Một số nguyên nhân dẫn đến những sai lầm trong quá trình giám sát và điều hành hợp đồng nhập khẩu của Công ty là:
− Nhân viên làm việc một cách không khoa học, tính linh hoạt chưa cao.
− Chưa khai thác triệt để nguồn lực. Mặc dù kim ngạch XNK tăng nhưng Công ty vẫn chưa khai thác được hết tiềm năng của các đơn vị thành viên trong Tổng công ty.
− Khó khăn trong huy động vốn. Một vấn đề khác cũng rất cấp thiết đối với công ty đó là vốn kinh doanh. Nhiều những đơn hàng lớn, khi mở L/C bên ngân hàng yêu cầu đặt cọc một lượng ngoại tệ lớn cũng là một trong những khó khăn cho Công ty.
− Kinh nghiệm còn hạn chế. Tuy được đánh giá là có kinh nghiệm và uy tín trong lĩnh vực XNK nhưng so với các doanh nghiệp kinh doanh XNK trong khu vực và trên thế giới thì Công ty còn tương đối non trẻ cả về thâm niên hoạt động cũng như kinh nghiệm sản xuất kinh doanh và kinh nghiệm marketing XNK. Đội ngũ nhân viên tuy giỏi, nhiệt tình trong công tác XNK nhưng chưa có nhiều kinh nghiệm nên đôi khi chưa phát huy được hết khả năng và trình độ chuyên môn.
− Khi có sự cố, thường trưởng phòng là người trực tiếp giải quyết, khiến cho các nhân viên ko có kinh nghiệm thực tiễn, luôn bị động khi có sai sót hay khiếu nại xảy ra.
− Về phía Nhà nước: là do sự thiếu đồng bộ trong hệ thống chính sách pháp luật, các quy định, quy chế về quản lý kinh doanh xuất nhập khẩu nhiều khi không thống nhất với nhau. Bên cạnh đó, hệ thống pháp luật của Việt Nam còn nhiều điểm chưa phù hợp với các nguồn luật điều chỉnh các hoạt đồng kinh doanh quốc tế. Điều này cũng gây khó khăn rất lớn cho các doanh nghiệp xuất nhập khẩu nói chung và công ty nói riêng. Các điều kiện về cơ sở hạ tầng phục vụ cho kinh doanh xuất nhập khẩu của nước ta còn yếu kém là một bất lợi đối với các doanh nghiệp và phần nào ảnh hưởng đến hiệu quả của việc thực hiện hợp đồng.