Điều kiện ban đầu và điều kiện biờn được xỏc định cho khoảng thời gian mụ hỡnh như sau:
+ Điều kiện ban đầu về mực nước trờn miền mụ hỡnh được xỏc định bằng cỏch sau. Tại cửa Trà Lý cú mực nước lấy bằng mực nước biển trung bỡnh trong khoảng thời giỏn mụ hỡnh. Mực nước tại thượng lưu miền mụ hỡnh được nội suy theo mực nước tại trạm thủy văn Thỏi Bỡnh, trạm thủy văn Quyết Chiến và khoảng cỏch giữa hai trạm thủy văn này và vị trớ thượng lưu miền mụ hỡnh. Mực nước sụng Trà Lý trờn toàn bộ đoạn sụng mụ hỡnh được nội suy từ 3 giỏ trị mực nước tại trạm Định Cư, Trà Lý và trạm Quyết Chiến (nằm cỏch trạm Thỏi Bỡnh 19,8km về phớa thượng lưu) sẽ cho mực nước ban đầu.
+ Điều kiện biờn thủy lực: thượng lưu cú dũng chảy vào đó biết hoặc mực nước đó biết và mực nước hạlưu ứng với mực nước biển trong thời gian mụ hỡnh.
- Trong đỏnh giỏ khả năng cấp nước và xõm nhập mặn cỏc sụng ảnh hưởng xõm nhập mặn từ biển sử dụng tần suất dũng chảy ứng với 85%. Mực nước hoặc lưu lượng sử dung sẽứng với lưu lượng tần suất 85% này.
- Tương quan giữa mực nước và lưu lượng tại trạm thủy văn Hà Nội trờn sụng Hồng được sử dụng;
Thời kỳ sau 1990 lưu lượng sụng Hồng tại Hà Nội nhỏ nhất là 5450m3/s (năm 2010) ứng với tần suất P=83,3% và tiếp theo là 7330m3/s (năm 1993) ứng với P=87,5%. Như vậy tần suất 85% ứng với giữa 2 giỏ trị này. Vỡ vậy quỏ trỡnh lưu lượng nước sụng Hồng được sử dụng đểtớnh lưu lượng nước vào sụng Húa và mực nước sụng Hồng tại thượng lưu miền mụ hỡnh sụng Trà Lý được nội suy từ quỏ trỡnh lưu lượng và mực nước của năm 1993 và 2010.
Như vậy mụ hỡnh số theo khụng gian hai chiều theo x và y đó được xõy dựng đó chứa cả thụng tin về độ cao đỏy lũng sụng miền mụ hỡnh. Về khụng gian theo chiều thẳng đứng, đó chia ra 7 lớp nước theo chiều sõu, cú chiều dày bằng nhau trờn mọi phần tử (tức là chiều dày lớp nước trờn phần tử bằng 1/7 chiều dày cột nước tổng cộng trờn phần tửđú). Điều kiện ban đầu về mực nước (và chiều dày cột nước) trờn từng phần tử được nội suy bằng mụdun nội suy trong EFDC explorer. Mọi phần tửở biờn thượng lưu được gỏn cho điều kiện biờn cú lưu lượng vào đó biết tỷ lệ theo diện tớch thẳng đứng của từng phần tử theo hướng vuụng gúc với dũng chảy (thực hiện tựđộng bằng EFDC explorer). Nồng độ muối ban đầu trờn toàn miền mụ hỡnh là 0,1g/l. Cỏc phần từ biờn hạlưu cú mực nước đó biết đỳng bằng mực nước tại biển và cú nồng độ muối bằng 30g/l. Bước thời gian mụ hỡnh được lựa chọn theo yờu cầu của độ chớnh xỏc của mụ hỡnh sốmà EFDC explorer đó được chọn là 2s.