Một là, các doanh nghiệp xuất khẩu sẽ không được tiếp tục hưởng một số ưu đãi từ Chính phủ. Khi Việt Nam gia nhập WTO, một số ưu đãi của chính phủ sẽ
phải được điều chỉnh hoặc bãi bỏ do không phù hợp với các qui định của WTO. Trong đó, có thể kể đến một số chính sách trợ cấp như thưởng XK, cho vay ưu đãi... Nếu như không tuân thủ quy định, Việt Nam có thể chịu sự trả đũa, trừng phạt của
các nước thành viên còn lại. Tuy nhiên, việc bãi bỏ những hỗ trợ như vậy sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến sự phát triển của ngành chế biến cá tra XK và gây giảm động lực XK của các DN, nhất là các DN hiện đang được hưởng lợi trực tiếp từ các chính sách này.
Hai là, thách thức về các rào cản kỹ thuật. Các nước EU, đặc biệt là khu vực
Tây Âu vốn được biết đến là một thị trường rất khó tính đối với hàng nông thủy sản và thực phẩm của Việt Nam không chỉ bởi hàng rào thuế quan vẫn duy trì ở mức cao mà còn bởi những quy định khắt khe về kiểm dịch động thực vật (SPS) và các hàng rào kỹ thuật trong thương mại (TBT). Do đó, DN Việt Nam phải đối diện với không ít thách thức. DN chế biến thủy sản phải đáp ứng được các tiêu chuẩn chất lượng luôn đổi mới không ngừng của thị trường EU. Ngoài ra, DN ngày càng phải gánh nhiều chi phí hơn trong việc tuân thủ các quy định SPS, TBT và bảo tồn nguồn lợi khi XK vào EU. EU cũng duy trì một hệ thống cảnh báo nhanh, chỉ cần một lô hàng có vấn đề về vệ sinh an toàn thực phẩm thì ngay lập tức sẽ được thông báo trong toàn bộ EU và hàng hóa đó sẽ không thể tiếp tục lưu hành trong khu vực.
Ba là, sự cạnh tranh gay gắt từ các đối thủ. Hiện nay, diện tích nuôi cá tra tại
các nước trong khu vực đang tăng đáng kể như Bangladesh, Philippines, Thái Lan, Ấn Độ, Indonesia... Các nước này đều có những chiến lược đầu tư lâu dài cho việc phát triển cá tra tiêu thụ nội địa và XK. Cùng với việc EU vẫn cho phép Việt Nam hưởng GSP, thì thị trường này cũng đồng thời cho phép Myanmar hưởng lại EBA (quy ước miễn thuế cho hàng hóa của Myanmar, trừ vũ khí, vào EU). Do đó, thời gian tới, thủy sản Việt Nam cũng sẽ đối mặt với sự cạnh tranh mạnh mẽ của hàng thủy sản XK vào EU từ Myanmar. Bởi, hiện Myanmar cũng có nhiều mặt hàng thủy sản tương đồng với Việt Nam khi vào EU, lại được miễn trừ thuế, nên hàng Việt Nam sẽ khó cạnh tranh (Hải Lam, 2013).
Bốn là, những tồn tại và thiếu sót trong công tác quản lý vĩ mô của Nhà nước. Nhiều chính sách của nhà nước ra đời chỉ mang mang tính tạm thời, giải
quyết những vấn đề nảy sinh trước mắt, chưa tạo được môi trường ổn định cho ngành cá tra phát triển bền vững. Những hỗ trợ về thông tin thị trường của nhà nước rất yếu. Nhà nước không chủ động dự báo xu hướng của thị trường cho các DNXK cá tra mà đợi đến khi có vấn đề phát sinh mới tìm cách tháo gỡ. Ví dụ như đầu năm
2007, những điều chỉnh từ các chính sách tiền tệ của nhà nước để ngăn chặn lạm phát khiến nhiều DN chế biến XK khó khăn do thiếu vốn thu mua cá trong dân, người nuôi thì thiếu vốn đầu tư.
Năm là, ảnh hưởng của biến động tỷ giá. Biến động tỷ giá cũng là một nhân
tố tác động rất lớn đến hoạt động XK cá tra. Ngành cá tra ở An Giang hướng đến XK là chủ yếu, với đa số các hợp đồng hiện nay được thanh toán bằng đồng đôla Mỹ. Thời gian qua, đồng đôla Mỹ liên tục biến động mạnh, thêm vào đó là đồng Việt Nam đã có những thời điểm rơi vào tình trạng khan hiếm khiến việc chuyển đổi tỷ giá gây khó khăn cho cả các nhà chế biến XK cá tra vì thế nhiều phen rơi vào tình trạng vô cùng khó khăn.
Sáu là, tình hình XK tiếp tục chịu ảnh hưởng từ cuộc khủng hoảng nợ công châu Âu. Cuộc khủng hoảng nợ công Châu Âu vẫn chưa chấm dứt, các nước EU
siết chặt chi tiêu, tình trạng gom hàng dự trữ của các đối tác tại EU cũng rất hạn chế đã ảnh hưởng rất lớn đến hoạt động XK cá tra của các DN ở An Giang.