Để khảo sát xem quy trình ly trích tối ƣu đƣợc rút ra từ những thí nghiệm trên sẽ cho kết quả tốt nhất trên vị trí nào của lông heo, thí nghiệm đƣợc bố trí nhƣ mô tả bên dƣới.
* Thí nghiệm 4: Áp dụng quy trình ly trích lên các vị trí khác nhau của lông
Thí nghiệm 4 đƣợc tiến hành nhằm khảo sát hiệu quả của việc tách chiết DNA theo quy trình tối ƣu trên đối với các vị trí khác nhau của lông. Từ đó rút ra vị trí tốt nhất trên lông để ly trích DNA. Thí nghiệm 4 đƣợc thực hiện theo các trình tự của quy trình tham khảo với nồng độ proteinase K, nồng độ DTT, nồng độ CTAB đã cho kết quả ly trích DNA tốt nhất qua các thí nghiệm trên. Thí nghiệm 4 đƣợc bố trí theo kiểu hoàn toàn ngẫu nhiên một yếu tố. Có 4 lô thí nghiệm: lô 1 gồm 10 mẫu gốc lông, lô 2 gồm 10 mẫu thân lông, lô 3 gồm 10 mẫu ngọn lông và lô 4 gồm 10 mẫu cả sợi lông (vị trí lông đƣợc phân chia theo hình 3.4). Chỉ tiêu khảo sát là tỷ số OD, hàm lƣợng DNA thu hồi, sản phẩm PCR của gen halothane.
3.4.3. Định lƣợng DNA bằng quang phổ kế
DNA sau khi ly trích đƣợc đo bằng máy quang phổ kế ở bƣớc sóng 260 nm và 280 nm. Độ tinh sạch của DNA đƣợc tính bằng tỷ số OD260nm/OD280nm. DNA đƣợc xem là sạch nếu tỷ số khoảng 1,8 – 2,0.
Hàm lƣợng DNA đƣợc tính bằng công thức: DNA (ng/µl) = (62,9*OD260nm – 36*OD280nm)* độ pha loãng. Mẫu đƣợc pha loãng 100 lần theo tỷ lệ 10 µl DNA gốc: 990 µl H2O khi đo OD.