TRƯỜNG ĐẠI HỌC KỸ THUẬT CÔNG NGHỆ CẦN THƠ KHOA CÔNG NGHỆ SINH HOÁ THỰC PHẨM BÁO CÁO TIN SINH HỌC TÌM HIỂU VỀ BỘ GEN CỦA XYLELLA FASRANTYOSA Giảng viên hướng dẫn Sinh viên thực hiện Phạm Ngọc Anh Thi Dương Ái Quyền Thy Lại Thị Bé Nguyên Lê Trung Tín Nguyễn Thị Trang Đài Phạm Phước Tài Cần Thơ – 2021 MỤC LỤC 1 Giới thiệu vi sinh vật 2 2 Lý do chọn đối tượng 2 3 Các thông tin 2 3 1 Thiết kế cặp mồi khuyến đại 5 3 2 ORF 6 3 3 Giản đồ phả hệ (trình tự DNA) 7 TÀI LIỆU THAM KHẢO 9 DANH MỤC HÌNH ẢNH Hìn.
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KỸ THUẬT - CÔNG NGHỆ CẦN THƠ KHOA CƠNG NGHỆ SINH HỐ - THỰC PHẨM BÁO CÁO TIN SINH HỌC TÌM HIỂU VỀ BỘ GEN CỦA XYLELLA FASRANTYOSA Giảng viên hướng dẫn: Sinh viên thực : Dương Ái Quyền Thy Lại Thị Bé Nguyên Lê Trung Tín Nguyễn Thị Trang Đài Phạm Phước Tài Phạm Ngọc Anh Thi Cần Thơ – 2021 MỤC LỤC DANH MỤC HÌNH ẢNH Giới thiệu vi sinh vật Xylella fasrantyosa : gen đại diện Xylella fasrantyosa Temecula NCBI reference sequence: NC_004554.1 Hình thái: Bacilli Mơi trường: Oxy Kiểu hình: bệnh hại thối đen bệnh thối nhũn có múi Lý chọn đối tượng Có số loại sâu bệnh công trồng, số trở nên tiếng thời gian ngắn Xylella fastidiosa Loại vi khuẩn này, có nguồn gốc từ California, ảnh hưởng đến số lồi có lợi ích kinh tế quan trọng, chẳng hạn ô liu hạnh nhân loại có múi, nhiều nơng dân làm thứ để bảo vệ mùa màng họ Theo yêu cầu từ mục làm với gen có kích thước từ 5002000bp, gen chọn vào làm 1346bp phù hợp với mục tiêu đề Các thông tin Xylella fasprisosa loại vi khuẩn thuộc nhóm vi khuẩn gammaproteobacteria nguyên nhân gây bệnh nho (bệnh Pierce), ô liu (dịch hại ô lu) trúc đào Nó mối đe doạ lớn nơng nghiệp khó kiểm sốt Hình 3.1: Xylella fasprisosa Xylella fasrantyosa Sinh vật lần xác định vào năm 1993 tác nhân gây bệnh vàng có đốm có múi, loại bệnh ảnh hưởng đến giống cam Căn bệnh lần phát Brazil vào năm 1987, ảnh hưởng lớn đến vườn ăn trái thương mại dẫn đến tàn phá mùa màng toàn giới Các chủng khác loài gây loạt bệnh dâu tằm, lê, hạnh nhân, du, sung, sồi, phong, hồ đào cà phê, dẫn đến tàn phá hàng triệu la lồi thực vật quan trọng kinh tế Vi khuẩn truyền từ ruột vật trung gian côn trùng (rầy nâu) sang xylem thực vật (hệ thống dẫn nước) côn trùng ăn Xylella fasprisosa tương tự Xanthomonas campestris pv campestris chỗ tạo nhiều loại yếu tố gây bệnh cho xâm chiếm theo cách thức cụ thể vật chủ, bao gồm số lượng lớn chất kết dính fimbrial afimbrial để gắn vào Nó khơng chứa hệ thống tiết