Sử dụng DNA plasmit cho phản ứng PCR giải trình tự với việc sử dụng bộ sinh phẩm BigDyeR Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit của Applied Biosystems, quy trình của phản ứng PCR cho giải trình tự được trình bày ở phần phương pháp nghiên cứu. Quá trình giải trình tự được thực hiện trên máy giải trình tự tự động ABI 3100. Sau khi giải trình tự gen mã hóa kháng nguyên HA của virus H5N1, trình tự phân tích gen mã hóa kháng nguyên HA của virus cúm H5N1 được phân tích bằng phần mềm PC-Gen.
Chúng tôi sử dụng chương trình phần mềm PC/Gene để phân tích trình tự gen HA của chủng đó tách dòng. kết quả cho thấy trình tự gen hoàn toàn không thay đổi so với chủng gốc. Bên cạnh đó khi so sánh trình tự gen HA này với chủng A/Vietnam/1194/2004 (H5N1), 12 base thuộc đoạn nối HA1- HA2 đã bị cắt bỏ, đây chính là vùng gây độc.
Giải trình tự gene H5 và so sánh với chủng gốc VN1194
NIBRG-14 - AATTGGAATATGGTAACTGCAACACCAAGTGTCAAACTCCAATGGGGGCG -900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| VN_1194 - AATTGGAATATGGTAACTGCAACACCAAGTGTCAAACTCCAATGGGGGCG -900 NIBRG-14 - ATAAACTCTAGCATGCCATTCCACAATATACACCCTCTCACCATCGGGGA -950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| VN_1194 - ATAAACTCTAGCATGCCATTCCACAATATACACCCTCTCACCATCGGGGA -950 NIBRG-14 - ATGCCCCAAATATGTGAAATCAAACAGATTAGTCCTTGCGACTGGGCTCA -1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| VN_1194 - ATGCCCCAAATATGTGAAATCAAACAGATTAGTCCTTGCGACTGGGCTCA -1000 SerGlnArgGlu---deleted--ThrArgGlyLeu
NIBRG-14 - GAAATAGCCCTCAACGAGAG---ACGCGAGGATTATTTGGA -1050 |||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||
VN_1194 - GAAATAGCCCTCAAAGAGAGAGAAGAAGAAAAAAGAGAGGATTATTTGGA -1050 SerGlnArgGluArgArgArgLysLysArgGlyLeu SerGlnArgGluArgArgArgLysLysArgGlyLeu
NIBRG-14 - GCTATAGCAGGTTTTATAGAGGGAGGATGGCAGGGAATGGTAGATGGTTG -1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| VN_1194 - GCTATAGCAGGTTTTATAGAGGGAGGATGGCAGGGAATGGTAGATGGTTG -1100 NIBRG-14 - GTATGGGTACCACCATAGCAACGAGCAGGGGAGTGGGTACGCTGCAGACA -1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| VN_1194 - GTATGGGTACCACCATAGCAACGAGCAGGGGAGTGGGTACGCTGCAGACA