Chương 3 TIẾN HÓA QUA TỪNG THUẬT TOÁN
3.3. Giai đoạn Charles Darwin và PAM
Trong sinh học tiến hóa hiện đại, tồn tại một khái niệm có thể cho rằng làm chậm bước tiến chọn lọc tự nhiên của Charles Darwin nhưng không phản bát lại chọn lọc tự nhiên, đó là “hóa thạnh sống”. Quay lại thời gian sau khi Charles Darwin xuất bản “nguồn gốc muôn loài”, vào thời điểm này sinh học tiến hóa phụ thuộc rất nhiều vào hóa thạch trên các lớp trầm tích, một số luận điểm cơ bản của Charles Darwin đã được kiểm nghiệm trên các hóa thạch ngay thời điểm đó. Tuy nhiên các hóa thạch tại thời điểm này vẫn còn trong tình trạng rất rời rạc và góp phần không nhỏ khiến cho thuyết tiến hóa của Charles Darwin nhận được vô vàng sự chỉ trích.
Chọn lọc tự nhiên mà Darwin nhắc đến đã thể hiện sức mạnh lên muôn loài. Vậy điều gì xảy ra với các loài không đi theo chọn lọc tự nhiên, hóa thạch sống là
một câu trả lời hoàn hảo. Qua các hóa thạch ở các lớp trầm tích, một số loài cho thấy sự bền vững về hình dáng qua thời gia là đáng kinh ngạc, điều này không chị làm chậm chân thuyết tiến hóa mà còn khiến cả giới khoa học rung động khi nghe phát hiện ra tại nơi nào đó trên trái đất này vẫn nó một vài loài như vậy tồn tại. Trong số đó, nổi tiếng có loài “cá vay tay” với hình dáng của 240 triệu năm trước vẫn tồn tại đến ngày nay.
Hình 3.3. Bí ẩn thế giới các hóa thạch sống Nguồn Bí ẩn thế giới các hóa thạch sống theo [6]
Với Darwin, hoặt là tiến hóa, hoặt là hóa thạch (dạng sống hoặt trầm tích). Vậy nếu đặt giả thuyết nếu không tiến hóa và cũng không muốn trở thành hóa thạch ? Kết quả là tuyệt chủng hay nói theo cách sinh học: loài này sẽ bị loại bỏ.
Loại bỏ cũng là điểm tương đồng giữa học thuyết của Charles Darwin với thuật toán PAM. Nhưng vẫn có sự khác biệt. Đối với học thuyết của Darwin, nếu không tiến hóa và cũng không phải hóa thạch thì cá thể đó sẽ bị chọn lọc tự nhiên loại bỏ theo cách này hay cách khác. PAM cũng vậy nhưng PAM không hoàn toàn loại bỏ đối tượng này, đơn giản hơn PAM làm cho tầm ảnh hưởng của đối tượng này lên cụm bị loại bỏ tương ứng hay cụ thể hàm đánh giá đối tượng này cho giá trị bằng 0 với cụm tương ứng.
Xét riêng cho thuật toán PAM, việc làm cho tầm ảnh hướng của đối tượng lên điểm mediod của cụm là một bước tiến quan trọng. Tuy nhiên trong các giải thuật gom cụm trung tâm, điều này chưa được tận dụng triết để. Tuy nhiên trong các
giải thuật gom cụm theo mật độ, đối tượng ngoại lai có thể tận dụng được tốt hơn ý tưởng này.