Kiểm tra, kiểm soát là một nội dung quan trọng trong quá trình quản lý sử dụng vốn đầu tƣ. Kiểm tra, kiểm soát nhằm tìm ra những mặt ƣu điểm, những nhân tố mới, tích cực để phát huy, đồng thời phát hiện những sai lệch của đối tƣợng quản lý để uốn nắn kịp
thời. Mặt khác, qua kiểm tra, kiểm soát, giám sát có thể phát hiện những điểm bất cập, bất hợp lý trong cơ chế để kịp thời sửa đổi cho phù hợp.
Để đảm bảo việc quản lý, sử dụng vốn đầu tƣ có hiệu quả, việc kiểm tra, kiểm soát vốn đầu tƣ phải thực hiện thƣờng xuyên ở tất cả các khâu trong chu trình đầu tƣ, từ khâu phân bổ kế hoạch đến khâu thanh toán, quyết toán. Việc kiểm tra, giám sát cần phải đƣợc thực hiện nghiêm túc từ chủ đầu tƣ, ngƣời quyết định đầu tƣ, các cơ quan quản lý nhà nƣớc và kiểm tra giám sát của cộng đồng.
Đối với công tác đầu tƣ xây dựng, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 113/2009/NĐ-CP ngày 15/9/2009 về giám sát, đánh giá đầu tƣ; Quyết định số 80/2005/QĐ-TTg ngày 18/4/2005 của Thủ tƣớng Chính phủ về việc ban hành Quy chế giám sát đầu tƣ của cộng đồng, ngoài ra các cơ quan chuyên ngành cũng có những quy định về việc kiểm tra, giám sát những nội dung liên quan nhƣ quản lý chất lƣợng, an toàn lao động, vệ sinh môi trƣờng, phòng cháy chữa cháy...
Các Bộ, UBND các tỉnh, cơ quan Tài chính, KBNN định kỳ hoặc đột xuất kiểm tra các chủ đầu tƣ, nhà thầu tham gia dự án về tình hình sử dụng vốn tạm ứng, vốn thanh toán khối lƣợng hoàn thành và việc chấp hành chính sách, chế độ tài chính đầu tƣ phát triển của Nhà nƣớc.
Cơ quan Tài chính các cấp định kỳ hoặc đột xuất kiểm tra KBNN về việc thực hiện chế độ thanh toán vốn đầu tƣ.