Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn trong môi trường nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng bằng kỹ thuật metagenomics và định hướng ứng dụng

Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn trong môi trường nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng bằng kỹ thuật metagenomics và định hướng ứng dụng.Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn trong môi trường nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng bằng kỹ thuật metagenomics và định hướng ứng dụng.Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn trong môi trường nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng bằng kỹ thuật metagenomics và định hướng ứng dụng.Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn trong môi trường nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng bằng kỹ thuật metagenomics và định hướng ứng dụng.Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn trong môi trường nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng bằng kỹ thuật metagenomics và định hướng ứng dụng.Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn trong môi trường nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng bằng kỹ thuật metagenomics và định hướng ứng dụng.Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn trong môi trường nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng bằng kỹ thuật metagenomics và định hướng ứng dụng.Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn trong môi trường nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng bằng kỹ thuật metagenomics và định hướng ứng dụng.Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn trong môi trường nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng bằng kỹ thuật metagenomics và định hướng ứng dụng.Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn trong môi trường nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng bằng kỹ thuật metagenomics và định hướng ứng dụng.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ *** LÊ HOÀNG ĐỨC NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG HỆ VI KHUẨN TRONG MÔI TRƯỜNG NUÔI TÔM SÚ, TÔM THẺ CHÂN TRẮNG BẰNG KỸ THUẬT METAGENOMICS VÀ ĐỊNH HƯỚNG ỨNG DỤNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội - 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ *** LÊ HOÀNG ĐỨC NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG HỆ VI KHUẨN TRONG MÔI TRƯỜNG NUÔI TÔM SÚ, TÔM THẺ CHÂN TRẮNG BẰNG KỸ THUẬT METAGENOMICS VÀ ĐỊNH HƯỚNG ỨNG DỤNG Chuyên ngành : Công nghệ sinh học Mã số : 42 02 01 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: GS TS Chu Hoàng Hà Hà Nội - 2022 i LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan: Đây cơng trình nghiên cứu riêng tôi, hướng dẫn GS TS Chu Hoàng Hà số kết cộng tác với cộng khác; Các số liệu kết trình bày luận án trung thực, phần cơng bố tạp chí khoa học chuyên ngành với cho phép đồng tác giả; Phần cịn lại chưa cơng bố cơng trình khác Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Tác giả Lê Hoàng Đức ii LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới GS TS Chu Hồng Hà, Giám đốc Phịng thí nghiệm trọng điểm Công nghệ gen, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam - người thầy định hướng, truyền dạy kiến thức khoa học giúp đỡ vượt qua trở ngại khó khăn suốt thời gian thực luận án Tôi chân thành cảm ơn Ban Lãnh đạo Viện Cơng nghệ sinh học, phịng thí nghiệm trọng điểm Công nghệ gen, ThS Bùi Thị Hải Hà, chuyên viên phụ trách đào tạo, Viện Công nghệ sinh học Viện Cơng nghệ sinh học, Ban Lãnh đạo Phịng đào tạo Học viện Khoa học Công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam tạo điều kiện thuận lợi sở vật chất giúp tơi hồn thành thủ tục cần thiết trình làm nghiên cứu Trong trình viết luận án nhận giúp đỡ, bảo tận tình TS Nguyễn Trung Nam Ngồi nhận giúp đỡ TS Trần Trung Thành Nhân dịp này, xin chân thành cảm ơn tất giúp đỡ quý báu Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới PGS TS Detmer Sipkema – Trường đại học Wageningen, Hà Lan PGS TS Đặng Thị Hoàng Oanh – Khoa Thủy sản Trường Đại học Cần