Metagenomics - phương pháp phân tích hệ vi sinh môi trường có nhiều tiềm năng ứng dụng trong thú y

Bài viết Metagenomics - phương pháp phân tích hệ vi sinh môi trường có nhiều tiềm năng ứng dụng trong thú y trình bày kết quả từ hai nghiên cứu ban đầu, cho thấy tiềm năng ứng dụng của metagenomics trong lĩnh vực thú y. Trong nghiên cứu đầu tiên, chúng tôi sử dụng phương pháp 16s rRNA metagenomics để phân tích các mẫu sữa từ bò lành, bò viêm vú nhẹ và bò viêm vú nặng.

HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NI THÚ Y TỒN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 METAGENOMICS - PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH HỆ VI SINH MƠI TRƯỜNG CĨ NHIỀU TIỀM NĂNG ỨNG DỤNG TRONG THÚ Y Huỳnh Văn Phúc1, Lê Lan Anh1, Nguyễn Thụy Vy2, Nguyễn Thị Diệu Ái1, Trần Huỳnh Bảo Nam1 Hồ Huỳnh Thùy Dương2* Tóm tắt Metagenomics, phương pháp phân tích hệ vi sinh mẫu thơng qua trình tự DNA đặc trưng thu nhận được, cho phép đồng thời xác định diện vi sinh vật mẫu, dự đoán đường chức chúng Trong báo cáo này, chúng tơi trình bày kết từ hai nghiên cứu ban đầu, cho thấy tiềm ứng dụng metagenomics lĩnh vực thú y Trong nghiên cứu đầu tiên, sử dụng phương pháp 16s rRNA metagenomics để phân tích mẫu sữa từ bị lành, bị viêm vú nhẹ bò viêm vú nặng Kết cho thấy mẫu sữa từ bị viêm vú nặng có diện chi Pseudomonas spp với tỉ lệ cao (96,7%) Trong nghiên cứu thứ hai, cách sử dụng phương pháp shotgun metagenomics xác định số tác nhân gây bệnh chưa ghi nhận trước mẫu phân mèo bị tiêu chảy, bao gồm Escherichia virus Goslar Protoparvovirus sp Bên cạnh đó, kết phân tích cịn cho thấy xuất số gene kháng kháng sinh hệ vi sinh phân mèo bệnh Như vậy, metagenomics không cho phép nhận diện dấu vi sinh đặc trưng cho tình trạng sức khoẻ vật ni, mà cịn đặc biệt hữu ích cần phát tác nhân gây bệnh Từ khóa: Bị sữa viêm vú, giải trình tự hệ mới, metagenomics, mèo METAGENOMICS - A METHOD FOR ANALYSIS OF MICROBIAL COMMUNITIES HAS A LOT OF POTENTIAL APPLICATIONS IN VETERINARY FIELD Abstract Metagenomics, a method of analyzing the microbiome in a sample through the obtained specific DNA sequences, allows simultaneously determining the presence of microorganisms in the sample, as well as predicting their functional pathways In this report, we present results from two initial studies, suggesting the potential application of metagenomics in the veterinary field In the first study, we used 16s rRNA metagenomics to analyze milk samples from healthy cows, mild mastitis cows and severe mastitis cows The results showed that a milk sample from cows with severe mastitis had the presence of genus Pseudomonas spp with a very high proportion (96.7%) In the second study, using shotgun metagenomics we identified previously unrecognized pathogens in cat feces with diarrhea, including Escherichia virus Goslar and Protoparvovirus sp Moreover, the results also showed the occurrence of several antibiotic resistance genes in infected cat feces Thus, metagenomics not only allows the identification of microbiological markers specific to health status in animals, but also is especially useful for detecting novel pathogens Keywords: Bovine