Đi cùng với những thuận lợi, công tác tổ chức bộ máy quản lý cũng có nhiều mặt hạn chế. Bộ máy quản lý bao gồm nhiều bộ phận, nhiều cấp bậc, nhiều công đoạn quản lý gây ra sự phức tạp cho quản lý kinh doanh, sự chồng chéo trong công tác quản lý gây ra sự mâu thuẫn. Ví dụ như công nhân của các phân xưởng mộc, xưởng đúc, xưởng cán thép...đồng thời phải chịu sự quản lý của nhiều phòng ban. Với sự phức tạp trong quản lý như vậy sẽ gây khó khăn trong công việc sản xuất kinh doanh.
Công ty chưa có một đội ngũ lao động trẻ có trình độ hoạt động để có thể kế cận cho đội ngũ kỹ sư và đội ngũ cán bộ quản trị ở các phòng ban mà phần lớn tuổi đời đều đã trên 40 tuổi. Con số 207 người đã qua độ tuổi 30 chiếm 84,15% tổng số lao động quản lý. Như vậy, nếu không có chiến lược trẻ hoá lao động Công ty sẽ gặp khó khăn trong chiến lược phát triển cho tương lai.
Chính sách tiền lương đặc biệt là cách trả lương cho bộ phận lao động gián tiếp, cho trưởng các bộ phận, phòng ban và các phó Giám đốc còn mang tính chủ quan, chưa gắn chặt quyền lợi của lao động gián tiếp với hiệu quả sản xuất kinh doanh của Công ty.
Trong thời đại bùng nổ thông tin như hiện nay, với sự phát triển như vũ bão của công nghệ thông tin, vậy mà số lượng máy tính trên đầu người của Công ty tương đối thấp. Là một Công ty công nghiệp nặng với số vốn lớn nhưng trình độ của các cán bộ quản lý của Công ty về việc sử dụng máy tính lại không cao, đặc biệt là về mạng Internet. Mạng Internet là một nơi cung cấp thông tin cập nhật và quan trọng. Nếu đội ngũ quản lý của Công ty thành thạo trong việc sử dụng nó để tìm kiếm các thông tin và qua đó có thể tìm được đối tác trong và ngoài nước.
Điều kiện làm việc của cán bộ quản lý của Công ty Cơ khí Hà Nội tuy đã được cải thiện nhiều nhưng vẫn chưa thực sự tốt, với hệ thống văn phòng cũ kỹ, chật chội cùng với sự ồn ào do nằm gần khu sản xuất mà không có hệ thốg cách âm làm cho cán bộ quản lý khó tập trung trong công việc.
Mặt khác, số lượng lao động gián tiếp quá nhiều và chiếm một tỷ lệ quá lớn trên tổng số lao động toàn Công ty, cụ thể là 24,53%. Sự dày đặc về số lượng lao động quản lý đã dẫn đến tình trạng dư thừa về lao động quản lý, nhất là vào thời điểm Công ty có rất ít đơn đặt hàngvà gây ra sự nhàn rỗi cho nhân viên quản lý.
Tóm lại, có thể nói tồn tại lớn nhất trong bộ máy quản lý của Công ty Cơ khí Hà Nội là tình trạng thừa thì vẫn thừa mà thiếu thì vẫn thiếu. Tức là thừa cán bộ có thâm niên và kinh nghiệm và thiếu đội ngũ cán bộ trẻ năng động, có trình độ.