Sử dụng tinh đã phân tách (sorted semen) để tạo phôi bò in vitro xác định trước giới tính

SỞ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ TÍNH TỐN BÁO CÁO TỔNG KẾT (Bản tóm tắt) LIÊN KẾT GIỮA CÁC DẪN XUẤT CỦA GLYCOACRIDINE VÀ PEPYID LVEALYL VỚI INSULIN Cơ quan chủ trì: Viện Khoa học Cơng nghệ Tính tốn Chủ nhiệm đề tài: GS Mai Xuân Lý TP HỒ CHÍ MINH, THÁNG 06/2016 SỞ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ TÍNH TỐN BÁO CÁO TỔNG KẾT (Bản tóm tắt) LIÊN KẾT GIỮA CÁC DẪN XUẤT CỦA GLYCOACRIDINE VÀ PEPYID LVEALYL VỚI INSULIN Viện Trưởng Đơn vị thực hiện: PTN Khoa học Sự sống Chủ nhiệm đề tài Nguyễn Kỳ Phùng Mai Xuân Lý TP HỒ CHÍ MINH, THÁNG 06/2016 I THÔNG TIN CHUNG Tên đề tài: Liên kết dẫn xuất Glyco – Acridine peptid Lvealyl với Insulin Chủ nhiệm đề tài: GS Mai Xuân Lý Cơ quan chủ trì: Viện Khoa học Cơng nghệ Tính toán Thời gian thực hiện: 12 tháng (08/2013 – 08/2014) Kinh phí duyệt: 599.000.000 đồng II NỘI DUNG BÁO CÁO TỔNG KẾT Mục tiêu nghiên cứu Cơ chế glyco-acridine liên kết với lysozyme insulin hiểu rõ mức độ nguyên tử Dự đoán hướng phát triển cho việc thiết kế loại thuốc chống lại ngưng tụ protein từ glyco-acridine Đặc biệt việc ngăn chặn trình tạo sợi insulin giúp việc lưu trữ an tồn điều trị bệnh Parkinson tốt Chúng nhận phụ thuộc vào độ pH cấu trúc sợi peptid ngắn Các kết nghiên cứu phổ biến rộng rãi tạp chí khoa học, áp phích hội nghịvà báo cáo mời buổi thuyết trình chun đề Đề án động lực cho Viện Khoa học cơng nghệ tính tốn (ICST) tiên phong nghiên cứu lĩnh vực mô sinh học phân tử Đề tài mang lại hỗtrợ cần thiết cho công tác nghiên cứu nghiên cứu viên làm việc ICST lĩnh vực khoa học sống Nội dung phương pháp nghiên cứu Cấu trúc phối tử thụ thể Cấu trúc 10 glyco-acridine cung cấp Giáo sư Z Gazowa từ Slovakia (xem Bảng Phụ lục) Mã số peptide LVEALYL ngân hàng protein (PDB ID: 3HYD) sử dụng cấu trúc insulin pH 2.1 (PDB ID: 1GUJ) để mô Cấu trúc dimer insulin lấy từ PDB Kết docking tốt phức dimer insulin với glyco acridine insulin-LVEALYL trình bày hình 1B 1C Phương pháp Docking Chúng sửdụng AutodockTools 1.5.4 [16] đểtạo tập tin PDBQT cho insulin phối tử Các tập tin PDBQT sử dụng làm đầu vào cho Autodock Vina phiên 1.1 [17] chương trình cho hiệu quảhơn Autodock 4, đểdock phối tử khác vào lysozyme Một phiên chỉnh sửa trường lực CHARMM sử dụng [18] để mô tả tương tác nguyên tử Phương pháp PM6-DH+ Phương pháp docking bỏ qua tính động học thụ thể khơng thể tính sựbiến đổi lượng sựthay đổi cấu trúc phối tửtrong trình docking Ngồi ra, khơng thể mơ hiệu ứng lượng tử quan trọng truyền điện tích thụ thể phối tử, thay đổi điện tích nguyên tử phối tử liên kết, hình thành liên kết X-H với nối π(X = O, N) Để khắc phục