Thơ, giúp đỡ trình thu mẫu thử nghiệm động vật thực nghiệm, phân tích liệu Luận án thực khuôn khổ Đề tài độc lập cấp Nhà nước “Nghiên cứu metagenome vi sinh vật đầm ni tơm, góp phần tạo sở khoa học để phát triển nghề nuôi tôm Việt Nam” (mã số ĐTĐLCN.16/14) GS TS Chu Hoàng Hà làm chủ nhiệm Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn đến gia đình, bạn bè người thân bên cạnh chia sẻ, động viên, giúp đỡ tạo điều kiện tốt cho học tập, nghiên cứu hồn thành luận án Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Tác giả Lê Hoàng Đức iii MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa Lời cam đoan……………………………………………………………………… i Lời cảm ơn ……………………………………………………………………… ii Mục lục…………………………………………………………………………… iii Danh mục ký hiệu, từ viết tắt……………………………………………… vi Danh mục bảng……………………………………………………………… viii Danh mục hình vẽ, đồ thị……………………………………………………… ix MỞ ĐẦU………………………………………………………………………… Chương I TỔNG QUAN TÀI LIỆU………………………………………… 1.1 Tình hình ni tơm nước lợ Việt Nam vai trò hệ vi sinh vật môi trường đường ruột tôm…………………… 1.1.1 Vai trị ngành ni tơm phát triển kinh tế đất nước … 1.1.2 Hệ vi sinh vật môi trường đường ruột tôm ………… 1.1.3 Một số bệnh vi sinh vật gây tôm Việt Nam…………… 1.2 Probiotics ứng dụng nuôi tôm…………………………… 13 1.2.1 Định nghĩa probiotics ………………………………………………… 13 1.2.2 Một số chế tác động probiotics tôm nuôi…………… 14 1.3 Kỹ thuật metagenomics ứng dụng nghiên cứu đa dạng hệ vi sinh vật ao nuôi tôm……………………………………… 20 1.3.1 Định nghĩa kỹ thuật metagenomics……………………………… 20 1.3.2 Nền tảng kỹ thuật metagenomics……………………………… 22 1.3.3 Nghiên cứu metagenome dựa giải trình tự gen 16S rRNA…… 24 1.3.4 Nghiên cứu metagenome dựa giải trình tự shotgun………… 29 1.4 Ứng dụng kỹ thuật metagenomics nghiên cứu đa dạng vi sinh vật hệ thống nuôi tôm giới Việt Nam………… 31 1.4.1 Các nghiên cứu giới…………………………………………… 31 1.4.2 Các nghiên cứu Việt Nam……………………………………… 34 Chương II VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU…………… 37 iv 2.1 Vật liệu…………………………………………………………… 37 2.1.1 Mẫu vật…………………………………………………………… 37 2.1.2 Các hóa chất, kit sinh phẩm…………………………………… 37 2.1.3 Dụng cụ thiết bị thí nghiệm……………………………… 38 2.1.4 Các loại môi trường……………………………………………… 39 2.2 Phương pháp nghiên cứu………………………………………… 39 2.2.1 Các phương pháp thu mẫu………………………………………… 40 2.2.2 Các phương pháp tách DNA……………………………………… 41 2.2.3 Phương pháp giải phân tích trình tự DNA vùng V3-V4 gen 16S rRNA……………………………………………………………… 41 2.2.4 Phương pháp phân lập làm vi khuẩn Bacillus spp.……… 43 2.2.5 Các phương pháp định danh vi khuẩn Bacillus spp.……………… 2.2.6 Phương pháp tuyển chọn chủng vi khuẩn Bacillus spp.……… 44 2.2.7 Đánh giá khả kháng V parahaemolyticus B subtilis 43 BLD01 bể mơ hình …………………………… 45 2.2.8 Thống kê phân tích số liệu………………………………………… 47 Chương III KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN…………………………………… 48 3.1 Đánh giá đa dạng hệ vi sinh vật ruột tôm số điều kiện nuôi khác sở giải trình tự gen 16S rRNA metagenome 48 3.1.1 Kết tách DNA metagenome…………………………………… 48 3.1.2 Kết xác định trình tự 16S rRNA metagenome………………… 50 3.1.3 Kết phân tích đa dạng hệ vi khuẩn ruột tơm sú khỏe mạnh ruột tơm sú có triệu chứng bệnh…………………………… 3.1.4 51 Kết phân tích đa dạng hệ vi khuẩn nước ao nuôi tôm sú khỏe mạnh nước ao ni tơm sú có triệu chứng bệnh…………… 55 3.1.5 Kết phân tích đa dạng hệ vi khuẩn đất ao nuôi tôm sú khỏe mạnh đất ao ni tơm sú có triệu chứng bệnh …………… 3.1.6 61 Kết phân tích đa dạng hệ vi khuẩn ruột tôm thẻ chân trắng khỏe mạnh ruột tơm thẻ chân trắng có triệu chứng bệnh… 64 v 3.1.7 Kết phân tích đa dạng hệ vi khuẩn nước ao nuôi tôm thẻ khỏe chân trắng mạnh nước ao nuôi tôm thẻ chân trắng có triệu chứng bệnh 69 3.1.8 Kết phân tích đa dạng hệ vi khuẩn đất ao ni tôm thẻ chân trắng khỏe mạnh đất ao nuôi tơm thẻ chân trắng có triệu chứng bệnh………………………………………………………………… 72 3.2 Kết phân lập đánh giá đặc điểm chủng vi khuẩn Bacillus spp.