2.3.1. Tổng hợp hóa học
2.3.1.1. Nghiên cứu Docking
- Việc nghiên cứu sơ bộ tính tương tác của các chất với HDAC (docking) được thực hiện tại Phòng Nghiên cứu cấu trúc Đại học Quốc gia Seul, Hàn Quốc.
- Để tìm hiểu sơ bộ tương tác của các chất với HDAC, chúng tôi đã tiến hành docking cho các chất tổng hợp được dựa trên cơ sở mạng lưới của HDAC8 tương tác với SAHA [26]. Cấu trúc của HDAC8 có điểm tương đồng cao với HDAC4 với điểm DALI Z (Z-score điểm đánh giá độ giống) = 40,4 và điểm r.m.s.d (root-mean- square deviation, độ lệch) = 2,1Å, thứ tự acid amin giống nhau (46%) và là HDAC của động vật có vú đầu tiên có cấu trúc không gian được nghiên cứu kỹ nhất. Chúng tôi thực hiện kiểm soát thử nghiệm lắp ghép của các chất vào HDAC8 bằng chương
17
trình AutoDock Vina [42]. Tiếp theo chúng tôi dự đoán năng lượng của sự tương tác liên kết của các chất tổng hợp được với HDAC8 từ sự lắp ghép trên.
Kết quả được minh họa bằng hình ảnh mô hình và số liệu dự đoán tương tác.
2.3.1.2. Tổng hợp
- Dựa trên những nguyên tắc và phương pháp cơ bản của hóa học hữu cơ để tổng hợp các dẫn chất theo thiết kế.
- Theo dõi quá trình phản ứng bằng sắc ký lớp mỏng (TLC).
2.3.1.3. Kiểm tra độ tinh khiết
- Kiểm tra độ tinh khiết của sản phẩm bằng chạy sắc ký lớp mỏng và đo nhiệt độ nóng chảy.
2.3.1.4. Xác định cấu trúc các chất tổng hợp được
Các chất tổng hợp được được xác định cấu trúc bằng các phổ: phổ hồng ngoại, phổ khối, phổ cộng hưởng từ hạt nhân 1H-NMR và 13C-NMR.
- Phổ hồng ngoại (IR): được ghi tại khoa Hóa, trường Đại học Khoa học tự nhiên Hà Nội trên máy Perkin Elmer với kỹ thuật viên nén KBr trong vùng 4000- 600 cm-1. Các mẫu rắn được phân tán trong KBr đã sấy khô với tỷ lệ khoảng 1: 200 rồi ép dưới dạng film mỏng dưới áp lực cao có hút chân không để loại bỏ hơi ẩm.
- Phổ khối lượng (MS): được đo bằng máy khối phổ HP 5989B-MS của Viện Hóa học Việt Nam, chế độ đo LC-MS, dung môi methanol.
- Phổ cộng hưởng từ hạt nhân proton 1H-NMR và carbon 13C-NMR được ghi trên máy Bruker AV-500 tại Trung tâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, dung môi DMSO-d6. Độ chuyển dịch hóa học (δ) được biểu thị bằng đơn vị phần triệu (parts per million - ppm), lấy mốc là pic của chất chuẩn nội tetramethylsilan (TMS).