Đối với các hộ gia đình và các trang trại chăn nuôi gia súc lớn như lợn thì việc sử dụng hệ thống Biogas được đánh giá cao. Không chỉ xử lý được chất thải chăn nuôi lợn mà sản phẩm sau xử lý còn được tận dụng an toàn cho
trồng trọt. Hiện nay, được sự hỗ trợ của nhà nước nhiều gia đình đã xây dựng hầm Biogas. Nhưng biện pháp này vẫn còn những tồn tại đó là:
+ Khó khăn trong việc mở rộng quy mô hầm.
+ Khó khăn trong việc thu gom cặn phân trong hầm sau xử lý.
+ Do yêu cầu kỹ thuật cao nên việc xây dựng, lắp đặt hầm còn nhiều khó khăn.
+ Về chi phí nếu như không được đầu tư thì giá thành xây dựng, lắp đặt hầm vẫn còn cao.
Đối với hộ gia đình chăn nuôi lợn, trâu, bò,... Với số lượng nhỏ khoảng 4 con trở lên về với lượng phân thải còn ít thì biện pháp ủ phân truyền thống
được sử dụng phổ biến. Tuy nhiên, còn nhiều gia đình ủ phân chưa theo đúng quy trình về kỹ thuật, thời gian hoặc phân ủ chưa đạt tiêu chuẩn đã đem sử
dụng vừa không đạt hiệu quả vừa gây ô nhiễm môi trường. Nhưng bên cạnh
đó, lại có một số gia đình đã sử dụng thêm chế phẩm sinh học như UMIC, Tricoderma, EMUNIC,... Vào ủ phân đem lại hiệu quả cao.
Tuy chăn nuôi gà tại địa phương phát triển tương đối mạnh đem lại hiệu quả kinh tế cao nhưng vấn đề xử lý chất thải chăn nuôi gà còn gặp nhiều khó khăn. Trên thực tế, xã chưa có bất kỳ quy trình thống nhất về thời gian cụ
thể nào cho việc thu gom, xử lý chất thải chăn nuôi gà. Do đó, hầu như các hộ
gia đình, trang trại tự quyết định thời gian thu gom riêng. Đối với các trang trại chăn nuôi gà thịt thì thời gian thu gom phân là khoảng 30 ngày/lần, còn đối với chăn nuôi gà đẻ trứng thì 15 – 20 ngày/ lần, các hộ gia đình thì càng không kiểm soát. Hiện nay, phân gà sau thu gom được đem sử dụng cho trồng trọt mà không được thực hiện qua bất kỳ một biện pháp xử lý nào nên không chỉ gây ô nhiễm môi trường mà còn tạo điều kiện cho dịch bệnh phát triển mạnh.
Tuy phân gà tươi có chứa rất nhiều dinh dưỡng cho cây trồng như: N, P, K nhưng lại tồn tại ở dạng hợp chất hữu cơ, mà cây trồng chỉ hấp thu được chất dinh dưỡng ở dạng vô cơ hòa tan. Vậy nên việc sử dụng phân gà tơi như
hiện nay thì hầu như không đạt hiệu quả. Do đó, Việc áp dụng các biện pháp sinh học trong xử lý chất thải chăn nuôi gà là rất cần thiết vừa không gây ô nhiễm môi trường, Phòng chống dịch bệnh lại tăng hiệu quả sử dụng phân gà.