Với các kết quả từ hai khảo sát trên, độ tinh sạch DNA được đặt lên thành mục tiêu chính. Protein là nguyên nhân chủ yếu gây ra vấn đề tạp nhiễm,khiến DNA tách chiết không đạt yêu cầu tinh sạch. Trong điều kiện bình thường, các phân tử protein
tồn tại ở trạng thái tan trong nước và lẫn cùng với DNA. Dưới tác dụng của gradient nồng độ cao, các phân tử protein bị biến tính và chuyển sang dạng không hòa tan. NaCl là một hóa chất thông dụng dùng trong việc gây biến tính protein. Trong khảo sát trên, nồng độ NaCl trong đệm hỗ trợ gắn kết DNA và hạt nano sắt từ được sử dụng là 1,5 M, chưa đủ để gây biến tính protein.
Các mức nồng độ NaCl được khảo sát là 1,5M ; 2M ; 2,5 M và 3M. Yếu tố pH và thời gian ủ được giữ cố định lần lượt ở pH = 8 và 15 phút.
Hình 3.5: Số lượng và độ tinh sạch của DNA khi thu tách ở các nồng độ NaCl
Lượng DNA thu được tăng theo sự tăng nồng độ NaCl trong đệm hỗ trợ gắn kết DNA và hạt nano sắt từ. Tại nồng độ NaCl 3M thì DNA tách được nhiều nhất.Sự tương quan giữa nồngđộ
Long
Về độ tinh sạch của DNA, tỷ số A260/A280 tăng dần khi nồng độ NaCl khảo sát tăng. Tại 2 giá trị nồng độ NaCl khảo sát là 2,5 M và 3M thì tỷ số A260/A280 nằm trong khoảng 1,8-2; DNA tách chiết đạt yêu cầu tinh sạch.
Dung dịch NaCl nồng độ cao đóng vai trò làm chất gây kết tủa protein. Các chuỗi PEG bao phủ bề mặt hạt nano sắt từ, từ đó hạn chế sự hút bám của protein [17]. Vì vậy khi đã bị tủa thì protein không thể hấp thụ lên hạt nano sắt từ và DNA thu được sẽ không còn bị nhiễm protein.
Hình 3.6: Kết quả điện di các mẫu DNA tách bằng các lượng hạt nano sắt từ khác nhau.M1, M2,M3 và M4 : lần lượt là mẫu DNA tách với các nồng độ NaCl
lần lượt 3M; 2,5M;2M và 1M
Kết quả điện đi các mẫu DNA cho thấy, các mẫu M1 và M2 cho băng DNA đậm hơn M3 và M4. Điều này phù hợp với kết quả đo độ hấp thụ quang của các mẫu tại bước sóng A260. Băng DNA M3 và M4 không rõ rét, DNA lan thành vùng rộng. Điều này có thể giải thích là do DNA có lẫn các loại protein khác nhau, kéo theo băng DNA bị nhiễu.