin Ananas comosus NCBI 50 Hình Mơ hình quan hệ bảng 57 Hình Sơ đồ cấu trúc trang web 59 Hình 4 Nội dung trang thông tin microsatellite 60 Hình Nội dung trang thông tin Ananas comosus 61 Hình Trang sở liệu ESTs 61 Hình Trang sở liệu SSRs (All) 62 Hình Trang sở liệu SSRs chọn lọc theo “Motif Length Group ID” 63 Hình Trang web tìm kiếm trình tự microsatellite 64 x LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 57 Loại microsatellite Motif CTACTACTA CTGCTGCTG Số lƣợng 1 17 1 Tổng số nonamer: ACACACACAC AGAGAGAGAG CTCTCTCTCT GAGAGAGAGA TCTCTCTCTC Decamer Tổng số decamer: CTCATTGTTGTT CTCTCTCTCTCT Dodecamer Tỉ lệ Tổng số dodecamer: 2/986 1/986 5/986 1/986 1/986 6/986 1/986 8/986 17/986 1/986 1/986 2/986 Qua kết đoạn microsatellite tìm chúng tơi nhận thấy trình tự dứa có nhiều trình tự microsatellite đa dạng Trong trình tự có hay nhiều trình tự microsatellite thuộc loại motif khác Ví dụ Accession Number DT335775 có trình tự microsatellite Bảng 4 Ví dụ nhiều đoạn microsatellite trình tự Mã đoạn SSR SSR0980 Phiên SSR DT335775.1a Nhóm lặp lại Trimer SSR0981 DT335775.1b Dimer Motif GGA TA Số lần lặp lại Trình tự SSR GGAGGAGGAGGAGGA TATATATATATA Qua bảng 4.2, có loại microsatellites trình tự nên phục vụ nhiều cơng tác nghiên cứu khác trình tự 4.2.3 Mơ hình quan hệ (Relationships) Hình Mơ hình quan hệ bảng LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 58 1: đặt khóa quan hệ đầu thành khóa ngoại quan hệ đầu , hiểu theo quan hệ nhiều Các quan hệ bảng đáp ứng tính chặt chẽ sở liệu, quan hệ – nhiều bảo đảm cho tính tồn liệu Nếu khóa khơng có chứa thơng tin khơng thể có thơng tin khóa ngoại, tránh trường hợp liệu bị nhập sai sót khóa ngoại Như trường hợp khơng có mã số truy cập GenbankACC (là khóa chính) bảng tblGenbank khơng có trình tự micorsatellite mã số (là khóa ngoại) bảng tblSSR mã GenbankACC có nhiều trình tự SSRs (được trình bày bảng 4.2) Tương tự trường hợp khác tạo nên thống sở liệu, tránh việc dư thừa trùng lắp liệu Tuy nhiên nhập liệu CSDL sinh học khác với sở liệu bình thường (khác mã số nhân viên trùng tên, đặc điểm riêng), CSDL sinh học khơng nên có trường hợp trùng lắp vậy, nên cần thiết lập bẫy lỗi để hạn chế việc Thí dụ bảng: Bảng liệu tblSSR, trường hợp trùng lắp mã SSR không xảy khóa chính, có trường hợp khác mã SSR trùng mã truy cập, loại motif,… đặc biệt vị trí bắt đầu (khơng thể có trường hợp trùng vị trí bắt đầu trình tự microsatellite mã số truy cập genbank khác mã số SSR) Bảng tblStrain khác mã giống cần hạn chế trường hợp trùng tên giống Để giảm bớt trùng lắp chúng tơi thêm vào thuộc tính (Unique) số trường hợp để hạn chế việc dư thừa liệu nhập tay LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 59 4.3 Trang web thể thông tin sở liệu SSRs Ananas comosus Cấu trúc trang web thể hình 4.3 SSRs DATABASE WEB PAGE HOME PAGE ABOUT SSRs PAGE Ananas comosus PAGE ESTs PAGE SSRs PAGE TOOLS PAGE ALL ABOUT US FIND SSR SEARCH MOTIF LENGTH GROUP Hình Sơ đồ cấu trúc trang web LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 60 4.3.1 Trang chủ (HOME PAGE)  Nội dung trang web: Gồm lựa chọn để liên kết đến trang web chứa thông tin sở liệu khác 4.3.2 Trang thông tin microsatellite (ABOUT SSRs PAGE)  Nội dung trang web: Giới thiệu chung phương pháp microsatellite  Hình thức thể hiện: Hình 4 Nội dung trang thông tin microsatellite 4.3.3 Trang thông tin Ananas comosus (Ananas comosus PAGE)  Nội dung trang web: Giới thiệu cách tổng quát dứa Ananas comosus, gồm: Hoa Trái Thân cành Lá Điều kiện trồng trọt  Hình thức thể hiện: hình 4.5 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 61 Hình Nội dung trang thông tin Ananas comosus 4.3.4 Trang sở liệu ESTs (ESTs PAGE)  Nội dung trang web: Chứa sở liệu thông tin chi tiết trình tự dứa Ananas comosus lấy sở liệu NCBI  