loại III, sở hữu gen hệ thống tiết loại II để xuất exoenzyme làm suy giảm thành tế bào thực vật cho phép vi khuẩn xâm nhập vào xylem thực vật Tế bào tạo exopolysaccharide tương tự xanthan gum Xanthomonas campestris pv tạo campestris Bệnh Pierce: Bệnh Pierce bệnh phát vào năm 1892 Newton B Pierce Bệnh vi khuẩn Xylella fasrantyosa gây Bệnh phổ biến giống nho phổ biến California Căn bệnh xuất California vào khoảng năm 1880 có tốc độ lây lan mạnh mẽ vào năm 1930 Hiện bệnh tìm thấy Texas Florida Cô phát bên Hoa Kỳ, khắp Bắc Nam Mỹ, Đài Loan Vi khuẩn Xylella fasrantyosa ban đầu lan truyền ve sầu lùn Graphocephala atropunctata Tuy nhiên, kể từ năm 1990, bệnh trở thành mối đe dọa lớn nhiều với xuất Homalodisca vitripennis, trước gọi H coagulata, có phạm vi rộng nhiều Ve sầu truyền bệnh ăn cây, làm nhiễm nhựa Lá chết dần cuối chết sau vài năm kể từ bệnh Do đó, bệnh gây nguy hiểm lớn cho người trồng nho California, đặc biệt khơng có thuốc trừ sâu Sâu hại ô liu: Ở Ý, xảy vấn đề tương tự kể từ tháng năm 2013 Ở đó, xylella fasrantyosa đe dọa ô liu Cái gọi bệnh dịch hạch ô liu chủ yếu lây lan lồi dế cây, có chục lồi trùng khác lây lan bệnh Căn bệnh chủ yếu xảy miền nam nước Ý vào năm 2015, 11 triệu ô liu bị đe dọa triệu cho bị nhiễm bệnh, tổng số 10 triệu khu vực phía nam Puglia Kể từ năm 2015, liu vi khuẩn dịch hạch lan nước Ý Phát hiện: năm 2015 Pháp (đầu tiên Corsica, sau đất liền), cuối năm 2016 Đức quần đảo Balearic Vào cuối tháng năm 2017, vi khuẩn gây bệnh dịch hạch liu tìm thấy vườn hạnh nhân tỉnh Alicante Tây Ban Nha Bộ Nông nghiệp Tây Ban Nha cảnh giác cao độ Vào tháng năm 2018, trường hợp nhiễm trùng báo cáo Tây Flanders, nhập nguyên liệu trồng bị ô nhiễm từ Tây Ban Nha Tại Hà Lan, Cơ quan An toàn Sản phẩm Tiêu dùng Thực phẩm cảnh báo vào tháng năm 2019 không nên mang loại ô liu, trúc đào oải hương từ Ý Pháp, Tây Ban Nha Bồ Đào Nha, để ngăn chặn lây lan dịch bệnh Hà Lan Hình ảnh vệ tinh sử dụng để phát bị nhiễm bệnh trước chúng có dấu hiệu nhiễm bệnh Chiến đấu tranh cãi: Bản thân bệnh kiểm sốt trọng tâm tiêu diệt kẻ lây lan bệnh Vào tháng năm 2014, Cơ quan Lương thực Châu Âu gióng lên hồi chng cảnh báo biện pháp thực Những bị nhiễm bệnh phải dọn lắp đặt vùng đệm Tuy nhiên, biện pháp dường khơng có nhiều tác dụng nhiều nước, có Pháp, có lệnh cấm nhập lo ngại dịch bệnh Việc chặt hạ cổ thụ vấp phải nhiều phản đối người dân địa phương Nhưng nhà khoa học nghi ngờ liệu hủy diệt chung có cần thiết hay khơng Lệnh