MVHN bao gồm 3 đối câu trúc chính với ranh giới là các đứt gãy trong khu vực thuộc đứt gãy mở bể Sông Hồng hƣớng từ Tây Bắc xuống Đông Nam và sâu tới móng trƣớc Kainozoi (Hình 2.2)
Đới rìa Đông Bắc .
Là khu vực nằm về phía Đông Bắc đứt gãy Sông Lô gồm lớp phủ trầm tích Kainozoi mỏng và móng Paleozoi nâng cao dần rồi lộ ra ở vùng Đông Bắc (Đồ Sơn, Kiến An). Một số giếng khoan nông trong đới đã phát hiện các đá móng Cacbonnat và đá phiến sét - Cericits, cát kết dạng Quaczit tuổi Paleozoi muộn. Móng của phần rìa cao dần lên và lộ ở nhiều nơi nhƣ Đồ Sơn, Kiến An với các thành tạo Cacbonat là lục nguyên Paleozoi muộn (D_C_P) tƣớng biển nông. Giới hạn về phía Đông Bắc của móng Paleozoi là đứt gãy đƣờng 18 (Phả Lại-Đông Triều) đó cũng là ranh giới cấu trúc nền sau - Caledonite và trũng Mezozoi. Lớp phủ trầm tích Kainozoi không quá 2000m trong một số địa hào hẹp và mỏng dần về phía Bắc, Tây Bắc
Đới rìa Tây Nam
Là khu vực nằm ở phía Tây đứt gãy Sông Chảy và là đới có cấu trúc phân dị phức tạp. Móng trƣớc Kainozoi không chỉ có ở phức hệ biến chất kết tinh Proterozoi và phổ biến hơn còn có các thành tạo Cacbonat, Cacbonat - sét là đá lục nguyên Mezozoi chiếm vị trí nhô cao của bề mặt móng. Còn các trầm tích lục nguyên và sét vôi Mezozoi thƣờng là diện lõm sâu của móng này. Trong các phần lõm sâu trầm tích Kainozoi có thể sâu trên 3000m
Đới trung tâm
Đƣợc giới hạn bởi hai đứt gãy chính là đứt gãy Sông Lô ở phía Đông Bắc và đứt gãy Sông Chảy ở phía Tây Nam. Móng của phần trung tâm bị chôn vùi có nơi sâu tới 7km. Đây là vùng sụt lún lớn, có cấu trúc địa chất đặc điểm kiến tạo rất phức tạp. Đới này đƣợc phân chia thành hai phụ đới bởi đứt gãy Vĩnh Ninh.
+ Phụ đới Đông Bắc (Trũng Đông Quan) đƣợc ngăn cách bởi hai đứt gãy Vĩnh Ninh và đứt gãy Sông Lô, phần dƣới cánh sụt chui gầm áp sát đứt gãy Vĩnh Ninh là đới đồng tách giãn Oligoxen. Các trầm tích dƣới bất chỉnh hợp lên Oligoxen thƣờng bị các hệ thống đứt gãy thuận chia làm các khối cấu trúc xiên Oligoxen gần đẳng thƣớc. Các tập Oligoxen trên bất chỉnh hợp và kề sát đứt gãy Vĩnh Ninh thƣờng bị uốn cong cùng với các tập trầm tích Mioxen ở phía trên do pha nghịch đảo kiến tạo. Tuy nhiên ngoài đới chui gầm áp sát đứt gãy Vĩnh Ninh, nhìn chung các trầm tích
nằm trên mặt bất chỉnh hợp trong Oligoxen phân lớp bình ổn. Trong đó các tập trầm tích thuộc Mioxen thƣờng có độ phân dải tốt trên các tài liệu địa chấn.
+ Phụ đới Tây Nam đƣợc giới hạn đứt gãy Vĩnh Ninh và đứt gãy Sông Chảy là phụ đới nghịch đảo Mioxen. Trong phụ đới này ngoài đứt gãy Vĩnh Ninh phụ đới này còn phát triển các đứt gãy phụ khác trong Mioxen tạo thành dạng cấu trúc nở hoa. Hệ thống đứt gãy nở hoa phát triển dọc theo đứt gãy chính Vĩnh Ninh, Thái Bình, Sông Chảy. Sự chuyển dịch của các khối đứt gãy đã hình thành các nếp lồi, lõm xen kẽ nhau trong đó nổi bật nhất là dải cấu tạo địa phƣơng nhƣ Phủ Cừ, Tiên Hƣng, Kiến Xƣơng, Tiền Hải. Các trầm tích nằm trên mặt bất chỉnh hợp trong Oligoxen đều bị uốn nếp dƣới tác dụng của pha nén ép trong Mioxen và tạo thành các cấu trúc nở hoa. Nó nhƣ một đới khâu kiến tạo có dạng lớn dần về phía Đông Nam ra biển.