- Kiểm tra cây tiến hóa (giá trị bootstrap, chiều dài cây…) 5 Hiển thị kết quả cây phát sinh loài (treeview).
3.2.2.2 Phân tích trình tự vùng trnK matK
Trình tự trnK - matK của 19 mẫu thực nghiệm được phân tích cùng với 20 mẫu trình tự trnK - matK trên GenBank. Như vậy, tổng cộng có 39 trình tự trnK được phân tích, gồm 36 mẫu nhóm trong (trong đó có 19 mẫu thực nghiệm) và 3 mẫu thuộc nhóm ngoài.
Các trình tự trnK dài khoảng 2700 bp, chứa gene matK dài khoảng 1500 bp. Các trình tự matK của mẫu thực nghiệm (xem thêm phụ lục D) có chiều dài là 1548 bp. Chiều dài trung bình trình tự matK là 1542 bp, nhóm trong là 1532 bp, nhóm ngoài là 1539 bp (Bảng 3.4). Các trình tự này sau khi gióng hàng theo chương trình clustal - W (Mega 4.0) được đồng nhất hóa mẫu. Ma trận gióng hàng gene matK được tạo ra gồm 39 hàng với 1530 cột tương ứng với 39 trình tự, mỗi trình tự dài 1530 bp (510 codon).
Theo mô hình ước lượng trung bình, tần số 4 loại nucleotide tính trên toàn bộ ma trận là không cân bằng T = 38,54%; C = 14,7%; A = 32,48% và G = 14,28%. Có 216/1530 vị trí biến đổi, chiếm 14,11%, các vị trí biến đổi thường rơi vào vị trí thứ ba của codon. Có 92/1530 vị trí cho thông tin hà tiện, chiếm 6,01%. Có 1314/1530 vị trí bảo tồn, chiếm 85,88%. Các tỉ số R(a) [AC] = 1,0000; R(b) [AG] = 1,7125; R(c) [AT] = 0,5592; R(d) [CG] = 0,5592; R(e) [CT] = 1,7125 và R(f) [GT] =
1,0000 cho thấy tỉ lệ biến đổi giữa các nucleotide A và T; C và G là khá thấp, trung bình giữa A và C; G và T, cao giữa A và G; C và T. Mô hình tiến hóa được chọn là TPM1uf+G (tần số base không cân bằng, tỉ lệ biến đổi AC=GT, AT=CG, AG=CT; hệ số gamma = 0,5750).
Bảng 3.4. Các thông số trình tự ITS và matK.
Các thông số Vùng ITS Vùng matK
Chiều dài trình tự tổng (bp) 474 - 793 1336 - 1548
Trung bình chiều dài trình tự tổng (bp) 634 1542
Chiều dài trình tự nhóm trong (bp) 474 - 793 1339 - 1548 Trung bình chiều dài trình tự nhóm trong (bp) 634 1532 Chiều dài trình tự nhóm ngoài (bp) 601 - 635 1536 - 1542 Trung bình chiều dài trình tự nhóm ngoài (bp) 618 1539
Chiều dài đoạn align (bp) 254 1530
Trung bình (G + C) (%) 53,65 28,98
Tỉ lệ biến đổi (%) 76,38 14,11