Hình thức thể hiện: Hình Trang sở liệu ESTs LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 62 4.3.5 Trang sở liệu SSRs (SSRs PAGE)  Nội dung trang web: Chứa sở liệu trình tự microsatellite dứa Ananas comosus gồm có: Thể tất sở liệu SSRs (All): loại SSRs thể hiện, không phân loại Hình thức thể hiện: Hình Trang sở liệu SSRs (All) Tìm kiếm trình tự cần thiết: Tìm kiếm theo “MotifLengthGroup”: Khi người dùng quan tâm đến nhóm microsatellite nào, chọn motif, đoạn trình tự SSR cần thiết liên quan đến nhóm đó, mã số truy nhập thơng tin CSDL NCBI Bảng Các nhóm Motif sở liệu Motif Length Group ID MO02 MO03 MO04 MO05 MO06 MO07 Motif Length Group Dimer Trimer Tetramer Pentamer Hexamer Heptamer Description Dinucleotide SSR Trinucleotide SSR Tetranucleotide SSR Pentanucleotide SSR Hexanucleotide SSR Heptanucleotide SSR LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 63 MO08 MO09 MO10 MO12 Octamer Nonamer Decamer Dodecamer Octanucleotide SSR Nonanucleotide SSR Decanucleotide SSR Dodecamer SSR Hình thức thể hiện: Hình Trang sở liệu SSRs chọn lọc theo “Motif Length Group ID” MO04  Các trang web có giao diện thân thiện, dễ sử dụng, có đầy đủ thông tin dứa Ananas comosus, phương pháp microsatellite (SSR - Simple Sequence Repeats) CSDL chứa đầy đủ thơng tin trình tự nên dễ tìm kiếm theo loại SSR, mã số truy cập nên việc chia sẻ thông tin với người dùng thực thi nhanh LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 64 4.3.6 Trang công cụ 4.3.6.1 Trang tích hợp cơng cụ để tìm kiếm SSR Dùng để tìm trình tự microsatellite từ trình tự hay upload file định dạng FASTA, kết hiển thị kết đoạn SSR tìm Hình Trang web tìm kiếm trình tự microsatellite LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 65 Phần KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1 Kết luận Chúng tải 5656 trình tự Ananas comosus có 4102 trình tự giống Smooth Cayenne từ ESTs NCBI Sau chạy dò microsatellite thu 986 trình tự SSRs Cơ sở liệu có 4102 trình tự ESTs 986 trình tự SSRs tích hợp vào trang web Trang Web sở liệu gồm có trang chính, HOME, Ananas comosus, ABOUT SSRs, ESTs, SSRs, TOOLS, ABOUT US, Other Links Ngoài ra, từ trang web cịn kết nối đến trang phụ khác để cung cấp tiện ích cho người dùng Từ trang web này, người sử dụng truy xuất thơng tin 5.2 Đề nghị  Thu thập sở liệu nhiều giống Ananas comosus sở liệu NCBI có giống Smooth Cayenne làm cho sở liệu thêm phong phú  Cần thiết lập thêm bẫy lỗi trình bày phần 4.1.4 để đảm bảo việc hạn chế trùng lắp liệu không cần thiết nhập  Xây dựng nhiều trang web chứa thông tin tìm kiếm cơng cụ (thiết kế primer, enzyme cắt giới hạn, xây dựng mơ hình cấu trúc,…) phục vụ cho việc khai thác thông tin ứng dụng khác  Tiến hành thiết kế mồi chung phục vụ cho phản ứng PCR phân biệt loài họ họ thông qua trang web thiết kế primer trực tuyến Internet GeneFisher, Primer3,… Hay xây dựng trang web chứa công cụ phục vụ cho thiết kế primer GPRIME, Primer3,…kết hợp với ngôn ngữ lập trình Perl LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 66 Phần TÀI LIỆU THAM KHẢO TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT Giáo trình CƠ SỞ DỮ LIỆU Bộ môn sở liệu Trường cao đẳng Công Nghiệp Nguyễn Thị Phương Dung, 2005 Xây dựng phương pháp nhận diện phân tích tính đa dạng di truyền 21 dòng cacao (theobroma cacao l.) kỹ thuật Microsatellite Khóa luận tốt ngiệp Ngành Cơng nghệ sinh học, Đại học Nơng lâm TP Hồ Chí Minh Nguyễn Minh Đạo, 2002 MS-Access 2000 Trường đại học Sư Phạm Kỹ Thuật, khoa Công Nghệ Thông Tin Nguyễn Thị Lang – Bùi Chí Bửu, 2005 Sinh học phân tử Giới thiệu phương pháp ứng dụng Nhà xuất nông nghiệp TP HCM Bùi Huy Quỳnh, 2002 Front Page 2000 Trường đại học Sư Phạm Kỹ Thuật, khoa Công Nghệ Thông Tin Nguyễn Trường Sinh – Lê Minh Hoàng – Hoàng Đức Hải, 2003 Thực hành