Mặc dù hệ thống văn bản pháp luật về đấu thầu nói chung và pháp luật về đấu thầu xây lắp nói riêng đã dần được hoàn thiện hơn, tuy nhiên thực tế áp dụng cho thấy chúng còn một số hạn chế.
Thứ nhất: Hệ thống các văn bản pháp luật về đấu thầu nói chung và đấu thầu xây lắp
nói riêng có tính ổn định không cao. Một số văn bản pháp luật chưa thực sự đến với các cấp các ngành, với doanh nghiệp thì đã được sửa đổi. Như vậy trước bối cảnh đất nước ta đang trong thời kỳ hội nhập kinh tế quốc tế thì việc thiếu ổn định như vậy là bất thuận lợi. Ngay cả Nghị định 111/2006/NĐ-CP của Chính phủ ngày 29/9/2006 về hướng dẫn thi hành Luật đấu thầu và lựa chọn nhà thầu theo Luật xây dựng mới được ban hành, qua 2 năm áp dụng thấy nhiều bất cập, và hiện nay được thay thế bằng Nghị định 58/2008/NĐ- CP ngày 5/5/2008 của Chính phủ hướng dẫn thi hành Luật Đấu thầu và lựa chọn nhà thầu theo Luật Xây dựng. Việc sửa đổi nhằm khắc phục những hạn chế của văn bản pháp luật cũ, tuy nhiên điều đó cho thấy tư duy khi làm luật chưa cao, dẫn đến việc một văn bản mới ban hành đã phải sửa đổi.Các nhà thầu, cũng như phía chủ đầu tư đã gặp nhiều khó khăn, vướng mắc khi thực hiện, bởi họ đồng thời phải thực hiện và tuân thủ các quy định của hai, ba văn bản quy phạm pháp luật khác nhau. Trong khi đó, nội dung của các quy định này không nhất quán, dẫn tới tình trạng tuân thủ được quy định này thì vi phạm quy định kia. Ví dụ như khâu thanh toán. Nếu chiếu theo đúng quy định của Luật Đấu thầu, thì nhà thầu phải được thanh toán đúng theo quy định trong hợp đồng đã ký với chủ đầu tư. Điều kiện thanh toán thỏa thuận trong hợp đồng phải là căn cứ pháp lý duy nhất để nhà thầu được thanh toán. Như thế mới đúng theo cơ chế thị trường, bởi lẽ, qua đấu thầu đã xác định được giá tốt nhất trên thị trường. Nếu đấu thầu xong, xác định được giá đưa vào hợp đồng để rồi giá đó lại bị điều chỉnh bởi các quy định khác nữa khi thanh, quyết toán thì không còn ý nghĩa của đấu thầu. Lý thuyết là vậy, nhưng thực tế việc thanh toán, quyết toán lại thực hiện theo các quy định về định mức, về đơn giá do các cơ quan quản lý ngành khác ban hành. Hậu quả là cả nhà thầu và chủ đầu tư đều phải vất vả với mỗi lần thanh toán, quyết toán công trình...
Thứ hai: Xét về mặt nội dung trong những quy định hiện hành về đấu thầu xây lắp
- Thủ tục đấu thầu rườm rà, riêng khâu sơ tuyển Nhà thầu, thông báo mời th ầu… cho đến khi mở thầu phải mất đến khoảng 4 tháng, cộng cả những thủ tục khác thì mỗi một vụ đấu thầu mất khoảng 8 tháng, điều này khiến cho các dự án khó có thể thực hiện nhanh chóng được.
- Luật đấu thầu áp dụng cho tất cả những dự án sử dụng vốn Nhà nước 30% trở lên, vậy những dự án sử dụng vốn Nhà nước dưới 30% thì sao? Như thế sẽ có trường hợp có những dự án có giá trị nhỏ nhưng sử dụng trên 30% vốn nhà nước thì phải tổ chức đấu thầu nhưng có những dự án có giá trị lớn hàng trăm tỷ nhưng sử dụng dưới 30% vốn Nhà nước thì lại chỉ định thầu. Ví dụ nếu một dự án đầu tư phát triển có tổng vốn là 10.000 tỷ đồng chẳng, mà số vốn của Nhà nước đóng góp là 2.500 tỷ đồng thì sẽ không thuộc phạm vi điều chỉnh Luật đấu thầu. Như vậy sẽ khó có thể kiểm soát được việc chi tiêu nguồn vốn Nhà nước, dễ dẫn đến nguồn vốn Nhà nước bị thất thoát
- Về người có thẩm quyền: Trong luật dùng từ “người” ở đây có lúc là cá nhân, có lúc là tổ chức do đó sẽ rất khó khi xây dựng các quy định chế tài khi vi
phạm:
+ Người có thẩm quyền quyết định đầu tư dự án xây dựng công trình trong Luật Xây dựng ghi rất rõ là Thủ tướng, Chủ tịch UBND, Bộ trưởng. Nhưng thẩm quyền lập, phê duy ệt qui hoạch chung xây dựng, thẩm quyền thẩm định lại ghi chung chung là Bộ A, Bộ B, UBND, Sở A, Sở B...
+ Người có thẩm quyền trong Luật Đấu thầu là người được quyền quy ết định dự án được qui định tại Điều 39 Luật Xây dựng và Điều 11 Nghị định 16/2005/NĐ-CP của Chính phủ về quản lý dự án đầu tư xây dựng thì thẩm quyền ghi rõ là Thủ tướng, Bộ trưởng, Chủ tịch UBND các cấp. Nhưng tại Điều 60 trong Luật Đấu thầu ghi nhiệm vụ rất chi tiết của người có thẩm quyền như phê duyệt kế hoạch đấu thầu, phê duy ệt hồ sơ mời thầu, quyết định xử lý tình huống trong đấu thầu. Quy đinh như vậy là không thực tế đặc biệt dự án đầu tư ở các Bộ không chuyên ngành ví dụ Y tế, Văn hóa, Lao động...
- Quy định lựa chọn nhà thầu:
+ Luật Xây dựng tại Điểm b Mục 1, Điều 96 qui định “chọn được nhà thầu có đủ điều kiện năng lực hoạt động xây dựng, năng lực hành nghề xây dựng phù hợp, có giá dự thầu hợp lý”
+ Luật Đấu thầu: Tại mục 4 Điều 38 qui định chọn nhà thầu “có chi phí thấp nhất trên cùng một mặt bằng”.
Hiên nay chưa có văn bản nào quy định chi tiết các tiêu chí để đánh giá thế nào là “giá dự thầu hợp lý” và “có chi phí thấp nhất trên cùng một mặt bằng”. Các tiêu chí qui định trong Nghị định 16/2005/NĐ-CP ngày 7/2/2005 quy định về Quy chế quản lý đ ầu tư xây dựng chưa rõ, thiếu cụ thể. Còn hiện nay mặc dù cơ quan quản lý Nhà nước về đấu thầu có chủ trương xét thầu căn cứ vào những yếu tố như kỹ thuật, uy tín … còn mức giá ảnh hưởng không đáng kể, tuy nhiên nó chưa được .quy định cụ thể trong một văn bản nào