Bảo lãnh ra đời với mục đích nhằm giảm thiểu rủi ro cho hoạt động kinh tế thương mại. Tuy nhiên, cũng giống như tất cả mọi hoạt động khác, hoạt động bảo lãnh tiềm ẩn rất nhiều rủi ro và nếu xảy ra sẽ gây ra tổn thất lớn cho ngân hàng vì vậy ngân hàng cần nhận biết những rủi ro này để có những biện pháp phòng ngừa. Rủi ro chứng từ: Đây là rủi ro phổ bến nhất mà các bên tham gia hoạt động bảo lãnh đều gặp phải. Vì loại bảo lãnh chủ yếu được sử dụng là bảo lãnh theo yêu cầu, mà theo loại bảo lãnh này bên thụ hưởng có quyền yêu cầu thanh toán mà không
cần phải chứng minh có quyền yêu cầu thanh toán hay đã hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ mà bên thụ hưởng chỉ cần xuất trình những chứng từ theo yêu cầu. Về phía ngân hàng cũng chỉ cần kiểm tra sự phù hợp trên bề mặt chứng từ và việc thanh toán dựa trên nguyên tắc thanh toán trước- khiếu kiện sau, nên ngân hàng sẽ thực hiện thanh toán ngay khi bên thụ hưởng xuất trình giấy tờ yêu cầu. Rủi ro sảy ra khi bên thụ hưởng bảo lãnh xuất trình chứng từ giả đòi thanh toán. Để ngăn chặn hành vi này, trong các văn bản pháp lý của quốc gia và quốc tế đều có các điều khoản loại trừ những hành vi lừa đảo.
Rủi ro do uy tín của ngân hàng: Trong một số trường hợp, ngân hàng phát
hành bảo lãnh không phải là ngân hàng được đánh giá cao trong quan hệ ngân hàng đối ngoại, bảo lãnh ngân hàng này phát ra bị ngân hàng nước ngoài từ chối thông báo. Lúc này để được ngân hàng của bên thụ hưởng chấp nhận thì ngân hàng phát hành buộc phải ký quỹ một khoản tiền tương đương với số tiền và thời gian bảo lãnh tại ngân hàng thông báo. Rủi ro này thường sảy ra trong các giao dịch thương mại quốc tế, khi điều kiện tiềm lực và uy tín của ngân hàng phát hành chưa đủ tầm vươn ra trường quốc tế và được chấp nhận.
Rủi ro về phía khách hàng: Khi chấp nhận bảo lãnh và phát hành thư tín dụng,
tuy tiền chưa ra khỏi ngân hàng nhưng tiềm ẩn rất nhiều rủi ro trong đó vì khi thư tín dụng được gửi đi cũng có nghĩa là ngân hàng đã cam kết với người nhận bảo lãnh sẽ thực hiện nghĩa vụ tài chính thay cho khách hàng nếu khách hàng của mình không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ nghĩa vụ. Vì vậy rủi ro với ngân hàng cũng là rủi ro xảy ra với người được bảo lãnh vì khi đó họ sẽ không thể thực hiện được nghĩa vụ của mình khiến ngân hàng phải thực hiện nghĩa vụ thay.
Rủi ro bất khả kháng: Là rủi ro gây ra bởi một biến cố mà không thể nào dự
đoán hay kiểm soát được như chiến tranh, nổi loạn, đình công hay do thiên tai, lũ lụt…Những rủi ro này làm gián đoạn hoạt động sản xuất kinh doanh bình thường của ngân hàng khiến cho ngân hàng không thực hiện nghĩa vụ đã cam kết. Khi gặp
phải loại rủi ro này, ngân hàng không có nghĩa vụ và không phải chịu trách nhiệm về những hậu quả phát sinh.