…………………………………………………… … 77 3.2.1 Kết phân lập chủng Bacillus spp ………………………… 77 3.2.2 Kết phân tích đặc điểm sinh học chủng phân lập…… 3.2.3 Kết phân tích trình tự gen 16S rRNA chủng phân lập 83 3.3 Kết đánh giá ảnh hưởng Bacillus subtilis BLD01 tới tôm thẻ chân trắng cảm nhiễm với V parahaemolyticus CT01……… 3.3.1 79 85 Ảnh hưởng Bacillus subtilis BLD01 đến tỉ lệ sống tôm thẻ chân trắng cảm nhiễm với V parahaemolyticus CT01………………………… 3.3.2 85 Ảnh hưởng Bacillus subtilis BLD01 đến hệ vi khuẩn đường ruột tôm thẻ chân trắng cảm nhiễm với V parahaemolyticus CT01…………… 88 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ…………………………………………………… 94 KẾT LUẬN…………………………………………………………… 94 KIẾN NGHỊ…………………………………………………………… 96 DANH MỤC CƠNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ………………………………… 97 TÀI LIỆU THAM KHẢO……………………………………………………… PHỤ LỤC 98 vi DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT Tên viết tắt AHPND Tên tiếng Anh Acute hepatopancreatic Tên tiếng Việt Bệnh hoại tử gan tụy cấp necrosis disease BLAST Basic Local Alignment Search Cơng cụ tìm kiếm đối chiếu Tool nội BOD Biological oxygen demand Nhu cầu oxy sinh học bp Base pair Cặp base CFU Colony forming unit Đơn vị hình thành khuẩn lạc CMC Carboxymethyl cellulose Carboxymethyl cellulose CSDL Cơ sở liệu COD Chemical oxygen demand Nhu cầu oxy hóa học DGGE Denaturing gradient gel Điện di gel dải nồng độ biến electrophoresis tính DNA Deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic dNTP Deoxynucleoside triphosphate Deoxynucleoside triphosphate EDTA Ethylenediaminetetraacetic Axit acid Ethylenediaminetetraacetic EHP Enterocytozoon hepatopenaei Vi bào tử trùng EMS Early mortality syndromy Hội chứng chết sớm GPS Global positioning system Hệ thống định vị toàn cầu ITS Internal transcribed spacer Vùng đệm mã Kb Kilo base Kilo base LB Luria-Betani Môi trường nuôi cấy LB NA Nutrient agar Môi trường thạch dinh dưỡng NB Nutrien broth Môi trường dinh dưỡng NCBI National center for Trung tâm thông tin Công biotechnology information nghệ sinh học Mỹ Next-generation sequencing Giải trình tự hệ NGS vii OD Optical density Mật độ quang học ORF Open reading frame Khung đọc mở WHO World health organization Tổ chức y tế giới WSSV White spot syndrome virus Vi rút gây bệnh đốm trắng PCR Polymerase chain reaction Phản ứng chuỗi polymerase PE Pair-end Read có hai đầu tương đồng pH Hydrogen power Chỉ số đo nồng đồ ion H+, ion OH- dung dịch pirA Photorhabdus insect-related Gen mã hóa độc tố liên toxin – like gene A quan Photorhabdus A Photorhabdus insect-related Gen mã hóa độc tố liên toxin – like gene B quan Photorhabdus B RDP Ribosomal database project Dự án sở liệu ribosome RNA Ribonucleic acid Axit ribonucleic rRNA Ribosomal ribonucleic acid Axit ribonucleic ribosome TAN Total ammonia nitrogen Tổng nồng độ amoniac-nitơ TSS Turbidity and suspendid solids Tổng chất rắn lơ lửng pirB viii DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 Bảng 2.1 Diện tích sản lượng nuôi tôm nước lợ giai đoạn 2010-2020 Thơng tin vị trí thu mẫu…………………………………… 37 Bảng 2.2 Trình tự cặp mồi PCR khuếch đại vùng V3-V4 toàn gen 16S rRNA 38 Bảng 3.1 Bảng 3.2 Kết đo nồng độ độ tinh mẫu DNA 49 Các liệu giải trình tự vùng V3-V4 gen 16S rRNA ………… 50 Bảng 3.3 Số lượng trình tự số đa dạng phân tích ruột tơm sú khỏe mạnh ruột tơm sú có triệu chứng bệnh…………… 51 Bảng 3.4 Số lượng trình tự số đa dạng phân tích nước ao ni tơm sú khỏe mạnh nước ao ni tơm sú có triệu Bảng 3.5 Bảng 3.6 Bảng 3.7 Bảng 3.8 Bảng 3.9 Bảng 3.10 Bảng 3.11 chứng bệnh …………………………………………… 55 Số lượng trình tự số đa dạng phân tích đất ao ni tơm sú khỏe mạnh đất ao ni tơm sú có triệu chứng bệnh…… 62 Số lượng trình tự số đa dạng phân tích ruột tơm thẻ chân trắng khỏe mạnh ruột tơm thẻ chân trắng có triệu chứng bệnh………………………………………… Số lượng trình tự số đa dạng phân tích nước ao ni tơm thẻ chân trắng khỏe mạnh nước ao nuôi tôm thẻ chân trắng có triệu chứng bệnh……………………………… Số lượng trình tự số đa dạng phân tích đất ao nuôi tôm thẻ chân trắng khỏe mạnh đất ao ni tơm thẻ chân trắng có triệu chứng bệnh……………………………………… Hình thái 20 chủng Bacillus spp phân lập được…………… Đặc tính sinh lý sinh hóa chủng Bacillus spp thử KIT API 50 CHB ……………………………………………… Số lượng trình tự số đa dạng cơng thức thí nghiệm 64 70 73 78 80 