mastitis, feline, metagenomics, next generation sequencing MỞ ĐẦU Trong lĩnh vực chăn nuôi thú y, việc nhận diện xác tác nhân gây bệnh có vai trị chủ chốt việc kiểm sốt dịch bệnh bao gồm cơng tác chẩn đốn, phịng ngừa, điều trị Các phương pháp vi sinh, sinh hố thơng dụng thiếu tính đặc hiệu và/ Công ty TNHH Khoa Học KTest; Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - ĐHQG TP Hồ Chí Minh; * Tác giả liên hệ: PGS.TS Hồ Huỳnh Thuỳ Dương; Email: hhtduong@hcmus.edu.vn 126 HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 độ nhạy, không hiệu tác nhân virus Phương pháp PCR có độ nhạy độ đặc hiệu cao, phát tác nhân gây bệnh (Li cs., 2020) Sự phát triển vượt bậc gần cơng nghệ giải trình tự nucleic acid hệ (next generation sequencing - NGS), kết hợp với cơng cụ phân tích tin sinh học, giúp giải phân tích đồng thời số lượng lớn trình tự DNA, chí gene sinh vật Giải trình tự hệ vi sinh vật môi trường (metagenomic sequencing) dựa công nghệ NGS cách tiếp cận giúp nhận diện vi sinh vật tồn môi trường (đất, nước, dịch ruột, sữa, phân…) mà không cần qua ni cấy Giải trình tự metagenomic cịn cho phép dự đoán đường chuyển hoá chức vi sinh vật mơi trường nghiên cứu, tính kháng kháng sinh, khả chuyển hoá chất xác định (Liu cs., 2020; RamayoCaldas cs., 2020; Wu cs., 2021) Trong báo cáo này, chúng tơi trình bày kết từ hai nghiên cứu ban đầu ứng dụng kỹ thuật metagenomics thú y Nghiên cứu thứ liên quan đến bệnh viêm vú bò sữa Đây bệnh gây thiệt hại kinh tế lớn cho ngành chăn ni bị sữa Việt Nam giới (Van Thanh cs., 2015; Koide cs., 2019) Chúng sử dụng kỹ thuật 16S rRNA metagenomics, nhân giải trình tự vùng biến động gene 16S rRNA vi khuẩn diện mẫu, mẫu sữa từ bò lành bò viêm để phát tác nhân gây bệnh viêm vú Nghiên cứu thứ hai sử dụng kỹ thuật shotgun metagenomics nhằm xác định tác nhân gây bệnh mẫu phân mèo bệnh chưa rõ nguyên nhân Trong shotgun metagenomics, toàn DNA thu nhận từ sinh vật mẫu giải phân tích; cho phép phát tác nhân gây bệnh thuộc nhóm khác nấm, vi khuẩn, virus… PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Phương pháp thu mẫu Với nghiên cứu bò sữa viêm vú, mẫu sữa thu nhận từ trang trại gồm mẫu sữa từ bị khơng viêm vú, mẫu sữa từ bò viêm vú nhẹ, mẫu sữa từ bò viêm vú nặng Mỗi mẫu sữa thu nhận cách rút ml sữa từ bầu sữa vô trùng vải tẩm cồn 70% Với nghiên cứu mèo bệnh chưa rõ nguyên nhân, mẫu phân mèo khỏe (thể rắn) thu thập vào ống vô trùng; mẫu phân mèo bệnh thu nhận tăm Tất mẫu bảo quản -20oC sau thu nhận 2.2 Tách chiết DNA Mẫu sữa sau rã đông hoàn toàn đồng ly tâm với tốc độ 13.000 g, 20 phút DNA tách chiết từ cặn thu hồi sau ly tâm kit DNAeasy PowerSoil (Qiagen) 200 mg phân mẫu tăm ủ 10 phút với dung dịch ly giải nhiệt độ phịng; sau ly tâm thu nhận dịch Dịch sử dụng để tách chiết DNA kit DNAeasy PowerSoil (Qiagen) Nồng độ độ tinh DNA đánh giá thiết bị Qubit 3.0 (Thermo Fisher Scientific) Nanodrop (Thermo Fisher Scientific) 2.3 Chuẩn bị thư viện Quy trình chuẩn bị thư viện giải trình tự NGS hệ thống Illumina thực Trung tâm Xét nghiệm Kỹ thuật cao KTest (Bình Chánh, TP.HCM, Việt Nam) 2.3.1 Chuẩn bị thư viện 16S rRNA Các vùng biến động V1-V9 thuộc gene 16S rRNA vi khuẩn nhân cặp mồi chuyên biệt từ mẫu DNA tách chiết Các amplicons V1-V9 sau gắn trình tự chức (adapter, index) định lượng kit KAPA Library Quantification Kit Illumina Platforms (KAPABiosystems) 2.3.2 Chuẩn bị thư viện Shotgun metagenomics DNA sau tách chiết phân mảnh kit NEBNext dsDNA Fragmentase gắn trình tự chức kit NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina (NEB) Thư viện mẫu sau định lượng thiết bị Qubit 3.0 (Thermo Fisher Scientific) kiểm tra kích 127 HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NI THÚ Y TỒN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 thước thiết bị BioAnalyzer (Agilent Technologies) 2.3.3 NGS Thư viện mẫu phối trộn theo dung lượng cần đạt, giải trình tự hệ thống MiSeq sử dụng MiSeq Reagent Kit v2 2x150 PE (Illumina) 2.4 Phân tích liệu 2.4.1 16S rRNA metagenomics Trước tiên, trình tự adapter mồi loại bỏ khỏi trình tự giải (read), trình tự giải chất lượng thấp (Qscore < 20, chiều dài < 100 bp) loại bỏ khỏi liệu phân tích cơng cụ Trimmomatic (v.0.39) Cutadapt (v.2.10) Sau đó, trình tự giải gom thành trình tự ASV (amplicon sequence variants), trình tự hợp từ mẫu (chimeric read) trình nhân PCR loại bỏ khỏi liệu phân tích thơng qua cơng cụ QIIME2DADA2 (v2020.2.0) Các ASV phân loại QIIME2 (v2020.2.0) dựa sở liệu SILVA (v.138 SSURef Nr99) Kiểm định Permanova thuộc công cụ QIIME2 sử dụng để so sánh khác biệt thành phần tỷ lệ vi sinh vật nhóm mẫu dựa số Bray-Curtis Jaccard 2.4.2 Shotgun metagenomics cụ QIIME (2020.2.0) Trình tự gene kháng kháng sinh xác định thơng qua kết gióng cột cơng cụ Bowtie2 sở liệu CARD (Comprehensive Antibiotic Resistance Database) Sự diện gene kháng kháng sinh thể thông qua thông số RPM (Read Per Million), xác định theo công thức sau: ��� = ���� ������ ∗ 10� ∗ ����� ���� Trong đó: read mapped số lượng trình tự giải cho kết gióng cột tương đồng (> 70% tương đồng > 70% độ phủ toàn gene) với gene kháng kháng sinh từ sở liệu; total read tổng số lượng trình tự giải mẫu Phương pháp LDA (Linear Discriminant Analysis) với công cụ LefSe (Segata cs, 2011) sử dụng để so sánh khác biệt có ý nghĩa thống kê tỉ lệ diện vi sinh vật hay gene kháng khánh sinh mẫu nghiên cứu KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Giải trình tự Số trình tự giải thu nhận được, số trình tự ASV, tỷ lệ trình tự giải định danh mẫu trình bày Bảng Ở nghiên cứu bị sữa viêm vú, số lượng trình tự ASV ghi nhận mẫu sữa từ bị khơng bị viêm vú 4; thấp Các trình tự adapter trình tự giải chất nhiều so với mẫu từ bò viêm Tỉ lệ lượng thấp (Qscore < 20, chiều dài < 100 trình tự giải định danh tất mẫu bp) loại bỏ công cụ Trimmomatic sữa đạt 99,99% (v.0.39) Các trình tự giải phân loại Ở nghiên cứu mèo bệnh chưa rõ nguyên công cụ Kraken2 (https://github.com/ DerrickWood/kraken2) Các thông số độ đa nhân, Tỉ lệ trình tự giải định danh dạng sinh vật quần thể (alpha diversity mẫu MK2512, MK2001 MB-01 beta diversity) xác định công 24,67%, 45,51%, 87,44% Bảng Kết giải trình tự Nghiên cứu Tên mẫu A-F431 A-H6205 B-H4302 B-H5903 C-2545 C-H2281 Cách tiếp cận 16S rRNA metagenomics 16S rRNA metagenomics 16S rRNA metagenomics 16S rRNA metagenomics 16S rRNA metagenomics 16S rRNA metagenomics 128 Số trình tự Số trình