Protein NP (nucleoprotein) là một loại protein được photphoryl hóa, biểu hiện đặc tính kháng nguyên đặc hiệu theo nhóm và tồn tại trong hạt virus liên kết với mỗi phân đoạn RNA dạng xoắn anpha, tạo thành dạng cấu trúc ribonucleoprotein
[51].
Protein NP có phân tử lượng tính toán khoảng 56x103Da (trên thực tế là 50- 56x103Da) với khoảng 1000 phân tử /virion [45], [49].
Nghiên cứu cấu trúc bậc 3 của NP cho thấy, NP có cấu tạo bao gồm 3 vùng
(domain): Vùng đầu cấu tạo gồm 2 đoạn polypeptide, từ vị trí amino acid (aa) 150 đến aa 272 và từ vị trí aa 438 đến aa 452; vùng thân gồm 3 đoạn polypeptide, từ vị trí amino acid 21 đến aa 149, aa 273 đến aa 396 và từ vị trí aa 453 đến aa 489; vùng vòm (loop) tận cùng từ aa 402 tới aa 428. Trong đó, các đoạn polypeptide nối giữa các vùng có vai trò quan trọng trong cấu trúc bậc 3 của NP, như: phần nối đầu tận từ aa 397 đến aa 401 và aa 429 đến aa 437, kết nối phần tận cùng và phần đầu củavùng thân của NP (đầu tận 73- 91; nằm trong một cấu trúc rãnh giàu argininen (Hình 1.9).
Hình 1.9. Mô hình vị trí các domain của protein NP của virus cúm A/H5N1
[ 51]
Vị trí arginine 174 và arginine 175 là vị trí quan trọng để RNA kết hợp với NP (Hình 1.9). Vị trí rãnh kết hợp với RNA cũng là các đích tác động của thuốc và là các epitope của vaccine [51].
Đột biến thay thế chỉ 1 aa thành valine ở vị trí 105 trong NP của virus cúm A/duck/Yokohama/aq10/2003 dẫn đến đáp ứng trong việc tăng khả năng gây bệnh ở gà [71].
Bên cạnh đó, protein NP có nhiệm vụ vận chuyển các RNA virus từ bào tương vào nhân của tế bào nhiễm, khởi động sao chép hệ gen và tổng hợp các RNA thông tin trong quá trình tạo thành các hạt virus mới. Sự biến đổi các vùng trình tự protein NP tương tác với protein PB1 và PB2 trong phức hợp polymerase, dẫn đến đến thay đổi hoa ̣t tính của polymerase và khả năng thích ứng nhiê ̣t đô ̣ cơ thể nhiễm của virus cúm A/H5N1 [48], [65].