88 112 123 R.C Edgar, B.J Haas, J.C Clemente, C Quince, R Knight, UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection Bioinformatics, 2011, 27(16), 2194-2200 124 T.Z DeSantis, P Hugenholtz, N Larsen, M Rojas, E.L Brodie, K Keller, T Huber, D Dalevi, P Hu, G.L Andersen, Greengenes, a chimera-checked 16S rDNA gene database and workbench compatible with ARB Appl Environ Microbiol., 2006, 72(7), 5069-5072 125 Q Wang, G.M Garrity, J.M Tiedje, J.R Cole, Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rDNA sequences into the new bacterial taxonomy Appl Environ Microbiol., 2007, 73(16), 5261-5267 126 X.T Le, D.T Pham, T.A Pham, T.T Tran, T.H Khuat, H.Q Le, Exploration of genetic diversity of Bacillus spp from industrial shrimp ponds in Vietnam by multi-locus sequence typing Fish Aquatic Sci., 2019, 22(1), 17 127 T.A Hall, BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT Nucl Acids Symp Ser., 1999, 41, 95–98 128 S Kumar, G Stecher, M Li, C Knyaz, K Tamura, MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Across Computing Platforms Mol Biol Evol., 2018, 35(6), 1547-1549 129 X.F Liu, Y Li, J.R Li, L.Y Cai, X.X Li, J.R Chen, S.X Lyu, Isolation and characterisation of Bacillus spp antagonistic to Vibrio parahaemolyticus for use as probiotics in aquaculture World J Microbiol Biotechnol., 2015, 31(5), 795-803 130 W Rungrassamee, S Maibunkaew, N Karoonuthaisiri, P Jiravanichpaisal, Application of bacterial lipopolysaccharide to improve survival of the black tiger shrimp after Vibrio harveyi exposure Dev Comp Immunol., 2013, 257– 262 131 Y Wang, T Fujii, Evaluation of methods of determining humic acids in nucleic acid samples for molecular biological analysis Biosci Biotechnol Biochem., 2011, 75(2), 355-357 113 132 T.O Delmont, P Robe, I Clark, P Simonet, T.M Vogel, Metagenomic comparison of direct and indirect soil DNA extraction J Microbiol Methods, 2011, 86(3), 397-400 133 P Mongkol, P Bunphimpapha, W Rungrassamee, S Arayamethakorn, S Klinbunga, P Menasveta, S Chaiyapechara, Bacterial community composition and distribution in different segments of the gastrointestinal tract of wildcaught adult Penaeus monodon Aquac Res., 2017, 49, 378–392 134 C.N Ariole, T.T Eddo, Effect of an indigenous probiotic (Shewanella algae) isolated from healthy shrimp (Penaeus monodon) intestine on Clarias gariepinus Int J Aquac., 2015, (36), 1-9 135 S Shakibazadeh, C.R.Saad, Hafezieh M., A Christianus, K.M Saleh, K Sijam, A putative probiotic isolated from hatchery reared juvenile Penaeus monodon Iran J Fish Sci., 2012, 11 (4), 849-866 136 M Cámara-Ruiz, M.C Balebona, M.Á Moriñigo, M.Á Esteban, Probiotic Shewanella putrefaciens (SpPdp11) as a Fish Health Modulator: A Review Microorganisms, 2020, 8(12), 1990 137 N Narasimhan, T Ravimanickam, M Sukumaran, R Ravichelvan, R Raviahandran, D Madhavan, Pathogenic bacteria isolated from tiger prawn Penaeus monodon in shrimp culture ponds at east coast of thanjavur district tamil nadu India Int J Biol Sci., 2013, (2), 98-101 138 L Restrepo, C Domínguez-Borbor, L Baja, I Betancourt, J Rodríguez, B Bayot, A Reyes Microbial community characterization of shrimp survivors to AHPND challenge test treated with an effective shrimp probiotic (Vibrio diabolicus), Microbiome, 2021, 9(1), 88 139 W Soonthornchai, W Rungrassamee, N Karoonuthaisiri, P Jarayabhand, S Klinbunga, K Soderhall, P Jiravanichpaisal, Expression of immunerelated genes in the digestive organ of shrimp, Penaeus monodon, after an oral infection by Vibrio harveyi Dev Comp Immunol., 2010, 34 (1), 19-28 114 140 L.V Hooper, M.H Wong, A Thelin, L Hansson, P.G Falk, J.I Gordon, Molecular analysis of commensal host-microbial relationships in the intestine Science, 2001, 291 (5505), 881-884 141 I Sekirov, S.L Russell, L.C Antunes, B.B Finlay, Gut microbiota in health and disease Physiological Reviews, 2010, 90 (3), 859-904 142 F Zhong, J Wu, Y Dai, L Yang, Z Zhang, S Cheng, Q Zhang, Bacterial community analysis by PCR-DGGE and 454-pyrosequencing of horizontal subsurface flow constructed wetlands with front aeration Appl