- Hệ thống phân loại chất thải y tế và chất thải sinh hoạt còn kém; việc phân loại còn chưa triệt để, nhiều khi vẫn xảy sai sót trong quá trình phân loại;
- Các nhân viên của Khoa chống nhiễm khuẩn về nguyên tắc phải kiểm tra lại rác thải y tế sau khi thu gom từ các khoa nhưng thực tế thường tiến hành thu gom vận chuyển luôn mà không qua khâu kiểm tra;
- Lượng rác trên sau khi đưa về khu tập trung rác thải y tế được chất đầy vào các thùng, tuy nhiên thùng chỉ có một màu, màu vàng, không có biển mã chất thải, không quy định mỗi thùng từng loại chất thải cụ thể, không có thùng với màu sắc theo đúng quy định trắng, vàng, đen… do đó sự phân loại trên không đạt hiệu quả;
- Kho lưu giữ chất thải y tế nguy hại không đảm bảo yêu cầu.
- Thiếu khu vực an toàn để lưu giữ chất thải: Do rác thải của toàn bệnh viện chỉ đưa về một khu vực tập trung rác, do đó, trong quá trình thu gom vận chuyển, các nhân viên của khoa Chống nhiễm khuẩn thường tập trung rác ở một số khoa (khu vực lưu giữ chất thải tạm thời) rồi mới đưa về khu tập trung trên, gây mất vệ sinh và không đảm bảo an toàn.
- Chưa có biện pháp xử lý riêng đối với các loại rác thải dễ lây nhiễm, chất thải nguy hại;
- Đối với các loại vật phẩm y tế sắc nhọn như các ống kim tiêm chưa được bẻ gập để tránh thùng đựng làm rơi vãi và gây tổn thương đến các nhân viên y tế trong quá trình thu gom;
- Thiếu các phương tiện bảo hộ cho nhân viên liên quan tới xử lý chất thải; - Do chất thải không được thu gom thường xuyên nên số lượng rác nhiều nên phải để kênh các nắp các thùng, gây mất vệ sinh cho khu vực và ảnh hưởng đến sức khỏe của nhân viên thu gom;
- Chưa có phương án giảm thiểu lượng rác thải phát sinh;
- Chưa có phương án cụ thể để cho mọi nhân viên và các khoa cùng phối hợp thảo luận trong việc xử lý chất thải y tế..
Một số bệnh viện đang để lẫn chất thải rắn y tế với chất thải sinh hoạt, đang sử dụng túi màu vàng của chất thải y tế đựng chất thải sinh hoạt hay ngược lại đựng chất thải y tế nguy hại trong túi màu xanh.