tự giải ASV 453 236 517.561 66.095 284.379 44.859 290.358 22.344 262.164 30.000 Tỷ lệ (%) trình tự giải định danh 100,00% 100,00% 100,00% 99,99% 100,00% 100,00% HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 MK2512 MK2001 MB-01 Shotgun metagenomics Shotgun metagenomics Shotgun metagenomics 1.869.206 1.746.736 1.883.471 NA NA NA 24,67% 45,51% 87,44% Ghi chú: A: Bò lành, B: Bò viêm nhẹ, C: Bò viêm nặng, MK: Mèo lành, MB: Mèo bệnh, NA: thông số ASV áp dụng cho phương pháp 16S rRNA metagenomics Deinococcota Spirochaetoda mẫu 3.2 Thành phần hệ vi sinh vật nghiên cứu Firmicutes chiếm tỷ lệ cao 3.2.1 Nghiên cứu bò sữa viêm vú mẫu sữa từ bò bệnh, Ở mức phân loại ngành, kết Proteobacteria Actinobacteriota, loại cho thấy có 14 ngành (phylum) diện, trừ mẫu C-H2281 từ bị viêm nặng Hầu chủ yếu (> 1%) Proteobacteria, toàn vi sinh mẫu C-H2281 thuộc Firmicutes, Actinobacteriota, Bacteroidota, ngành Proteobacteria (97,218%) (Bảng 2) Bảng Danh sách 10 ngành chi vi khuẩn chiếm tỷ lệ cao mẫu sữa bò Mức phân loại Ngành Chi Tên vi sinh Proteobacteria Firmicutes Actinobacteriota Bacteroidota Deinococcota Spirochaetota Vertebrata Fusobacteriota Campilobacteriota Desulfobacteriota Các ngành khác Pseudomonas Acinetobacter Corynebacterium Weissella Oscillospiraceae_UCG-005 Janibacter Vibrio Cutibacterium Succinivibrio Solibacillus Các chi khác Ở mức phân loại chi, Acinetobacter diện với tỷ lệ cao mẫu trừ mẫu C-H2281, Corynebacterium Weissella Ở mẫu C-H2281, Pseudomonas diện với tỷ lệ đặc biệt cao (96,737%), phù hợp với kết định danh mức ngành, Proteobacteria mẫu chủ yếu thuộc chi Pseudomonas Phân tích số đa dạng lồi cho thấy mẫu C-H2281 có độ đa dạng thấp so với mẫu lại (observed = 666,56 ± 1328,00; shanon = 9,32 ± 0,74) Kết kiểm định Permanova B-H4302 33,255% 42,549% 16,790% 5,134% 0,085% 0,105% 0,653% 0,029% 0,455% 0,000% 0,945% 0,080% 20,741% 2,793% 10,709% 2,575% 3,678% 0,109% 1,103% 0,357% 1,839% 56,016% B-H5903 19,434% 53,316% 10,815% 12,296% 0,775% 1,236% 0,321% 0,250% 0,307% 0,172% 1,079% 0,416% 7,497% 5,587% 1,018% 6,846% 1,770% 0,631% 0,166% 2,207% 2,333% 71,527% C-2545 26,486% 37,948% 20,453% 8,485% 2,412% 0,385% 0,371% 1,101% 0,336% 0,926% 1,096% 0,188% 3,102% 6,046% 2,645% 3,947% 3,325% 5,388% 4,690% 2,457% 0,765% 67,445% C-H2281 97,218% 1,603% 0,951% 0,056% 0,034% 0,000% 0,100% 0,000% 0,006% 0,003% 0,029% 96,738% 0,347% 0,625% 0,018% 0,023% 0,097% 0,009% 0,000% 0,034% 0,068% 2,040% nhóm mẫu từ bị viêm nhẹ nhóm mẫu từ bị viêm nặng dựa số Bray-Curtis Jaccard chưa cho thấy khác biệt có ý nghĩa thống kê 3.2.2 Nghiên cứu mèo bệnh chưa rõ nguyên nhân Kết phân loại trình tự giải mẫu cho thấy trình tự từ vi khuẩn chiếm tỷ lệ cao (23,575%, 45,372%, 81,472%), động vật có dây sống, virus, nấm nguyên sinh động vật (Bảng 3) 129 HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NI THÚ Y TỒN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 Bảng Danh sách nhóm sinh vật chiếm tỷ lệ cao mẫu phân mèo Tỷ lệ (%) trình tự định danh nhóm dây sống Tỷ lệ (%) trình ự định danh nhóm vi khuẩn Tỷ lệ (%) trình tự định danh nhóm virus Tỷ lệ (%) trình tự định danh nhóm nấm Tỷ lệ (%) trình tự định danh nhóm động vật nguyên sinh