JavaScript (cho web) Nhà xuất Thống Kê Nguyễn Văn Thái, 2005 Xây dựng sở liệu hai gene Hsp-70 Reverse Transcripte-Rnaseh số loài virus thực vật Khóa luận tốt ngiệp Ngành Cơng nghệ sinh học, Đại học Nơng lâm TP Hồ Chí Minh Nguyễn Kỳ Trung – Lê Thành Trung, 2005 Thu thập tổ chức liệu gene phục vụ nghiên cứu trồng biến đổi di truyền Khóa luận tốt ngiệp Ngành Công nghệ sinh học, Đại học Nông lâm TP Hồ Chí Minh Trần Thế Tục – Vũ Mạnh Hải, 2001 Kỹ thuật trồng dứa Nhà xuất nơng nghiệp Hà Nội TÀI LIỆU NƢỚC NGỒI 10 Acquadro A., Lee D., Donini P., Portis E., Comino C., Saba E., Lanteri S., 2003 Microsatellite Amplified Library (MAL): an alternative approach for STMS isolation Bologna – Italy 11 Edward F Gilman, 1999 Ananas comosus University of Florida LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 67 12 K.D Scott, Microsatellites Derived from ESTs and their Comparison with those Derived by Other Methods Centre for Plant Conservation Genetics, Southern Cross University, Lismore, Australia 13 Ramesh V Kantety, Mauricio La Rota, David E Matthews and Mark E Sorrells, 2002 Data mining for simple sequence repeats in expressed sequence tags from barley, maize, rice, sorghum and wheat Kluwer Academic Publishers 14 Win Hide, Rob Miller, Andrey Ptitsyn, Janet Kelso, Chellapa Gopallakrishnan and Alan Christoffels, 1999 EST Clustering Tutorial TÀI LIỆU TỪ CÁC TRANG WEB: 15 < http://210.212.212.7:9999/PHP/SILKSAT/index.php?f=protocol_ssr > 16 < http://bioinfo.agri.gov.il > 17 < http://history.perl.org > 18 < http://vi.wikipedia.org/wiki/FASTA > 19 < http://vi.wikipedia.org/wiki/Họ_Dứa > 20 < http://www.agu.edu.vn > 21 < http://www.fsl.orst.edu/tgerc/PCRCourse/lecture_2.htm > 22 < http://www.maizemap.org/bioinformatics/SSRFINDER/ > 23 < http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/est.html > 24 < http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/download.shtml > 25 < http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml > 26 < http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/full_options.html > 27 < http://www.ncl-india.org/ssr/ssr.htm > 28 < http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www_results.cgi > 29 < http://www.tc.cornell.edu/WBA/ > LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 68 PHỤ LỤC  Một số hình ảnh trang web CSDL microsatellite Ananas comosus Trang About Us Trang Other Link LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 69 Ví dụ đoạn SSR dùng để thiết kế mồi: Lấy đoạn SSR trường “Short Sequence” CSDL SSR >DV190753 CACTTGGAGGAGCTAGGGTTAGCTGGGTGCAGTAACATAACTGATTCTGGCCTCTCTGTGCTTGCGGACGG GTGCCGCCACATCAGATTCCTGGATCTCAGTAAATGCTCCAAGATTGGTGATATTGGGGTCTCTAAAATTG CGGAAGCC[TCTTCTTCTTCT]TTAACTTCACTTAAAATTTTAGATTGCTTCAATGCCGGTGACACATCCA TCTTCTCTTTGGCCAAGTCCTGCCCTAACCTGGAAACCCTAGTAATCGGCGGCTGCCGTGATATCACCGAC GAGTCCATAGAAACCCTGTCGGTCGCTTGT Vào trang web http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www_results.cgi LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 70 Sau thiết kế primer chúng tơi kết quả: Primer3 Output PRIMER DV190753 No mispriming library specified Using 1-based sequence positions OLIGO start len tm gc% any 77 20 59.89 50.00 5.00 3.00 GCCACATCAGATTCCTGGAT 228 20 59.81 50.00 8.00 0.00 CTTGGCCAAAGAGAAGATGG LEFT PRIMER RIGHT PRIMER 3' seq SEQUENCE SIZE: 312 INCLUDED REGION SIZE: 312 PRODUCT SIZE: 152, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00 TARGETS (start, len)*: 151,12 CACTTGGAGGAGCTAGGGTTAGCTGGGTGCAGTAACATAACTGATTCTGGCCTCTCTGTG 61 CTTGCGGACGGGTGCCGCCACATCAGATTCCTGGATCTCAGTAAATGCTCCAAGATTGGT >>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 121 GATATTGGGGTCTCTAAAATTGCGGAAGCCTCTTCTTCTTCTTTAACTTCACTTAAAATT ************ 181 TTAGATTGCTTCAATGCCGGTGACACATCCATCTTCTCTTTGGCCAAGTCCTGCCCTAAC