thiếu sót sử dụng phương pháp học lượng tử có độ xác cao HF, DFT… Nhưng chúng u cầu thời gian tính tốn lớn hệ nhỏ Trong trường hợp này, biện pháp hợp lý sử dụng phương pháp học lượng tử bán thực nghiệm PM6 [19] phương pháp cho có đủ độ xác u cầu tính tốn khơng cao Chúng sử dụng PM6-DH +, phiên cải tiến gần phương pháp [19], đểchạy tối ưu hóa cấu trúc chấm điểm lại cho cấu trúc thu từ docking Phương pháp diện tích bề mặt-Poisson-Boltzmann (MM-PBSA) cho học phân tử Phương pháp docking khơng xác bỏ qua động học thụ thể, nên sử dụng phương pháp MM-PBSA [20] để tính lượng liên kết tự hệ Trong mô động học phân tửall-atom trường lực AMBER99SB [21] mơ hình nước TIP3P sử dụng gần chúng tơi nhận thấy trường lực mơ hình nước sựlựa chọn tốt [22] Kết nghiên cứu STT STT Nội dung nghiên cứu (đã đăng ký theo hợp đồng NCKH) Tổng quan Năng lượng liên kết tự Lvealyl với Insulin Ái lực liên kết glycolacridine với Insulin Báo cáo tổng kết (tổng quan, mơ tả q trình mơ máy tính, kết phân tích liệu) Nội dung thực Tên sản phầm (đã đăng ký theo hợp đồng NCKH) Đăng 02 báo khoa học quốc tế nằm nội dung nghiên cứu liên kết dẫn xuất Glycoacrdine peptid LVEALYL với Insulin Nội dung thực 100% 100% 100% 100% 100% Báo cáo tổng hợp (Tổng quan, mơ tả q trình mơ phỏng, kết phân tích, biện luận tổng quan, mơ tả thí nghiệm mô phỏng, kết quả, phân 100% Công tác đào tạo/nâng cao chuyên môn khoa học - Nghiên cứu sinh Ngô Sơn Tùng du học 12 tháng (31/7/2014-31/7/2015) Viện Vật Lý, Viện Hàn Lâm Ba Lan Đề tài nghiên cứu “Tìm kiếm hợp chất tìm điều trị bệnh Alzheimer's” với hướng dẫn giáo sư Mai Suan Li - Nguyễn Trung Tín theo học chuong trình thạc sĩ Đại học Bách khoa, TP HCM - Nguyễn Trường Cơ theo học chuong trình thạc sĩ Đại học Bách khoa, TP HCM - Nguyễn Hoàng Linh theo học chuong trình thạc sĩ Đại học Khoa học Tự nhiên, TP HCM Kết luận – kiến nghị Các kết cần thiết để hiểu dẫn xuất glycol-acridine chất ức chế tiềm cho kết tụ insulin vai trị pH việc hình thành cấu trúc dạng sợi nhỏ Việc phát chất ức chế cho bệnh liên quan đến kết tụ protein HIV nâng cao chất lượng sống cộng đồng  ... docking tốt phức dimer insulin với glyco acridine insulin-LVEALYL trình bày hình 1B 1C Phương pháp Docking Chúng s? ?dụng AutodockTools 1.5.4 [16] đ? ?tạo tập tin PDBQT cho insulin phối tử Các tập tin... glyco-acridine cung cấp Giáo sư Z Gazowa từ Slovakia (xem Bảng Phụ lục) Mã số peptide LVEALYL ngân hàng protein (PDB ID: 3HYD) sử dụng cấu trúc insulin pH 2.1 (PDB ID: 1GUJ) để mô Cấu trúc dimer insulin... PDBQT sử dụng làm đầu vào cho Autodock Vina phiên 1.1 [17] chương trình cho hiệu quảhơn Autodock 4, đểdock phối tử khác vào lysozyme Một phiên chỉnh sửa trường lực CHARMM sử dụng [18] để mô tả