Bản thõn nhận thức cũn yếu của cổ đụng cũng là một trong những nguyờn nhõn dẫn đến những tranh chấp kộo dài trong nội bộ cụng ty. Khi Hội đồng quản trị vi phạm điều lệ, khụng hoàn thành nghĩa vụ, cỏc cổ đụng khụng thực hiện quyền thay thế Hội đồng quản trị của mỡnh mà viết đơn tố cỏo yờu cầu cơ quan nhà nước can thiệp; khi cụng ty cú dấu hiệu vi phạm chế độ quản lý tài chớnh thỡ cổ đụng khụng yờu cầu Ban Kiểm soỏt của cụng ty làm rừ mà lại yờu cầu cơ quan nhà nước thanh tra, kiểm tra [47, tr. 57]. Vụ việc tại Cụng ty cổ phần Hữu Nghị là một dẫn chứng tiờu biểu: Do thiếu hiểu biết về cơ chế hoạt động của Đại Hội đồng cổ đụng cựng với sự lụi kộo của một số người lợi dụng, một nhúm cổ đụng đó tự ý dựng lờn Hội đồng quản trị, kiện cỏo yờu cầu tũa tuyờn vụ hiệu cỏc hợp đồng chuyển nhượng đó được giao kết và thực hiện hoàn toàn tự nguyện.
Dự doanh nghiệp đó chuyển đổi cụng ty cổ phần, cỏc cổ đụng - người lao động trong doanh nghiệp chưa thể từ bỏ thúi quen sử dụng cỏc thiết chế chớnh trị - xó hội như tổ chức Đảng, Cụng đoàn, Hội phụ nữ, Đoàn thanh niờn để bày tỏ nguyện vọng của mỡnh. Vỡ thế Đại hội đồng cổ đụng trong cỏc cụng ty này khụng phỏt huy được vai trũ của mỡnh.
Trỏi lại, cũng trong nhiều cụng ty được cổ phần húa từ doanh nghiệp nhà nước, cổ đụng, người lao động lại thực hiện quyền làm chủ một cỏch "quỏ trớn". Đến mức trong một doanh nghiệp tại Hà Nội, Ban Giỏm đốc khi đưa ra một quyết định chi tiờu nào quỏ 100.000 đồng cũng phải "họp xin ý kiến" rất căng thẳng và mất nhiều thời giờ, khụng phự hợp với cơ chế thị trường đũi hỏi linh hoạt, phản ứng nhà [59]. Khi điều này diễn ra thỡ cụng ty cổ phần cú nguy cơ biến thành một hợp tỏc xó, nơi mà mọi xó viờn đều cú quyền bỡnh đẳng trong quản lý doanh nghiệp [28, tr. 384].
Bờn cạnh đú, một hiện tượng cũng khỏ phổ biến là khi khụng đồng tỡnh với diễn biến tại cuộc họp Đại hội đồng cổ đụng, một số cổ đụng liền
quấy rối, cản trở tiến trỡnh họp bằng những cỏch hết sức "bạo lực" như giật micro, vứt tài liệu, giật giấy tờ của chủ tọa, cản trở chủ tọa điều khiển cuộc họp… [59].
Trong nhiều trường hợp, cỏc cổ đụng thiểu số lại khụng nhận thức được cơ hội mà họ cú quyền sử dụng để tạo ra "quản trị" phự hợp nấht với điều kiện thực tế của cụng ty, hoặc khụng đủ vị thế và năng lực để đàm phỏn, tạo ra vị thế cú lợi hơn trong quản trị cụng ty. Thực tế, điều lệ của khụng ớt cụng ty, quy định về giới hạn về cổ đụng khụng được tham dự Đại hội đồng cổ đụng. Như vậy, một phần lớn cổ đụng đó khụng tiếp cận được với thụng tin của cụng ty, khụng nhận được cỏc thụng bỏo về cỏc quyết định của Đại hội đồng cổ đụng, thậm chớ khụng nhận được cả thụng bỏo về việc trả cổ tức.
Liờn quan đến cổ đụng là Nhà nước, khi một số cỏn bộ, cơ quan nhà nước cú liờn quan khụng phõn biệt rạch rũi quyền cổ đụng, quyền quản lý hành chớnh, đó can thiệp trực tiếp vào cụng việc quản trị nội bộ của cụng ty như khụng cho phộp triệu tập Đại hội đồng cổ đụng, hoặc chỉ đạo triệu tập Đại hội đồng cổ đụng, chỉ định bổ nhiệm, thay thế thành viờn hội đồng quản trị.
Chớnh sự can thiệp hành chớnh này, đó khiến khụng ớt cụng ty sau cổ phần húa vướng vào những mõu thuẫn nội bộ phức tạp như trường hợp của Cụng ty cổ phần Khỏch sạn Hữu Nghị (Hà Nội), Cụng ty cổ phần Khỏch sạn Phan Thiết.