truy qt châu Âu, lẽ ban hành sở thông tin khơng xác - chí sai thật, cuối bị tịa án Ý đình Mặt khác, số nhà khoa học nhận thấy mối liên hệ với biến đổi khí hậu, biến đổi nhỏ khí hậu khiến cối dễ bị nhiễm bệnh Trình tự gen Vào tháng năm 2000, trình tự gen hoàn chỉnh Xylella fasrantyosa biết đến sau nghiên cứu tài trợ bang São Paulo Brazil Trình tự khn mẫu chọn: Xylella fastidiosa Temecula1 plasmid pXFPD1.3, complete sequence >NC_004554.1 Xylella fastidiosa Temecula1 plasmid pXFPD1.3, complete sequence CTTATTCGGACTCGGTACCCGGGGTACCCCCCTGCGGAGAACGCTTTTACGCC CTCTCGTTGCGTTCATG TTCTGTCACCTGTTAGGTGACAACTACGAAGCCGTGATCTATTCCACGGAGAA CCGTTTTACGCCCTCTG TTTATTCTTGTGGCAACTCAGGTTGCCTTGTTCTCCAATTTGCGGACATTCAGT CCTCACCCTGAGGATT TAGTGTCAACTGATTGGTTGACAATCATCATTTGGGAATTGAAATCCCCCCCCC GTTTTGTGGGCCGCAG GAGCCAGCAAAACGGGGGGGGTTTTCATCCTCTCTTGATTAGTGGTTACATATT GGGACGTTTTGTTAAA TCAGGGGGGTTTTTCGTTTCTCCTGCATGCGTTAAAAAATAACCCCGCGGTGTT ACCAGCACCCGGGGTC GTGACCAGCTATCGGAGAGGCCGATGCCAGTTGTTACAGTTTACCGTCATGGG GGAAAAGGTGGCGTTGC TCCCATGAACTCGTCACATATCAGGACGCCACGGGGTGATGTTCAGGGGTGGT CTCCTGGTGCTGTCCGT CGCAATACTCAGTTCCTCATGTGTGTTCGTGAGGACAAGTTAACGGGTGCAGG TTTCGCTTTGACCCTTA CCGTTCGTGACTGTCCTGCTACTGCTCAGGAATGGCACAAGATGAGGCGTGCT TGGGAAAAGCGCATGCT ACGGGCTGGTATGATCCGGCTTCATTGGGTGACTGAGTGGCAGCGTAGAGGTG TCCCGCATCTACATTGT GCTATCTGGTTTTCTGGCACTGTTTACGATTTTTCCCTATGCATTGATGCATGGT TGGCCGTTGCGTCTT CCTGTGGCGCTGCTTTGCGTGGGCAGCATGGTCGGATCATTGATGGTGTTGTC GGATGGTTTCAGTACGT GAGCAAGCACGCCGCCCGAGGCGTGCGCCATTACCAGCGTTGTTCTGACAAC CTTCCTGAGGCCTGGAAA GCGCTTACTGGCCGTGTCTGGGGTAAGGTCGGTGATTGGCCTCTCTTTTCTGA GCTTCGTATTGACCTCC AGGACCATCGTCAGGATGGTGATGGGGGGTTCTTCGCTTATCGCCGTCTGGTG CGCTCCTGGCGCGTCTC AGACGCTCGTAGGGCTGGTGATCGTTATCGCCTCCGTAGTGCTCGTAGGATGCT CACCTGTAGCGATACG TCGCGTTCTCGTGCCATTGGGTTTATGGAGTGGGGTTCCCTATGAGGTCCAGAT GGCCTTTTGCGCGCAT CTAGCAGCTCGTGGGTTCTTCTCTACCCTGGTAAGGGGGGGGGGTGGCTTCCA ATTCCGCTTACAACTTC TTTTCTGTTTCTATCA 3.1 Thiết kế cặp mồi khuyến đại Hình 3.2 : phần gen chạy phần mềm Primer-blast (NCBI) Primer pair Mồi xuôi: GTCGTGACCAGCTATCGGAG Bắt đầu nu 418 dừng lại nu 437 Mồi ngược: GCCACTCAGTCACCCAATGA Bắt đầu nu 741 dừng lại nu 722 Thiết kế cặp mồi khuếch đại thu kết hình 3.1, chạy phần mềm online Primer-blast NCBI Cho thấy, đoạn mồi xuôi ngược, nu bắt đầu nu dừng lại,… 3.2 ORF Hình 3.3 : phần gen chạy phần mềm ORFfinder-NCBI ORF1 sợi dương (+), khung đọc mở số 1, bắt đầu nu 817 dừng lại nu 912, chiều dài 96nt 31aa ORF2 sợi dương(+), khung đọc mở số 1, bắt đầu nu 