Microbiol Biotechnol., 2015, 99(3), 1499–1512 143 A.P.A Oxley, W Shipton, L Owens, D McKay, Bacterial flora from the gut of the wild and cultured banana prawn, Penaeus merguiensis J Appl Microbiol., 2002, 93 (2), 214–223 144 E Cardona, Y Gueguen, K Magré, B Lorgeoux, D Piquemal, F Pierrat, D Saulnier, Bacterial community characterization of water and intestine of the shrimp Litopenaeus stylirostris in a biofloc system BMC Microbiology, 2016, 16, 157 145 M.A van Kessel, B.E Dutilh, K Neveling, M.P Kwint, J.A Veltman, G Flik, H.J Op den Camp, Pyrosequencing of 16S rRNA gene amplicons to study the microbiota in the gastrointestinal tract of carp (Cyprinus carpio L.) AMB Express, 2011, 1, 41 146 S Wu, G Wang, E.R Angert, W Wang, W Li, H Zou, Composition, Diversity, and Origin of the Bacterial Community in Grass Carp Intestine Plos one, 2012, 7(2), e30440 147 C Ramírez, J Romero, Fine Flounder (Paralichthys adspersus) Microbiome Showed Important Differences between Wild and Reared Specimens Front Microbiol., 2017, 8, 271 148 D Hou, R Zhou, S Zeng, D Wei, X Deng, C Xing, L Yu, Z Deng, H Wang, S Weng, J He, Z Huang, Intestine Bacterial Community Composition of Shrimp Varies Under Low- and High-Salinity Culture Conditions Front Microbiol., 2020, 11, 589164 115 149 K Afra, K Laupland, J Leal, T Lloyd, D Gregson, Incidence, risk factors, and outcomes of Fusobacterium species bacteremia BMC Infect Dis., 2013, 13, 264 150 Y.W Han, A Ikegami, C Rajanna, H.I Kawsar, Y Zhou, M Li, C.X Deng, Identification and characterization of a novel adhesin unique to oral fusobacteria J Bacteriol, 2005, 187(15), 5330–5340 151 G Gibiino, L.R Lopetuso, F Scaldaferri, G Rizzatti, C Binda, A Gasbarrini, Exploring Bacteroidetes: Metabolic key points and immunological tricks of our gut commensals Dig Liver Dis., 2018, 50(7), 635-639 152 K Yang, X Wang, J Xiong, Q Qiu, L Huang, H Zhang, D Zhang, Comparison of the bacterial community structures between healthy and diseased juvenile shrimp (Litopenaeus vannamei) digestive tract J Fish China, 2016, 40(11): 1765–1773 153 F Cornejo-Granados, A.A Lopez-Zavala, L Gallardo-Becerra, A MendozaVargas, F Sánchez, R Vichido, A Ochoa-Leyva, Microbiome of Pacific Whiteleg shrimp reveals differential bacterial community composition between Wild, Aquacultured and AHPND/EMS outbreak conditions Sci Rep., 2017, 7(1), 11783 154 Y Sha, M Liu, B Wang, K Jiang, C Qi, L Wang, Bacterial Population in Intestines of Litopenaeus vannamei Fed Different Probiotics or Probiotic Supernatant J Microbiol Biotechnol., 2016, 26(10), 1736–1745 155 S Haldar, S Chatterjee, N Sugimoto, S Das, N Chowdhury, A Hinenoya, S Yamasaki, Identification of Vibrio campbellii isolated from diseased farmshrimps from south India and establishment of its pathogenic potential in an Artemia model Microbiology, 2011, 157(1), 179–188 156 L Wang, Y Chen, H Huang, Z Huang, H Chen, Z Shao, Isolation and identification of Vibrio campbellii as a bacterial pathogen for luminous vibriosis of Litopenaeus vannamei Aquac Res., 2014, 46(2), 395–404 157 D Aguilera-Rivera, A Prieto-Davo, G Rodriguez-Fuentes, K.S EscalanteHerrera, G Gaxiola, A vibriosis outbreak in the Pacific white shrimp, 116 Litopenaeus vannamei reared in biofloc and clear seawater J Invertebr Pathol., 2019, 167, 107246 158 X.J Zhang, B.L Yan, X.S Bai, K.R Bi, H Gao, G.M Qin, Isolation and Characterization of Vibrio parahaemolyticus and Vibrio rotiferianus Associated with Mass Mortality of Chinese Shrimp (Fenneropenaeus chinensis) J Shellfish Res., 2014, 33(1), 61–68 159 A Prachumwat, P Wechprasit, J Srisala, R Kriangsaksri, T.W Flegel, S Thitamadee, K Sritunyalucksana, Shewanella khirikhana sp nov - a shrimp pathogen isolated from a cultivation pond exhibiting early mortality syndrome Microb Biotechnol., 2020, 13(3), 781-795 160 Z Zhang, Q Deng, L Wan, X Cao, Y Zhou, C Song, Bacterial Communities and Enzymatic Activities in Sediments of Long-Term Fish and Crab Aquaculture Ponds Microorganisms, 2021, 9(3), 501 161 Phạm Thị Tuyết Ngân, Nguyễn Hữu Hiệp, Biến động mật độ vi khuẩn hữu ích ao