Mẫu MK2512 1,066% 23,575% 0,012% 0,003% Mẫu MK2001 0,126% 45,374% 0,003% 0,002% Mẫu MB-01 1,053% 81,472% 4,908% 0,000% 0,002% 0,001% 0,001% Trong nhóm vi khuẩn, Escherichia coli nhân gây bệnh thường gặp chó (Moreno chiếm tỷ lệ cao mẫu mèo bệnh MB-01 cs., 2017), heo (Palinski cs., 2016), gà (86,511%) (Bảng 4) khơng (Lima cs., 2019), lại tìm thấy mẫu diện hai mẫu mèo khỏe MK2512 mèo bệnh (MB-01) với tỷ lệ 36,085%, cao MK2001 Đáng ý nhóm virus, đáng kể so với mẫu mèo khỏe (0,966% tỷ lệ phân loại mẫu mèo bệnh 2,703%) Kết tương 4,908%, cao nhiều so với mẫu mèo khoẻ tự với kết công bố số (< 0,02%) Trong gần 5% trình tự virus nhận cơng trình gần (Li cs., 2020) Ngoài diện được, phage E coli (Escherichia ra, diện với tỷ lệ thấp Feline virus Goslar) chiếm 63,774% mẫu mèo leukemia virus mẫu MK2512 (1,449%) bệnh xuất mẫu mèo khoẻ Đặc MB-01 (0,006%) dư lượng biệt, chi Protoparvovirus xem tác vaccine (Bảng 4) Bảng Danh sách loài vi khuẩn virus chiếm tỷ lệ cao mẫu phân mèo Kingdom Vi khuẩn Virus Phage Species Escherichia coli Phocaeicola vulgatus Enterococcus faecalis Citrobacter werkmanii Shigella flexneri Flavonifractor plautii Pseudomonas aeruginosa Pasteurella multocida Phocaeicola dorei Streptococcus suis Escherichia virus Goslar Carnivore protoparvovirus Enterococcus phage vB EfaS IME197 RD114 retrovirus Enterococcus phage EF62phi Feline leukemia virus Wenzhou picorna-like virus 53 Snyder-Theilen feline sarcoma virus Hardy-Zuckerman feline sarcoma virus Faecalibacterium virus Taranis 130 MK2512 1,222 4,771 1,136 0,000 0,000 1,783 0,001 0,057 0,71 0,277 3,382 0,966 0,0000 4,831 0,000 1,449 0,000 0,000 0,000 9,179 MK2001 0,065 44.478 0,008 0,000 0,000 1.317 0,121 0,000 3,048 0,029 0,000 2,703 0,000 5,405 0,000 0,000 0,000 0,000 0,000 40,541 MB-01 86,511 4,533 1,458 0,551 0,539 0,481 0,429 0,368 0,304 0,302 63,774 36,085 0,065 0,037 0,021 0,006 0,004 0,002 0,002 0,001 HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NI THÚ Y TỒN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 Kết shotgun metagenomics cho gồm rrnB, rrsC tìm thấy nhiều phép phát gene chức hệ vi mẫu mèo bệnh (RPM 13042,409 sinh vật nghiên cứu Kết phân tích cho 5540,303) (Bảng 5) thấy gene kháng kháng sinh nhóm tetracycline Bảng Danh sách 10 gene kháng kháng sinh chiếm tỷ lệ cao mẫu phân mèo (đơn vị RPM) Mã ARO (Antibiotic Resistance Ontology) 3003411 3003411 3003411 3003333 3003303 3003775 3000027 3003390 3003893 3004049 MK2512 MK2001 MB-01 288,893 288,893 288,893 433,339 2,675 0,000 5,350 0,000 0,000 2,675 349,223 349,223 349,223 260,486 0,000 0,000 5,725 0,000 0,000 0,000 13042,409 13042,409 13042,409 5540,303 3071,457 2006,933 1807,832 1523,782 1454,761 998,157 KẾT LUẬN Đối với mẫu sữa từ bị bị viêm vú, chúng tơi nhận diện tác nhân thuộc nhóm gây bệnh Pseudomonas spp diện với tỷ lệ đặc biệt cao mẫu bò bệnh Đây dấu sử dụng điều trị kháng sinh Đối với mẫu phân từ mèo bệnh chưa rõ nguyên nhân, phát số tác nhân gây bệnh tiềm Escherichia virus Goslar Protoparvovirus Các kết trình bày cho thấy tính hữu ích việc sử dụng phương pháp metagenomics lĩnh vực thú y, đặc biệt hiệu để phát tác nhân gây bệnh chưa biết Tuy nhiên, kết cần lặp lại số mẫu