Trên cơ sở biên chế và dự toán kinh phí tự chủ đƣợc huyện Thạch Hà, tỉnh Hà Tĩnh phê duyệt, các đơn vị sự nghiệp công trên địa bàn thành huyện Thạch Hà đã chủ động sắp xếp bộ máy và phân khai dự toán kinh phí hoạt động, đồng thời xây dựng luôn phƣơng án tăng thu nhập cho CBVC và HĐLĐ ngay từ đầu năm. Về hình thức việc phân bổ biên chế và dự toán kinh phí tự chủ của các đơn vị thực hiện Nghị định 43/2006/NĐ-CP không khác nhiều so với các đơn vị thực hiện theo Nghị định 130/2005/NĐ-CP. Nhƣng về bản chất, các đơn vị thực hiện Nghị định 43/2006/TSĐ-CP đƣợc quyền chủ động hơn rất nhiều nhƣ: chủ động sử dụng tổng hợp các nguồn lực để phát triển các hoạt động dịch vụ sự nghiệp về quy mô, chất lƣợng tạo điều kiện cho ngƣời dân có nhiều cơ hội đƣợc lựa chọn, tiếp cận với các dịch vụ chất lƣợng ngày càng cao, phát huy tính dân chủ, chủ động sáng tạo của ngƣời lao động; chủ động trong việc liên doanh, liên kết với các đơn vị bên ngoài mở rộng các hoạt động nhằm góp phần tăng nguồn thu cho đơn vị giảm bớt sự phụ thuộc vào nguồn NSNN, đặc biệt là họ xác định đƣợc quỹ tiền lƣơng và thu nhập tăng thêm cho CBVC và HĐLĐ ngay từ đầu năm giao kế hoạch.. Tuy nhiên, bên cạnh những mặt tích cực, kết quả đã đạt đƣợc, quá trình thực hiện cũng cho thấy việc giao biên chế và phân bổ kinh phí tự chủ đối với các đơn vị sự nghiệp công trên địa bàn huyện Thạch Hà, tỉnh Hà Tĩnh cũng còn bộc lộ nhiều bất cập nhƣ:
tự đảm bảo chi thƣờng xuyên để làm cơ sở xác định mức hỗ trợ của NSNN. - Một số đơn vị lập dự toán thu chi NSNN vẫn mang theo tâm lý khi lập dự toán thu chƣa phản ánh hết các nguồn thu, hoặc lập dự toán với số thu thấp hơn số thực thu năm trƣớc, nội dung chi cao hơn để đƣợc tăng hỗ trợ từ NSNN, lập dự toán chi cao hơn số quyết toán các năm trƣớc liền kề, nhƣng không có thuyết minh lý giải hợp lý nguyên nhân tăng.
- Đối với các đơn vị sự nghiệp công tự đảm bảo kinh phí hoạt động chƣa đƣợc tự quyết định biên chế, UBND huyện Thạch Hà vẫn giao chỉ tiêu biên chế cho các đơn vị, làm hạn chế tính tự chủ của đơn vị.
- Đối với đơn vị sự nghiệp tự đảm bảo một phần kinh phí và đơn vị sự nghiệp do ngân sách đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động định mức phân bổ ngân sách chỉ băng 80% định mức phân bố trên một biên chế theo Nghị định 130/2005/NĐ-CP. Do vậy chƣa đảm bảo tính thống nhất giữa các đơn vị, nguồn kinh phí hoạt động thấp.