nuôi tôm sú (Penaeus monodon) thâm canh Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, 2010, 14, 166-176 162 Võ Hồng Phượng, Lê Hồng Phước, Nguyễn Hồng Lộc, Võ Thị Hậu, Nguyễn Thái Hồng Ngọc, Nguyễn Hoàng Tuấn, Lê Thị Bích Thủy, Khảo sát đặc tính đối kháng Bacillus licheniformis (B1) Vibrio parahaemolyticus gây bệnh teo gan tụy cấp tính tơm (AHPND) điều kiện thí nghiệm Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, 2018, Số chuyên đề: Thủy sản, 2, 91100 163 Lê Thị Hải Yến, Nguyễn Đức Hiền, Khảo sát đặc tính probiotic chủng vi khuẩn Bacillus subtilis phân lập tỉnh đồng sông Cửu Long Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, Số chuyên đề: Nông nghiệp, 2016, 2, 2632 164 R Kumar, T.H Ng, H.C Wang, Acute hepatopancreatic necrosis disease in penaeid shrimp Rev Aquac., 2020, 12(3), 1867–1880 165 G Pinoargote, G Flores, K Cooper, S Ravishankar, Effects on survival and bacterial community composition of the aquaculture water and gastrointestinal 117 tract of shrimp (Litopenaeus vannamei) exposed to probiotic treatments after an induced infection of acute hepatopancreatic necrosis disease Aquac Res., 2018, 49(10), 3270-3288 166 Trần Thị Tuyết Hoa, Lê Quốc Việt, Trần Thị Mỹ Duyên, Trần Nguyễn Duy Khoa, Trần Ngọc Hải, Ahn Hyeong Chul, Ảnh hưởng chế độ cho ăn kháng thể lòng đỏ trứng gà lên đáp ứng miễn dịch khả đề kháng bệnh tôm thẻ chân trắng (Penaeus vannamei) Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, 2020, 56 (5B), 193-200 167 T.T.T Hien, C.T Tao, T.T.T Hoa, T.G Huynh, T.L.C Tu, T.N.Hai, D.H Nguyen, S.H Kim, J.W Song, H.T Nhan, P.M Duc, Effects of dietary supplementation with Pro-A on growth performance, feed utilization, immune responses, and intestinal microbiota of whiteleg shrimp (Litopenaeus vannamei) Aquac Rep., 2022, 24, 101125 168 Phạm Thị Tuyết Ngân, Trần Sương Ngọc, Ảnh hưởng Bacillus lên môi trường nuôi tăng trưởng tôm thẻ chân trắng (Littopenaeus vannamei) Tạp chí Khoa học Trường đại học Cần Thơ, 2014, 34, 99-107 PHỤ LỤC 1/PHỤ LỤC Hình P1 Hình ảnh thu mẫu thực địa mẫu tôm sú (A) mẫu tôm thẻ chân trắng (B) Hình P2 Hình ảnh thu mẫu thực địa mẫu đất (A) lọc mẫu nước phục vụ tách DNA metagenome (B) 2/PHỤ LỤC Kết phân tích tiêu mơi trường ao nuôi thu mẫu Các tiêu TAN, TSS, NO-3, TN,… thu chai nhựa Mẫu thu vị trí theo đường chéo ao Các tiêu H2S, DO thu vào chai nút mài nâu DO cố định trường 1mL KI – NaOH mL MnSO4 Tất mẫu ghi cẩn thận trữ lạnh (5,0 mg/L (DO) H2S 0,03 mg/L 3/PHỤ LỤC Kết phân tích dư lượng kháng sinh Florfenicol Oxytetracyline nước ao nuôi tôm Phương pháp chiết tách kháng sinh Oxytetracyline từ mẫu nước Dư lượng kháng sinh Oxytetracyline nước phân tích phương pháp chiết tách pha rắn có sử dụng sóng siêu âm Các bước tiến hành: Trộn L mẫu nước với hỗn hợp chất gồm 10 mL acetonitrile, mL Na2EDTA 0,1M, 10 mL McIlvaine buffer (pH 4), 0,5 g MgSO4, 0,5g NaCl sau ly tâm 3000 rpm 10 phút chuyển phần dịch sang bình tam giác có chứa 40 mg chất hấp thu sơ cấp thứ cấp để loại bỏ tạp chất Mẫu qua sóng siêu âm 15 phút 30oC ly tâm 3000 rpm 10 phút Làm khô phần dịch phía phương pháp hút chân khơng, hịa tan 500µL methanol Lọc phân dịch qua lưới có kích thước 0,22 µm Phương pháp chiết tách kháng sinh Florfenicol từ mẫu nước Dư lượng kháng sinh Florfenicol phân tích phương pháp chiết tách pha rắn: Điều chỉnh nước ao nuôi đạt pH 5,0 – 5,2 acid phosphoric Ly tâm 3000 x g phút Cho phần dịch qua cốt chiết hoạt hóa mL methanol mL nước, sau cho mẫu qua cột với tốc độ dịng mL/phút Rửa cột với mL nước, làm khô hút chân khơng sau hịa tan với 3mL acetonitrile Làm khơ dung dịch 50 – 55oC, hịa tan với 500 µL dung dịch 0,1% acid formic pha methanol 10% Xác định dư lượng kháng sinh Mẫu sau ly trích phân tích dư lượng hệ thống sắc khí siêu hiệu ghép khối phổ (Ultra Performance Liquid Chromatography Tandem Mass spectrometry) với điều kiện cột, hóa chất pha động thích hợp với loại kháng sinh phân tích Oxytetracyline: điều kiện cột C18, μm, kích thước 3,0 x 20 mm với pha động A B methanol acid formic 0,1% Thành phần tỉ lệ (%) pha động Thời gian (phút) Methanol Acid formic 0,1% Tốc độ dòng (mL/phút) 20 80 0,2 2,0 78 22 0,2 3,0 95 0,2 4,0 95 0,2 4,1 20 80 0,2 Florfenicol: điều kiện cột C18, 3,5 μm, kích thước 4,6 x 150 mm, chạy đẳng dòng tốc độ 0,3mL / phút với pha động A B Acetonitrile H2O tỉ lệ 95: Kết phân tích dư lượng loại kháng sinh Florfenicol Oxytetracycline mẫu nước ao nuôi tôm Nồng độ (ppm) Tên mẫu Florfenicol Oxytetracylin Ao (Sóc Trăng) 0,18 (-) Ao (Sóc Trăng) 0,23 (-) Ao (Bạc Liêu) 0,26 (-) Ao (Bạc Liêu) 0,32 (-) 4/PHỤ LỤC Trình tự gen 16S rRNA chủng B subtilis phân lập >Bacillus subtilis BLD01 CTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAA CTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAG GTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACG GCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAG ACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCT GACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGA AGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCT AACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGC GTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAG GGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGG TGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTG ACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTGGTCCACGCCGT AAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAA GCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC ACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGAC ATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTG ATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGA AGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAAT GGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGT TCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGC ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTG TAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGCCGAAGGTGGGACAGATGA TTGGGGTGAAGTCGTACAAGGGAC >Bacillus subtilis BLD03 CCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATA ACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAA GGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAC GGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGA GACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTC TGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGG AAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGC TAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGG CGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGA GGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCG GTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACT GACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCG TAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTA AGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGA CATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCA TGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGAAACGAGCGCAACCCTT GATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGG AAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAA TGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAG TTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAG CATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTT GTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGCCGAAGGTGGGACAGATG ATTGGGGTGAAGTCGTACAAGGGA >Bacillus subtilis BLD04 CCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATA ACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAA GGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAC GGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGA GACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTC TGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGG AAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGC TAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGG CGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGA GGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCG GTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACT GACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCG TAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTA AGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAATTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGA CATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCA TGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTT GATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGG AAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAA TGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAG TTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAG CATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTT GTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGCCGAAGGTGGGACAG ATGATTGGGGTGAAGTCGTACAAGG >Bacillus subtilis BLD15 TGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAAC TCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGG TGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGG CTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCC GACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATG AAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCG GTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGAAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTA AGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAG TGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAAC ACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAG CGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGG GTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGC AAAACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT TCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGA CGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGA TGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGG CACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCAT GCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCG CGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTG CGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGC CTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACC TTTTAGGAGCCAGCCGCCGAAGGTGGGACAG ATGATTGGGGTGAAGTCGTACAAGGGAC >Bacillus subtilis BTN20 CTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAA CTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAG GTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACG GCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAG ACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCT GACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGA AGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGTACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCT AACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGC GTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAG GGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGG TGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTG ACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGT AAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAA GCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC ACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGAC ATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTG ATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGA AGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACTCGTGCTACAAT GGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGT TCGGATCACAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGC ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTG TAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTTAGGAGCCAGCCGCCGAAGGTGGGACAGATGA TTGGGGTGAAGTCGTACAAGGGAC ... án: Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn môi trường nuôi tôm sú, tôm thẻ chân trắng kỹ thuật metagenomics định hướng ứng dụng Mục tiêu nghiên cứu luận án Xác định mức độ đa dạng thành phần hệ vi khuẩn. .. DỤC VÀ ĐÀO TẠO VI? ??N HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VI? ??T NAM HỌC VI? ??N KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ *** LÊ HOÀNG ĐỨC NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG HỆ VI KHUẨN TRONG MÔI TRƯỜNG NUÔI TÔM SÚ, TÔM THẺ CHÂN TRẮNG... ngành tôm phải đối mặt Nghiên cứu đa dạng hệ vi khuẩn môi trường ao nuôi tôm sú tôm thẻ chân trắng tiền đề để nuôi tôm bền vững giảm rủi ro cho nông dân Thông qua vi? ??c đánh giá đa dạng hệ vi khuẩn