Kết quả điều tra từ tháng 3/2018 đến 4/2019, đã thống kê tài nguyên cây thuốc ở Vườn quốc gia Côn Đảo có 396 loài thuộc 300 chi, 118 họ của 6 ngành thực vật bậc cao có mạch, bao gồm Thông đất (Lycopodiophyta), Dương xỉ (Polypodiophyta), Thông (Pinophyta), Tuế (Cycadophyta), Dây gắm (Gnetophyta) và Ngọc lan (Magnoliophyta). Trong đó, 5 loài có giá trị bảo tồn theo Sách đỏ Việt Nam (2007) và Nghị định 06/2019 của Chính Phủ.