- Kiểm tra cây tiến hóa (giá trị bootstrap, chiều dài cây…) 5 Hiển thị kết quả cây phát sinh loài (treeview).
CHƯƠNG 4 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1 Kết luận
4.1. Kết luận
25 mẫu ngải đã được khảo sát sơ bộ tính đa dạng di truyền bằng phương pháp RAPD với 8 mồi ngẫu nhiên chọn lọc từ 21 mồi khảo sát. Hệ số tương đồng của các mẫu dao động ở mức từ 63% đến 76% và 25 mẫu này thuộc nhiều tông / chi khác nhau trong họ Gừng.
25 trình tự ITS đã được giải trình tự thành công với cặp mồi ITS 5P/ITS 8P. Chiều dài trung bình của các trình tự ITS này khoảng 630 bp, có mức độ tương đồng cao, thích hợp cho việc phân tích phát sinh loài. Một số đặc điểm của trình tự ITS như tần số nucleotide, tần số các nucleotide biến đổi, tần số các nucleotide bảo tồn đã được phân tích.
19/25 mẫu ngải đã được giải trình tự thành công vùng trnK với hai cặp mồi là
trnK3914F/trnK2R và trnK1F/trnK2R. Vùng gene matK nằm trong gene trnK dài khoảng 1500 bp đã được dùng để dựng cây phát sinh loài. Một số đặc điểm của vùng gene matK như tần số nucleotide, tần số các nucleotide biến đổi, tần số các nucleotide bảo tồn cũng đã được phân tích.
Thông qua việc dựng cây phát sinh loài, các mẫu ngải đã được phân nhóm và tập trung chủ yếu vào 3 chi là Curcuma, Kaempferia và Zingiber thuộc tông Zingibereae. Chi Curcuma gồm các mẫu N1, N3, N8, N9, N10, N11 và N25. Chi
Kaempferia gồm các mẫu N4, N26 và N28. Chi Gingiber gồm các mẫu N5, N6, N13, N18, N19 và N29.
Có năm mẫu được định danh tới mức thứ (dưới loài) dựa trên phân tích trình tự là: N12 là thứ dưới loài Alpinia galanga; N20 là thứ dưới loài Stahlianthus involucratus; N22 là thứ dưới loài Boesenbergia rotunda; N4 là thứ dưới loài
Kaempferia paviflora; N26 là thứ dưới loài Kaempferia rotunda.
4.2. Đề nghị
Bên cạnh một số kết quả ban đầu khả quan, đề tài vẫn còn một số giới hạn cần giải quyết để được hoàn thiện.
Thứ nhất, đối với phân tích RAPD, với số lượng mồi chọn lọc được là 8/21 mồi, số lượng mồi dùng để chọn lọc không cao và số lượng mồi dùng để đánh giá đa dạng di truyền là không lớn. Mặt khác, do các mẫu thuộc các tông/chi khác nhau trong cùng một họ nên việc tìm được một mồi có khả năng cho kết quả đa hình cao với tất cả các mẫu là không dễ. Để kết quả phân tích RAPD có độ chính xác cao hơn, cần tăng số lượng mồi chọn lọc để qua đó có thể tăng tính chính xác của phương pháp. Thứ hai, trnK là một đoạn gene dài (gần 2,7 kb). Kết quả PCR cho thấy trình tự này rất khó PCR cho kết quả đạt yêu cầu giải trình tự (có 6 mẫu chưa thể giải trình tự). Ngoài ra, chúng tôi nhận thấy độ ổn định của sản phẩm PCR không cao, cần tìm các điều kiện tối ưu hơn nữa để khuếch đại ổn định các vùng gene dài như gene trnK.