lớn Bên cạnh đó, kết nghiên cứu hệ vi sinh vật mẫu sở để phát triển xét nghiệm có chi phí thấp PCR TÀI LIỆU THAM KHẢO K Koide, R Murata, A Xuan Khoa, N K L et al (2019) Influence of Mastitis and Repeat Breeding Incidence on Participation in the Animal Insurance Program for Dairy Farmers in Ba Vi, Hanoi, Vietnam Vietnam Journal of Agricultural Sciences 2(4): 461-468 Li, Y., Gordon, E., Idle, A., Altan, E., Seguin, M A., Estrada, M., Deng, X., and Delwart, E (2020) Multiple known and a novel parvovirus associated with an outbreak of feline diarrhea and vomiting 415 Lima, D A., Cibulski, S P., Tochetto, C., Varela, A P M., Finkler, F., Teixeira, T F., Loiko, M R., Cerva, C., Junqueira, D M., Mayer, F Q., & Roehe, P M (2019) The intestinal virome of malabsorption syndrome-affected and unaffected broilers through shotgun metagenomics Virus Research 261(August 2018): 9-20 Liu, J., Zhu, Y., Jay-russell, M., Lemay, D G., and Mills, D A (2020) Reservoirs of antimicrobial resistance genes in retail raw milk Moreno, P S., Wagner, J., Mansfield, C S., Stevens, M., Gilkerson, J R., and Kirkwood, C D (2017) Characterisation of the canine faecal virome in healthy dogs and dogs with acute diarrhoea using shotgun metagenomics PLoS ONE, 12(6): 1-16 Palinski, R M., Mitra, N., & Hause, B M (2016) Discovery of a novel Parvovirinae 131 HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 126-132 virus, porcine parvovirus 7, by metagenomic sequencing of porcine rectal swabs Virus Genes 52(4): 564-567 Ramayo-Caldas, Y., Zingaretti, L., Popova, M., Estellé, J., Bernard, A., Pons, N., Bellot, P., Mach, N., Rau, A., Roume, H., Perez-Enciso, M., Faverdin, P., Edouard, N., Ehrlich, D., Morgavi, D P., & Renand, G (2020) Identification of rumen microbial biomarkers linked to methane emission in Holstein dairy cows Journal of Animal Breeding and Genetics 137(1): 49-59 Segata, N., Izard, J., Waldron, L., Gevers, D., Miropolsky, L., Garrett, W S., & Huttenhower, C (2011) Metagenomic 132 biomarker discovery and explanation Genome Biology 12(6): R60 Van Thanh, N., Thanh Hai, N., Ngoc Son, N., Van Dung, B., and Atsushi, M (2015) A study about mastitis infection characteristics in dairy cow of Bavi, Hanoi, Vietnam Asian Journal of Pharmaceutical and Clinical Research, 8(3): 165-168 Wu, X., Huang, S., Huang, J., Peng, P., Liu, Y., Han, B., and Sun, D (2021) Identification of the potential role of the rumen microbiome in milk protein and fat synthesis in dairy cows using metagenomic sequencing Animals, 11(5)  ... nhân g? ?y bệnh tiềm Escherichia virus Goslar Protoparvovirus Các kết trình b? ?y cho th? ?y tính hữu ích vi? ??c sử dụng phương pháp metagenomics lĩnh vực thú y, đặc biệt hiệu để phát tác nhân g? ?y bệnh... KHOA HỌC CHĂN NI THÚ Y TỒN QUỐC 2021 - AVS2021: 12 6-1 32 virus, porcine parvovirus 7, by metagenomic sequencing of porcine rectal swabs Virus Genes 52(4): 56 4-5 67 Ramayo-Caldas, Y. , Zingaretti,... động vật có d? ?y sống, virus, nấm nguyên sinh động vật (Bảng 3) 129 HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NI THÚ Y TỒN QUỐC 2021 - AVS2021: 12 6-1 32 Bảng Danh sách nhóm sinh vật chiếm tỷ lệ cao mẫu phân mèo Tỷ