Hiện nay trong các doanh nghiệp nhỏ và vừa trình độ tay nghề của người lao động là yếu và kém. Chủ yếu lao động phổ thông, trình độ văn hoá thấp, thiếu kỹ năng lao động. Bên cạnh đó tình trạng bất hợp lý trong cơ cấu đào tạo trong cả nước dẫn đến hiện tượng “thừa thầy, thiếu thợ” đã đẩy doanh nghiệp nhỏ và vừa vào tình trạng thiếu lao động lành nghề và giảm khả năng cạnh tranh của doanh nghiệp. Cùng với đó là vấn đề xác định chi phí tiền lương tiền công để tính thuế thu nhập doanh nghiệp cũng đang gặp khó khăn. Các chi phí này thường bị cơ quan thuế xác định thấp hơn từ 30 - 50% có nơi đến 100% so với mức chi phí thực tế mà doanh nghiệp trả cho người lao động. Phần chênh lệch này bị xác định là thu nhập chịu thuế mà chủ doanh nghiệp phải chịu do đó ảnh hưởng nhiều đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Lý do mà cơ quan thuế đưa ra là tránh tình tạng doanh nghiệp khai tiền lương cao để trốn thuế. Tuy vậy việc làm này trái với quyền tự chủ của doanh nghiệp trong cơ chế thị trường. Cơ quan thuế chỉ có quyền thi hành thang lương, bảng lương mà doanh nghiệp đã công bố và đăng ký.
Nếu doanh nghiệp trả lương cho người lao động đúng như họ đã đăng ký thì cơ quan thuế không thể không công nhận thực tế đó. Chính những cản trở từ phía cơ quan hành chính Nhà nước đã làm cho sức cạnh tranh của nhiều doanh nghiệp nhỏ và vừa vừa tốn kém so với các doanh nghiệp Nhà nước.