Doanh thu và chi phí là cơ sở để tính thuế GTGT đầu ra, thuế GTGT đầu vào, từ đó xác định số thuế phải nộp. Do vậy, kiểm soát nguồn thu thuế GTGT phải xác định chính xác doanh thu bán hàng và chi phí mua hàng của doanh nghiệp.
Nhằm tăng cường việc kiểm soát doanh thu chịu thuế GTGT, theo tác giả, vấn đề cốt lõi là kiểm soát được việc viết hoá đơn của doanh nghiệp. Đối với các đơn vị bán lẻ, đây là công việc khó khăn, nhưng với những quy định xử phạt nghiêm minh kết hợp với việc thực hiện tốt công tác thanh tra, kiểm tra thì chắc chắn việc kê khai thuế sẽ được thực hiện đầy đủ.
Mặt khác, kiểm soát nguồn thu thuế GTGT cũng cần tăng cường phương pháp đối chiếu giữa doanh thu bán hàng của người bán với chi phí mua hàng của người mua. Việc kiểm tra sẽ phát hiện những vi phạm như kê khai thiếu doanh thu, khấu trừ khống hoá đơn đầu vào, viết hoá đơn liên 1 khác liên 2 để trốn thuế.
Hiện nay, trong lĩnh vực xây dựng cơ bản, doanh thu được xác định là giá trị khối lượng hoàn thành trên biên bản nghiệm thu công trình giữa bên A và bên B nhưng doanh thu thực tế lại là giá trị quyết toán sau khi được các cấp có thẩm quyền duyệt. Nhằm giải quyết vấn đề này, Nhà nước cần có quy định về căn cứ để xác định chính xác doanh thu chịu thuế GTGT, thời điểm viết hoá đơn và kê khai thuế, nhằm tránh tình trạng thuế đầu ra phải nộp thấp hơn thuế đầu vào được khấu trừ (như phần trước đã trình bày), gây thất thu thuế cho Nhà nước. Biện pháp này sẽ tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp và tạo điều kiện thuận lợi cho kiểm soát nguồn thu thuế GTGT.