Như trên đã trình bày, mô hình quản lý và quy trình quản lý thu thuế trong thời gian tới đòi hỏi tính tự giác, tự nguyện cao của các doanh nghiệp, các đối tượng nộp thuế. Công tác kiểm toán nội bộ nếu được thực hiện tốt sẽ giúp doanh nghiệp kiểm soát mọi hoạt động sản xuất - kinh doanh trong doanh nghiệp đồng thời trợ giúp một cách tích cực kiểm soát nguồn thu thuế GTGT ngay tại doanh nghiệp. Tuy vậy, thực trạng công tác kiểm toán nội bộ tại các doanh nghiệp hiện nay đang còn rất yếu, chưa thúc đẩy tính tự giác của doanh nghiệp đối với việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế
cho NSNN. Do đó, một trong những giải pháp quan trọng, có tính đồng bộ là tăng cường công tác kiểm toán nội bộ để tăng cường kiểm soát nguồn thu thuế GTGT tại doanh nghiệp.
Công tác kiểm toán nội bộ tại các doanh nghiệp hiện chưa được tổ chức một cách nghiêm túc theo đúng yêu cầu của quản lý Nhà nước và nhu cầu của hoạt động sản xuất kinh doanh, một phần là do các doanh nghiệp chưa nhận thức đúng đắn vai trò của kiểm toán nội bộ, một phần khác là do chưa có sự quản lý, hướng dẫn chuyên môn của các cơ quan chức năng của Nhà nước. Một khung pháp lý vững chắc và đầy đủ chưa được kiến tạo khiến các doanh nghiệp vừa lúng túng trong việc thực hiện lại vừa cố ý đùn đẩy, không muốn tổ chức bộ phận kiểm toán nội bộ độc lập. Theo tác giả, đứng trước một vấn đề còn lạ lẫm với thực tế kinh doanh của Việt Nam, Nhà nước cần ban hành một Đạo Luật về kiểm toán vừa tạo cơ sở pháp lý vững chắc, vừa mang ý nghĩa hướng dẫn hiện thực cho sự phát triển của kiểm toán nội bộ.
Việc tạo ra cơ sở pháp lý cho hoạt động của kiểm toán nội bộ phải hướng đến thiết lập một cơ chế hoạt động, các hình thức kiểm toán cũng như phải thiết lập các quy định, chuẩn mực và các mối quan hệ của kiểm toán nội bộ trong quá trình hoạt động. Những nội dung này rất rộng, nhưng trong phạm vi bài viết này tác giả chỉ đề cập các vấn đề trên trong mối liên hệ với kiểm soát nguồn thu thuế nói chung, thuế GTGT nói riêng.
Về cơ chế hoạt động trong giai đoạn hiện nay, kiểm toán nội bộ chỉ thực sự hoạt động hiệu quả khi có những yêu cầu cơ bản liên quan đến địa vị, chức năng kiểm toán nội bộ và mối quan hệ của kiểm toán nội bộ với các nhà quản lý doanh nghiệp, với các bộ phận khác trong doanh nghiệp được thực hiện tốt. Bởi vì, những mối quan hệ này góp phần nâng cao địa vị, chức năng và phạm vi hoạt động của kiểm toán nội bộ. Theo đó, kiểm toán nội bộ phải được giao quyền hạn rộng rãi để có thể kiểm soát toàn bộ các hoạt động, phải được phép thực hiện các hoạt động kiểm soát phù hợp
với các chuẩn mực nghề nghiệp và được quyền sử dụng mọi hồ sơ, thông tin và gặp gỡ tiếp xúc với các đối tượng có liên quan đến thu thập bằng chứng làm sáng tỏ các vấn đề trong khi thực hiện kiểm toán. Với những yêu cầu đó, kiểm toán nội bộ có thể nắm bắt toàn bộ các hoạt động mua, bán hàng hoá, dịch vụ của doanh nghiệp và sẵn sàng cung cấp thông tin về việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế của doanh nghiệp. Mối quan hệ giữa kiểm toán nội bộ với các nhà quản lý có vai trò quyết định trong việc tăng cường tính tự giác của doanh nghiệp trong quản lý thu thuế. Một bộ máy kiểm toán nội bộ hiệu quả có thể tư vấn với Ban lãnh đạo về việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế đúng theo Luật định.
Việc thiết lập các quy định, chuẩn mực khi thực hiện kiểm toán và các mối quan hệ của kiểm toán nội bộ trong quá trình hoạt động là vô cùng cần thiết trong giai đoạn hiện nay. Theo đó, kiểm toán viên nội bộ phải khách quan, độc lập với các hoạt động mà họ kiểm toán. Hơn nữa, việc bố trí cán bộ trong bộ máy kiểm toán nội bộ phải thực sự là những người có trình độ học vấn, có đạo đức nghề nghiệp, có kỹ năng và kiến thức chuyên môn và phải được cấp chứng chỉ kiểm toán viên của cơ quan Kiểm toán Nhà nước. Với các quy định, chuẩn mực này, bộ phận kiểm toán nội bộ sẽ đem lại những thông tin chính xác, khách quan cho Ban lãnh đạo doanh nghiệp, để từ đó Ban lãnh đạo doanh nghiệp nhận biết được thực trạng tình hình thực hiện nghĩa vụ với NSNN.
Về hình thức kiểm toán, trong việc tự giác thực hiện nộp thuế cho NSNN, kiểm toán nội bộ cần chú trọng tới kiểm toán tuân thủ. Kiểm toán nội bộ phải kiểm tra tình hình kê khai và nộp thuế hàng tháng của doanh nghiệp theo đúng các quy định của Luật thuế. Bên cạnh đó, kiểm toán nội bộ còn kiểm tra độ tin cậy của các giao dịch mua, bán hàng hoá, phát hiện những hoá đơn, chứng từ không hợp pháp, phát hiện và loại bỏ những vi phạm như hoá đơn giả, mua bán hoá đơn, kê khai thiếu doanh thu trong việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế. Ngoài ra, kiểm toán nội bộ còn góp phần
củng cố và hoàn thiện chế độ hạch toán kế toán tại doanh nghiệp, giúp cho kiểm soát nguồn thu thuế GTGT được thuận lợi hơn.
Như vậy, hệ thống kiểm toán nội bộ có vai trò rất quan trọng trong kiểm soát nguồn thu thuế GTGT ngay tại doanh nghiệp. Chính vì vậy, một trong những kiến nghị rất bức thiết hiện nay là Nhà nước cần tạo ra một cơ sở pháp lý vững chắc để tăng cường hơn nữa công tác kiểm toán nội bộ tại các doanh nghiệp.