1066 dừng lại nu >1344, chiều dài 279 nt 92 aa ORF3 sợi dương (+), khung đọc mở số 2, bắt đầu nu 68 dừng lại nu 205, chiều dài 138nt 45aa ORF4 sợi dương(+), khung đọc mở số 3, bắt đầu nu 444 dừng lại nu 1235, chiều dài 792nt 263aa ORF5 sợi âm(-), khung đọc mở số 1, bắt đầu nu 1058 dừng lại nu 807, chiều dài 252nt 83aa ORF6 sợi âm (-), khung đọc mở số 1, bắt đầu nu 308 dừng lại nu 216, chiều dài 93nt 30aa ORF7 sợi âm (-), khung đọc mở số 2, bắt đầu nu 880 dừng lại nu 794, chiều dài 87nt 28aa 3.3 Giản đồ phả hệ (trình tự DNA) Dựa NCBI tìm thấy nhóm mẫu, dùng để phân tích xây dưng giản đồ phả hệ (trình tự DNA): 1.Xylella fastidiosa: AE009443.1 2.Xanthomonas cucurbitae: CP033327.1 3.Xanthomonas citri subsp: CP008996 4.Xanthomonas fragariae: LT853884.1 5.Xanthomonas euvesicatoria: CP072269.1 - loại: Xanthomonas cucurbitae: CP033327.1, Xanthomonas citri subsp: CP008996, Xanthomonas fragariae: LT853884.1, Xanthomonas euvesicatoria: CP072269.1, họ chi (Xylella Diseases : AE009442.1) Hình 3.4 : Giản đồ phả hệ chạy chương trình ClustalX Nhận xét: Theo sơ đồ (hình 5.1) thấy giản đồ phả hệ chia thành nhánh lớn Nhánh biết mẫu AE009443.1, CP033327.1 CP008996 có tương đồng với đến 42% ( nhánh có nhánh nhỏ , có nhánh nhỏ gắn với mẫu AE009443.1 CP033327 có tương đồng với 4%) Nhánh biết mẫu LT853884.1 CP072269.1 với tương đồng với đạt đến 80% 10 TÀI LIỆU THAM KHẢO Xylella fasrantyosa, lồi gây hại cơng quần đảo Balearic, Portillo of Đức, Môi trường ( https://www.renovablesverdes.com/vi/xylella-fastidiosa-plaga-atacabaleares/) Trên online NCBI 11 Dựa vào 100% làm nhóm, cơng việc thành viên : - Quyền Thy : 21% tìm tài liệu , đọc nhận sửa lỗi - Bé Nguyên : 20% tìm tài liệu, đọc sửa lỗi - Trung Tín: 11% tìm tài liệu - Trang Đài: 23% làm bìa, fortmat bài, tìm tài liệu - Phước Tài: 25% tìm tài liệu, chạy chương trình primer, ORF, giản đồ phả hệ 12 ... nhà khoa học nghi ngờ liệu hủy diệt chung có cần thiết hay không Lệnh truy quét châu Âu, lẽ ban hành sở thơng tin khơng xác - chí sai thật, cuối bị tịa án Ý đình Mặt khác, số nhà khoa học nhận... bệnh ăn cây, làm nhiễm nhựa Lá chết dần cuối chết sau vài năm kể từ bệnh Do đó, bệnh gây nguy hiểm lớn cho người trồng nho California, đặc biệt khơng có thu? ??c trừ sâu Sâu hại ô liu: Ở Ý, xảy vấn... hạch lan nước Ý Phát hiện: năm 2015 Pháp (đầu tiên Corsica, sau đất liền), cuối năm 2016 Đức quần đảo Balearic Vào cuối tháng năm 2017, vi khuẩn gây bệnh dịch hạch ô liu tìm thấy vườn hạnh nhân